genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10797015--10797050	15	2.4	15	100	0	72	33	13	0	52	1.41
10797938--10797969	17	1.9	16	93	6	55	50	0	0	50	1.00
10797961--10797996	19	1.9	18	88	5	54	55	0	2	41	1.14
10800736--10800789	22	2.5	22	84	0	72	44	25	18	11	1.83
10800992--10801056	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
10801199--10801280	41	2.0	41	92	0	137	25	26	23	24	2.00
10801539--10801616	27	2.9	27	81	7	95	29	14	16	39	1.88
10803025--10803080	20	2.8	20	84	10	87	21	28	0	50	1.49
10803125--10803165	21	2.0	21	90	0	64	43	12	9	34	1.75
10809548--10809767	40	5.5	40	81	2	194	28	27	21	22	1.99
10812089--10812113	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
10816298--10816357	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
10816312--10816383	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
10818103--10818193	45	2.0	45	93	0	155	27	12	23	37	1.90
10828949--10829030	40	2.0	40	100	0	164	52	9	20	17	1.72
10829644--10829730	44	2.0	44	81	4	104	34	13	28	22	1.93
10831359--10831580	47	4.6	47	76	10	232	36	12	25	26	1.91
10831406--10831634	100	2.3	100	96	0	422	35	13	25	24	1.93
10831467--10831648	53	3.5	53	72	17	193	33	15	26	24	1.95
10832033--10832085	22	2.2	24	83	12	74	71	3	18	5	1.21
10832030--10832084	27	1.9	30	82	17	73	72	3	18	5	1.18
10833544--10833593	21	2.3	21	89	6	73	14	26	26	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10833555--10833618	21	3.0	21	86	0	83	14	23	26	35	1.93
10834712--10834840	53	2.4	53	84	5	161	33	18	26	21	1.97
10834942--10834975	16	2.1	16	88	5	50	41	5	17	35	1.74
10851713--10851889	40	4.5	40	89	4	245	24	23	27	24	2.00
10851713--10851889	79	2.2	79	87	5	243	24	23	27	24	2.00
10853695--10853739	22	2.0	22	100	0	90	28	22	17	31	1.97
10855933--10855972	19	2.0	20	85	4	55	17	10	2	70	1.27
10870461--10870594	59	2.3	59	89	0	205	32	8	19	39	1.83
10870689--10870768	3	26.7	3	92	5	135	0	2	31	66	1.05
10870767--10870792	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
10877283--10877434	65	2.3	65	87	0	214	22	20	20	36	1.95
10877474--10877539	26	2.5	27	82	4	73	22	18	19	39	1.92
10886034--10886064	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
10895466--10895529	31	2.1	31	87	0	92	23	20	15	40	1.90
10908923--10908949	11	2.5	11	100	0	54	7	44	18	29	1.77
10909217--10909262	22	2.2	20	84	7	56	43	8	0	47	1.34
10910717--10910762	22	2.1	22	100	0	92	26	19	21	32	1.97
10916387--10916426	5	8.0	5	100	0	80	80	0	0	20	0.72
10922740--10922831	47	2.0	47	85	8	125	29	29	10	30	1.91
10922790--10922961	47	3.7	46	76	11	136	23	30	18	27	1.98
10938213--10938386	49	3.6	48	80	8	174	22	28	22	26	1.99
10938409--10938577	48	3.6	48	80	3	182	23	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10950393--10950454	20	3.4	20	70	25	73	22	0	17	59	1.37
10950391--10950457	34	2.0	34	100	0	134	23	0	17	58	1.39
10950403--10950457	17	3.2	17	68	27	53	23	0	20	56	1.42
10953490--10953536	24	1.9	25	95	4	87	57	0	2	40	1.11
10958336--10958492	84	1.9	84	86	0	224	29	20	21	29	1.98
10958333--10958492	28	5.7	28	81	2	178	30	20	21	28	1.98
10961142--10961215	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
10977652--10977773	46	2.7	46	81	7	115	24	30	18	26	1.98
10983804--10983871	34	2.0	34	97	0	127	32	11	22	33	1.90
10985839--10985895	30	1.9	30	88	0	87	28	12	33	26	1.92
10989889--10989956	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
10989778--10990105	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
10990058--10990136	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
10996538--10996618	5	15.6	5	74	8	56	74	4	4	16	1.17
10998653--10998830	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
10998674--10998829	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
11009406--11009457	17	3.3	17	69	20	58	36	28	3	30	1.75
11009393--11009468	30	2.6	29	91	6	109	40	30	2	26	1.69
11010133--11010233	41	2.5	41	100	0	202	28	30	20	19	1.97
11013620--11013666	20	2.3	20	96	0	85	12	21	36	29	1.91
11015583--11015702	43	2.8	42	79	7	143	25	25	19	30	1.98
11017023--11017084	21	3.0	21	72	9	63	17	19	32	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11027865--11028018	28	5.5	28	94	0	256	34	27	12	25	1.92
11027865--11028043	56	3.2	56	89	1	261	34	27	12	25	1.92
11031021--11031064	3	14.7	3	80	0	52	63	0	4	31	1.14
11031466--11031629	3	53.3	3	71	12	102	64	1	5	28	1.26
11032982--11033720	88	8.7	88	85	4	668	21	23	21	32	1.98
11033414--11033720	77	3.8	77	87	4	380	21	21	22	34	1.97
11033562--11033716	43	3.6	43	69	5	132	18	21	24	36	1.95
11042819--11042986	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
11042842--11042986	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
11052947--11053409	199	2.3	199	88	4	698	26	28	19	24	1.99
11052947--11053411	40	11.6	40	92	2	695	27	28	20	24	1.99
11054644--11054719	38	2.0	38	97	0	143	31	23	14	30	1.94
11060396--11060545	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
11060420--11060603	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
11063375--11063419	22	2.0	22	83	8	56	17	22	2	57	1.50
11063503--11063544	18	2.3	18	95	0	75	4	28	9	57	1.51
11079822--11080117	131	2.3	131	84	0	358	39	14	15	31	1.87
11083674--11083746	36	2.0	36	100	0	146	38	0	16	45	1.48
11090053--11090080	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
11092861--11092901	19	2.1	19	86	9	55	24	31	0	43	1.54
11102396--11102451	10	5.3	10	75	12	58	73	1	5	19	1.12
11106514--11106565	26	2.0	26	100	0	104	42	11	11	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11108599--11108652	29	1.9	28	85	7	74	57	9	3	29	1.47
11108688--11109074	195	2.0	194	89	1	587	46	12	6	34	1.68
11111049--11111268	49	4.6	49	72	12	179	28	17	29	24	1.97
11118810--11118940	49	2.7	49	92	0	217	24	21	29	25	1.99
11118803--11119092	142	2.0	142	78	9	306	26	17	29	26	1.98
11123508--11123951	220	2.0	220	85	2	606	31	14	19	33	1.92
11125745--11125821	22	3.5	22	72	10	75	27	22	12	37	1.91
11125721--11125820	45	2.2	44	82	1	137	31	21	13	35	1.91
11131109--11131210	41	2.5	41	81	7	120	29	15	25	29	1.96
11140534--11140719	40	4.6	40	78	7	180	28	15	24	32	1.95
11144877--11145028	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
11144877--11145028	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
11147829--11147875	24	2.0	24	95	0	85	12	25	14	46	1.80
11150409--11150470	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
11150465--11150508	20	2.3	19	84	11	54	29	2	2	65	1.16
11156633--11156665	16	2.1	16	100	0	66	45	0	6	48	1.27
11159674--11159825	40	3.8	40	86	5	191	25	25	23	26	2.00
11163296--11163348	18	2.8	19	85	5	54	52	0	0	47	1.00
11163290--11163392	30	3.4	30	78	7	111	58	0	0	41	0.98
11163289--11163390	20	5.1	20	77	10	100	57	0	0	42	0.98
11163325--11163387	10	5.9	11	74	20	62	55	0	0	44	0.99
11164794--11164869	34	2.2	34	95	0	134	25	7	30	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11169493--11169961	133	3.5	132	76	6	353	34	18	19	27	1.95
11169751--11169994	133	1.8	132	85	5	348	34	17	18	30	1.94
11173534--11173585	20	2.6	19	80	17	52	38	1	0	59	1.08
11173532--11173673	46	3.1	46	75	16	125	31	3	0	64	1.16
11173613--11173673	27	2.3	26	80	2	68	24	3	1	70	1.11
11173985--11174036	23	2.2	24	83	6	63	48	0	3	48	1.20
11174412--11174455	19	2.2	21	84	8	56	63	6	2	27	1.31
11174592--11174658	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
11174607--11174646	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
11174586--11174662	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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