genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79568800--79568926	45	2.9	45	80	8	129	23	26	23	25	2.00
79569247--79569453	43	4.8	43	90	0	315	29	31	24	14	1.94
79577173--79577350	46	3.8	46	78	4	196	28	27	21	22	1.99
79577181--79577352	93	1.8	93	89	0	272	27	28	21	22	1.99
79580510--79580583	37	2.0	37	100	0	148	48	27	10	13	1.75
79591293--79591395	27	3.8	27	84	5	127	24	21	12	41	1.87
79593915--79593949	17	2.1	17	100	0	70	42	11	28	17	1.83
79594377--79594595	46	4.7	46	80	8	167	29	18	29	22	1.97
79598177--79598225	26	2.0	24	88	8	71	26	4	4	65	1.29
79599697--79599973	130	2.1	129	82	5	335	29	18	17	33	1.94
79603234--79603328	47	2.0	47	95	0	172	28	23	25	23	1.99
79609806--79609977	93	1.8	93	91	2	283	27	30	22	20	1.98
79609798--79609973	46	3.8	46	82	5	203	28	29	21	20	1.98
79609849--79609992	46	3.1	45	74	15	141	28	30	20	20	1.98
79614505--79615225	132	5.5	132	89	1	1000	27	17	25	29	1.98
79618764--79619098	130	2.6	129	81	6	390	29	18	17	34	1.94
79626207--79626378	49	3.6	47	77	9	163	24	20	30	24	1.99
79626201--79626378	93	1.9	95	85	9	249	23	20	30	25	1.98
79627691--79627732	22	2.0	22	90	4	68	11	40	26	21	1.88
79632656--79632792	42	3.2	41	77	6	130	27	25	18	28	1.98
79635919--79636054	27	5.0	27	85	0	182	22	22	16	39	1.92
79638187--79638254	34	2.0	34	97	0	127	33	14	5	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79638905--79639094	50	3.8	50	83	4	231	22	29	20	28	1.98
79641701--79641748	24	2.0	24	95	0	87	39	16	20	22	1.92
79641783--79641981	51	3.9	51	93	1	328	32	13	25	28	1.94
79644835--79644954	29	4.2	29	88	1	179	29	29	14	27	1.95
79649266--79649390	29	4.3	29	85	1	171	28	30	14	27	1.95
79649601--79649635	16	2.2	16	94	0	61	8	17	20	54	1.68
79651517--79651813	150	2.0	150	99	0	585	39	21	11	27	1.88
79653149--79653285	43	3.2	43	84	6	147	22	29	20	27	1.99
79653177--79653300	43	2.9	43	91	1	187	21	31	21	25	1.98
79653178--79653341	86	1.9	85	80	8	190	23	29	21	25	1.99
79660988--79661044	20	2.7	21	81	13	64	59	1	5	33	1.30
79661080--79661117	19	2.0	19	85	10	51	65	0	0	34	0.93
79662509--79663065	206	2.7	206	94	0	952	29	24	17	29	1.97
79676484--79676525	19	2.2	19	83	8	50	38	7	7	47	1.58
79676495--79676532	19	2.0	19	100	0	76	31	5	5	57	1.43
79677097--79677134	19	2.0	19	85	10	51	65	0	0	34	0.93
79693120--79693226	42	2.5	42	83	1	124	25	28	19	26	1.99
79693118--79693257	42	3.3	42	80	7	113	25	27	19	27	1.99
79696255--79696279	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
79698318--79698387	27	2.6	27	83	0	86	28	11	21	38	1.88
79698375--79698427	27	2.0	27	88	0	79	20	7	30	41	1.80
79699443--79699482	20	2.0	20	95	0	71	40	20	17	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79707224--79707278	29	1.9	28	96	3	101	18	23	25	32	1.97
79712413--79712481	15	4.6	15	79	0	75	11	15	13	59	1.61
79712404--79712483	30	2.7	30	86	0	106	11	16	15	57	1.65
79715912--79716018	53	2.0	53	98	0	205	28	5	21	44	1.74
79730960--79731085	39	3.2	39	86	0	171	23	19	27	28	1.99
79730960--79731103	78	1.8	78	80	2	173	23	20	27	27	1.99
79737941--79738065	27	4.6	27	90	3	178	27	14	28	30	1.95
79737941--79738065	55	2.3	55	90	0	187	27	14	28	30	1.95
79742041--79742166	39	3.2	39	84	4	164	23	23	27	26	2.00
79742150--79742224	39	1.9	39	81	5	89	20	25	28	26	1.99
79743682--79743853	93	1.8	93	91	0	281	29	30	19	20	1.97
79743674--79743849	46	3.8	46	76	10	187	30	29	19	21	1.97
79754070--79754434	46	7.8	47	72	11	214	27	20	29	23	1.99
79754258--79754432	47	3.6	48	79	6	169	26	20	29	23	1.99
79754215--79754434	96	2.3	92	81	7	239	25	20	29	25	1.99
79755618--79755657	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
79761759--79761800	22	2.0	22	90	4	68	16	40	21	21	1.91
79764740--79764767	13	2.2	13	100	0	56	21	7	28	42	1.79
79769415--79769483	26	2.7	26	83	0	84	27	20	26	26	1.99
79780627--79780656	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
79780655--79780693	18	2.1	19	85	4	53	48	0	30	20	1.50
79787128--79787176	23	2.2	22	85	10	64	14	18	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79793005--79793080	31	2.5	31	86	4	100	17	30	31	21	1.96
79795793--79795828	17	2.1	17	89	0	54	44	8	19	27	1.79
79810599--79810628	13	2.3	13	94	0	51	73	10	3	13	1.21
79813174--79813273	39	2.6	39	85	1	130	38	6	9	47	1.60
79815898--79816105	67	3.1	67	78	5	222	37	16	22	24	1.94
79820225--79820326	40	2.5	40	82	6	118	34	22	20	22	1.97
79820266--79820343	40	2.0	40	82	5	95	30	25	19	24	1.98
79820383--79820489	38	2.7	40	86	5	164	27	22	25	25	2.00
79820247--79820497	136	1.9	136	85	2	353	32	21	20	25	1.98
79820789--79820863	7	10.6	7	78	8	62	20	0	30	49	1.49
79820734--79820863	14	9.2	14	72	11	68	23	0	28	47	1.57
79820794--79820888	29	3.3	28	77	14	88	20	0	33	46	1.51
79820789--79820885	15	6.8	14	75	12	63	21	0	30	47	1.51
79820811--79820943	14	9.4	14	66	12	56	21	0	33	45	1.52
79825934--79826007	19	3.9	18	74	11	60	24	2	2	70	1.14
79830133--79830449	106	3.0	106	97	1	582	35	10	15	39	1.81
79830923--79830966	20	2.4	17	82	14	52	40	0	0	59	0.98
79831590--79831648	30	2.0	29	87	9	84	59	8	3	28	1.43
79831680--79831750	22	3.2	22	78	4	63	66	5	9	18	1.41
79831688--79831752	11	5.9	11	73	8	53	64	4	10	20	1.42
79837504--79837559	22	2.5	22	88	0	76	10	12	12	64	1.51
79838829--79838876	20	2.4	20	100	0	96	12	20	10	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79838828--79838876	10	4.9	10	83	16	66	12	20	10	57	1.64
79840536--79840583	20	2.4	20	96	0	87	12	18	10	58	1.62
79840535--79840583	10	4.9	10	79	16	57	12	18	10	59	1.60
79845458--79845529	25	2.9	25	81	8	83	20	29	19	30	1.97
79849219--79849326	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
79855587--79855632	21	2.2	20	82	17	58	47	4	4	43	1.42
79855727--79855768	21	2.0	20	86	13	59	50	0	0	50	1.00
79855727--79855765	19	2.1	19	90	0	60	51	0	0	48	1.00
79857140--79857179	14	2.6	16	77	22	50	32	5	7	55	1.50
79861062--79861128	3	22.7	3	83	8	84	62	4	0	32	1.15
79871971--79871996	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
79873243--79873394	76	2.0	77	97	1	288	52	15	14	17	1.75
79873739--79873767	14	2.0	15	93	6	51	31	0	6	62	1.22
79879219--79879610	131	3.0	129	84	3	482	37	18	16	27	1.92
79887555--79887591	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
79895532--79895590	31	1.9	31	92	0	100	25	15	8	50	1.71
79895846--79896101	133	1.9	137	81	8	319	34	7	11	46	1.69
79903503--79903624	30	4.0	30	92	1	190	26	22	6	44	1.77
79903513--79903620	15	7.2	15	68	12	78	26	21	7	44	1.78
79906711--79906938	113	2.0	113	93	0	384	32	10	20	36	1.88
79912439--79912466	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
79942900--79942979	21	3.8	21	74	9	74	71	6	6	16	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79942890--79942982	42	2.5	34	79	20	89	72	5	5	17	1.23
79942922--79942997	24	3.1	24	75	1	80	76	3	3	15	1.09
79943447--79943492	21	2.3	20	85	7	58	26	8	2	63	1.35
79945724--79945776	19	2.8	18	80	11	61	26	24	0	49	1.51
79945765--79945792	13	2.2	13	100	0	56	14	28	0	57	1.38
79945727--79945789	20	3.2	20	76	14	60	23	26	0	49	1.51
79950219--79950266	25	1.9	25	83	8	62	43	27	4	25	1.72
79950486--79950604	42	2.8	43	76	10	118	30	23	18	27	1.98
79951363--79951429	31	2.2	31	97	0	125	23	26	5	43	1.77
79958013--79958169	43	3.7	41	78	7	143	29	28	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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