genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183706--8183874	93	1.8	93	94	0	302	27	28	21	21	1.99
8183698--8183873	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
8193952--8193983	13	2.5	13	94	0	55	25	37	28	9	1.87
8194942--8195223	70	4.0	70	98	0	539	26	18	17	37	1.93
8195845--8195977	48	2.7	50	87	2	180	25	30	18	26	1.98
8205610--8205643	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
8206526--8206554	6	5.0	6	95	4	51	51	0	0	48	1.00
8206452--8206565	55	2.1	54	83	8	142	42	6	2	48	1.42
8211881--8211958	33	2.4	33	82	6	95	34	19	23	23	1.96
8213086--8213121	12	3.0	12	91	0	54	30	13	33	22	1.93
8215262--8215355	27	3.4	28	86	2	118	26	9	28	35	1.88
8215286--8215369	27	3.0	27	84	5	78	29	9	25	35	1.87
8225072--8225168	40	2.4	41	86	10	130	25	16	28	28	1.97
8232940--8232984	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
8233058--8233312	55	4.8	54	79	7	256	22	25	16	34	1.95
8233103--8233302	108	1.8	110	88	4	307	25	26	16	32	1.96
8258533--8258638	44	2.4	44	81	4	108	33	23	13	30	1.93
8262627--8262658	16	2.0	16	100	0	64	18	31	31	18	1.95
8281505--8281536	15	2.1	15	100	0	64	28	28	12	31	1.93
8283706--8283750	17	2.8	15	81	15	54	51	4	0	44	1.21
8283789--8283841	20	2.7	19	77	5	61	45	5	0	49	1.26
8283809--8283857	23	2.1	23	92	0	80	46	2	0	51	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8293023--8293055	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
8294129--8294171	16	2.7	16	96	0	77	48	18	23	9	1.76
8294129--8294171	8	5.4	8	80	0	50	48	18	23	9	1.76
8294383--8294497	29	4.0	29	84	6	137	27	15	28	27	1.96
8294396--8294506	57	1.9	58	87	1	161	27	16	28	27	1.97
8299933--8299961	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
8303091--8303115	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
8311207--8311258	17	2.8	20	80	17	74	40	19	5	34	1.75
8314420--8314529	42	2.6	41	81	8	132	27	15	26	30	1.96
8320755--8320814	30	2.0	30	90	0	93	40	5	25	30	1.77
8329313--8329373	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
8338753--8338830	25	3.2	25	83	3	79	26	19	21	32	1.97
8338760--8338829	25	2.8	25	86	2	97	25	21	24	28	1.99
8339032--8339140	27	4.0	27	91	0	155	24	22	19	33	1.97
8339128--8339281	27	5.7	27	79	6	89	29	9	22	39	1.84
8339182--8339336	81	1.9	81	88	2	231	27	7	23	41	1.82
8339176--8339341	27	6.1	27	85	2	190	29	7	22	40	1.82
8339329--8339539	27	7.8	27	86	0	278	40	7	21	29	1.81
8339211--8339361	81	1.9	81	81	2	187	30	7	22	39	1.81
8339300--8339539	81	3.0	81	82	1	293	39	7	21	30	1.82
8339517--8339578	27	2.3	27	82	0	70	30	8	20	40	1.82
8339329--8339564	54	4.4	54	88	0	310	39	7	22	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8348207--8348253	19	2.3	20	76	20	53	38	4	17	40	1.69
8348910--8348970	27	2.3	27	82	0	68	44	21	4	29	1.73
8348966--8349102	27	5.2	27	85	5	147	36	17	18	27	1.93
8349491--8349555	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
8349714--8349792	27	3.0	26	81	5	95	20	21	18	39	1.93
8349915--8349997	25	3.6	25	70	18	70	20	18	13	48	1.81
8349915--8349966	19	2.7	19	90	0	77	19	15	15	50	1.79
8349977--8350054	12	6.9	12	73	14	67	20	17	11	50	1.77
8349980--8350054	6	12.3	6	70	13	55	20	17	12	50	1.77
8349939--8350045	37	2.9	37	77	4	117	19	18	11	50	1.77
8351990--8352286	150	2.0	150	97	0	558	27	23	18	29	1.98
8352590--8352875	144	2.0	144	99	0	565	30	16	27	25	1.97
8361336--8361374	20	1.9	20	84	5	51	48	0	5	46	1.24
8362954--8363052	47	2.1	47	83	3	119	19	21	21	38	1.94
8363122--8363233	18	6.2	18	74	0	89	33	13	16	36	1.87
8368118--8368157	20	2.0	20	85	5	53	47	0	7	45	1.31
8370919--8371102	50	3.7	50	81	6	205	30	27	16	25	1.97
8370919--8371102	101	1.8	99	86	6	264	30	27	16	25	1.97
8372566--8372677	18	6.2	18	74	0	98	36	14	14	34	1.86
8372566--8372677	36	3.1	36	79	2	127	36	14	14	34	1.86
8374225--8374287	29	2.2	29	100	0	126	39	22	3	34	1.70
8393037--8393169	46	2.9	45	86	7	169	33	24	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8393037--8393214	47	3.8	46	80	9	173	33	25	19	21	1.97
8398234--8398281	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
8398318--8398365	11	4.6	11	80	12	57	35	12	18	33	1.89
8398422--8398483	26	2.4	26	91	0	106	19	30	20	29	1.97
8398703--8398786	31	2.7	30	90	1	123	32	16	26	25	1.96
8398880--8398963	31	2.7	30	90	1	123	32	16	26	25	1.96
8398636--8398984	177	2.0	177	100	0	698	28	14	26	30	1.95
8405508--8405624	62	1.9	59	83	8	146	41	1	4	52	1.31
8405546--8405597	24	2.5	20	76	17	52	40	1	1	55	1.22
8409746--8409807	32	1.9	32	90	6	99	41	12	12	32	1.81
8412271--8412389	38	3.1	38	86	2	148	29	25	22	22	1.99
8420825--8420887	32	2.0	32	100	0	126	31	19	11	38	1.86
8425329--8425900	48	11.8	48	76	6	422	31	16	25	27	1.96
8435230--8435443	48	4.5	49	75	12	185	26	27	19	26	1.99
8443274--8443334	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
8444697--8444751	5	10.6	5	79	14	51	76	0	3	20	0.94
8444707--8444751	18	2.7	16	83	10	54	75	0	4	20	0.97
8448541--8448573	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
8452897--8453074	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
8452918--8453073	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
8464654--8464822	46	3.6	45	81	8	171	28	15	30	26	1.96
8471808--8471924	46	2.5	46	88	4	164	29	16	28	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8476865--8477076	48	4.5	48	70	11	157	27	26	17	27	1.98
8479427--8479533	43	2.5	43	74	8	101	28	21	24	25	1.99
8481540--8481661	60	2.0	61	95	1	219	46	7	20	25	1.76
8491157--8491337	12	15.5	12	64	14	58	59	9	6	25	1.52
8492059--8492110	16	3.3	15	80	20	54	65	0	3	30	1.10
8492071--8492122	4	13.5	4	80	8	54	69	0	1	28	0.99
8492067--8492122	11	5.0	11	77	14	53	67	0	1	30	1.01
8492070--8492122	27	2.0	27	85	7	72	67	0	1	30	1.01
8496324--8496371	25	1.9	25	91	8	80	20	4	20	54	1.61
8497607--8497639	14	2.4	14	95	5	59	42	18	15	24	1.88
8504272--8504369	29	3.4	28	74	4	88	23	23	26	26	2.00
8506387--8506528	50	2.8	50	90	0	221	28	21	24	25	1.99
8508207--8508270	29	2.2	29	94	0	110	17	21	37	23	1.94
8511882--8511955	24	3.1	24	86	0	103	25	12	29	32	1.92
8513221--8513299	23	3.5	23	72	10	81	40	17	17	24	1.91
8513215--8513336	46	2.7	46	87	3	167	43	18	16	21	1.88
8513242--8513315	23	3.3	22	72	9	69	43	16	18	21	1.88
8516806--8517089	50	5.7	50	83	2	363	28	26	18	26	1.98
8516806--8517086	101	2.8	101	95	0	492	28	25	18	26	1.98
8532375--8532927	275	2.0	275	92	0	926	33	22	16	27	1.96
8549015--8549053	10	3.9	10	86	0	51	28	0	10	61	1.28
8553926--8554047	43	2.8	43	83	9	135	31	24	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8567012--8567062	25	2.0	25	100	0	102	19	23	0	56	1.42
8568279--8568339	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
8575655--8575696	5	8.6	5	80	15	52	35	0	2	61	1.09
8575646--8575696	13	3.7	13	80	14	57	35	0	3	60	1.15
8589774--8589968	50	3.9	50	84	1	257	30	16	28	24	1.96
8613760--8613882	38	3.2	38	88	2	156	26	26	23	22	2.00
8614334--8614412	39	2.0	39	95	0	140	24	30	27	17	1.97
8616226--8616310	39	2.2	40	86	2	118	29	31	21	17	1.96
8616381--8616489	45	2.3	46	84	7	141	27	27	10	34	1.89
8618538--8618578	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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