genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63071178--63071637	196	2.4	193	88	1	659	33	15	17	33	1.91
63078178--63079480	241	5.5	240	87	2	1783	35	16	13	35	1.88
63078178--63079480	476	2.7	475	89	2	1932	35	16	13	35	1.88
63081109--63081147	17	2.3	17	82	8	53	38	0	5	56	1.22
63087590--63087703	60	1.9	60	87	7	169	40	4	14	40	1.66
63093570--63093597	13	2.2	13	100	0	56	7	21	0	71	1.09
63094290--63094322	8	4.1	8	96	0	57	3	12	36	48	1.56
63096986--63097020	14	2.5	14	90	0	52	34	17	5	42	1.73
63098178--63098409	65	3.6	64	86	4	274	46	12	8	33	1.71
63098403--63099759	676	2.0	677	92	1	2256	29	23	19	28	1.98
63107301--63107329	8	3.8	8	90	9	51	0	13	0	86	0.58
63107301--63107329	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
63108142--63108217	22	3.5	21	75	12	73	65	7	5	21	1.38
63108112--63108181	36	1.9	36	82	5	88	68	7	1	22	1.22
63109826--63109869	21	2.2	20	84	12	54	40	2	2	54	1.25
63109949--63109988	21	1.9	21	94	0	71	42	10	5	42	1.60
63113862--63113895	5	6.8	5	96	0	59	35	0	44	20	1.52
63114262--63114286	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
63114221--63114279	24	2.5	24	78	15	68	35	0	3	61	1.13
63120684--63120836	3	51.7	3	68	10	64	58	3	5	32	1.39
63120835--63120860	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
63126407--63126448	21	2.0	21	85	0	57	57	2	11	28	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63126406--63126459	21	2.5	21	79	8	56	51	3	9	35	1.52
63130354--63130431	36	2.2	36	86	2	104	20	1	34	43	1.60
63131614--63131645	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
63132647--63132740	47	2.0	47	89	0	143	29	14	22	32	1.94
63133232--63133469	9	25.6	9	71	23	113	47	14	0	38	1.44
63133271--63133303	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
63133320--63133474	31	4.7	31	83	14	211	47	13	0	38	1.43
63133220--63133473	103	2.3	109	93	6	430	47	13	0	38	1.43
63133220--63133473	112	2.4	104	88	10	363	47	13	0	38	1.43
63133299--63133589	103	3.0	94	83	11	290	45	12	1	39	1.52
63138767--63138810	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
63139220--63139270	21	2.4	21	86	0	66	39	17	39	3	1.68
63139154--63139337	87	2.1	87	86	4	255	40	19	29	10	1.85
63139186--63139392	87	2.4	86	81	4	227	41	20	27	11	1.86
63139665--63139823	43	3.6	43	80	9	180	22	18	31	27	1.97
63140069--63140130	31	1.9	33	87	6	92	30	24	24	20	1.99
63141413--63141463	21	2.4	21	86	0	66	39	15	39	5	1.72
63141347--63141530	87	2.1	87	87	4	264	40	18	29	11	1.86
63141513--63141552	21	1.9	21	89	0	62	37	12	42	7	1.71
63141873--63142175	43	7.1	43	90	0	401	21	20	28	30	1.98
63142516--63142947	43	10.1	43	91	1	568	21	19	27	30	1.98
63141533--63142819	643	2.0	644	98	0	2486	26	16	23	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63145382--63145510	52	2.5	52	86	10	185	29	30	13	26	1.94
63149836--63149964	52	2.5	52	88	3	181	30	29	13	26	1.94
63150313--63150347	17	2.1	17	89	10	54	40	0	22	37	1.55
63151190--63151357	52	3.3	51	85	4	216	28	13	28	29	1.94
63151193--63151364	51	3.4	52	85	4	192	28	13	28	29	1.95
63157679--63157757	40	2.0	41	87	2	115	49	20	7	22	1.74
63164199--63164230	11	2.8	12	90	9	57	59	21	0	18	1.38
63164622--63164649	5	5.6	5	100	0	56	82	17	0	0	0.68
63170853--63170884	15	2.2	15	94	5	57	31	0	6	62	1.20
63170864--63170922	19	3.1	18	83	11	64	30	0	1	67	1.00
63170815--63170968	83	1.9	83	82	5	195	31	3	4	59	1.35
63171085--63171142	22	2.7	20	79	10	62	63	1	0	34	1.04
63171182--63171207	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
63171177--63171225	21	2.4	21	74	19	50	67	0	0	32	0.91
63171035--63171237	92	2.2	92	85	7	293	63	4	2	29	1.27
63173960--63174014	27	2.1	26	83	10	67	60	0	0	40	0.97
63174095--63174144	24	2.0	26	88	7	77	36	6	4	54	1.44
63174787--63174857	27	2.6	27	76	10	72	53	2	4	39	1.35
63183585--63183625	7	6.0	7	94	5	75	70	0	14	14	1.16
63183585--63183625	13	3.0	14	92	7	75	70	0	14	14	1.16
63183585--63183625	20	2.0	20	100	0	82	70	0	14	14	1.16
63184836--63185442	175	3.5	174	94	0	1018	31	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63184847--63186054	44	27.6	44	67	14	432	31	18	20	29	1.96
63185322--63185575	136	1.9	136	95	0	463	30	18	20	30	1.96
63185458--63186050	172	3.4	172	93	2	956	31	18	20	30	1.96
63186148--63186530	50	7.7	49	69	3	235	29	27	21	22	1.99
63186119--63186606	100	4.9	100	92	0	690	29	26	21	22	1.99
63186198--63186579	50	7.6	50	71	3	293	28	27	22	21	1.99
63187171--63187211	19	2.3	18	87	8	57	75	4	19	0	0.98
63188338--63188399	27	2.3	26	86	2	79	30	6	1	61	1.31
63189828--63189891	21	3.1	21	75	2	58	18	9	15	56	1.66
63206047--63206073	14	1.9	14	100	0	54	74	11	0	14	1.08
63206178--63206314	19	7.0	19	83	5	166	35	8	16	39	1.79
63206485--63206524	20	2.0	20	85	14	55	17	10	5	67	1.37
63206739--63206807	3	22.7	3	73	14	52	27	5	2	63	1.31
63206733--63206807	12	6.3	11	73	15	60	29	5	2	62	1.31
63214944--63215234	155	1.9	154	97	0	537	26	25	20	27	1.99
63217119--63217872	384	2.0	383	86	5	1078	37	17	15	29	1.91
63220326--63220379	24	2.2	24	96	0	99	46	22	14	16	1.84
63220610--63220734	62	2.0	62	87	3	180	31	11	16	41	1.83
63220865--63221437	286	2.0	286	98	0	1110	33	14	19	31	1.92
63221713--63221747	17	2.1	17	94	0	61	14	17	14	54	1.72
63222605--63222645	18	2.2	18	86	4	55	31	2	2	63	1.20
63225943--63225983	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63237512--63237541	7	4.1	7	91	8	51	16	0	0	83	0.65
63247111--63247344	109	2.2	109	86	3	323	34	11	13	41	1.80
63249073--63249306	109	2.2	109	86	3	323	34	11	13	41	1.80
63256212--63256246	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
63260927--63260985	30	2.0	30	81	15	70	40	1	13	44	1.54
63261853--63261890	19	2.0	19	94	0	67	60	5	0	34	1.19
63261986--63262055	30	2.3	30	92	0	113	55	5	11	27	1.57
63263084--63263208	42	3.1	40	78	4	126	20	28	20	30	1.98
63263095--63263206	39	2.7	42	79	4	122	21	28	22	27	1.99
63263507--63263553	22	2.1	22	100	0	94	40	23	8	27	1.83
63265351--63265549	36	5.6	36	73	9	131	19	18	22	39	1.92
63266122--63266411	153	1.9	153	90	0	463	25	30	14	29	1.95
63266273--63266541	132	2.1	129	88	2	394	25	30	13	30	1.94
63278533--63278568	18	1.9	19	88	5	56	36	11	2	50	1.53
63280651--63280699	22	2.2	22	92	0	80	63	8	16	12	1.51
63291911--63292039	26	4.4	27	70	26	86	63	0	3	33	1.10
63291952--63292034	26	3.1	27	89	6	125	67	0	2	30	1.03
63291952--63292034	27	3.1	26	89	6	114	67	0	2	30	1.03
63299580--63299619	2	20.0	2	84	0	53	45	2	5	47	1.38
63303283--63303320	17	2.2	17	95	0	67	42	26	15	15	1.87
63308542--63308575	17	1.9	18	88	5	52	23	2	8	64	1.36
63309898--63309933	19	1.9	18	88	5	54	52	13	16	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63318001--63318053	23	2.4	22	81	9	63	35	0	0	64	0.94
63318017--63318045	8	3.8	8	90	9	51	34	0	0	65	0.93
63318008--63318051	15	2.9	15	86	3	61	34	0	0	65	0.93
63325880--63325912	16	2.0	17	88	5	50	42	12	3	42	1.57
63327099--63327145	15	3.2	15	77	14	53	14	6	10	68	1.38
63329900--63329955	23	2.4	23	82	5	69	33	10	1	53	1.46
63330365--63330426	17	3.4	18	76	14	65	54	1	1	41	1.19
63330387--63330428	20	2.1	20	91	8	68	61	0	0	38	0.96
63330827--63330871	19	2.4	19	79	13	58	35	0	0	64	0.94
63330828--63330868	18	2.3	18	87	8	57	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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