Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  202  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67547172--67547371
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1.25
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2
2
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58
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0
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10.5
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0
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3.3
18
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50
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20
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2.3
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3.5
15
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2
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1
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47
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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1
0
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26
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129
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2003
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19
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19
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2
5
58
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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60
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0
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1.22
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1.9
21
85
10
55
17
5
5
72
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
67709611--67709670
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19
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27
29
21
1.99
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0
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11
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5
4
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0
4
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0
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0
0
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0.91
67746558--67746591
18
1.9
17
94
5
59
0
58
0
41
0.98
67746651--67746700
25
2.0
25
84
0
64
6
32
4
58
1.41
67749503--67749569
34
1.9
35
87
3
100
46
11
8
32
1.72
67750768--67750809
22
1.9
22
95
0
75
38
4
11
45
1.62
67751551--67751577
13
2.1
13
100
0
54
44
0
33
22
1.53
67755736--67755845
44
2.4
46
83
3
134
35
14
21
28
1.93
67760234--67760311
41
1.9
41
89
0
120
28
21
20
29
1.98
67760229--67760615
44
8.6
45
75
9
265
29
23
18
29
1.97
67762381--67762415
11
3.1
11
88
8
52
0
25
0
74
0.82
67762380--67762418
12
3.2
12
88
3
51
0
28
0
71
0.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67762862--67762899
17
2.4
17
86
8
53
21
0
2
76
0.91
67763017--67763054
17
2.3
17
90
4
60
34
0
0
65
0.93
67763144--67763195
26
2.2
25
80
19
58
34
0
7
57
1.27
67763422--67763463
17
2.5
17
80
7
50
28
2
14
54
1.52
67763432--67763484
27
2.0
27
82
7
65
32
5
13
49
1.65
67767176--67767211
18
2.0
18
100
0
72
27
27
38
5
1.79
67776084--67776226
73
2.0
73
90
2
225
28
17
23
30
1.97
67776299--67776332
14
2.4
14
90
0
50
17
14
5
61
1.52
67776159--67776677
91
5.9
88
82
8
579
27
16
19
35
1.94
67776159--67776677
179
2.9
173
83
7
589
27
16
19
35
1.94
67776477--67776511
17
2.1
17
88
0
52
17
8
0
74
1.06
67778928--67778965
17
2.4
17
86
8
53
21
0
2
76
0.91
67779081--67779119
17
2.3
17
90
0
60
33
0
2
64
1.08
67779210--67779261
26
2.2
25
80
19
58
34
0
7
57
1.27
67779489--67779530
17
2.5
17
80
7
50
28
2
14
54
1.52
67779499--67779551
27
2.0
27
82
7
65
32
5
13
49
1.65
67794744--67794861
38
3.1
35
74
19
96
65
8
4
22
1.38
67799967--67800008
22
2.0
22
86
9
61
54
0
4
40
1.21
67801475--67801519
23
2.0
23
82
8
56
55
4
6
33
1.46
67801484--67801527
24
2.0
24
86
13
67
54
4
9
31
1.52
67801859--67802014
78
2.0
78
98
0
303
50
11
8
28
1.69
67802316--67802384
19
3.5
20
73
15
63
60
1
8
28
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67806276--67806349
21
3.5
21
80
7
78
32
14
21
31
1.94
67809817--67809874
29
2.0
29
100
0
116
37
10
13
37
1.79
67809822--67809880
29
2.1
27
87
9
84
42
10
10
37
1.73
67809991--67810163
46
3.7
46
78
11
167
29
17
29
23
1.97
67810085--67810204
46
2.7
44
80
11
136
28
17
30
24
1.97
67812486--67812634
31
4.8
31
92
0
235
27
20
26
25
1.99
67812653--67812775
47
2.6
47
83
1
149
30
15
25
29
1.96
67815545--67815674
39
3.3
39
91
2
208
25
30
23
20
1.98
67816971--67817868
39
23.0
39
99
0
1760
23
30
25
20
1.98
67823112--67823156
11
3.9
11
80
11
54
35
0
2
62
1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284