genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  224  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74512833--74512877	7	6.1	7	92	2	63	46	37	0	15	1.46
74513216--74513265	19	2.6	18	81	12	64	48	16	0	36	1.46
74513216--74513269	20	2.8	19	82	2	72	48	16	0	35	1.47
74513383--74513428	22	2.0	23	91	4	76	50	30	0	19	1.48
74515800--74515860	30	2.0	31	81	9	72	50	18	9	21	1.75
74517923--74517967	21	2.2	20	88	11	65	31	26	13	28	1.94
74532663--74532713	22	2.3	21	80	9	57	70	3	7	17	1.27
74535269--74535418	43	3.5	43	73	12	137	28	16	23	32	1.96
74542718--74542769	24	2.2	24	82	0	59	51	13	3	30	1.58
74547847--74547969	54	2.3	54	100	0	246	26	19	22	30	1.98
74548003--74548230	46	5.0	46	91	1	305	40	14	24	20	1.90
74548491--74548537	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
74549815--74549861	25	2.0	25	83	8	62	27	12	4	55	1.56
74550132--74550387	46	5.7	46	84	8	332	22	24	14	38	1.91
74550301--74550376	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
74553295--74553714	205	2.0	207	95	1	754	35	25	14	24	1.93
74561519--74561572	22	2.5	22	93	3	92	48	18	0	33	1.49
74563974--74564018	20	2.3	19	88	3	63	11	11	0	77	0.99
74567554--74567579	13	2.0	13	100	0	52	30	38	0	30	1.58
74572492--74572525	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
74574076--74574181	38	2.7	40	72	11	110	23	17	27	31	1.97
74576860--74576936	40	1.9	40	89	0	118	14	14	35	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74605049--74605400	132	2.7	131	80	7	414	37	13	19	30	1.89
74605409--74605530	39	3.2	37	78	10	129	41	16	24	17	1.89
74605425--74605546	39	3.1	39	89	0	190	39	18	23	18	1.92
74607931--74608045	18	6.3	18	73	4	97	41	15	8	33	1.78
74608055--74608124	18	3.9	18	67	14	54	44	15	8	31	1.77
74609452--74609485	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
74610917--74611029	56	2.0	57	98	1	219	30	26	7	35	1.83
74613153--74613223	34	2.1	34	97	0	133	28	21	15	35	1.94
74621398--74621634	69	3.5	68	75	4	219	33	24	21	21	1.97
74621749--74621949	58	3.5	58	88	0	294	34	20	10	34	1.87
74625164--74625226	22	2.9	22	90	0	99	41	11	25	22	1.86
74633685--74633735	26	2.0	26	84	0	66	31	11	15	41	1.83
74654455--74654734	45	6.3	45	78	4	153	26	17	25	30	1.98
74654417--74654718	43	6.9	44	78	4	254	27	16	25	30	1.97
74654658--74654743	45	1.9	45	85	4	120	30	15	22	32	1.94
74659637--74659686	24	2.1	24	96	0	91	26	30	14	30	1.94
74668252--74668285	13	2.6	13	100	0	68	44	0	5	50	1.26
74670774--74671151	93	4.1	93	97	0	702	35	16	10	36	1.84
74675387--74675434	12	3.8	12	76	10	51	22	25	0	52	1.48
74684548--74684593	23	2.0	23	95	0	83	34	0	2	63	1.07
74690134--74690184	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
74690173--74690222	21	2.4	21	83	3	57	70	8	2	20	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74690727--74690789	29	2.2	29	82	0	72	23	31	26	17	1.97
74691389--74691554	91	1.8	91	82	0	215	31	22	13	31	1.93
74693315--74693404	42	2.1	42	85	4	119	18	28	23	28	1.98
74696930--74696969	21	1.9	21	100	0	80	37	2	5	55	1.35
74699846--74699902	29	2.0	29	89	0	87	31	29	12	26	1.92
74701560--74701606	24	2.0	23	87	4	67	40	19	17	23	1.91
74703743--74703863	47	2.6	45	80	6	136	31	10	30	27	1.90
74703935--74704019	40	2.2	40	84	2	109	17	20	31	30	1.95
74709056--74709083	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
74710392--74710438	24	2.0	24	87	8	69	51	2	8	38	1.45
74717879--74717915	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
74722686--74722816	64	2.0	64	98	0	253	30	9	15	45	1.77
74723948--74723980	17	1.9	17	88	11	50	30	3	0	66	1.06
74724533--74724635	51	2.0	51	100	0	206	56	7	7	28	1.55
74724975--74725115	70	2.0	69	83	1	174	34	15	15	34	1.90
74730502--74730533	15	2.0	17	88	11	50	0	21	56	21	1.43
74730501--74730554	18	2.9	18	76	13	56	3	22	55	18	1.58
74732728--74732762	18	2.0	17	88	5	52	28	8	14	48	1.73
74737032--74737068	7	5.7	7	81	18	53	0	27	0	72	0.84
74737032--74737068	18	2.1	18	94	0	65	0	27	0	72	0.84
74747436--74747462	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
74747713--74747777	21	3.1	21	78	8	69	29	10	6	53	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74747780--74747825	20	2.3	20	85	7	67	23	13	13	50	1.76
74750040--74750194	27	5.7	26	85	7	184	36	22	23	17	1.94
74750041--74750194	54	2.8	54	92	1	245	36	22	23	17	1.95
74751774--74751881	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
74753807--74753956	33	4.7	33	72	17	111	37	10	3	49	1.53
74756458--74756502	18	2.5	18	96	0	81	77	0	22	0	0.76
74758236--74758265	16	1.9	16	93	6	53	33	3	0	63	1.11
74767215--74767253	17	2.3	17	86	0	51	46	2	5	46	1.38
74767301--74767397	10	10.7	9	69	19	51	54	1	3	41	1.23
74767292--74767424	18	7.3	19	69	14	59	54	0	3	40	1.23
74767298--74767449	71	2.2	72	85	5	204	51	1	3	43	1.29
74767553--74767703	70	2.2	69	83	5	198	43	4	3	48	1.40
74767671--74767706	17	2.2	17	90	5	56	41	2	0	55	1.14
74767927--74767965	17	2.3	17	95	0	69	51	0	2	46	1.14
74767926--74768006	42	2.0	41	82	7	101	45	2	1	50	1.22
74767714--74768006	146	2.0	152	81	5	355	42	5	2	50	1.36
74782174--74782387	53	4.0	53	100	0	428	26	5	13	54	1.60
74782541--74782587	16	3.1	16	81	12	62	68	4	0	27	1.08
74785111--74785178	3	22.7	3	100	0	136	66	0	33	0	0.92
74788546--74788691	61	2.4	61	80	8	147	43	13	3	39	1.61
74807662--74808618	523	1.8	524	98	0	1853	33	15	20	29	1.94
74811005--74811077	36	2.0	36	97	0	137	34	9	17	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74825735--74825772	19	2.0	20	89	5	60	39	2	2	55	1.28
74826064--74826315	134	1.9	136	81	6	316	36	9	10	42	1.73
74827355--74827413	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
74827368--74827413	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
74827384--74827443	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
74831434--74831496	21	3.0	21	78	0	63	38	17	26	17	1.92
74831476--74831582	42	2.6	42	83	4	137	43	15	21	18	1.87
74831480--74831598	21	5.7	21	72	6	82	42	16	21	19	1.89
74833045--74833074	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
74836619--74836779	58	2.8	58	88	2	225	34	6	6	52	1.53
74837144--74837175	16	2.0	16	93	0	55	21	12	21	43	1.86
74838408--74838726	156	2.1	156	83	5	414	26	19	14	39	1.90
74844516--74844630	23	4.9	23	82	8	126	25	20	19	34	1.96
74844574--74844630	24	2.3	25	84	3	80	26	21	15	36	1.93
74848620--74848684	21	3.2	21	73	20	75	40	23	26	10	1.87
74848602--74848702	39	2.6	39	90	0	148	37	22	25	13	1.92
74851350--74851391	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
74857551--74857691	39	3.6	39	89	0	201	38	22	25	13	1.91
74857569--74857672	19	5.2	21	69	17	78	40	21	25	12	1.88
74860331--74860551	47	4.7	46	77	12	202	24	29	18	27	1.98
74860380--74860553	94	1.9	94	86	4	253	24	29	18	27	1.98
74866162--74866320	27	5.9	27	80	14	177	33	22	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74866180--74866323	54	2.7	54	94	2	245	34	23	23	18	1.97
74867061--74867172	28	4.0	28	98	1	215	18	25	24	32	1.97
74869967--74870047	23	3.6	22	80	8	92	24	23	20	30	1.99
74874721--74874754	16	2.2	15	89	5	50	55	0	32	11	1.36
74875513--74875548	7	5.3	7	96	3	65	44	0	16	38	1.48
74889162--74889227	30	2.2	30	100	0	132	45	9	12	33	1.73
74900064--74900167	25	4.2	25	77	3	95	33	19	25	22	1.97
74905169--74905289	56	2.1	58	90	3	192	47	4	18	29	1.69
74906816--74906974	27	5.9	27	83	0	174	40	18	8	33	1.80
74906811--74906975	54	3.0	53	85	6	215	39	18	7	34	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284