genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76296306--76296433	23	5.6	23	90	0	193	50	20	0	28	1.54
76296306--76296439	69	2.0	69	90	1	216	50	20	0	27	1.53
76296559--76296624	22	3.0	22	91	4	107	46	28	0	24	1.52
76296558--76296626	21	3.2	21	89	4	111	44	30	0	24	1.54
76296614--76296655	21	2.0	21	85	4	57	59	21	2	16	1.48
76296765--76297070	61	5.2	61	65	16	234	39	8	8	42	1.66
76296650--76297123	115	4.1	115	98	1	887	39	8	7	44	1.63
76300133--76300633	124	4.0	124	96	1	878	32	21	15	30	1.95
76301283--76301426	74	1.9	74	100	0	288	42	11	17	29	1.83
76301535--76301566	12	2.6	13	90	9	50	12	3	0	84	0.74
76307402--76307429	13	2.2	13	100	0	56	32	14	21	32	1.93
76322011--76322049	18	2.2	17	86	4	51	61	0	2	35	1.10
76337617--76337686	30	2.4	30	95	4	126	37	5	17	40	1.73
76351135--76351184	25	2.0	25	100	0	100	24	8	24	44	1.80
76352174--76352212	21	1.9	20	89	5	60	66	5	0	28	1.12
76352622--76352666	24	1.9	24	86	4	65	33	11	6	48	1.65
76352966--76353028	32	2.0	32	87	6	92	47	14	19	19	1.82
76353599--76353634	12	3.0	12	83	0	54	16	16	19	47	1.83
76353818--76353863	23	2.0	23	83	8	58	34	10	21	32	1.88
76364759--76365269	253	2.0	253	95	0	923	40	14	16	27	1.88
76365976--76366009	6	5.7	6	86	13	52	85	0	0	14	0.60
76365975--76366009	13	2.8	13	87	12	56	85	0	0	14	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76373616--76373701	40	2.1	41	91	4	138	30	3	0	66	1.08
76373666--76373717	10	4.9	11	77	13	56	42	1	0	55	1.10
76373657--76373717	31	2.0	31	93	6	106	39	1	0	59	1.08
76378528--76378686	41	3.9	41	83	4	187	21	18	25	33	1.96
76378532--76378686	82	1.9	82	84	5	206	21	19	25	33	1.97
76383455--76383516	20	3.0	20	72	11	63	22	9	0	67	1.19
76383468--76383569	3	34.3	3	69	13	59	27	5	3	62	1.36
76383937--76383999	4	15.8	4	100	0	126	50	23	0	25	1.49
76392956--76393215	143	1.8	143	80	3	317	31	20	20	27	1.97
76396365--76396462	29	3.2	30	74	13	94	47	10	6	35	1.62
76399596--76399666	22	3.0	22	77	15	79	45	2	21	30	1.66
76402687--76402727	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
76405173--76405197	10	2.5	10	100	0	50	40	12	8	40	1.72
76409256--76409305	22	2.3	22	82	0	64	26	30	2	42	1.66
76409328--76409384	26	2.2	26	87	3	80	28	1	7	63	1.30
76409471--76409528	26	2.3	26	85	8	75	29	0	6	63	1.20
76424345--76424398	16	3.4	16	89	0	81	38	1	33	25	1.67
76424380--76424472	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
76424380--76424485	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
76425820--76426140	158	2.0	159	93	1	554	34	21	12	31	1.91
76430554--76430586	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
76441160--76441192	16	2.1	16	100	0	66	18	24	6	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76447337--76447370	14	2.5	14	95	4	61	70	0	0	29	0.87
76448269--76448511	120	2.0	120	97	0	459	27	12	20	38	1.89
76448647--76448705	4	14.8	4	92	0	100	25	23	0	50	1.49
76453453--76453478	9	2.9	9	100	0	52	23	34	11	30	1.90
76466133--76466215	25	3.3	24	78	6	85	34	20	25	19	1.96
76468374--76468641	148	1.8	148	85	1	385	32	12	28	26	1.92
76468374--76468710	148	2.3	148	81	3	374	30	12	29	27	1.93
76470731--76470898	26	6.8	24	69	16	78	19	25	22	33	1.97
76470890--76470999	25	4.5	25	74	3	89	18	21	21	38	1.94
76475520--76475553	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
76476278--76476351	3	24.7	3	100	0	148	67	32	0	0	0.91
76478987--76479048	24	2.6	24	92	0	97	25	4	48	20	1.70
76486333--76486382	22	2.3	21	82	3	55	40	14	14	32	1.85
76486341--76486390	22	2.3	22	78	0	55	44	14	12	30	1.81
76487968--76488017	22	2.3	22	89	0	73	32	22	20	26	1.98
76491165--76491199	18	1.9	18	88	0	52	54	2	8	34	1.46
76496981--76497017	18	2.1	18	100	0	74	59	16	0	24	1.37
76503248--76503387	46	3.0	46	92	0	226	30	28	7	32	1.86
76504614--76504661	17	2.9	17	87	3	71	50	20	0	29	1.49
76518668--76518701	17	1.9	18	88	5	52	52	0	2	44	1.16
76518656--76518724	21	3.3	20	74	11	59	49	4	7	39	1.50
76519418--76519527	49	2.3	48	79	7	123	36	18	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76527024--76527078	22	2.5	23	82	8	69	25	47	9	18	1.78
76528023--76528207	101	1.8	100	80	8	219	29	16	24	29	1.97
76528199--76528254	22	2.5	22	80	5	60	73	1	3	21	1.08
76528803--76528837	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
76531427--76531456	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
76531427--76531460	12	3.1	11	88	12	52	23	0	0	76	0.79
76536949--76536982	10	3.3	10	91	4	50	0	14	0	85	0.60
76536950--76536983	17	2.0	17	88	0	50	0	17	0	82	0.67
76547682--76547730	25	2.0	25	83	0	62	24	24	14	36	1.93
76547690--76547884	25	7.9	25	75	12	145	18	26	20	34	1.95
76547713--76547876	49	3.3	50	80	10	185	17	27	21	34	1.95
76547690--76547828	74	1.9	74	83	8	185	18	28	18	34	1.95
76547690--76547884	74	2.6	74	78	11	168	18	26	20	34	1.95
76553524--76553699	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
76553662--76553785	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
76561223--76561398	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
76561361--76561484	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
76564153--76564183	14	2.2	14	100	0	62	29	6	12	51	1.65
76565075--76565113	17	2.2	18	90	4	62	46	0	2	51	1.14
76568788--76568852	25	2.7	23	72	11	60	40	1	0	58	1.07
76568923--76568976	27	2.0	27	85	7	74	16	27	33	22	1.95
76569102--76569220	60	2.0	60	93	0	202	32	0	13	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76569439--76569485	19	2.5	19	86	3	60	70	2	0	27	0.99
76570601--76570638	18	2.1	18	85	9	51	28	5	0	65	1.14
76570698--76570757	9	6.8	9	73	9	52	26	1	1	70	1.07
76570707--76570754	18	2.8	18	84	6	64	27	2	2	68	1.11
76576498--76576522	5	5.0	5	100	0	50	60	0	20	20	1.37
76578077--76578135	29	1.9	31	83	10	77	45	10	16	27	1.80
76578194--76578233	21	1.9	21	89	0	62	32	25	17	25	1.97
76578270--76578338	31	2.3	30	82	7	77	26	11	20	42	1.86
76580618--76580690	33	2.2	33	87	4	103	16	9	10	63	1.52
76582797--76582893	25	3.9	25	77	0	86	35	15	26	22	1.94
76585187--76585240	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
76587539--76587595	17	3.4	17	79	13	64	52	24	0	22	1.47
76588639--76588689	15	3.5	14	77	17	50	50	0	1	47	1.12
76588640--76588689	23	2.3	21	83	13	57	50	0	2	48	1.12
76589786--76589823	6	6.3	6	100	0	76	31	15	36	15	1.90
76592272--76592428	78	2.0	78	94	0	278	38	20	12	28	1.89
76594173--76594229	27	2.1	27	93	0	96	26	8	5	59	1.48
76598016--76598046	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
76611689--76611758	30	2.3	31	80	14	83	41	12	11	34	1.79
76625452--76625555	50	2.1	50	92	3	174	38	34	9	17	1.82
76633242--76633293	26	2.0	26	85	7	70	46	1	3	48	1.31
76633333--76633408	27	2.8	27	88	4	100	22	23	34	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76633474--76633518	22	2.1	21	87	4	63	64	2	31	2	1.18
76644699--76644738	16	2.5	16	95	0	71	10	15	0	75	1.05
76644667--76644739	27	2.7	27	72	16	62	10	12	1	75	1.11
76646886--76646978	25	3.7	25	85	8	127	17	19	21	41	1.90
76651957--76652013	29	1.9	30	92	3	98	31	7	14	47	1.70
76651959--76652022	29	2.2	29	86	8	85	32	9	12	45	1.74
76652201--76652267	31	2.2	31	86	5	93	40	11	11	35	1.79
76652204--76652270	29	2.3	27	80	14	80	40	11	10	37	1.77
76653812--76653848	17	2.2	17	100	0	74	16	10	37	35	1.83
76661952--76662026	29	2.5	30	81	12	75	42	1	4	52	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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