genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33867129--33867267	51	2.8	49	88	2	188	25	19	25	29	1.98
33867462--33867508	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
33867816--33867857	13	3.3	13	87	12	61	38	0	0	61	0.96
33867817--33867852	5	7.6	5	87	12	58	38	0	0	61	0.96
33869344--33869368	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
33869323--33869462	45	2.9	51	80	13	177	18	20	20	40	1.92
33869436--33869472	6	6.2	6	100	0	74	16	16	16	51	1.77
33869651--33869837	18	10.4	18	75	7	130	37	12	13	36	1.83
33873515--33873665	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
33879672--33879729	29	2.0	29	96	0	107	25	3	18	51	1.62
33888444--33888507	33	1.9	33	93	0	110	15	23	10	50	1.76
33894883--33894922	20	2.0	20	95	0	71	75	7	0	17	1.03
33895595--33895619	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
33899356--33899520	83	2.0	83	86	0	231	38	15	18	27	1.91
33899403--33899476	38	1.9	38	83	0	94	40	16	17	25	1.90
33899456--33899564	45	2.4	45	81	3	130	41	16	17	24	1.89
33904558--33904621	27	2.4	27	84	5	85	42	17	21	18	1.89
33914856--33914965	47	2.3	47	81	6	134	36	21	15	26	1.93
33915857--33915977	44	2.7	44	78	12	122	23	26	19	30	1.98
33923364--33923388	9	2.8	9	100	0	50	64	0	12	24	1.27
33926837--33927030	92	2.1	92	88	5	286	44	4	4	46	1.41
33927062--33927095	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33927067--33927114	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
33927107--33927294	61	3.1	61	66	17	165	42	2	6	48	1.41
33927159--33927210	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
33927104--33927326	120	1.9	120	96	0	410	42	2	6	48	1.40
33927275--33927309	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
33927266--33927576	154	2.0	156	96	1	581	47	5	3	44	1.41
33927429--33927463	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
33927266--33927499	75	3.1	75	66	16	217	46	2	3	47	1.34
33927696--33927734	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
33927709--33927765	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
33930987--33931046	31	1.9	31	86	6	86	60	10	0	30	1.30
33933309--33933435	43	3.0	43	86	4	170	22	29	20	26	1.98
33933329--33933480	43	3.5	43	83	8	141	25	26	21	26	2.00
33933313--33933476	86	1.9	85	81	10	201	23	29	21	25	1.99
33935143--33935172	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
33938993--33939041	15	3.6	14	76	17	50	55	0	0	44	0.99
33939007--33939043	19	2.1	18	90	10	58	56	0	0	43	0.99
33943545--33943584	21	1.9	21	85	10	55	55	10	0	35	1.34
33946543--33946839	160	1.9	160	82	5	386	30	16	9	43	1.79
33946695--33946979	87	3.3	86	83	5	279	33	15	10	40	1.83
33946771--33947014	87	2.8	87	83	3	294	33	15	11	39	1.83
33946954--33947178	79	2.8	81	78	5	237	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33953749--33953877	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
33953853--33953939	31	2.8	31	91	6	149	27	18	28	25	1.98
33953964--33954128	47	3.7	46	84	6	169	28	16	26	29	1.97
33954058--33954172	42	2.7	43	87	4	162	30	15	26	27	1.96
33957096--33957221	31	4.1	31	90	4	200	26	20	29	23	1.99
33957248--33957410	47	3.6	46	86	5	174	29	15	25	29	1.96
33957341--33957431	42	2.2	42	90	4	139	31	13	26	28	1.93
33959209--33959391	39	4.7	39	93	0	303	22	25	20	30	1.98
33963644--33963669	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
33969086--33969202	55	2.1	55	84	3	146	29	20	27	23	1.99
33970012--33970048	18	2.1	18	94	0	65	43	8	16	32	1.77
33970186--33970226	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
33970245--33970312	9	7.6	9	89	0	100	27	8	19	44	1.80
33982361--33982582	86	2.6	87	86	2	304	31	14	11	42	1.81
33983025--33983150	41	3.1	40	79	3	153	36	18	19	25	1.94
33983139--33983180	21	2.0	21	85	0	57	40	11	19	28	1.87
33996963--33997050	44	2.0	43	97	2	167	34	4	13	47	1.63
34007483--34007600	30	3.9	30	81	4	121	15	27	33	23	1.95
34009563--34009635	5	14.6	5	76	18	64	75	0	2	21	0.93
34009546--34009633	29	3.1	28	81	12	110	71	0	4	23	1.04
34009552--34009636	36	2.3	36	80	11	93	74	0	3	22	0.97
34009557--34009630	19	4.0	19	77	3	71	74	0	2	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34013380--34013571	86	2.2	85	82	7	224	34	13	8	43	1.73
34013442--34013705	87	3.0	86	81	9	263	33	14	9	42	1.77
34016245--34016576	55	6.3	54	72	9	184	36	16	21	25	1.94
34016237--34016525	156	1.9	156	94	0	515	36	16	21	25	1.94
34022494--34022606	27	4.2	26	84	7	136	37	23	23	16	1.94
34022494--34022606	54	2.1	54	86	3	156	37	23	23	16	1.94
34024024--34024094	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
34025057--34025162	27	3.9	27	82	7	126	18	23	22	34	1.96
34025057--34025162	54	2.0	54	90	3	169	18	23	22	34	1.96
34038825--34039378	274	2.0	274	98	0	1063	33	11	19	35	1.89
34060487--34060521	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
34060331--34060699	90	4.1	92	84	6	429	39	18	15	26	1.91
34060669--34060703	14	2.5	14	95	0	61	60	8	20	11	1.57
34060669--34060713	14	3.2	14	90	0	54	60	8	20	11	1.57
34060840--34060875	15	2.6	14	87	12	56	58	5	13	22	1.56
34060840--34060875	14	2.5	15	91	8	58	58	5	13	22	1.56
34060935--34060966	15	2.1	15	100	0	64	59	9	6	25	1.52
34060765--34061029	86	3.0	86	80	6	307	36	17	15	30	1.91
34064276--34064307	16	2.0	16	93	0	55	3	18	21	56	1.56
34077640--34078865	44	26.9	44	70	12	444	29	19	22	28	1.98
34077586--34078402	227	3.6	227	89	2	1154	28	19	22	29	1.98
34078098--34078773	279	2.4	276	87	3	953	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34080547--34080633	27	3.3	27	76	9	92	32	8	2	57	1.40
34080519--34080621	51	2.0	51	82	5	125	29	7	5	57	1.50
34082693--34082723	8	3.9	8	95	0	53	54	9	0	35	1.33
34083161--34083248	44	2.0	44	97	0	167	27	12	23	36	1.91
34085527--34085574	25	1.9	26	87	8	73	33	8	2	56	1.41
34087002--34087051	7	6.9	7	86	6	64	70	2	0	28	0.99
34095100--34095132	16	2.0	17	88	5	50	69	0	6	24	1.10
34095420--34095594	26	6.9	26	71	8	105	58	4	5	32	1.40
34095471--34095542	27	2.8	26	83	10	85	65	6	2	25	1.31
34095509--34095636	50	2.5	50	75	10	118	55	3	6	34	1.43
34097238--34097658	44	8.9	51	73	14	291	28	21	19	30	1.97
34097295--34097730	44	9.6	44	76	10	232	28	23	18	29	1.98
34097255--34097741	95	5.3	92	75	11	372	29	21	18	29	1.97
34097259--34097703	139	3.2	138	86	3	608	28	21	19	29	1.98
34097592--34097665	23	3.3	23	66	7	71	32	21	18	27	1.97
34097702--34097932	94	2.5	94	75	5	209	29	20	19	31	1.97
34097893--34098017	44	2.8	43	76	12	119	32	24	13	29	1.94
34102063--34102107	19	2.3	20	85	7	58	40	8	22	28	1.84
34104039--34104071	16	2.0	17	88	5	50	69	0	6	24	1.10
34105449--34105621	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
34105446--34105616	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
34105846--34105883	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34114694--34114762	26	2.6	27	86	4	88	66	5	2	24	1.27
34116920--34116970	26	2.0	26	82	17	63	37	15	0	47	1.46
34118063--34118138	40	1.9	40	83	5	100	30	28	19	21	1.97
34119037--34119090	23	2.4	22	78	9	56	42	5	0	51	1.25
34119317--34119344	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
34124459--34124509	26	2.0	26	82	17	63	37	15	0	47	1.46
34127568--34127769	100	2.0	100	100	0	404	45	6	16	31	1.74
34135708--34135972	133	2.0	133	99	0	521	44	18	9	26	1.81
34136077--34136130	23	2.4	22	78	9	56	42	5	0	51	1.25
34136360--34136385	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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