genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89102221--89102255	18	1.9	18	88	11	54	22	17	11	48	1.79
89108962--89109041	40	2.0	40	97	0	151	37	7	26	28	1.83
89125479--89125589	47	2.4	47	93	0	186	32	9	29	28	1.88
89125715--89126354	47	13.6	47	93	2	1077	32	8	29	29	1.87
89125715--89126354	236	2.7	235	94	1	1095	32	8	29	29	1.87
89126015--89126089	22	3.3	22	65	7	60	28	12	32	28	1.92
89127779--89127924	43	3.4	43	98	0	283	23	15	34	26	1.94
89127906--89127979	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
89128290--89128592	40	7.6	41	81	5	230	24	22	28	24	2.00
89128369--89128605	40	5.9	40	88	0	303	24	22	28	24	1.99
89141022--89141090	25	2.8	25	72	16	70	72	5	0	21	1.05
89141138--89141237	26	3.8	26	79	10	114	61	3	3	33	1.27
89144200--89144341	40	3.6	40	81	4	180	12	14	26	45	1.81
89152160--89152208	26	1.9	26	87	4	73	36	22	0	40	1.54
89155578--89155695	29	4.0	29	79	1	110	21	23	14	40	1.90
89156501--89156566	24	2.8	24	83	0	87	18	10	25	45	1.81
89162806--89162835	15	2.0	15	100	0	60	80	0	0	20	0.72
89162818--89162963	27	5.3	27	72	19	90	60	2	2	34	1.20
89162880--89162952	36	2.0	37	81	7	87	64	1	1	32	1.11
89163126--89163178	20	2.7	20	82	5	72	32	7	0	60	1.25
89163189--89163252	10	6.5	10	76	5	51	34	0	1	64	1.03
89163209--89163276	8	7.6	9	72	15	52	26	0	1	72	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89172327--89172381	28	2.0	27	92	0	83	41	23	18	14	1.87
89184811--89185276	228	2.0	227	86	7	643	19	15	16	48	1.81
89187100--89187183	28	3.1	28	69	20	70	42	0	4	52	1.22
89187371--89187412	16	2.6	16	96	0	75	23	28	4	42	1.74
89189656--89190076	209	2.0	209	92	0	691	33	16	12	36	1.87
89198793--89199002	33	5.7	33	70	24	136	21	18	26	33	1.96
89198695--89198889	102	2.0	96	84	8	248	21	19	27	31	1.97
89198789--89199001	75	2.8	77	90	2	333	21	18	27	32	1.96
89199590--89199640	9	5.7	9	95	0	93	47	7	9	35	1.66
89199590--89199642	27	2.0	27	100	0	106	45	7	9	37	1.65
89209212--89209248	19	1.9	19	94	0	65	37	32	5	24	1.78
89209391--89209449	30	2.0	30	96	0	109	30	11	23	33	1.91
89210694--89210869	46	3.8	46	76	5	185	22	19	27	29	1.98
89210691--89210861	93	1.8	93	89	2	272	22	20	28	28	1.99
89213694--89213778	15	5.7	15	71	1	64	9	14	16	60	1.59
89213690--89213768	30	2.6	31	82	4	90	11	15	15	58	1.64
89215647--89215803	46	3.4	45	77	11	165	20	21	30	28	1.98
89217811--89217903	39	2.4	39	87	3	134	31	18	25	24	1.98
89217811--89217953	39	3.7	39	79	8	130	27	20	25	25	1.99
89222038--89222062	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
89224945--89225030	43	2.0	43	93	0	145	19	19	31	29	1.97
89227963--89228121	35	4.5	35	79	0	174	28	8	19	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89230408--89230451	18	2.4	18	92	0	70	31	9	15	43	1.79
89232525--89232746	46	4.8	46	82	5	250	28	27	21	22	1.99
89232580--89232749	93	1.8	93	93	0	295	28	27	20	22	1.99
89236806--89236920	57	2.0	57	98	0	221	49	9	26	13	1.73
89239370--89239503	65	2.1	65	98	0	259	29	14	11	44	1.81
89241296--89241351	29	2.0	28	92	3	94	17	17	28	35	1.93
89246929--89246988	29	2.1	28	81	9	68	28	25	1	45	1.63
89252525--89252549	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
89257818--89257865	25	1.9	25	83	8	62	39	4	6	50	1.47
89259242--89259278	18	2.1	18	94	0	65	29	13	18	37	1.90
89260501--89260536	17	2.1	18	90	10	58	27	0	0	72	0.85
89261503--89261540	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
89262651--89262692	22	1.9	22	85	0	57	33	2	16	47	1.60
89274380--89274558	85	2.1	85	100	0	358	26	27	8	37	1.85
89278843--89279018	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
89278840--89279011	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
89287834--89287945	54	2.1	53	79	9	120	28	11	21	38	1.88
89287821--89287945	27	4.7	26	77	12	101	29	12	19	38	1.89
89301253--89301430	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89301254--89301409	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89301250--89301430	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89304890--89304977	27	3.3	26	82	7	97	31	12	14	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89304932--89305013	26	3.1	26	87	3	128	29	9	21	39	1.86
89304907--89305013	53	2.0	53	87	3	153	30	10	18	40	1.84
89304931--89305009	27	3.0	27	88	1	124	29	10	21	39	1.86
89315767--89315945	89	2.0	89	98	0	349	23	12	16	47	1.81
89319664--89319750	44	2.0	44	90	0	138	29	13	20	35	1.92
89319664--89319793	44	2.8	46	81	8	131	29	13	20	36	1.90
89329223--89329390	30	6.2	29	66	25	91	39	2	0	58	1.11
89329230--89329425	11	18.9	11	73	15	134	39	2	0	57	1.12
89329217--89329336	40	3.0	41	80	7	149	34	3	0	62	1.12
89329230--89329425	52	3.8	52	83	6	220	39	2	0	57	1.12
89329320--89329425	41	2.5	43	86	6	164	43	0	0	55	1.06
89330262--89330296	18	1.9	18	100	0	70	68	11	11	8	1.39
89331045--89331100	29	1.9	29	88	0	85	48	8	21	21	1.77
89333284--89333448	46	3.6	46	94	0	267	35	9	31	23	1.86
89334006--89334058	25	2.1	24	83	13	63	54	7	16	20	1.66
89348064--89348273	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
89348011--89348273	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
89348012--89348308	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
89350126--89350486	47	7.6	47	91	2	508	32	8	29	29	1.86
89350126--89350486	49	7.6	49	90	4	546	32	8	29	29	1.86
89350126--89350486	96	3.8	96	91	3	561	32	8	29	29	1.86
89355378--89355665	156	1.8	156	95	0	522	28	17	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89357308--89357345	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
89363901--89364019	60	2.0	60	95	3	213	42	12	17	26	1.85
89364869--89364906	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
89367521--89367636	49	2.5	46	84	7	135	21	25	22	30	1.99
89371228--89371258	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
89371831--89371882	26	2.0	26	85	3	70	28	0	7	63	1.22
89372788--89372852	24	2.6	25	76	16	64	52	0	1	46	1.10
89372793--89372863	37	1.9	36	86	8	99	50	0	1	47	1.09
89380966--89381149	40	4.6	40	81	6	212	26	23	25	25	2.00
89380966--89381185	80	2.8	80	83	5	261	25	23	25	25	2.00
89393851--89393928	40	2.0	40	94	0	138	35	15	26	21	1.93
89406459--89406818	94	3.9	92	73	11	279	27	19	29	23	1.98
89410478--89410581	54	1.9	53	88	0	145	22	19	19	38	1.93
89414069--89414381	47	6.7	46	71	13	167	25	20	29	24	1.99
89414069--89414286	94	2.3	94	79	5	244	26	20	29	24	1.99
89432431--89432496	30	2.2	30	83	5	80	25	18	28	27	1.98
89434651--89434709	20	3.0	21	74	18	63	38	11	11	37	1.79
89435811--89435870	29	2.1	29	93	0	102	61	3	28	6	1.37
89439033--89439076	21	2.1	21	100	0	88	38	4	13	43	1.65
89444434--89444475	21	2.0	21	85	0	57	45	2	4	47	1.36
89446607--89446770	27	6.0	27	78	5	186	29	21	15	34	1.94
89446608--89446771	55	3.0	55	86	2	215	29	20	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89446607--89446770	82	2.0	82	83	4	206	29	21	15	34	1.94
89446586--89446772	27	6.8	28	75	12	174	27	21	15	34	1.94
89452479--89452539	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
89457222--89457457	27	8.8	26	82	8	249	39	19	9	30	1.84
89457222--89457458	54	4.4	54	86	2	298	39	19	9	31	1.84
89457382--89457475	27	3.5	27	83	2	118	38	12	14	34	1.85
89457356--89457472	54	2.2	54	84	6	139	39	15	13	31	1.86
89458974--89459170	39	5.1	39	82	4	204	27	26	21	23	1.99
89473107--89473277	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
89473111--89473282	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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