genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173029--2173138	58	1.9	58	88	0	166	36	23	3	36	1.73
2177095--2177366	46	5.8	47	77	7	191	29	18	29	22	1.97
2177191--2177363	47	3.7	48	75	8	135	30	18	27	23	1.98
2180907--2180977	33	2.2	33	100	0	142	53	16	5	23	1.64
2192342--2192375	17	1.9	18	88	5	52	5	26	47	20	1.73
2194326--2194429	43	2.5	42	80	7	122	24	16	28	30	1.96
2196940--2196993	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
2203155--2203179	7	3.6	7	100	0	50	24	16	44	16	1.86
2204436--2204560	29	4.3	29	89	3	182	25	15	29	29	1.96
2205209--2205234	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
2217490--2217630	43	3.3	42	83	4	167	23	15	29	31	1.95
2219803--2219897	49	1.9	49	93	0	163	27	26	18	27	1.98
2220143--2220196	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
2220492--2220550	30	2.0	30	89	0	91	32	18	8	40	1.81
2222608--2222722	57	2.0	57	98	0	221	31	20	10	38	1.86
2226937--2226961	7	3.6	7	100	0	50	24	16	44	16	1.86
2229699--2230049	47	7.4	47	93	1	567	28	30	8	32	1.87
2231605--2231836	56	4.1	56	97	0	437	22	22	9	45	1.81
2232264--2232295	16	2.0	16	93	0	55	46	18	21	12	1.82
2232508--2232603	29	3.3	29	88	1	140	25	14	31	29	1.95
2243535--2243604	34	2.1	34	97	0	131	24	15	21	38	1.92
2252254--2252516	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260195--2260577	40	9.6	40	92	2	538	26	28	20	24	1.99
2260509--2260586	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2262682--2262782	43	2.3	43	84	0	121	25	29	20	23	1.99
2263956--2264024	29	2.4	28	81	11	77	40	24	0	34	1.56
2264686--2264869	6	29.8	6	70	15	108	50	13	16	19	1.77
2264704--2264784	37	2.2	37	88	0	117	51	14	14	18	1.76
2264704--2264869	62	2.7	62	90	0	251	50	13	16	19	1.79
2264712--2264866	19	7.6	19	68	23	84	49	14	17	19	1.80
2264740--2264806	25	2.7	25	85	0	98	52	14	14	17	1.75
2264737--2264847	31	3.6	31	70	13	93	49	13	16	20	1.79
2264802--2264869	25	2.7	25	81	0	91	47	13	19	20	1.82
2265087--2265137	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
2265382--2265633	27	9.3	27	81	6	226	25	18	17	37	1.93
2265383--2265623	54	4.5	54	79	4	263	25	19	17	37	1.93
2265412--2265623	81	2.6	80	86	3	282	25	18	17	38	1.92
2265615--2265713	27	3.7	27	71	12	78	32	8	21	38	1.82
2265615--2265771	80	2.0	81	83	1	199	32	8	21	37	1.83
2265668--2265948	27	10.4	27	84	1	294	30	9	22	38	1.85
2268750--2268801	18	3.0	16	76	17	59	5	30	0	63	1.18
2269865--2269922	26	2.2	27	81	12	75	36	27	10	25	1.89
2270030--2270090	28	2.2	28	90	0	95	16	21	24	37	1.93
2270038--2270109	28	2.6	27	82	6	81	20	22	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276629--2276679	18	2.8	18	82	8	68	3	33	0	62	1.13
2277877--2277965	28	3.3	28	82	4	112	16	23	22	37	1.94
2278063--2279406	672	2.0	672	99	0	2643	26	17	19	36	1.94
2280372--2280402	7	4.4	7	100	0	62	29	0	54	16	1.42
2285065--2285134	30	2.3	30	85	0	86	14	31	35	18	1.91
2287152--2287205	27	2.0	27	96	0	99	14	9	3	72	1.24
2298091--2298276	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
2298144--2298309	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
2311997--2312028	8	4.0	8	91	0	55	25	28	37	9	1.87
2318212--2318293	34	2.5	33	78	7	85	28	23	25	23	2.00
2321203--2321243	13	3.4	13	80	12	52	58	4	4	31	1.40
2321272--2321322	17	2.7	19	73	8	52	66	7	5	19	1.38
2331017--2331143	55	2.3	54	84	1	164	39	19	10	30	1.85
2331017--2331240	27	8.2	27	80	8	179	40	17	10	30	1.84
2331422--2331520	50	2.0	50	87	0	144	22	20	31	26	1.98
2333476--2333739	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
2336709--2336934	46	4.8	46	78	10	192	23	30	16	30	1.96
2336709--2336925	47	4.6	46	78	9	181	23	29	17	29	1.97
2338666--2338891	46	4.8	46	78	10	192	23	30	16	30	1.96
2338666--2338882	47	4.6	46	78	9	181	23	29	17	29	1.97
2340068--2340346	139	2.0	139	94	1	488	30	21	14	32	1.93
2351049--2351081	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354010--2354037	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2354010--2354050	13	3.2	13	89	3	57	80	0	2	17	0.82
2359425--2359457	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
2361068--2361289	46	4.8	46	77	8	173	24	29	18	28	1.98
2364520--2364602	27	3.1	27	83	11	107	37	21	9	31	1.86
2364558--2364616	27	2.2	27	84	0	73	45	16	11	25	1.82
2365390--2365457	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
2371834--2371888	26	2.2	24	76	14	58	47	18	14	20	1.83
2371903--2372048	32	4.6	32	92	3	235	36	19	20	23	1.95
2372502--2372584	27	3.1	27	85	1	96	28	10	22	37	1.88
2374075--2374102	12	2.3	12	100	0	56	42	28	0	28	1.56
2379700--2379773	37	2.0	37	100	0	148	40	10	13	35	1.80
2381876--2381921	24	1.9	24	95	0	83	54	15	21	8	1.68
2383688--2383719	14	2.2	15	94	5	57	75	3	6	15	1.14
2384392--2384456	17	3.7	17	69	15	51	12	27	32	27	1.92
2389012--2389041	6	5.0	6	91	0	51	83	3	0	13	0.77
2390813--2390905	40	2.3	40	85	7	127	27	16	27	27	1.97
2393744--2393808	34	1.9	33	84	3	85	23	24	23	29	1.99
2395806--2395961	43	3.6	43	70	11	131	25	19	27	26	1.99
2401327--2401492	47	3.6	44	78	13	140	23	19	31	25	1.98
2401462--2401586	49	2.6	48	83	7	146	29	20	28	21	1.98
2402310--2402428	55	2.2	55	82	5	143	22	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404253--2404475	111	2.0	111	94	0	392	31	17	18	32	1.94
2407756--2407798	18	2.5	17	92	3	68	60	13	16	9	1.58
2408891--2409191	94	3.2	92	74	10	261	25	19	30	24	1.98
2408891--2409191	47	6.4	46	69	13	166	25	19	30	24	1.98
2409067--2409191	49	2.6	48	81	7	137	26	20	30	23	1.98
2409964--2410074	55	2.0	55	82	3	134	19	25	29	25	1.99
2413138--2413310	43	4.0	43	72	11	140	23	17	27	31	1.97
2417219--2417444	47	4.6	48	72	17	153	22	29	21	27	1.99
2426415--2426516	40	2.5	40	77	12	111	26	15	29	28	1.96
2443747--2443814	34	2.0	34	85	5	93	30	20	20	27	1.98
2447643--2447737	42	2.2	42	81	1	100	32	26	16	24	1.96
2447676--2447780	44	2.4	43	84	6	124	33	26	19	20	1.96
2454048--2454111	30	2.2	29	97	2	119	28	17	20	34	1.95
2456139--2456210	34	2.1	35	94	2	128	29	16	18	36	1.93
2457699--2457810	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
2457699--2457810	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
2459468--2459563	42	2.3	43	89	3	142	17	17	23	40	1.91
2476172--2476242	27	2.6	27	88	0	106	42	25	7	25	1.80
2476133--2476242	54	2.0	54	85	3	150	40	26	5	28	1.78
2476225--2476404	27	6.6	27	73	12	113	46	16	5	31	1.70
2476198--2476434	54	4.4	54	78	6	203	44	17	6	31	1.75
2476195--2476434	109	2.2	108	78	8	256	43	17	7	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476143--2476462	27	11.8	27	75	4	99	41	19	7	31	1.79
2476882--2476946	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
2477149--2477193	22	2.0	22	91	0	72	11	15	24	48	1.77
2484755--2484825	34	2.1	34	89	0	106	19	23	26	29	1.98
2484860--2484901	11	3.3	13	77	16	52	28	52	2	16	1.56
2487156--2487222	26	2.6	27	77	13	70	37	1	1	59	1.16
2487231--2487313	26	3.4	24	78	15	89	32	6	0	61	1.20
2487226--2487307	8	10.4	8	71	20	57	32	6	0	60	1.21
2487192--2487275	5	16.4	5	74	15	57	34	1	2	61	1.16
2492302--2492563	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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