genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81132877--81132946	34	2.1	34	100	0	140	17	24	17	41	1.89
81132922--81132959	8	4.8	8	87	12	60	2	23	26	47	1.65
81138066--81138121	28	2.0	28	100	0	112	28	14	21	35	1.92
81140229--81140315	34	2.5	35	83	10	108	32	6	16	44	1.74
81143959--81144016	30	1.9	30	89	0	89	29	24	6	39	1.81
81145503--81145578	30	2.5	30	89	0	125	43	10	26	19	1.83
81145566--81145638	30	2.4	30	88	0	101	39	10	21	27	1.87
81159700--81159787	45	2.0	45	86	0	122	28	10	22	38	1.87
81160663--81160722	31	1.9	31	93	0	102	43	11	20	25	1.85
81163547--81163620	37	2.0	37	82	15	91	25	8	24	41	1.82
81169731--81169791	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
81182137--81182163	13	2.1	13	100	0	54	14	7	14	62	1.51
81183222--81183327	42	2.5	42	92	3	169	12	25	34	27	1.92
81188173--81188238	30	2.2	29	81	7	78	43	1	13	40	1.53
81190127--81190287	22	7.1	22	78	12	150	35	20	21	22	1.96
81190127--81190252	67	1.9	67	83	6	166	35	20	20	23	1.96
81194540--81194659	57	2.1	57	85	4	161	46	5	18	29	1.72
81196248--81196290	10	4.0	10	77	16	50	46	0	9	44	1.35
81196964--81197031	24	2.8	24	86	6	84	26	5	30	36	1.80
81198434--81198485	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
81198721--81198995	27	10.2	27	89	1	390	41	8	22	28	1.83
81202363--81202484	49	2.5	48	77	6	129	26	28	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81202502--81202673	94	1.8	94	81	5	213	22	27	17	32	1.96
81205976--81206010	18	1.9	18	88	0	52	28	17	14	40	1.88
81209489--81209612	31	3.8	32	78	12	121	33	5	14	46	1.68
81209843--81209923	36	2.2	36	82	0	90	30	4	18	45	1.70
81210347--81210643	68	4.4	68	98	0	558	25	16	33	24	1.96
81222351--81222690	170	2.0	170	97	0	644	38	9	17	35	1.81
81222823--81223125	149	2.0	149	97	0	570	25	18	18	38	1.93
81223174--81223547	187	2.0	187	96	0	694	38	12	20	29	1.89
81223584--81223898	158	2.0	158	94	2	553	38	10	20	30	1.86
81224187--81224362	46	3.8	45	75	12	169	22	19	27	29	1.98
81224183--81224354	93	1.8	93	91	2	283	22	20	28	28	1.99
81231027--81231294	48	5.6	48	87	0	322	25	16	27	29	1.97
81246818--81246886	35	2.0	34	85	5	86	33	15	23	26	1.95
81248273--81248305	9	3.7	9	95	0	57	12	12	21	54	1.69
81251963--81252002	16	2.5	16	100	0	80	35	20	17	27	1.95
81259719--81259803	42	2.0	42	97	0	161	23	29	18	28	1.98
81260696--81260822	43	3.0	42	80	14	143	30	25	18	24	1.98
81261312--81261372	29	2.1	29	81	9	70	27	14	4	52	1.62
81262829--81263148	48	6.7	48	85	2	369	26	16	29	27	1.97
81262833--81263148	96	3.3	96	85	1	411	27	16	29	26	1.97
81262833--81263148	144	2.2	144	85	4	424	27	16	29	26	1.97
81271652--81271731	40	2.0	40	97	0	151	30	12	28	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81275059--81275138	33	2.3	35	87	4	110	26	21	28	23	1.99
81280951--81281043	40	2.4	39	82	10	109	27	23	16	32	1.96
81296600--81296777	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81296621--81296776	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81299344--81299467	46	2.7	46	72	7	115	25	26	17	29	1.98
81301896--81302003	34	3.2	34	74	0	108	43	11	14	30	1.81
81304464--81304504	19	2.2	19	86	0	55	31	4	0	63	1.15
81304643--81304668	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
81309023--81309477	131	3.5	130	92	2	693	35	20	17	26	1.95
81311203--81311274	35	2.0	36	97	2	137	58	13	16	11	1.63
81311967--81312005	20	2.0	20	90	10	62	51	7	0	41	1.31
81316216--81316267	17	2.9	17	88	5	68	15	5	3	75	1.14
81319141--81319304	87	1.9	87	89	0	256	47	1	37	14	1.52
81325485--81325511	13	2.1	13	100	0	54	40	29	7	22	1.81
81328230--81328461	49	4.7	49	81	3	266	28	28	18	25	1.98
81328230--81328461	100	2.3	99	83	4	279	28	28	18	25	1.98
81333356--81333468	28	3.9	28	73	18	97	26	25	20	27	1.99
81333366--81333506	60	2.3	60	85	6	178	26	25	19	27	1.99
81336001--81336053	26	2.0	25	82	10	61	41	5	1	50	1.36
81336895--81336925	16	1.9	16	93	0	53	9	9	29	51	1.66
81338515--81338552	14	2.6	15	84	16	53	0	39	2	57	1.12
81341035--81342123	393	2.8	393	99	0	2142	42	20	5	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81344864--81345120	40	6.5	40	89	1	322	25	28	22	23	1.99
81344890--81345120	40	5.8	40	91	0	329	25	29	22	22	1.99
81346670--81346837	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
81346693--81346837	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
81352351--81352401	24	2.1	24	96	0	93	21	25	7	45	1.79
81356132--81356157	11	2.4	11	100	0	52	15	19	0	65	1.27
81359374--81359546	40	4.3	40	88	3	215	25	27	21	25	1.99
81359374--81359599	80	2.8	79	80	7	233	25	27	21	25	1.99
81359531--81359608	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81360452--81360546	48	2.0	48	97	0	181	21	30	25	23	1.99
81360456--81360557	48	2.1	48	90	0	159	25	28	25	20	1.99
81382454--81382594	40	3.5	40	85	5	196	24	24	26	23	2.00
81385446--81386777	45	30.2	43	65	17	185	30	17	25	26	1.97
81385352--81387025	177	9.5	177	91	2	2400	30	17	25	26	1.97
81388911--81388987	41	1.9	40	94	2	136	38	5	9	46	1.58
81397858--81398230	27	13.8	27	85	4	457	27	21	9	41	1.84
81397858--81398225	108	3.4	108	90	1	542	27	21	9	41	1.84
81398235--81398430	27	7.3	27	84	0	239	35	19	19	25	1.96
81398602--81398688	27	3.3	26	88	4	120	17	22	24	35	1.95
81398806--81398907	6	16.8	6	78	17	95	22	16	11	49	1.78
81398831--81398907	24	3.2	24	85	7	111	22	15	11	50	1.76
81400704--81400770	29	2.3	30	92	5	118	43	10	5	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81413528--81413646	29	4.2	29	80	6	154	33	26	12	26	1.92
81424116--81424313	50	4.0	50	82	2	220	26	18	26	29	1.98
81444800--81444877	29	2.8	27	72	14	70	25	7	2	64	1.33
81447597--81447780	40	4.6	41	82	12	208	26	22	27	24	2.00
81447649--81447813	79	2.1	79	82	8	194	27	21	27	24	1.99
81455514--81455775	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
81461731--81461907	40	4.5	40	87	4	227	25	22	27	24	2.00
81461731--81461907	79	2.2	79	85	5	225	25	22	27	24	2.00
81469562--81469677	58	2.0	58	98	0	223	43	5	18	33	1.72
81491990--81492063	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
81499469--81499548	15	5.4	15	73	18	69	11	15	12	61	1.57
81499460--81499537	30	2.6	30	80	11	79	12	14	14	58	1.63
81514367--81514517	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96
81514366--81514517	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
81514367--81514517	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
81518338--81518398	31	2.0	31	100	0	122	21	9	26	42	1.84
81522219--81522394	67	2.6	67	92	0	280	28	22	28	20	1.98
81523017--81523216	27	7.4	27	86	2	240	25	20	18	36	1.95
81533009--81533186	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
81533030--81533185	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
81539722--81539862	67	2.1	67	88	2	203	31	23	25	19	1.98
81539887--81540163	67	4.1	67	96	0	493	31	21	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81539721--81540027	165	1.9	165	93	1	526	33	21	25	19	1.97
81539721--81540395	232	2.9	229	85	5	839	32	21	26	19	1.97
81540133--81540194	31	2.0	32	84	9	83	35	17	24	22	1.95
81540074--81540261	98	1.9	98	90	2	297	30	20	27	20	1.98
81540007--81540328	165	2.0	165	91	1	529	31	21	27	19	1.97
81539722--81540414	299	2.3	299	94	0	1206	31	21	26	19	1.97
81540172--81540414	67	3.6	67	98	0	459	30	22	29	18	1.97
81540344--81540395	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
81541044--81541215	27	6.4	27	85	2	211	24	20	19	35	1.96
81541044--81541215	54	3.2	54	84	0	236	24	20	19	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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