genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88548703--88548895	6	31.8	6	77	17	186	48	13	17	20	1.80
88548682--88548895	30	7.3	30	80	12	205	48	14	17	20	1.81
88548703--88548864	85	1.9	85	97	0	306	48	13	17	20	1.80
88548703--88548892	85	2.2	85	91	3	303	48	14	17	20	1.81
88549013--88549078	27	2.5	26	82	7	78	36	22	24	16	1.94
88549037--88549094	27	2.1	27	81	6	64	34	27	22	15	1.94
88549251--88549309	22	2.7	22	81	0	64	33	20	25	20	1.97
88549398--88549478	27	3.0	28	85	7	96	38	19	20	20	1.94
88549678--88549873	27	7.3	27	81	0	212	27	19	18	34	1.96
88549878--88551364	54	27.5	54	92	2	2323	39	10	23	26	1.87
88553367--88553510	6	23.8	6	69	17	84	47	11	18	21	1.80
88553367--88553495	67	1.9	67	93	0	222	48	12	17	21	1.80
88553367--88553498	24	5.7	24	71	13	98	48	12	17	21	1.79
88553433--88553535	30	3.4	30	79	4	109	48	12	17	21	1.80
88553367--88553535	67	2.5	66	84	7	182	48	12	17	21	1.80
88553653--88553718	27	2.5	27	78	11	73	39	19	22	18	1.92
88553672--88553726	27	2.0	27	83	13	69	38	20	25	16	1.92
88553677--88553734	27	2.1	27	81	12	66	37	27	20	13	1.91
88554037--88554119	27	3.1	26	82	5	94	38	21	20	19	1.93
88554319--88554513	27	7.2	27	84	2	230	26	21	17	34	1.96
88554318--88554513	54	3.6	54	86	2	259	26	20	18	34	1.96
88554518--88555016	27	18.5	27	81	3	549	40	9	21	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88554523--88555209	54	12.9	54	84	7	724	40	9	22	27	1.85
88554518--88555210	81	8.7	80	81	8	756	40	9	22	27	1.85
88554982--88555065	42	2.0	42	90	0	132	45	8	22	23	1.79
88554955--88555085	69	1.9	69	88	3	201	41	9	23	25	1.84
88554901--88555139	123	1.9	123	91	0	388	40	9	23	26	1.84
88554886--88555166	150	1.9	150	87	4	415	39	9	23	27	1.85
88555024--88555210	27	6.9	27	91	0	302	39	10	24	26	1.87
88554846--88555193	177	2.0	177	91	0	570	39	8	23	27	1.84
88556104--88556241	53	2.6	53	84	4	188	33	18	24	23	1.97
88559514--88559817	27	11.3	27	88	0	428	33	19	22	24	1.97
88560262--88560326	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
88560485--88560588	27	3.9	27	83	5	129	19	23	20	37	1.94
88560676--88560734	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
88560899--88560967	27	2.6	27	88	4	95	20	24	18	36	1.95
88561056--88561114	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
88560519--88561349	380	2.2	380	98	0	1610	20	22	23	34	1.97
88561279--88561347	27	2.5	28	83	4	79	18	26	20	34	1.96
88561495--88561541	6	7.8	6	90	0	76	17	17	17	48	1.81
88563513--88563743	81	2.9	81	89	1	338	35	20	19	25	1.96
88563513--88563743	27	8.6	27	86	0	293	35	20	19	25	1.96
88564188--88564252	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
88564411--88564514	27	3.9	27	83	5	129	19	23	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88564602--88564660	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
88564825--88564893	27	2.6	27	88	4	95	20	24	18	36	1.95
88564982--88565040	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
88564445--88565274	380	2.2	380	98	0	1608	20	22	22	34	1.97
88565205--88565278	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
88565396--88565467	6	11.8	6	77	14	67	20	18	12	48	1.80
88572936--88573156	118	1.9	114	86	5	309	48	8	4	38	1.53
88575610--88575662	26	2.0	26	92	0	88	24	26	18	30	1.98
88583979--88584235	40	6.5	40	86	2	324	26	28	22	23	1.99
88589653--88589837	40	4.7	40	84	6	234	24	27	22	25	2.00
88589653--88589837	79	2.3	82	84	7	238	24	27	22	25	2.00
88592591--88592656	29	2.3	29	83	0	78	27	28	18	25	1.98
88592605--88592661	29	2.0	29	96	0	105	29	28	15	26	1.96
88592888--88592931	16	2.8	16	96	0	79	11	20	18	50	1.77
88601019--88601123	47	2.2	47	93	0	174	26	30	9	33	1.88
88604623--88604691	29	2.4	29	90	7	106	28	28	14	27	1.95
88606181--88606211	16	1.9	16	93	0	53	16	6	25	51	1.68
88610868--88611046	89	2.0	89	97	0	340	28	21	12	36	1.91
88611122--88611235	43	2.7	39	77	12	120	29	20	15	34	1.94
88612693--88612771	39	2.0	39	97	0	149	32	20	13	32	1.92
88619053--88619167	43	2.7	43	73	15	112	26	23	16	33	1.96
88623729--88623875	27	5.4	27	83	0	168	37	17	19	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88623730--88623875	54	2.7	54	84	2	195	37	17	19	25	1.93
88624621--88624680	27	2.3	26	85	2	75	23	25	18	33	1.97
88627255--88627332	39	2.0	39	100	0	156	35	12	20	30	1.90
88631324--88631469	27	5.4	27	83	0	175	35	17	19	26	1.95
88631325--88631469	54	2.7	54	87	0	200	35	17	19	26	1.94
88632188--88632248	31	1.9	32	86	3	88	24	19	16	39	1.92
88634636--88634689	20	2.7	20	97	0	99	11	27	20	40	1.86
88639564--88640001	47	9.0	45	71	12	171	35	17	24	22	1.95
88639698--88639818	46	2.6	47	89	2	190	37	13	23	25	1.91
88639797--88639993	54	3.6	54	83	4	245	35	17	24	22	1.95
88645215--88645275	31	2.0	30	83	3	77	37	11	19	31	1.87
88645811--88645894	44	1.9	44	82	4	107	36	10	23	28	1.89
88647362--88647537	46	3.8	46	78	12	198	21	21	28	28	1.98
88647359--88647530	93	1.8	93	93	0	299	21	22	28	27	1.99
88648845--88648982	53	2.6	53	84	4	179	33	19	25	21	1.97
88650131--88650272	46	3.2	45	81	5	155	18	18	14	49	1.80
88650283--88650408	45	2.8	45	84	2	155	24	22	19	34	1.96
88652742--88652767	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
88653249--88653426	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88653250--88653405	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88653246--88653426	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88653573--88653722	76	2.0	76	98	0	291	30	13	24	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88654262--88654351	47	1.9	47	97	0	171	44	2	24	28	1.66
88657146--88657196	26	2.0	26	92	7	86	35	21	13	29	1.92
88675595--88675653	29	2.0	29	96	0	109	42	16	8	32	1.79
88689878--88689970	29	3.2	28	80	7	89	23	33	12	30	1.92
88689908--88689970	28	2.2	29	88	2	92	26	33	12	26	1.93
88694464--88694564	28	3.6	28	82	1	121	27	36	9	25	1.88
88712658--88712697	20	2.0	21	85	5	55	52	22	2	22	1.59
88714791--88714993	43	4.7	43	89	2	291	31	26	20	21	1.98
88715287--88715334	21	2.3	21	96	0	87	0	56	18	25	1.42
88720880--88721046	9	17.6	9	76	10	145	31	0	20	47	1.54
88720884--88721046	39	4.3	38	82	14	160	30	0	20	48	1.54
88720895--88721034	39	3.4	43	85	11	179	30	0	21	47	1.56
88720880--88721035	48	3.2	48	79	3	170	31	0	21	46	1.56
88721226--88721712	241	2.0	241	97	0	920	33	14	17	34	1.91
88725474--88725607	48	2.8	48	84	6	182	26	17	32	23	1.97
88725577--88725695	49	2.5	47	84	5	150	26	20	26	26	1.99
88729985--88730086	52	2.0	52	88	0	150	35	19	9	35	1.85
88735673--88735729	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
88744351--88744441	40	2.2	41	84	1	121	36	25	14	24	1.93
88751561--88751746	40	4.6	40	80	1	174	34	23	16	24	1.95
88751558--88751746	81	2.3	80	79	4	218	34	23	16	24	1.96
88753695--88753825	49	2.6	48	83	8	156	23	21	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88753707--88753825	50	2.4	48	83	9	150	23	22	22	31	1.99
88753698--88753825	25	5.2	25	75	12	111	23	21	22	32	1.98
88757978--88758043	6	11.2	6	86	3	98	78	3	1	16	0.95
88757976--88758043	24	2.9	23	91	6	109	77	2	2	16	1.00
88772755--88772785	11	2.8	11	95	0	53	22	0	0	77	0.77
88773024--88773060	17	2.1	19	90	10	60	43	0	10	45	1.39
88778335--88778446	40	2.8	40	90	2	181	27	27	22	22	1.99
88786543--88787006	40	11.6	40	99	0	910	29	27	22	20	1.98
88791905--88791975	24	3.0	24	100	0	142	33	28	21	16	1.95
88794885--88794963	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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