Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  231  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
76875925--76876813
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1.88
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2.3
13
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0
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34
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76877777--76878385
116
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663
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16
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2.4
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0
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1.00
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2.5
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46
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0
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51
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
0
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10
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10
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24
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3.0
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148
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31
24
16
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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86
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1.97
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612
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22
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1.97
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0
58
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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109
46
13
8
31
1.74
77096945--77097005
13
4.7
13
74
8
52
49
8
1
40
1.42
77096926--77096999
25
2.9
25
82
8
69
45
5
4
44
1.45
77100731--77100853
40
3.1
40
75
10
135
34
19
23
21
1.96
77100899--77101134
41
5.8
41
89
2
323
19
19
32
28
1.96
77101230--77101288
26
2.3
26
82
5
75
57
3
10
28
1.48
77101449--77101479
14
2.2
14
100
0
62
19
0
35
45
1.51
77101585--77101624
21
1.9
21
89
0
62
32
0
37
30
1.58
77101655--77101794
74
1.9
76
86
3
203
31
0
22
45
1.58
77118826--77118886
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
77121066--77121137
31
2.3
31
95
0
126
20
26
38
13
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77122288--77122324
14
2.6
14
86
0
56
24
10
5
59
1.52
77126956--77127180
40
5.6
40
82
5
249
24
24
27
23
2.00
77126956--77127216
80
3.3
80
82
3
303
25
24
26
24
2.00
77126956--77127216
120
2.2
120
82
6
316
25
24
26
24
2.00
77135845--77135924
40
2.0
40
87
0
115
37
11
18
32
1.87
77143006--77143036
9
3.4
9
90
0
53
25
25
38
9
1.86
77143001--77143036
18
2.0
18
94
0
63
27
22
36
13
1.92
77143122--77143201
28
2.8
29
86
3
110
23
16
31
28
1.96
77166389--77166422
10
3.3
10
88
8
50
58
14
20
5
1.57
77175280--77175309
15
2.1
15
93
6
53
30
6
26
36
1.82
77177235--77177443
43
4.9
43
92
1
323
24
20
31
23
1.98
77177248--77177524
43
6.6
41
85
7
163
26
19
30
23
1.98
77185092--77185150
30
2.0
30
96
0
109
37
27
6
28
1.82
77189296--77189341
18
2.5
18
92
3
74
43
0
6
50
1.28
77191288--77191321
18
1.9
17
88
5
50
44
0
0
55
0.99
77191321--77191505
43
4.3
43
86
0
235
23
17
28
30
1.97
77194346--77194394
22
2.1
21
82
14
53
34
12
0
53
1.39
77196015--77196276
39
6.7
40
87
7
337
25
22
27
24
2.00
77209161--77209221
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
77213990--77214039
22
2.3
22
79
6
57
78
4
8
10
1.09
77214056--77214098
17
2.7
16
86
10
61
74
0
0
25
0.82
77214030--77214098
15
4.3
17
78
10
67
73
0
1
24
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
77214127--77214176
10
4.8
10
79
16
57
76
0
0
24
0.80
77214125--77214176
22
2.5
20
85
11
77
75
0
0
25
0.81
77214503--77214561
30
2.0
30
86
0
82
16
35
27
20
1.94
77219281--77219343
32
1.9
34
93
6
112
49
11
3
36
1.54
77222628--77222748
27
4.4
27
74
10
93
26
19
4
49
1.68
77225844--77225958
42
2.7
42
74
5
108
31
14
22
31
1.94
77228009--77228132
28
4.3
29
86
3
162
29
30
13
26
1.94
77234673--77234807
58
2.3
58
96
1
243
43
11
14
30
1.80
77235763--77235886
29
4.3
29
75
2
117
32
29
12
25
1.93
77239654--77239754
37
2.7
38
83
10
120
25
20
27
25
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284