genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84674104--84674310	40	5.2	40	86	4	278	27	26	22	24	2.00
84682923--84682975	26	2.0	26	85	7	72	39	24	16	18	1.91
84683286--84683366	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
84683286--84683378	32	2.8	31	73	9	78	25	20	25	27	1.99
84689518--84689577	24	2.5	24	86	8	77	33	5	41	20	1.74
84691179--84691259	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
84719096--84719197	28	3.6	28	85	1	123	33	21	23	21	1.97
84727970--84728041	36	2.0	36	100	0	144	22	25	22	30	1.99
84732995--84733166	46	3.7	46	76	9	170	22	30	19	27	1.98
84732858--84733166	94	3.3	93	77	7	261	23	28	20	27	1.99
84744598--84744623	7	3.7	7	100	0	52	26	11	30	30	1.92
84747042--84747138	40	2.4	41	77	5	108	19	22	18	39	1.93
84747042--84747155	40	2.8	39	75	11	97	20	22	17	39	1.92
84749323--84749353	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
84750010--84750099	46	2.0	45	95	2	162	30	25	20	24	1.99
84751600--84751644	16	2.8	16	79	3	54	46	31	2	20	1.62
84752954--84753039	28	3.0	27	83	6	91	31	13	26	27	1.94
84752977--84753039	28	2.2	28	91	2	99	30	12	28	28	1.93
84766552--84766585	13	2.7	13	86	4	52	76	0	0	23	0.79
84777292--84777668	40	9.5	40	93	1	523	25	28	23	22	1.99
84782142--84782182	18	2.3	18	95	0	73	53	9	14	21	1.70
84782512--84782647	27	5.0	26	81	1	92	36	19	19	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84782523--84782647	54	2.3	54	83	0	151	37	19	17	25	1.93
84782637--84782881	27	9.3	27	76	7	184	20	15	20	44	1.87
84786460--84786995	234	2.3	235	89	0	833	23	18	13	44	1.84
84786970--84787018	23	2.1	23	100	0	98	20	26	4	48	1.67
84787729--84788264	234	2.3	235	89	0	833	23	18	13	44	1.84
84788239--84788287	23	2.1	23	100	0	98	20	26	4	48	1.67
84790419--84790594	96	1.8	96	87	0	262	34	18	13	34	1.90
84792018--84792054	18	2.1	18	100	0	74	32	27	10	29	1.90
84800847--84800875	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
84804123--84804159	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
84808391--84808615	49	4.5	49	89	2	315	28	28	18	24	1.98
84808378--84808622	99	2.5	100	86	2	332	28	28	18	24	1.98
84811207--84811270	32	2.0	33	84	3	85	21	4	1	71	1.12
84811367--84811409	15	2.8	16	82	13	63	39	0	4	55	1.20
84811367--84811417	21	2.5	20	84	9	66	41	0	3	54	1.19
84823010--84823061	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
84823115--84823645	266	2.0	265	98	0	1017	17	18	29	35	1.93
84826399--84827801	702	2.0	702	98	0	2709	27	15	27	29	1.96
84829538--84829567	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
84834918--84835014	28	3.6	28	80	10	121	31	17	24	25	1.97
84841566--84841790	47	4.8	48	80	6	221	23	29	19	27	1.98
84841706--84841836	47	2.8	45	78	16	151	24	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84841574--84841831	140	1.8	140	81	4	324	24	28	18	28	1.98
84851291--84851514	47	4.8	48	77	12	225	23	29	18	28	1.98
84851289--84851514	94	2.4	93	84	7	278	23	30	19	27	1.98
84856883--84856957	37	2.0	37	82	10	91	34	1	38	25	1.64
84859369--84859456	44	2.0	44	100	0	176	34	11	22	31	1.90
84864771--84864934	42	3.9	42	80	7	188	29	17	23	29	1.97
84883412--84883486	26	2.8	26	74	11	80	38	21	8	32	1.82
84883468--84884094	27	23.3	27	85	1	704	36	19	18	25	1.94
84883468--84884069	54	11.2	54	86	2	789	36	18	17	26	1.94
84884886--84884969	6	13.8	6	72	12	64	20	17	14	47	1.82
84885354--84885416	25	2.5	25	92	0	99	17	19	15	47	1.83
84885354--84885425	6	11.7	6	71	21	51	18	18	16	47	1.83
84887385--84887416	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
84888667--84888827	42	3.8	42	83	1	187	31	13	23	31	1.93
84893134--84893343	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
84893081--84893343	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
84893134--84893378	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
84899913--84900175	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
84899952--84900210	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
84906732--84906757	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
84911046--84911202	43	3.7	43	77	6	174	31	22	16	29	1.96
84922469--84922511	20	2.2	20	95	0	77	6	23	25	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84926992--84927050	23	2.6	23	100	0	118	16	28	30	23	1.97
84929167--84929456	27	10.8	27	89	3	379	32	15	16	35	1.90
84929450--84929564	27	4.3	27	82	6	108	42	18	20	19	1.89
84934021--84934078	29	2.0	28	86	3	80	37	8	31	20	1.83
84937971--84938008	20	1.9	20	84	10	51	68	0	31	0	0.90
84939335--84939395	18	3.4	18	71	8	61	32	9	16	40	1.81
84944212--84944271	27	2.2	27	79	5	68	25	18	23	33	1.97
84948840--84948899	18	3.3	19	67	9	52	16	16	45	21	1.86
84948847--84948925	36	2.2	36	81	0	86	18	21	39	20	1.93
84950169--84950233	27	2.4	27	80	10	71	38	18	9	33	1.83
84950194--84950275	27	3.0	28	78	7	87	39	19	8	32	1.82
84950169--84950275	54	2.0	54	80	7	119	38	20	9	31	1.84
84954672--84954820	40	3.7	40	85	3	192	36	28	13	21	1.91
84960023--84960075	18	2.9	18	91	0	88	32	26	15	26	1.95
84960342--84960376	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
84970145--84970257	55	2.1	55	86	0	154	31	28	25	14	1.94
84975730--84975769	20	2.0	20	100	0	80	35	5	25	35	1.78
84976829--84977001	49	3.6	49	77	5	147	27	21	27	24	1.99
84978439--84978630	27	7.2	27	82	4	210	39	17	13	29	1.88
84978437--84978622	79	2.3	81	86	1	259	39	17	13	28	1.88
84986895--84987025	49	2.7	49	81	2	147	29	19	25	24	1.99
85006653--85006757	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85006613--85006776	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
85006613--85006763	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
85014670--85014854	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
85014671--85014854	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
85014723--85014887	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
85023263--85023447	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
85023230--85023447	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
85043361--85043431	18	3.9	18	71	14	65	35	14	5	45	1.68
85046775--85046897	44	2.8	44	85	4	176	26	36	0	36	1.57
85047317--85047353	19	1.9	19	94	0	65	29	2	32	35	1.72
85050184--85050437	46	5.4	46	79	8	205	22	30	18	27	1.98
85050267--85050442	94	1.9	92	84	6	239	22	30	19	27	1.98
85053012--85053061	19	2.6	19	100	0	100	16	34	34	16	1.90
85054243--85054281	21	1.9	20	84	5	51	43	2	5	48	1.38
85055549--85055907	46	7.8	46	91	3	447	20	23	14	41	1.89
85058562--85058621	28	2.1	28	96	0	111	38	26	6	28	1.81
85068157--85068220	24	2.7	24	92	0	101	25	17	32	25	1.96
85078094--85078153	24	2.5	24	97	0	111	28	15	33	23	1.94
85086768--85086939	46	3.7	46	76	11	181	29	26	21	22	1.99
85086773--85086942	92	1.8	93	89	1	270	28	27	21	21	1.99
85086770--85086958	46	4.1	45	70	20	122	29	27	21	22	1.99
85087362--85087421	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85109552--85109623	37	1.9	37	91	0	117	40	29	9	20	1.85
85113459--85113596	70	2.0	71	82	4	172	28	19	21	31	1.97
85113450--85113609	70	2.3	71	79	3	171	26	20	21	31	1.98
85115346--85115557	49	4.4	49	76	10	165	23	26	22	27	1.99
85115346--85115562	93	2.3	95	80	10	221	23	26	22	27	2.00
85115529--85115664	46	2.9	49	77	8	149	22	25	21	30	1.98
85126499--85126623	49	2.5	49	84	3	153	20	26	22	30	1.98
85126636--85126855	48	4.7	46	77	7	176	21	26	21	30	1.99
85126636--85126858	46	4.7	47	76	7	211	21	26	21	29	1.99
85126634--85126867	94	2.5	95	76	4	224	23	26	20	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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