genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87593337--87593816	54	8.8	54	96	1	852	30	29	14	25	1.95
87593337--87593816	82	5.9	82	97	1	874	30	29	14	25	1.95
87599088--87599134	23	2.0	23	100	0	94	44	8	25	21	1.80
87599910--87600086	89	2.0	89	97	0	336	35	7	17	39	1.79
87601807--87601936	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
87601807--87601971	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
87604931--87605061	62	2.1	62	98	0	253	15	29	29	25	1.96
87614494--87614555	26	2.4	26	83	5	81	29	20	8	41	1.81
87615299--87615333	15	2.4	15	95	4	63	0	25	0	74	0.82
87625940--87626089	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
87625912--87626089	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
87625913--87626068	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
87634097--87634274	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
87634098--87634253	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
87634094--87634274	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
87634179--87634285	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
87638252--87638296	22	2.0	22	86	0	63	13	17	44	24	1.85
87640005--87640046	19	2.2	20	91	4	68	50	11	9	28	1.70
87644446--87644761	47	6.7	46	76	10	241	23	28	19	28	1.98
87644443--87644760	141	2.2	140	81	6	365	23	28	19	28	1.98
87644443--87644762	94	3.4	92	77	11	319	23	28	19	28	1.98
87650135--87650195	27	2.3	27	97	2	115	31	24	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87652098--87652261	47	3.5	45	75	12	120	22	28	20	28	1.99
87654281--87654307	14	1.9	14	100	0	54	33	7	7	51	1.58
87659266--87659413	72	2.1	72	98	0	287	47	11	14	26	1.77
87660409--87660434	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
87662136--87662169	17	1.9	18	88	5	52	26	0	29	44	1.55
87662247--87662286	21	1.9	21	90	10	64	27	2	20	50	1.61
87662608--87662659	21	2.5	20	81	9	61	13	26	38	21	1.90
87672781--87673371	47	12.6	47	97	0	1101	32	8	30	29	1.87
87673490--87673568	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
87676926--87676969	20	2.3	19	84	7	61	77	2	0	20	0.88
87678503--87678527	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
87678980--87679004	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
87680473--87680511	3	12.7	3	94	5	69	66	0	2	30	1.05
87693227--87693795	44	12.9	45	75	5	466	27	16	26	29	1.97
87693282--87693761	132	3.7	132	87	3	598	28	16	26	29	1.97
87693225--87693717	219	2.2	219	88	2	704	28	16	26	29	1.97
87693786--87694053	130	2.1	130	89	1	412	27	19	26	25	1.99
87707686--87708254	44	12.9	45	75	5	466	27	16	26	29	1.97
87707741--87708220	132	3.7	132	87	3	598	28	16	26	29	1.97
87707684--87708176	219	2.2	219	88	2	704	28	16	26	29	1.97
87708245--87708512	130	2.1	130	89	1	412	27	19	26	25	1.99
87714264--87714290	8	3.4	8	100	0	54	74	14	0	11	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87715449--87715512	12	5.5	11	79	15	67	84	3	7	4	0.86
87715449--87715528	13	6.2	12	72	19	56	82	5	7	5	0.94
87715954--87716014	15	4.2	13	80	19	59	80	1	14	3	0.92
87715965--87716009	7	6.4	7	80	19	58	84	0	11	4	0.76
87715965--87716009	22	2.1	22	88	8	67	84	0	11	4	0.76
87724440--87724487	22	2.2	22	100	0	96	39	12	22	25	1.89
87730575--87730797	40	5.6	40	89	1	313	23	29	22	24	1.99
87732595--87732836	121	2.0	121	99	0	475	25	24	16	33	1.95
87739645--87739689	15	3.1	14	90	6	63	55	6	15	22	1.63
87758660--87758705	18	2.6	18	100	0	92	56	0	17	26	1.41
87761093--87761452	180	2.0	180	92	0	603	18	25	23	31	1.97
87764275--87764312	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
87767890--87768011	43	2.9	42	78	7	138	31	14	23	30	1.95
87787604--87787715	43	2.6	44	80	10	126	31	22	18	27	1.97
87799487--87799539	26	2.0	26	85	0	70	33	24	5	35	1.79
87801920--87801967	23	2.1	23	100	0	96	29	20	16	33	1.95
87802702--87802842	76	1.9	76	98	0	273	21	15	23	39	1.91
87809248--87809310	24	2.7	24	90	2	92	33	17	20	28	1.95
87809250--87809322	23	3.1	23	92	2	110	32	19	19	28	1.96
87809374--87809440	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
87809374--87809429	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
87811820--87812041	40	5.6	40	86	7	283	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87811824--87812074	119	2.1	119	82	7	296	25	21	27	25	1.99
87812832--87812885	27	2.0	27	92	7	92	55	3	18	22	1.58
87815078--87815249	93	1.8	93	91	2	283	29	29	19	21	1.98
87815073--87815245	46	3.7	47	78	13	196	30	27	19	21	1.98
87822694--87822819	46	2.7	46	96	0	225	29	27	22	20	1.98
87822696--87822838	46	3.1	45	88	4	146	28	28	21	20	1.98
87830381--87830453	36	2.0	37	86	2	103	24	30	20	24	1.99
87833403--87833532	48	2.7	49	83	4	165	22	29	20	27	1.99
87833637--87833684	25	1.9	25	91	0	78	20	31	18	29	1.97
87833662--87833790	48	2.7	48	95	0	222	22	29	20	27	1.98
87846199--87846243	19	2.3	19	92	3	72	26	11	13	48	1.75
87846207--87846244	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
87846325--87846367	18	2.5	18	85	7	54	51	0	0	48	1.00
87846320--87846362	18	2.4	18	92	0	68	48	2	0	48	1.14
87849315--87849393	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
87849512--87850681	47	24.6	47	96	1	2061	29	29	8	32	1.87
87854710--87854734	6	4.2	6	100	0	50	36	0	64	0	0.94
87854882--87854909	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
87864771--87864832	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
87870781--87870936	38	4.1	38	89	1	224	22	19	24	33	1.97
87870781--87870936	75	2.1	76	87	1	224	22	19	24	33	1.97
87870934--87871131	43	4.6	43	89	0	279	12	24	30	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87879931--87880032	42	2.4	43	83	6	127	29	22	19	28	1.98
87892734--87892889	39	4.0	39	90	0	249	21	22	30	25	1.98
87897831--87897872	21	2.0	21	100	0	84	14	42	9	33	1.78
87902763--87903020	40	6.5	40	89	4	362	22	23	27	25	2.00
87905414--87905488	37	2.0	37	100	0	150	29	29	5	36	1.79
87915146--87915270	46	2.7	45	80	11	155	27	16	30	25	1.97
87917847--87917892	18	2.4	20	78	7	60	63	4	8	23	1.42
87918755--87918850	29	3.3	29	88	1	131	28	32	14	25	1.95
87924059--87924175	46	2.5	47	83	9	134	26	17	29	26	1.97
87925735--87925845	44	2.5	44	83	4	143	28	26	18	27	1.98
87926983--87927014	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
87931195--87931441	122	2.0	123	96	0	451	39	20	12	27	1.88
87933010--87933248	48	5.0	48	81	5	268	25	30	17	26	1.98
87933011--87933248	96	2.5	96	86	1	307	25	30	18	26	1.98
87935115--87935496	81	4.8	81	79	6	409	39	16	11	32	1.84
87935088--87935550	241	1.9	243	86	2	671	38	17	11	32	1.85
87935114--87935550	27	16.3	27	77	5	359	38	17	10	32	1.85
87935554--87935914	27	13.4	27	85	0	416	36	18	20	24	1.95
87935554--87935914	81	4.5	81	86	0	488	36	18	20	24	1.95
87937695--87937919	40	5.6	40	82	2	254	26	24	26	23	2.00
87937695--87937955	80	3.3	80	80	3	276	26	23	25	24	2.00
87937695--87937919	120	1.9	121	82	4	285	26	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87939766--87939826	22	2.8	22	82	0	68	19	26	21	32	1.97
87939977--87940032	26	2.2	26	87	3	78	17	23	19	39	1.92
87939984--87940062	26	3.0	26	85	3	95	18	22	18	39	1.93
87939992--87940064	27	2.8	26	85	4	92	19	23	19	38	1.93
87940182--87940242	25	2.4	25	88	0	86	19	19	13	47	1.82
87940571--87940601	11	2.8	11	100	0	62	38	6	29	25	1.81
87941625--87941869	49	4.9	49	77	5	242	28	26	17	26	1.98
87954642--87954680	20	2.0	20	84	0	51	25	20	17	35	1.95
87968863--87969037	46	3.8	45	77	7	190	28	29	20	21	1.98
87968871--87969042	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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