genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6092559--6092772	47	4.6	47	89	0	320	35	12	28	24	1.91
6092560--6092806	47	5.3	47	83	2	291	34	11	29	24	1.91
6092786--6092876	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
6095061--6095306	49	4.9	50	84	2	316	26	17	26	28	1.98
6098038--6098087	15	3.3	15	80	8	57	14	14	20	52	1.75
6100841--6101085	49	4.9	49	84	3	319	26	17	25	29	1.98
6100945--6101028	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
6106709--6107043	39	8.5	39	92	1	528	19	22	28	29	1.98
6117371--6117536	47	3.6	45	80	8	165	22	19	31	25	1.98
6117284--6117584	94	3.2	93	79	5	286	24	19	30	24	1.98
6120743--6120859	55	2.1	54	81	6	137	23	25	27	23	2.00
6120758--6120873	55	2.1	55	80	3	126	20	27	31	20	1.98
6129222--6129255	17	2.0	17	88	0	50	58	2	0	38	1.13
6129716--6129799	43	2.0	43	81	9	100	28	26	17	27	1.98
6131792--6131915	45	2.7	46	79	12	144	24	30	18	26	1.98
6131792--6132006	93	2.3	94	83	7	249	26	29	18	26	1.98
6131734--6132006	48	5.8	49	73	13	198	24	29	19	26	1.98
6132545--6132687	72	2.0	72	98	0	277	30	25	9	34	1.88
6132552--6132664	36	3.1	36	66	22	101	29	23	9	38	1.86
6145424--6145460	18	2.1	18	89	0	56	37	0	2	59	1.12
6145687--6145723	18	2.1	18	100	0	74	32	0	10	56	1.34
6150053--6150141	28	3.1	29	83	4	110	28	30	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6150359--6150395	16	2.3	16	90	0	56	10	18	16	54	1.71
6158513--6158551	20	2.0	20	85	10	53	30	15	28	25	1.96
6160958--6161176	104	2.1	104	99	0	429	31	7	6	53	1.55
6165972--6165996	12	2.1	12	100	0	50	16	24	32	28	1.96
6168375--6168566	29	6.5	28	71	14	95	35	17	14	32	1.90
6173670--6173701	16	2.0	16	93	0	55	37	21	6	34	1.79
6175498--6175551	28	1.9	28	88	0	81	27	16	20	35	1.94
6179838--6180023	46	3.9	49	79	9	188	29	17	29	24	1.97
6181793--6181878	45	1.9	45	82	0	109	27	23	20	27	1.99
6182208--6182362	43	3.6	43	89	0	238	33	32	22	11	1.90
6182355--6182438	38	2.2	38	89	0	132	30	27	21	20	1.98
6185129--6185167	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
6188316--6188382	35	1.9	35	93	0	116	41	23	10	23	1.85
6188239--6188369	70	1.9	70	81	0	163	41	19	10	29	1.85
6188240--6188384	70	2.1	70	80	2	157	41	20	10	28	1.85
6193834--6193881	23	2.1	23	84	0	60	14	25	8	52	1.69
6197175--6197276	53	1.9	53	85	0	141	19	25	17	37	1.94
6198132--6198215	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
6198239--6198372	42	3.2	42	95	2	243	35	20	14	29	1.93
6198520--6198585	25	2.6	25	87	0	96	27	27	27	18	1.98
6199514--6199565	27	1.9	27	92	0	86	36	11	11	40	1.78
6199575--6199699	27	4.6	27	77	7	92	29	7	21	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6199601--6199729	27	4.8	27	80	5	136	27	10	20	41	1.84
6199602--6199729	54	2.4	54	82	5	152	28	10	20	41	1.84
6199659--6199740	27	3.0	26	73	7	74	26	9	23	40	1.85
6199722--6199801	27	3.0	26	85	5	115	37	6	25	31	1.81
6199722--6199823	54	1.9	53	84	6	134	37	6	23	32	1.81
6203335--6203592	46	5.5	47	75	12	194	28	17	28	25	1.98
6210067--6210193	43	3.0	43	79	7	109	34	22	13	29	1.92
6210122--6210219	42	2.3	43	81	13	123	33	21	14	30	1.93
6219102--6219171	32	2.2	32	92	0	113	41	2	25	30	1.70
6219102--6219155	16	3.4	16	86	0	81	37	1	29	31	1.68
6219126--6219172	16	2.9	16	80	0	58	48	4	19	27	1.67
6219344--6219496	58	2.5	61	78	8	168	52	4	0	42	1.26
6219412--6219451	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
6219475--6219520	22	2.1	21	88	11	67	65	2	0	32	1.05
6219623--6219657	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
6225443--6225556	43	2.7	43	76	11	108	35	26	14	23	1.94
6227432--6227585	42	3.7	42	80	3	177	31	24	14	29	1.94
6232064--6232244	48	3.8	48	79	1	184	25	18	28	28	1.98
6233221--6233284	32	2.0	32	100	0	128	34	9	21	34	1.86
6242905--6243217	27	11.7	27	83	4	321	40	22	16	19	1.91
6242905--6243234	81	4.1	80	81	6	355	40	21	16	20	1.91
6242905--6243180	107	2.6	108	84	5	346	41	22	17	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6243116--6243236	27	4.5	27	88	0	125	37	19	19	23	1.94
6246127--6246526	100	4.0	100	99	0	791	20	18	14	47	1.82
6250004--6250097	47	2.0	47	97	0	179	38	15	17	28	1.90
6254538--6254564	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
6260191--6260231	20	2.0	21	85	4	57	17	21	12	48	1.79
6261876--6261956	27	2.9	28	81	3	101	32	22	17	28	1.96
6266377--6266419	22	2.0	22	90	0	68	46	25	16	11	1.80
6266612--6266655	22	2.2	20	84	12	54	31	18	25	25	1.97
6266819--6266924	41	2.6	41	89	0	149	29	30	18	21	1.97
6267162--6267468	27	11.4	27	75	4	208	31	7	20	40	1.81
6267461--6267530	27	2.6	27	86	2	95	28	18	20	32	1.96
6267461--6267542	28	3.0	28	83	1	103	29	20	19	30	1.97
6270829--6270874	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14
6279620--6279802	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
6279621--6279804	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
6279673--6279837	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
6282883--6282961	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
6291001--6291079	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
6291447--6291567	63	1.9	63	100	0	242	24	18	16	40	1.90
6297837--6297988	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
6297837--6297988	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
6304529--6304620	42	2.2	42	94	0	157	35	21	14	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6304765--6304861	25	3.8	26	95	1	162	25	23	24	25	2.00
6304765--6304861	51	1.9	51	91	4	160	25	23	24	25	2.00
6304920--6304984	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
6305038--6305123	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
6305101--6305224	27	4.6	27	81	7	137	27	7	21	43	1.79
6305256--6305506	27	9.3	27	81	4	283	39	8	22	29	1.83
6305256--6305506	81	3.1	80	90	1	385	39	8	22	29	1.83
6306997--6307051	11	5.5	11	71	20	57	36	10	18	34	1.86
6306986--6307051	20	3.3	20	91	8	109	36	10	18	34	1.85
6307109--6307206	25	3.9	25	88	5	128	24	24	20	30	1.98
6314483--6314618	29	4.8	29	80	4	143	22	15	24	38	1.92
6323494--6323557	30	2.1	30	94	0	110	20	21	23	34	1.97
6329330--6329509	48	3.8	48	83	0	225	26	17	26	29	1.97
6329327--6329509	96	1.9	96	90	0	294	27	16	26	29	1.97
6329699--6329737	20	2.0	19	85	14	53	51	12	7	28	1.67
6330083--6330202	40	3.1	40	61	27	96	36	29	7	26	1.84
6331579--6331680	42	2.4	43	80	6	102	29	23	17	29	1.97
6332874--6332994	48	2.5	49	87	4	174	26	16	27	29	1.97
6337010--6337116	29	3.7	29	79	1	115	21	18	21	38	1.94
6339152--6339208	30	1.9	30	92	0	96	35	7	26	31	1.83
6349023--6349057	17	2.1	17	94	0	61	28	14	11	45	1.79
6351434--6351462	13	2.3	13	94	5	51	89	0	6	3	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6369776--6369959	40	4.6	39	82	9	194	25	21	27	26	2.00
6369809--6369992	79	2.3	77	79	9	199	26	20	26	26	1.99
6378521--6378613	47	2.0	46	89	0	132	24	20	15	38	1.91
6379547--6379629	27	3.1	28	84	6	109	19	21	21	37	1.94
6379551--6379628	28	2.9	28	86	5	106	20	23	21	34	1.97
6386324--6386419	49	2.0	49	87	0	138	23	23	12	39	1.89
6386915--6386972	8	7.4	8	86	1	55	44	22	24	8	1.80
6386918--6386963	16	2.9	16	93	0	65	39	23	26	10	1.88
6386918--6386963	24	1.9	24	90	0	74	39	23	26	10	1.88
6386928--6386973	24	1.9	24	86	8	67	41	23	23	10	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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