genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16399245--16399347	43	2.4	43	86	0	152	30	30	16	23	1.96
16400323--16400353	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
16401945--16402012	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
16401834--16402161	174	1.9	174	97	0	620	31	24	13	30	1.94
16402121--16402192	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
16405438--16405516	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
16405688--16406333	47	13.3	47	89	5	871	30	26	8	34	1.86
16405698--16406331	51	13.0	50	89	4	862	30	26	8	34	1.87
16405698--16406331	247	2.6	244	92	3	1055	30	26	8	34	1.87
16411104--16411148	18	2.7	15	83	16	54	51	0	17	31	1.46
16411281--16411381	38	2.6	38	73	7	87	23	19	26	29	1.98
16413544--16413731	43	4.4	43	80	6	202	27	17	26	29	1.97
16413567--16413780	43	5.0	43	82	6	229	26	16	27	29	1.97
16420970--16421087	39	3.0	38	80	7	137	26	17	27	27	1.98
16420985--16421115	40	3.3	40	83	3	167	24	19	29	27	1.98
16420968--16421148	79	2.3	78	79	9	197	27	18	27	27	1.98
16428430--16428614	40	4.7	40	82	6	216	23	21	28	26	1.99
16428431--16428612	79	2.3	81	81	7	212	24	21	28	25	1.99
16428483--16428647	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
16431597--16431726	47	2.8	47	88	4	174	23	16	26	33	1.96
16432329--16432372	22	2.0	22	82	8	54	27	2	25	45	1.65
16446024--16446101	26	3.0	25	77	7	84	37	20	20	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16454507--16454565	30	2.0	30	86	0	82	33	8	22	35	1.84
16455100--16455186	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
16458847--16458904	21	2.8	21	79	10	64	25	27	34	12	1.91
16463542--16463582	17	2.4	17	87	0	55	7	21	46	24	1.77
16481910--16482005	40	2.4	39	81	13	115	30	28	15	26	1.96
16485971--16487491	541	2.8	542	91	1	2557	33	11	17	36	1.87
16487493--16489067	541	2.9	542	95	0	2814	33	10	18	37	1.86
16491353--16492260	40	22.7	40	98	0	1762	30	20	27	22	1.98
16493637--16496067	541	4.4	542	92	2	3649	32	12	18	36	1.89
16495543--16495935	196	2.0	196	98	0	759	36	14	16	32	1.89
16496719--16496783	12	5.4	12	83	10	71	29	0	49	21	1.50
16498246--16498291	19	2.4	19	100	0	92	17	28	32	21	1.96
16498403--16498456	27	2.0	27	82	7	65	33	16	18	31	1.93
16504529--16504926	68	5.9	68	85	1	483	35	19	23	22	1.96
16507388--16507616	48	4.9	48	73	7	227	27	25	20	26	1.99
16509495--16509551	29	2.0	29	89	0	87	38	10	15	35	1.82
16510639--16510678	20	2.0	20	100	0	80	20	15	30	35	1.93
16513308--16513438	66	2.0	66	86	3	183	25	25	19	29	1.98
16514643--16515266	313	2.0	313	88	2	923	34	18	18	28	1.95
16522540--16522569	11	2.7	11	94	0	51	30	40	6	23	1.80
16524004--16524171	27	6.1	29	73	15	99	33	8	18	39	1.82
16524095--16524238	54	2.7	55	81	4	141	38	7	19	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16524131--16524290	81	2.0	80	81	3	187	41	7	19	31	1.79
16524157--16524342	81	2.3	81	83	1	221	40	6	22	30	1.79
16524158--16524342	27	6.9	27	86	2	192	41	6	22	30	1.79
16535947--16536051	27	3.9	27	84	9	133	37	21	24	16	1.93
16536578--16536658	40	2.0	40	100	0	162	48	17	2	32	1.60
16536586--16536652	20	3.2	23	60	24	56	44	19	2	32	1.66
16541567--16541606	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
16541596--16541642	14	3.8	12	84	15	60	68	0	0	31	0.90
16541601--16541675	15	5.3	14	78	12	73	64	0	2	33	1.08
16541603--16541727	13	10.9	12	67	19	56	60	0	4	34	1.21
16541657--16541690	17	2.0	17	88	11	52	64	0	8	26	1.22
16541596--16541724	11	11.4	11	66	21	52	61	0	3	34	1.20
16543269--16543824	206	2.7	206	91	1	898	28	23	17	30	1.97
16548501--16548626	42	3.0	41	80	10	141	29	24	14	31	1.94
16548586--16548708	47	2.7	46	83	3	149	29	26	16	28	1.97
16548733--16548910	31	5.7	31	85	0	221	28	26	17	28	1.98
16549167--16549241	31	2.4	31	93	0	123	28	28	13	30	1.94
16549278--16549447	31	5.5	31	86	0	169	28	26	16	28	1.97
16549270--16549447	62	2.9	62	83	0	230	28	26	17	28	1.98
16549425--16550301	50	17.5	50	98	0	1675	26	23	14	35	1.93
16551449--16551473	13	1.9	13	100	0	50	36	32	0	32	1.58
16566695--16566739	18	2.5	18	85	7	56	35	6	33	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16569519--16570403	48	18.4	48	90	4	1421	34	8	27	29	1.86
16569519--16570403	96	9.2	96	96	2	1636	34	8	27	29	1.86
16570579--16570678	37	2.7	37	95	0	173	24	18	33	25	1.97
16571491--16571523	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
16573542--16573593	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
16574218--16574629	27	15.3	26	82	8	379	24	20	18	36	1.95
16574218--16574628	54	7.6	54	85	0	545	24	20	18	36	1.95
16574218--16574628	81	5.1	81	88	0	545	24	20	18	36	1.95
16574583--16574764	27	6.7	27	83	2	197	31	12	19	37	1.88
16574613--16574764	27	5.6	27	86	1	198	31	9	19	38	1.85
16574611--16574764	54	2.9	54	88	1	220	32	9	19	38	1.84
16576317--16576382	17	3.9	17	95	0	114	16	34	34	13	1.88
16581915--16582089	46	3.8	46	75	15	173	30	28	18	22	1.97
16581923--16582093	93	1.8	92	88	3	263	29	29	19	22	1.98
16581965--16582108	46	3.1	46	72	14	134	29	28	19	22	1.98
16586130--16586162	14	2.3	15	89	5	50	39	0	0	60	0.97
16586221--16586285	34	1.9	34	90	0	103	53	6	9	30	1.57
16595503--16595532	12	2.5	12	94	0	51	26	30	33	10	1.89
16602663--16602710	10	4.6	10	87	10	60	58	4	0	37	1.18
16602668--16602711	22	2.0	22	95	0	79	59	2	0	38	1.10
16606333--16606390	29	2.0	29	86	3	80	48	13	5	32	1.65
16607453--16607488	17	2.1	17	94	0	63	25	33	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16613765--16613858	42	2.2	42	92	0	152	27	23	18	30	1.97
16622816--16622874	25	2.4	25	78	16	68	62	0	28	8	1.24
16623424--16623467	22	2.0	22	81	0	52	56	4	0	38	1.20
16626577--16626611	15	2.2	16	90	5	54	34	8	5	51	1.56
16630020--16630238	46	4.7	47	79	10	236	21	19	27	31	1.98
16630017--16630187	93	1.8	93	91	2	281	22	20	27	29	1.98
16630463--16630500	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
16637595--16637954	46	7.7	47	75	16	340	21	21	28	28	1.99
16637595--16637951	93	3.8	93	97	0	651	21	21	29	28	1.98
16638181--16638218	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
16646311--16646363	23	2.3	22	78	9	61	62	7	15	15	1.53
16647311--16647335	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
16655271--16655352	41	2.0	41	97	0	155	29	19	20	30	1.97
16656122--16656167	22	2.1	21	84	4	56	23	8	10	56	1.61
16664117--16664178	31	2.0	32	87	6	92	43	11	0	45	1.40
16664762--16664795	10	3.4	10	83	0	50	67	2	2	26	1.19
16664805--16664855	26	1.9	26	84	4	66	66	0	5	27	1.14
16675528--16675601	25	2.9	25	80	6	78	31	13	9	45	1.75
16686604--16686781	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16686625--16686780	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16700448--16700485	19	2.0	19	89	0	58	50	7	13	28	1.69
16710805--16710851	21	2.3	21	96	3	87	19	21	38	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16712078--16712150	11	6.6	10	73	23	58	23	1	2	72	1.05
16712052--16712179	56	2.3	55	84	2	166	23	3	3	69	1.19
16714653--16714781	48	2.7	48	82	0	150	24	19	21	34	1.97
16725204--16725297	25	3.8	25	76	5	91	30	25	20	23	1.98
16744483--16744522	5	7.6	5	97	2	62	17	62	0	20	1.33
16747909--16747982	38	1.9	38	94	0	130	54	5	6	33	1.50
16747920--16747981	18	3.3	18	68	16	54	53	4	6	35	1.48
16748828--16748895	30	2.3	29	76	14	68	41	5	1	51	1.35
16751992--16752044	25	2.3	23	87	9	72	73	1	0	24	0.93
16761573--16761597	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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