genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95012566--95012668	54	1.9	54	88	4	154	41	6	21	30	1.79
95012501--95012679	27	6.6	27	83	1	126	34	6	22	36	1.80
95012582--95012693	54	2.1	54	86	3	154	38	7	23	31	1.82
95033220--95033458	120	2.0	120	99	0	469	31	17	9	41	1.81
95034654--95034678	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
95037103--95037186	43	2.0	43	90	0	132	32	29	22	15	1.95
95037174--95037494	40	8.0	40	85	1	419	27	28	21	22	1.99
95037174--95037494	80	4.0	80	91	0	473	27	28	21	22	1.99
95039265--95039414	47	3.2	47	98	0	282	30	28	9	32	1.88
95041266--95041290	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
95052463--95052851	47	8.3	47	93	0	634	27	29	8	33	1.87
95055913--95056095	56	3.3	56	93	0	303	28	29	19	22	1.98
95055942--95056119	28	6.5	28	68	12	109	29	26	19	24	1.98
95056301--95056403	40	2.6	40	96	0	188	26	29	23	21	1.99
95056469--95056581	38	3.0	38	86	0	127	24	29	16	29	1.97
95070459--95070643	40	4.7	40	82	6	216	24	28	22	23	1.99
95070459--95070643	79	2.3	82	82	9	222	24	28	22	23	1.99
95072103--95072191	42	2.1	43	91	2	144	25	20	20	33	1.97
95073130--95073671	272	2.0	270	95	0	967	27	23	18	30	1.98
95074797--95074838	20	2.1	20	100	0	84	11	38	9	40	1.75
95078537--95079026	28	17.5	28	99	0	946	25	11	28	35	1.90
95081395--95081420	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95083172--95083356	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
95083173--95083356	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
95083173--95083389	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
95086488--95086673	93	2.0	93	100	0	372	31	16	29	23	1.96
95088678--95088799	62	2.0	62	96	0	226	22	22	24	30	1.99
95091267--95091489	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
95091267--95091489	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
95091267--95091522	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
95094026--95094057	11	2.9	11	100	0	64	75	0	0	25	0.81
95098623--95098777	43	3.6	43	92	0	256	29	30	26	13	1.94
95098610--95098777	86	2.0	86	93	0	291	29	30	25	14	1.95
95098770--95098877	38	2.8	38	87	0	135	26	25	24	23	2.00
95103239--95103437	39	5.1	39	90	0	290	26	29	22	22	1.99
95106223--95106347	29	4.3	29	75	4	117	30	36	16	16	1.91
95106253--95106381	57	2.3	57	91	0	204	28	34	18	17	1.94
95106280--95106379	28	3.5	28	72	2	101	28	35	19	18	1.94
95110253--95110372	58	2.1	58	93	0	204	54	13	5	27	1.59
95114426--95114537	43	2.6	42	83	5	136	28	25	16	29	1.96
95117665--95117887	50	4.7	48	76	14	192	21	30	20	27	1.98
95117665--95117935	94	2.8	93	77	9	269	22	30	20	26	1.98
95130536--95130574	19	2.1	19	85	0	51	69	2	0	28	1.02
95134486--95134541	22	2.5	22	79	0	58	33	23	23	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95134505--95134546	22	1.9	22	90	0	66	28	19	26	26	1.98
95134919--95135047	27	4.8	27	79	0	141	27	6	20	44	1.77
95134919--95135066	54	2.7	54	81	0	170	27	7	21	43	1.79
95134919--95135066	27	5.5	27	75	7	104	27	7	21	43	1.79
95139164--95139316	27	5.7	27	77	5	132	32	10	18	38	1.85
95139173--95139316	53	2.7	53	80	3	137	34	10	16	38	1.83
95139227--95139290	26	2.4	27	84	7	78	32	7	17	42	1.78
95139758--95139799	19	2.3	19	88	8	61	23	40	21	14	1.90
95141852--95141884	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
95142452--95142516	32	2.0	33	85	5	89	41	27	16	13	1.87
95143338--95143503	81	2.0	81	85	0	224	28	12	22	36	1.90
95143338--95143503	27	6.1	27	73	2	163	28	12	22	36	1.90
95146032--95146091	23	2.6	23	86	0	84	23	28	31	16	1.96
95148177--95148208	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
95148635--95148967	24	13.9	24	74	11	263	25	11	26	36	1.90
95148636--95148939	48	6.3	48	79	6	321	25	11	26	36	1.90
95148636--95148938	96	3.2	96	96	0	543	25	11	26	36	1.90
95154296--95154333	20	2.0	20	89	5	60	10	7	28	52	1.64
95155300--95155337	20	2.0	20	89	5	60	10	7	28	52	1.64
95158592--95158715	66	1.9	65	91	1	203	29	15	8	46	1.74
95159176--95159223	23	2.1	23	96	0	87	33	8	25	33	1.86
95159270--95159312	16	2.5	17	81	11	52	76	2	0	20	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95159259--95159315	18	3.0	19	75	12	55	77	1	1	19	0.95
95163789--95163831	21	2.0	21	81	0	50	13	23	23	39	1.90
95163903--95163945	22	2.0	22	86	4	61	30	11	16	41	1.83
95167805--95167969	40	4.2	39	82	5	179	21	28	18	32	1.96
95171497--95171680	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
95171497--95171677	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
95175182--95175424	50	4.8	50	78	2	252	26	16	26	30	1.97
95175232--95175418	101	1.9	101	91	0	311	26	19	26	28	1.99
95177416--95177448	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
95177451--95177485	11	3.3	11	84	8	54	80	2	0	17	0.84
95177454--95177483	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
95181942--95181975	14	2.4	14	90	0	50	50	0	2	47	1.16
95200417--95200449	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
95221015--95221165	43	3.5	43	80	8	157	31	23	16	28	1.96
95224529--95226718	112	19.6	112	99	0	4371	41	14	10	33	1.80
95227254--95227281	13	2.2	13	100	0	56	39	28	17	14	1.89
95227328--95227362	18	2.0	18	88	5	54	20	11	11	57	1.64
95240753--95240852	50	2.0	50	90	0	155	45	14	5	36	1.66
95244673--95244892	40	5.5	40	85	1	253	25	26	25	23	2.00
95244637--95244892	80	3.2	79	85	6	304	25	25	24	24	2.00
95262504--95262534	15	2.1	15	93	0	53	67	3	0	29	1.06
95262517--95262543	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95263022--95263192	84	2.0	84	95	0	306	42	16	9	32	1.80
95269379--95269502	48	2.6	48	81	7	144	18	18	29	33	1.95
95271966--95272141	46	3.8	46	81	4	228	21	21	29	27	1.98
95271962--95272133	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	26	1.98
95275065--95275133	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
95275056--95275143	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
95277535--95277710	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
95277532--95277702	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
95281946--95282040	29	3.3	29	82	1	120	30	26	13	29	1.94
95283715--95283748	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
95284984--95285102	28	4.2	28	77	5	105	24	31	15	28	1.96
95287177--95287305	7	18.0	7	90	4	195	44	40	0	14	1.45
95293477--95293533	27	2.1	28	90	3	89	43	7	7	42	1.58
95294029--95294071	18	2.4	18	92	0	68	69	4	13	11	1.33
95294998--95295071	37	2.0	37	94	0	130	45	14	31	8	1.74
95295745--95295816	7	10.1	7	69	19	51	63	5	1	29	1.25
95295774--95295806	11	3.1	11	95	4	59	66	6	0	27	1.15
95295740--95295816	35	2.3	33	84	10	95	63	5	1	29	1.24
95295964--95296034	33	2.2	33	87	5	101	43	4	0	52	1.20
95296039--95296182	7	19.7	7	67	25	68	60	4	2	32	1.30
95295533--95296063	290	1.8	287	94	2	949	52	5	8	33	1.55
95296049--95296086	17	2.3	17	95	4	69	50	10	0	39	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95296072--95296182	28	4.0	28	76	14	88	62	3	3	30	1.29
95296125--95296192	15	4.9	15	83	16	85	63	0	7	29	1.21
95296072--95296172	35	2.8	35	80	15	93	61	3	3	30	1.32
95296087--95296182	11	9.0	10	72	22	63	63	2	4	30	1.24
95296597--95296640	22	2.0	22	100	0	88	54	4	22	18	1.61
95300391--95300569	85	2.1	85	98	0	349	38	8	26	26	1.85
95310301--95310395	46	2.1	46	83	0	118	32	9	30	27	1.88
95311031--95311073	6	7.0	6	84	5	59	32	0	67	0	0.91
95313451--95313530	42	1.9	42	94	0	142	21	27	27	23	1.99
95324647--95324704	30	1.9	30	86	6	82	36	10	20	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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