genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60363583--60363755	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
60363580--60363750	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
60363980--60364017	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
60366457--60366484	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
60370837--60370877	22	2.0	21	90	9	66	41	9	9	39	1.71
60370973--60371063	33	2.8	33	81	0	110	16	20	14	48	1.81
60371214--60371328	58	2.0	57	81	5	133	22	26	9	40	1.85
60373391--60373437	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
60373793--60374121	50	6.5	50	80	4	304	26	16	27	29	1.97
60373845--60374142	100	3.0	100	83	2	337	26	17	27	28	1.98
60374332--60374363	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
60377820--60377863	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
60377820--60377878	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
60382839--60383103	40	6.7	40	85	5	295	25	27	21	25	1.99
60383035--60383112	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60384599--60384627	14	2.1	14	100	0	58	31	27	6	34	1.83
60385564--60386017	50	9.0	50	75	5	360	26	16	25	31	1.96
60385564--60386017	101	4.5	101	76	6	362	26	16	25	31	1.96
60385577--60386014	151	2.9	151	84	1	536	25	16	25	31	1.96
60386534--60386859	180	1.8	180	89	0	517	38	9	18	33	1.83
60391356--60391390	17	2.1	17	89	5	54	28	20	5	45	1.73
60400740--60400783	21	2.1	21	100	0	88	22	13	9	54	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60402780--60402952	93	1.9	93	87	0	256	24	20	26	28	1.99
60402785--60402959	46	3.8	46	69	13	142	24	20	25	29	1.99
60405110--60405281	86	2.0	86	96	0	317	34	9	28	27	1.88
60409896--60410068	46	3.8	46	93	2	276	21	19	30	29	1.97
60416845--60416905	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
60417616--60417787	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
60417640--60417823	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
60418833--60418864	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
60430813--60430912	43	2.3	42	83	6	112	23	18	27	32	1.97
60433345--60433375	15	2.0	16	93	6	55	35	0	32	32	1.58
60435804--60435857	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
60435858--60435949	27	3.4	27	87	0	112	26	20	18	34	1.96
60451587--60451638	23	2.2	24	83	10	63	36	0	28	34	1.58
60464140--60464402	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
60464140--60464402	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
60464334--60464411	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60472086--60472348	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
60472086--60472348	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
60472280--60472357	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60476276--60476403	66	1.9	66	81	9	154	18	25	26	28	1.98
60476944--60476990	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
60478773--60478852	42	1.9	42	86	0	115	21	21	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60478904--60478986	43	1.9	43	82	4	105	22	19	32	25	1.97
60481995--60482168	87	2.0	87	98	0	339	36	20	20	22	1.95
60485671--60485735	15	4.3	15	78	2	67	12	9	15	63	1.52
60488755--60488866	43	2.6	43	77	12	113	21	16	30	31	1.96
60492524--60492657	50	2.7	50	84	0	160	30	17	22	29	1.96
60493831--60493904	35	2.1	35	100	0	148	29	9	18	41	1.82
60504199--60504260	28	2.2	28	78	13	67	48	4	1	45	1.33
60509379--60509447	6	11.5	6	95	0	93	66	10	0	23	1.21
60513466--60513714	54	4.6	54	81	5	279	21	22	18	37	1.94
60513693--60513814	47	2.6	47	96	0	217	27	24	11	36	1.90
60513786--60513948	47	3.5	48	78	9	167	21	23	19	34	1.96
60517906--60518081	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
60517903--60518074	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
60537927--60538075	43	3.5	41	75	8	122	31	24	18	26	1.97
60547722--60547777	18	3.1	18	78	0	58	41	12	5	41	1.66
60547784--60547852	19	3.7	19	82	3	95	49	13	5	31	1.65
60548080--60548114	12	2.9	12	91	0	52	42	14	22	20	1.88
60557868--60557920	20	2.7	20	90	0	88	15	30	33	20	1.93
60576701--60576955	55	4.8	54	78	9	251	36	18	23	21	1.94
60576712--60576908	108	1.8	110	86	4	292	35	17	24	22	1.96
60577148--60577178	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60593112--60593704	47	12.6	47	94	0	1015	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60599824--60599987	43	3.8	43	79	2	170	29	15	23	32	1.95
60607563--60607649	43	2.0	43	88	0	129	26	11	25	36	1.90
60607576--60607723	43	3.4	43	80	1	136	27	14	25	33	1.94
60608809--60608881	30	2.4	30	95	0	128	10	21	38	28	1.88
60612384--60612434	26	2.0	26	100	0	102	23	35	25	15	1.94
60619834--60620700	67	13.0	67	98	0	1659	28	17	31	22	1.97
60628773--60628888	55	2.1	55	85	3	153	23	31	25	18	1.97
60629676--60629794	44	2.6	47	80	6	129	26	29	19	25	1.98
60629717--60629888	47	3.7	47	75	11	163	23	29	19	27	1.98
60629717--60629940	94	2.4	95	82	3	267	23	29	19	27	1.98
60634785--60634870	43	2.0	43	90	0	136	18	32	23	25	1.97
60636539--60636602	31	2.1	31	93	0	110	40	26	6	26	1.79
60637161--60637463	47	6.4	47	73	12	212	24	28	20	27	1.99
60637202--60637519	94	3.4	93	80	7	342	24	28	20	27	1.99
60652993--60653101	37	2.9	37	89	2	166	28	31	18	22	1.97
60653252--60653348	50	1.9	50	87	4	142	28	24	9	37	1.86
60653333--60653498	47	3.5	47	89	0	224	27	28	9	34	1.87
60659811--60659841	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
60660281--60660334	21	2.6	21	87	0	72	42	18	7	31	1.78
60663710--60663780	16	4.4	16	89	7	108	35	8	28	28	1.86
60663953--60664077	59	2.2	57	81	12	141	50	4	1	43	1.33
60664463--60664547	43	2.0	43	90	0	134	31	24	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60664539--60664602	31	2.1	31	100	0	128	42	28	6	23	1.78
60668662--60668820	68	2.3	70	87	5	223	48	5	33	12	1.63
60682783--60682815	9	3.5	10	88	12	52	39	0	0	60	0.97
60682785--60682826	9	5.0	8	86	13	50	45	0	0	54	0.99
60691769--60691914	46	3.0	46	71	14	132	31	27	15	26	1.95
60692997--60693084	21	4.1	22	72	10	74	35	23	23	17	1.95
60693255--60693345	23	3.7	23	71	16	67	48	30	4	16	1.66
60693289--60693372	28	3.0	28	87	1	123	47	29	2	20	1.62
60699549--60699655	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
60703278--60703331	27	2.0	27	92	7	92	31	7	7	53	1.56
60707193--60707261	22	3.1	23	79	8	81	43	15	21	18	1.88
60707243--60707300	25	2.3	25	93	0	98	41	15	20	22	1.90
60707578--60707631	26	2.1	26	96	0	99	40	14	11	33	1.82
60712585--60712743	42	3.8	42	84	2	203	30	23	15	30	1.95
60715396--60715489	40	2.4	39	82	5	109	36	37	11	14	1.83
60717998--60718036	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
60718925--60719080	43	3.7	42	77	13	167	25	17	26	30	1.97
60725543--60725598	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
60727039--60727129	45	2.0	45	91	0	146	24	32	10	31	1.90
60730450--60730480	12	2.6	12	94	0	53	12	48	25	12	1.77
60733625--60733680	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
60741456--60741573	35	3.4	34	74	6	87	24	11	20	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60749079--60749173	35	2.8	35	80	3	104	26	9	16	47	1.77
60755424--60755599	50	3.5	49	82	7	194	24	18	28	28	1.98
60760648--60760702	24	2.3	24	96	0	101	18	14	43	23	1.87
60760909--60760947	12	3.2	12	82	13	53	69	0	7	23	1.14
60760909--60760956	24	2.0	25	87	4	71	70	0	6	22	1.09
60764896--60764935	20	2.0	20	100	0	80	25	10	15	50	1.74
60770121--60770160	21	1.9	21	84	0	53	22	7	5	65	1.38
60781979--60782003	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
60788597--60788625	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
60791359--60791502	73	2.0	73	90	0	225	20	27	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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