genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86165584--86165652	29	2.4	28	87	2	84	26	33	15	24	1.95
86165596--86165659	29	2.2	29	91	2	103	26	29	14	29	1.95
86170610--86170649	18	2.2	19	90	4	64	22	27	25	25	2.00
86173201--86173319	29	4.2	28	82	10	118	25	31	14	28	1.94
86174518--86174627	53	2.1	53	91	0	175	21	27	10	40	1.85
86175603--86175679	33	2.3	33	93	4	129	15	6	32	45	1.72
86175603--86175712	33	3.3	32	85	8	123	15	7	34	42	1.75
86176140--86176173	11	3.2	11	83	8	52	52	0	26	20	1.46
86178398--86178478	26	3.2	25	72	6	74	22	20	17	39	1.92
86178507--86178574	26	2.6	26	97	0	127	16	23	22	38	1.93
86182017--86182450	103	4.2	103	97	0	798	22	21	20	35	1.96
86182408--86182494	44	2.0	44	82	8	106	25	26	14	33	1.95
86182305--86182690	148	2.6	147	86	4	546	24	23	18	33	1.97
86182556--86182959	180	2.3	177	87	5	562	27	24	17	30	1.97
86182858--86182960	45	2.3	44	83	8	127	30	24	17	28	1.97
86183137--86183392	64	4.0	64	90	0	359	37	15	17	29	1.90
86183444--86183474	7	4.4	7	91	0	53	0	16	0	83	0.64
86185950--86185986	19	1.9	19	88	0	56	64	2	13	18	1.39
86187786--86187845	28	2.1	28	96	0	111	30	18	28	23	1.98
86193810--86193921	27	4.2	26	78	7	107	37	23	23	16	1.93
86195352--86195425	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
86196719--86196761	22	2.0	22	95	0	77	39	20	23	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86196712--86196823	25	4.6	25	81	8	126	42	18	19	18	1.89
86198077--86198139	3	21.3	3	76	15	60	61	4	0	33	1.17
86198082--86198142	19	3.2	19	75	11	54	62	4	0	32	1.17
86198247--86198283	18	1.9	18	89	10	56	40	5	0	54	1.24
86205773--86205941	87	1.9	87	100	0	338	43	9	8	39	1.67
86206045--86206071	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
86217269--86217301	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
86218377--86218417	22	1.9	22	85	5	57	48	19	7	24	1.74
86220154--86220245	5	17.8	5	73	18	66	77	1	4	17	0.99
86229585--86229671	25	3.5	25	87	0	120	40	17	21	20	1.92
86235814--86236021	40	5.2	40	83	7	253	25	21	27	25	1.99
86235814--86236035	79	2.8	79	81	9	254	25	20	27	26	1.99
86236841--86236883	22	2.0	22	86	9	61	44	16	18	20	1.87
86239223--86239576	46	7.6	46	77	19	387	22	20	28	28	1.99
86239269--86239623	47	7.6	47	77	19	395	22	20	29	28	1.98
86239220--86239625	93	4.4	93	100	0	812	22	20	28	27	1.99
86247119--86247597	240	2.0	240	99	0	940	29	13	25	31	1.94
86248492--86248564	38	1.9	38	94	0	128	26	8	26	39	1.84
86254868--86254935	28	2.4	28	90	4	102	33	26	11	27	1.91
86258071--86258201	47	2.8	49	82	6	171	32	7	31	28	1.85
86258320--86258435	37	3.1	37	94	0	196	22	18	32	25	1.97
86264989--86265097	39	2.8	39	90	1	166	44	11	9	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86272359--86272384	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
86281345--86281394	25	2.0	25	100	0	100	24	20	12	44	1.85
86282954--86283078	41	3.0	43	77	8	121	24	16	27	32	1.96
86292716--86292811	44	2.2	43	81	1	120	26	15	26	32	1.96
86298468--86298517	22	2.3	22	89	0	82	28	18	34	20	1.95
86303582--86303764	63	2.8	64	76	11	178	28	17	30	23	1.97
86307230--86307287	30	1.9	30	85	0	80	39	6	22	31	1.80
86310803--86310849	22	2.1	22	96	0	85	27	23	25	23	2.00
86311087--86311311	112	2.0	112	100	0	450	36	21	17	24	1.95
86311594--86311682	42	2.1	42	100	0	178	29	17	32	20	1.96
86311745--86311784	21	1.9	21	94	0	71	25	30	30	15	1.95
86316811--86316848	19	2.0	19	85	10	51	21	44	23	10	1.83
86322109--86322280	80	2.2	79	81	7	188	26	20	26	26	1.99
86322105--86322247	40	3.6	40	81	9	166	24	20	27	26	1.99
86322430--86322541	40	2.8	40	89	4	165	24	21	26	27	1.99
86322155--86322722	294	1.9	294	100	0	1136	28	17	23	30	1.97
86329818--86330005	79	2.4	81	84	8	251	24	22	27	26	2.00
86329822--86330005	40	4.6	40	84	9	225	23	22	27	25	2.00
86329874--86330038	79	2.1	79	85	6	219	25	21	27	26	1.99
86339897--86339929	15	2.2	15	100	0	66	45	0	6	48	1.27
86340789--86340836	16	3.1	16	79	11	55	37	14	10	37	1.81
86342305--86342369	27	2.4	28	82	15	82	38	10	1	49	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86342433--86342484	27	1.9	27	92	7	88	30	23	30	15	1.95
86342548--86342604	18	3.1	18	89	2	78	38	8	0	52	1.33
86342797--86342858	33	2.0	31	90	9	99	24	22	3	50	1.64
86343858--86343891	16	2.2	15	89	5	50	88	0	11	0	0.52
86345189--86345249	30	2.0	30	84	6	79	45	1	3	49	1.28
86347430--86347475	20	2.2	21	84	3	58	54	13	23	8	1.66
86352034--86352062	13	2.1	14	93	6	51	20	0	0	79	0.74
86352049--86352094	22	2.1	21	96	4	83	30	2	0	67	1.03
86352054--86352100	11	4.3	11	78	10	60	40	2	0	57	1.11
86352054--86352127	33	2.2	33	92	4	123	32	4	0	63	1.13
86353443--86353484	17	2.4	18	88	4	59	52	11	11	23	1.71
86360073--86360107	3	11.7	3	93	0	52	34	5	0	60	1.21
86364589--86364673	35	2.4	35	96	0	152	37	14	5	42	1.69
86365324--86365373	22	2.2	23	79	10	59	64	10	8	18	1.48
86366182--86366244	7	8.9	7	78	15	67	68	0	17	14	1.22
86366181--86366225	20	2.2	20	92	0	72	66	0	20	13	1.24
86366174--86366244	14	5.0	13	78	13	61	69	0	18	12	1.20
86366195--86366235	16	2.8	16	89	10	61	75	0	12	12	1.05
86367604--86367725	50	2.4	50	76	0	136	34	21	16	27	1.95
86368590--86368634	23	2.1	20	84	12	54	24	0	6	68	1.13
86373802--86373862	25	2.5	25	83	2	70	29	14	24	31	1.95
86373905--86373958	27	2.0	27	82	13	67	50	1	11	37	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86374039--86374072	13	2.7	12	90	9	50	52	2	17	26	1.58
86377186--86377220	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
86389453--86389493	21	2.0	21	85	0	55	19	0	26	53	1.45
86407665--86407712	25	2.0	24	84	12	62	60	0	4	35	1.16
86420296--86420555	27	9.6	27	84	0	331	39	20	8	31	1.82
86420296--86420556	54	4.8	54	88	1	380	39	20	8	31	1.82
86420296--86420625	54	6.1	54	82	4	362	39	20	8	31	1.83
86420296--86420625	81	4.1	80	81	6	326	39	20	8	31	1.83
86420296--86420625	27	12.2	27	79	7	269	39	20	8	31	1.83
86420655--86420904	27	9.3	27	85	5	310	36	19	19	25	1.95
86421572--86421673	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
86421832--86421928	6	15.8	6	70	16	65	20	17	14	47	1.82
86421820--86421944	31	4.1	31	82	3	146	20	16	14	48	1.80
86424746--86424800	23	2.4	23	75	6	67	74	3	1	20	1.06
86432925--86432970	23	2.0	23	100	0	92	26	8	26	39	1.85
86435616--86435647	16	1.9	17	93	6	57	25	0	21	53	1.46
86443972--86444044	25	2.9	25	85	0	83	27	21	19	31	1.97
86443996--86444066	25	2.9	25	82	2	81	25	23	21	29	1.99
86445159--86445202	19	2.2	20	88	4	63	47	2	13	36	1.56
86495267--86495492	50	4.5	51	79	9	223	25	18	25	30	1.98
86495317--86495504	99	1.9	100	81	6	229	26	18	25	30	1.98
86500748--86500826	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86504665--86504768	27	3.9	27	84	3	131	33	19	23	24	1.97
86505194--86505263	27	2.7	25	73	18	70	20	22	18	38	1.93
86505383--86505444	25	2.5	25	91	0	97	22	19	12	45	1.84
86505434--86505464	12	2.6	12	94	0	53	16	12	12	58	1.64
86507431--86507535	27	3.9	27	70	9	88	37	22	7	32	1.83
86507526--86507712	27	7.0	27	84	4	245	36	18	19	25	1.95
86507526--86507709	54	3.4	54	90	3	275	36	18	20	25	1.95
86508075--86508115	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
86508326--86508449	6	20.3	6	74	15	103	20	18	12	48	1.80
86508326--86508417	25	3.8	24	82	7	114	19	19	14	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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