genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86512761--86512879	45	2.6	45	77	9	127	25	14	24	36	1.93
86515645--86515688	15	2.9	15	79	0	52	15	11	18	54	1.70
86520162--86520264	45	2.3	45	81	3	118	40	17	20	21	1.91
86520252--86520279	12	2.3	12	100	0	56	50	7	17	25	1.72
86520465--86520532	21	3.3	21	68	15	61	38	20	8	32	1.84
86521427--86521464	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
86521501--86521558	24	2.4	24	83	11	66	27	15	5	51	1.64
86523702--86523825	62	2.0	62	100	0	248	24	24	14	37	1.93
86542555--86542607	6	8.8	6	91	0	88	45	16	20	16	1.86
86542587--86542691	45	2.3	45	90	3	167	42	19	17	20	1.89
86543515--86543575	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
86545655--86545698	23	1.9	23	85	0	61	20	15	40	22	1.90
86550290--86550707	39	10.6	39	87	4	551	24	26	21	27	2.00
86564149--86564966	46	17.8	46	99	0	1611	19	21	30	28	1.98
86565410--86565535	65	1.9	65	93	0	216	25	15	25	34	1.95
86566520--86566572	24	2.2	23	83	6	61	30	22	3	43	1.71
86567510--86567556	3	15.7	3	90	0	67	65	6	0	27	1.16
86570263--86570644	51	7.5	51	96	0	669	25	20	24	29	1.99
86570263--86570699	51	8.6	50	94	1	249	25	19	24	30	1.98
86579360--86579405	18	2.6	18	92	0	74	32	17	21	28	1.96
86585221--86585282	25	2.5	25	83	0	79	22	19	22	35	1.96
86585244--86585298	24	2.2	25	83	3	67	25	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86589067--86589126	23	2.6	22	75	12	59	53	5	3	38	1.39
86596338--86596404	25	2.7	23	76	13	62	58	1	2	37	1.23
86596794--86596827	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
86598250--86598533	142	2.0	142	100	0	568	33	20	18	27	1.96
86609687--86609718	14	2.3	14	100	0	64	21	0	15	62	1.32
86632014--86632057	22	2.0	22	86	13	63	29	4	6	59	1.44
86638992--86639029	20	1.9	20	84	10	51	23	13	18	44	1.85
86644546--86644604	30	2.0	30	86	0	82	18	20	28	32	1.96
86645021--86645069	23	2.2	22	82	10	55	30	0	24	44	1.54
86659728--86659804	31	2.5	30	79	6	91	9	37	32	20	1.84
86661249--86661307	30	2.0	30	96	0	109	40	10	15	33	1.81
86662140--86662308	45	3.9	45	82	5	195	24	20	28	26	1.99
86669946--86670149	45	4.7	43	82	8	218	25	20	28	25	1.99
86673393--86673486	40	2.3	40	81	3	109	24	17	25	32	1.96
86683395--86683444	23	2.1	24	88	3	75	22	22	14	42	1.88
86685926--86685977	21	2.5	21	82	14	72	32	0	21	46	1.52
86688620--86688667	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
86688711--86688768	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
86688715--86688768	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
86688819--86688959	23	6.1	23	90	4	223	26	21	21	30	1.98
86688818--86688980	23	7.0	24	88	4	176	26	21	22	29	1.99
86692740--86692862	52	2.4	52	88	2	176	34	15	26	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86692740--86692862	24	4.7	27	77	15	132	34	15	26	23	1.94
86692886--86692982	51	1.9	51	89	4	151	31	14	25	27	1.95
86694853--86694918	30	2.3	29	89	5	98	24	22	33	19	1.97
86697586--86697810	40	5.7	39	87	3	281	25	28	22	22	1.99
86699795--86699832	18	2.1	18	85	9	51	34	21	31	13	1.91
86706225--86706550	48	6.8	48	77	4	298	28	20	28	23	1.99
86706234--86706550	96	3.3	96	81	1	332	28	20	28	22	1.99
86706224--86706539	144	2.2	144	81	3	368	28	20	28	23	1.99
86711603--86711629	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
86713753--86713789	20	1.9	18	89	10	56	54	5	0	40	1.24
86714521--86714554	17	2.0	17	100	0	68	47	11	0	41	1.40
86721302--86721343	21	2.0	21	95	0	75	21	4	16	57	1.58
86729701--86729906	53	3.8	53	78	3	205	37	18	24	19	1.94
86742979--86743882	40	22.6	40	97	1	1627	29	27	20	22	1.98
86748550--86748610	30	2.0	30	83	3	77	31	24	6	37	1.81
86761385--86761431	20	2.3	20	100	0	94	21	38	31	8	1.83
86769092--86769315	40	5.6	40	94	2	355	22	24	28	25	1.99
86777279--86777525	40	6.2	40	76	13	192	23	21	28	27	1.99
86777320--86777502	79	2.3	80	87	0	251	22	21	28	27	1.99
86777320--86777525	79	2.6	78	80	6	227	23	21	28	27	1.99
86785531--86785805	50	5.8	48	76	10	242	23	28	19	28	1.98
86785534--86785708	95	1.8	95	86	2	253	25	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86786320--86786380	31	2.0	30	83	3	77	34	22	6	36	1.81
86790362--86790550	50	3.8	49	81	2	207	25	17	27	28	1.98
86790362--86790549	99	1.9	101	83	2	245	25	18	27	28	1.98
86793104--86793228	63	2.0	62	96	0	223	27	9	31	31	1.88
86794375--86794558	40	4.6	40	81	9	214	26	23	26	23	2.00
86794375--86794558	80	2.3	80	85	5	239	26	23	26	23	2.00
86800501--86800538	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
86803988--86804065	39	2.0	39	94	0	138	51	10	25	12	1.71
86804263--86804294	15	2.0	17	88	11	50	34	0	0	65	0.93
86806120--86806213	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
86809915--86810187	40	6.8	40	86	5	336	24	21	28	25	1.99
86809915--86810187	122	2.3	120	85	2	368	24	21	28	25	1.99
86814475--86814568	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
86818487--86818528	14	3.1	14	86	3	59	26	0	4	69	1.08
86832779--86832881	46	2.2	46	85	3	134	33	14	24	27	1.94
86843300--86843419	60	2.0	60	93	3	206	24	25	25	24	2.00
86843360--86843439	40	2.0	40	95	0	142	22	25	27	25	2.00
86843363--86843466	40	2.6	40	86	1	129	26	25	25	22	2.00
86844507--86844571	23	3.0	21	79	16	71	41	15	6	36	1.72
86848817--86848850	16	2.1	17	88	5	52	41	2	0	55	1.15
86856031--86856116	40	2.2	40	95	0	154	22	19	29	29	1.98
86856811--86856879	35	2.0	35	97	0	129	28	5	13	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86860959--86861109	43	3.5	44	83	8	202	29	14	23	33	1.94
86864907--86864964	21	2.8	20	78	16	64	36	3	0	60	1.14
86869792--86869959	85	2.0	85	96	0	309	41	18	17	22	1.91
86870482--86870775	41	7.2	41	93	0	509	28	28	22	19	1.98
86871049--86871209	80	2.0	80	98	0	313	37	18	8	35	1.81
86878484--86878699	108	2.0	108	100	0	432	22	24	11	42	1.85
86882088--86882134	22	2.1	22	96	0	85	27	12	17	42	1.85
86891990--86892096	43	2.5	43	81	6	119	27	16	24	31	1.96
86909529--86909704	46	3.8	45	75	10	185	22	21	27	28	1.99
86909525--86909696	93	1.8	93	91	0	281	22	21	27	27	1.99
86911642--86911718	38	2.0	38	100	0	154	38	10	15	35	1.82
86912681--86912721	20	2.0	21	85	4	57	7	41	0	51	1.30
86927899--86927992	40	2.3	40	83	7	111	26	27	18	27	1.98
86937267--86937354	44	2.0	44	86	0	122	28	20	23	27	1.99
86940468--86940530	27	2.3	27	88	0	90	25	25	20	28	1.99
86940500--86940628	34	3.8	33	81	10	111	25	24	22	27	2.00
86940522--86940627	34	3.1	34	86	5	135	26	25	22	25	2.00
86946021--86946245	50	4.5	50	78	5	222	23	18	27	30	1.98
86950267--86950372	55	1.9	55	96	0	194	33	14	28	23	1.94
86953518--86953794	51	5.5	50	79	8	312	25	19	24	29	1.99
86953514--86953813	101	3.0	101	95	1	523	25	20	25	29	1.99
86965653--86965966	46	6.6	46	76	11	246	28	19	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86967513--86967568	28	2.0	28	92	0	94	46	3	7	42	1.48
86969032--86969221	39	4.8	38	82	11	240	24	26	23	25	2.00
86969032--86969221	79	2.4	79	100	0	380	24	26	23	25	2.00
86971987--86972143	44	3.7	42	75	10	149	24	19	26	29	1.98
86971987--86972137	43	3.5	43	76	11	157	25	19	25	29	1.99
86975022--86975083	30	2.1	30	93	0	106	29	1	35	33	1.67
86978618--86978861	48	5.1	48	74	12	223	27	21	28	23	1.99
86978618--86978867	96	2.6	96	84	5	328	27	21	28	23	1.99
86990583--86990627	24	1.9	24	90	4	74	53	6	24	15	1.66
86998371--86998606	48	4.9	48	83	8	275	27	19	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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