genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338487--338545	31	1.9	31	83	13	77	44	11	15	28	1.82
346584--346614	14	2.2	14	94	0	53	48	12	22	16	1.80
348989--349039	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
349689--349952	142	1.9	138	83	4	341	27	19	28	24	1.99
349689--349952	49	5.6	48	78	10	233	27	19	28	24	1.99
352468--352513	24	2.0	23	91	4	74	50	23	0	26	1.50
353414--353454	18	2.3	18	86	0	55	43	26	4	24	1.74
355043--355167	56	2.2	56	91	0	196	35	20	16	27	1.94
367156--367203	20	2.3	22	85	7	64	60	20	18	0	1.36
367579--367695	27	4.4	27	83	1	146	36	17	20	24	1.94
375093--375192	27	3.7	27	82	6	141	38	19	19	24	1.94
385630--385804	40	4.4	40	94	0	287	21	20	29	28	1.98
388201--388343	40	3.6	40	90	1	207	22	20	27	28	1.99
401584--401769	40	4.7	40	87	5	243	25	27	22	24	1.99
404479--404507	10	2.9	10	100	0	58	37	10	20	31	1.86
407526--407580	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
409655--409696	12	3.7	11	84	6	50	14	2	2	80	0.90
409650--409687	13	2.9	13	80	11	51	21	7	2	68	1.28
413969--414019	13	3.9	13	81	0	57	70	9	3	15	1.29
413966--414019	14	4.1	13	86	11	74	66	11	5	16	1.40
414059--414112	15	3.5	16	90	7	85	66	5	11	16	1.40
425694--425747	28	1.9	28	85	7	74	70	5	12	11	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
426198--426233	17	2.0	18	89	10	56	22	0	2	75	0.94
433392--433434	18	2.3	19	84	8	61	44	2	0	53	1.13
434867--434927	18	3.2	18	73	13	59	37	4	37	19	1.74
434881--434930	18	2.8	18	90	0	82	38	4	36	22	1.73
435385--435417	17	1.9	17	93	0	57	21	18	9	51	1.73
435971--436016	21	2.2	21	92	0	74	47	6	10	34	1.64
438634--438672	17	2.3	17	81	0	51	53	12	10	23	1.69
439519--439600	41	2.0	41	95	0	146	26	17	26	29	1.97
445813--445873	30	2.0	30	100	0	122	37	9	16	36	1.82
454518--454579	26	2.4	26	91	0	97	38	11	16	33	1.84
454518--454593	26	2.9	26	84	3	82	40	9	18	31	1.82
460694--460787	27	3.5	27	86	5	145	46	17	20	15	1.84
460672--460787	54	2.1	54	90	0	178	45	17	19	17	1.85
460963--461039	26	3.0	26	88	0	118	14	20	25	38	1.91
461147--461204	30	1.9	30	92	0	98	25	22	24	27	2.00
461487--461554	32	2.1	32	97	0	127	39	7	22	30	1.81
470890--470936	24	2.0	22	84	15	60	55	17	0	27	1.42
488759--488810	17	3.1	17	77	2	61	19	15	13	51	1.75
489817--489861	22	2.0	22	87	8	65	53	20	0	26	1.46
494712--494803	47	2.0	47	100	0	184	63	6	4	26	1.38
495759--495796	13	3.0	13	96	3	69	31	31	7	28	1.86
497169--497207	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
497596--497621	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
498506--498553	9	5.1	9	85	5	60	79	0	4	16	0.89
498509--498554	10	4.7	10	89	5	67	82	0	4	13	0.81
498508--498554	19	2.5	19	85	0	58	80	0	4	14	0.85
499633--499688	21	2.7	20	81	8	67	71	0	16	12	1.15
499625--499676	27	1.9	27	84	0	68	75	1	15	7	1.12
499603--499677	6	12.0	6	72	13	53	73	1	18	6	1.12
499695--499734	18	2.3	18	82	4	55	65	5	20	10	1.42
499695--499744	17	2.9	17	77	8	57	62	4	24	10	1.44
499681--499776	36	2.8	34	79	14	92	56	4	26	13	1.55
499702--499776	16	4.6	16	72	26	52	56	2	29	12	1.49
501009--501047	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
501436--501461	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
510469--510530	30	2.1	30	87	0	88	33	8	9	48	1.65
511180--511240	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
520846--521149	145	2.1	145	98	0	592	34	21	6	37	1.79
524081--524183	43	2.4	43	88	1	143	32	23	17	27	1.97
524303--524386	31	2.7	31	79	1	98	41	15	10	32	1.81
533439--533555	62	1.9	59	82	5	144	47	5	4	43	1.45
533531--533577	17	2.6	18	81	18	53	51	6	2	40	1.39
535028--535066	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
535269--535413	50	2.9	49	81	5	159	22	27	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
544017--544064	15	3.3	14	88	5	69	79	0	16	4	0.89
544013--544064	21	2.5	21	90	3	79	76	0	19	3	0.93
546474--546498	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
551227--551266	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
551696--551885	41	4.6	40	78	7	209	37	26	14	22	1.92
551650--551884	125	1.9	128	83	4	316	35	26	15	22	1.94
560301--560379	18	4.4	18	78	0	86	30	26	35	7	1.84
560304--560372	36	1.9	36	91	5	113	30	24	36	8	1.86
564365--564427	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
588800--588828	14	2.1	14	100	0	58	41	13	20	24	1.89
592592--592621	12	2.5	12	94	0	51	26	43	26	3	1.70
595981--596155	40	4.4	40	84	5	205	25	21	28	24	1.99
595981--596155	79	2.2	79	83	6	212	25	21	28	24	1.99
596671--597322	326	2.0	327	98	0	1270	36	9	19	33	1.86
599000--599024	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
603866--604025	40	4.0	39	87	6	216	24	23	27	24	2.00
603869--604040	79	2.2	79	84	6	215	26	23	25	24	2.00
610501--610684	40	4.6	40	84	2	235	25	23	26	25	2.00
613794--613848	26	2.1	26	100	0	110	38	14	0	47	1.45
614188--614245	26	2.3	26	93	3	100	58	6	18	15	1.59
616051--616089	19	2.0	20	95	5	71	46	5	7	41	1.55
617316--617354	18	2.2	18	86	9	53	41	2	2	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
621059--621104	23	2.0	23	91	0	74	60	13	6	19	1.54
624223--624262	18	2.2	18	90	0	62	45	2	35	17	1.62
626871--626914	19	2.3	21	81	18	60	45	2	4	47	1.35
628608--628640	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
630562--630612	20	2.5	20	77	0	57	62	5	1	29	1.29
630570--630633	19	3.3	19	82	8	58	57	4	1	35	1.29
630582--630639	19	3.0	19	82	7	64	53	3	1	41	1.28
630647--630696	19	2.7	18	81	9	55	70	4	0	26	1.05
630777--630808	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
635025--635089	32	2.0	32	84	0	85	29	18	6	46	1.73
640565--640607	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
643521--643550	5	5.8	5	92	7	51	3	20	0	76	0.92
643521--643552	11	3.0	11	95	4	57	6	18	0	75	1.01
644151--644191	21	2.0	21	90	0	64	21	36	17	24	1.94
645720--645753	16	2.2	15	89	5	50	17	2	0	79	0.86
645880--645957	35	2.3	33	78	6	84	35	12	3	47	1.60
648538--648567	7	4.3	7	95	0	51	30	0	10	60	1.30
663797--663835	21	1.9	20	84	5	51	12	33	30	23	1.92
664574--664606	17	1.9	17	93	0	57	33	36	24	6	1.80
671737--671776	20	2.0	20	100	0	80	35	25	15	25	1.94
671739--671783	20	2.2	20	92	0	72	40	24	11	24	1.87
674039--674096	25	2.3	25	81	0	71	34	24	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675844--676139	46	6.4	46	76	11	221	26	20	29	23	1.99
675791--676139	138	2.5	138	90	1	538	26	19	30	23	1.98
679433--679567	45	3.0	45	93	2	227	25	28	22	22	1.99
686992--687102	43	2.6	42	80	11	118	21	29	19	28	1.98
687125--687151	13	2.1	13	100	0	54	14	33	29	22	1.94
687080--687196	58	2.0	58	86	3	164	24	28	23	23	2.00
687138--687224	45	1.9	45	95	0	156	24	28	25	21	1.99
688198--688234	18	2.1	17	90	5	56	40	8	35	13	1.74
693386--693416	7	4.4	7	95	0	53	70	0	16	12	1.16
694258--694535	94	2.9	92	81	8	301	25	19	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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