genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65158072--65158178	52	2.1	52	91	1	171	35	8	25	30	1.86
65158580--65158630	16	3.1	16	70	25	52	19	15	29	35	1.93
65159942--65160099	79	2.0	79	98	0	307	31	13	21	34	1.92
65161758--65161898	70	2.0	70	98	0	273	42	19	4	33	1.71
65163870--65164011	71	2.0	71	90	5	225	38	21	2	37	1.69
65166389--65166624	26	9.4	25	70	13	137	30	6	3	58	1.41
65166561--65166620	28	2.2	26	85	5	75	30	8	0	61	1.25
65166637--65166726	27	3.4	26	80	10	112	31	4	0	64	1.13
65166660--65166707	24	2.1	23	84	7	62	35	6	0	58	1.23
65177191--65177220	5	6.0	5	100	0	60	0	20	0	80	0.72
65179614--65179702	19	4.7	19	81	5	90	19	37	24	19	1.94
65179630--65179743	38	3.0	38	81	1	122	17	29	31	21	1.96
65179630--65179727	19	5.2	19	86	0	115	18	32	29	19	1.96
65179643--65179807	19	8.8	19	81	5	113	15	26	32	25	1.96
65179758--65179820	18	3.4	18	82	8	74	17	26	25	30	1.97
65181925--65182152	43	5.3	43	85	2	271	29	18	27	24	1.98
65181935--65182056	42	2.9	43	81	2	120	32	16	25	25	1.96
65181935--65182152	85	2.5	86	83	0	258	29	17	27	25	1.98
65197923--65198016	43	2.1	45	90	3	147	36	0	18	45	1.49
65197959--65198068	9	12.6	9	73	9	84	33	0	17	48	1.54
65197968--65198072	26	4.0	26	74	7	88	34	0	16	48	1.52
65197881--65198056	35	5.2	34	72	13	130	34	1	17	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65198205--65198259	15	3.8	15	77	18	71	56	0	1	41	1.10
65198446--65198540	24	4.0	24	92	0	154	42	6	20	31	1.77
65199210--65199244	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
65199466--65199493	14	2.0	14	100	0	56	35	7	35	21	1.81
65200746--65200784	16	2.6	14	88	11	60	38	2	33	25	1.70
65200777--65200836	23	2.6	23	81	7	68	35	3	40	21	1.70
65201450--65201483	6	5.7	6	100	0	68	85	14	0	0	0.60
65201914--65201969	22	2.6	22	82	2	69	41	30	0	28	1.57
65201916--65201969	14	3.8	14	80	7	56	42	29	0	27	1.56
65201975--65202023	13	3.6	14	78	13	57	38	34	8	18	1.80
65202039--65202108	22	3.2	22	70	23	58	41	30	4	24	1.74
65202504--65202690	41	4.6	41	88	2	259	22	20	19	36	1.95
65202504--65202690	81	2.3	82	89	1	286	22	20	19	36	1.95
65202545--65202711	41	4.1	41	85	2	149	23	19	17	39	1.92
65202879--65202963	43	2.0	43	97	0	161	24	11	20	43	1.85
65219713--65219944	40	5.8	40	93	0	385	25	31	22	20	1.98
65221792--65222249	49	9.4	49	97	0	832	28	30	7	33	1.85
65227722--65227874	3	51.3	3	92	3	256	64	0	1	33	1.05
65228855--65228887	14	2.3	15	89	5	50	0	15	12	72	1.12
65229419--65229849	45	9.6	45	71	7	252	28	22	18	30	1.97
65229465--65229853	134	2.9	133	82	2	458	28	22	18	30	1.98
65229852--65230700	88	9.7	87	86	2	1076	26	19	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65229879--65230635	44	17.2	44	62	15	197	27	19	24	28	1.99
65229877--65230700	439	1.9	440	89	2	1298	27	19	24	29	1.98
65243641--65243700	24	2.5	24	91	2	104	11	21	11	55	1.68
65255044--65255077	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
65258512--65258901	3	127.7	3	69	7	178	27	6	3	62	1.37
65258999--65259033	15	2.3	15	95	0	61	25	5	2	65	1.28
65260557--65260602	23	2.0	23	100	0	92	30	8	30	30	1.87
65264020--65264091	34	2.1	35	84	7	94	41	11	26	20	1.86
65266834--65266879	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
65277830--65277957	64	2.0	64	92	0	211	32	17	14	35	1.90
65278025--65278825	88	9.0	88	81	4	824	33	20	23	22	1.97
65278025--65278818	264	3.0	264	84	2	964	33	21	23	22	1.97
65278826--65278860	15	2.3	15	90	0	52	25	8	0	65	1.21
65281081--65281136	18	3.2	17	75	9	51	41	0	0	58	0.98
65292837--65292977	76	1.9	76	90	0	228	27	17	24	31	1.97
65292917--65293099	61	3.0	61	98	0	348	32	18	25	24	1.97
65293033--65293727	165	4.3	165	82	8	707	29	17	20	32	1.96
65293200--65293343	74	1.9	75	87	2	209	30	18	22	28	1.97
65293259--65293445	91	2.1	90	82	8	220	25	20	18	35	1.95
65293348--65293846	78	6.2	75	84	9	262	29	17	19	34	1.94
65293599--65293815	87	2.5	87	100	0	434	30	16	20	32	1.94
65295505--65295583	41	1.9	41	94	0	140	49	16	8	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65297655--65297707	26	2.0	26	82	13	65	26	13	22	37	1.91
65309259--65309430	93	1.8	93	81	7	215	27	17	29	25	1.97
65309354--65309478	49	2.6	47	88	3	169	29	17	28	24	1.97
65310584--65310652	28	2.5	28	73	4	68	20	24	37	17	1.93
65311183--65311230	25	1.9	25	100	0	96	31	4	27	37	1.76
65313597--65313722	27	4.7	27	78	0	126	17	20	22	39	1.92
65313680--65313736	27	2.1	27	80	6	62	19	12	22	45	1.83
65319141--65319258	56	2.1	56	96	0	218	45	9	23	21	1.80
65320706--65320982	47	5.8	47	88	3	385	33	9	29	27	1.88
65323629--65323689	17	3.4	17	66	16	50	52	16	3	27	1.59
65323627--65323702	38	2.1	38	92	5	129	51	17	2	28	1.59
65323756--65323796	21	2.0	21	85	0	55	21	9	14	53	1.70
65323808--65323866	29	2.0	29	86	3	82	49	6	8	35	1.60
65324773--65324954	98	1.9	98	81	3	224	45	11	12	30	1.77
65324673--65325036	97	3.8	97	74	4	265	42	10	12	34	1.77
65333466--65333491	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
65334378--65334403	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
65342281--65342331	16	3.4	16	68	15	54	29	31	3	35	1.76
65344922--65345020	49	2.0	49	80	7	112	17	19	36	27	1.94
65346324--65346353	14	2.1	14	100	0	60	33	13	0	53	1.40
65348144--65348615	48	9.8	48	96	0	827	34	7	28	29	1.84
65355947--65355972	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65356805--65356932	61	2.1	60	81	9	145	21	20	31	26	1.98
65359218--65359285	34	2.0	34	85	5	93	29	23	26	20	1.99
65372638--65372671	17	2.1	16	88	5	50	29	5	0	64	1.17
65373513--65373537	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
65373968--65374338	194	1.9	194	84	5	491	43	12	10	32	1.77
65373963--65374420	195	2.4	195	80	8	490	44	11	11	32	1.76
65376754--65376806	27	2.0	27	96	0	97	62	9	1	26	1.36
65378993--65379034	19	2.3	18	87	4	57	23	7	2	66	1.28
65378987--65379039	25	2.2	24	86	3	70	22	5	3	67	1.28
65378818--65379069	3	85.7	3	63	12	60	27	8	5	58	1.49
65379356--65379398	17	2.5	17	85	14	54	32	9	2	55	1.44
65379456--65379515	29	2.0	31	81	15	74	28	5	10	56	1.53
65391967--65392053	43	2.0	44	88	2	131	36	21	19	21	1.95
65392537--65392656	44	2.8	44	75	7	129	34	22	22	20	1.97
65394158--65394215	17	3.4	17	76	11	55	34	1	8	55	1.41
65394257--65394298	19	2.3	18	87	4	57	23	7	2	66	1.28
65394251--65394303	25	2.2	24	86	3	70	22	5	3	67	1.28
65394079--65394333	3	86.7	3	63	12	66	27	7	5	58	1.48
65394625--65394681	29	1.9	29	83	16	73	29	10	5	54	1.56
65394721--65394780	29	2.0	31	81	15	74	28	5	10	56	1.53
65396041--65396376	97	3.4	98	70	8	243	43	11	10	34	1.76
65398170--65398221	27	2.0	26	96	3	95	57	11	3	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65398178--65398220	14	3.1	14	73	6	52	55	11	4	27	1.55
65399148--65399454	98	3.1	95	72	8	251	43	12	11	32	1.77
65399211--65399477	97	2.7	96	72	6	232	44	13	10	31	1.78
65399106--65399575	195	2.4	195	80	5	522	43	13	11	31	1.79
65403376--65403459	26	3.2	26	94	3	143	35	3	23	36	1.73
65403550--65403590	21	2.0	21	100	0	82	41	14	19	24	1.89
65405083--65405153	27	2.6	27	90	0	106	18	26	22	32	1.97
65405081--65405189	27	4.1	26	78	10	105	19	22	22	35	1.96
65409174--65409257	26	3.2	26	94	3	143	35	3	23	36	1.73
65410678--65410727	26	1.9	26	91	0	82	32	22	16	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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