genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94471509--94471665	74	2.1	74	85	0	206	34	21	20	23	1.97
94471703--94471727	13	1.9	13	100	0	50	24	56	8	12	1.62
94473052--94473230	47	3.7	50	76	9	149	22	30	19	27	1.98
94476975--94477105	47	2.8	46	83	12	160	24	29	18	27	1.98
94485805--94485838	16	2.1	16	100	0	68	23	5	0	70	1.09
94485759--94485904	75	2.0	74	94	1	256	40	12	4	42	1.64
94486345--94486486	70	2.0	70	95	0	257	28	21	16	32	1.96
94498826--94498865	12	3.3	12	89	0	62	35	0	42	22	1.54
94499231--94499294	31	2.1	31	88	5	94	17	35	14	32	1.89
94500344--94500482	27	5.1	27	82	6	167	27	12	17	42	1.86
94500344--94500505	81	2.0	81	83	7	204	25	14	17	41	1.88
94500344--94500505	54	3.0	53	82	10	177	25	14	17	41	1.88
94501924--94501971	24	2.0	24	91	0	78	43	12	4	39	1.62
94503668--94503700	12	2.6	13	85	9	50	69	0	18	12	1.18
94506509--94506535	7	3.9	7	100	0	54	44	11	14	29	1.80
94508001--94508042	21	2.0	21	85	0	57	38	30	23	7	1.82
94508022--94508467	43	10.3	43	77	5	448	32	23	18	25	1.97
94508025--94508458	88	5.0	88	94	1	705	32	22	18	26	1.97
94508766--94508813	21	2.3	21	96	0	87	0	58	16	25	1.38
94514372--94514661	40	7.2	40	98	0	535	27	27	20	25	1.99
94526739--94526947	40	5.2	40	86	7	289	25	29	22	22	1.99
94526739--94526959	83	2.7	82	86	4	317	24	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94533791--94533968	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
94533792--94533947	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
94533788--94533968	82	2.2	81	81	2	220	27	15	27	30	1.96
94537878--94538025	73	2.0	74	96	3	273	41	16	2	38	1.63
94538018--94538047	15	2.0	15	93	0	51	33	10	0	56	1.32
94538415--94538466	25	2.1	25	100	0	104	40	23	7	28	1.82
94538625--94538700	39	2.0	38	85	7	102	40	23	5	30	1.77
94538880--94539198	41	8.0	41	83	8	363	18	22	23	35	1.95
94539098--94539199	39	2.5	39	79	7	116	17	23	21	37	1.94
94551590--94551620	15	2.1	15	100	0	62	58	12	6	22	1.58
94552734--94552809	26	2.9	26	98	0	143	31	5	26	36	1.79
94557353--94557476	33	3.8	33	91	0	203	18	8	41	31	1.81
94559514--94559552	18	2.2	18	95	0	69	10	33	35	20	1.86
94562233--94562317	42	2.0	42	100	0	170	37	11	18	31	1.87
94562793--94562857	32	2.0	32	100	0	130	43	6	18	32	1.75
94565900--94565941	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
94568659--94568709	25	2.0	25	100	0	102	50	0	11	37	1.39
94573085--94573309	40	5.6	40	81	5	240	25	23	26	24	2.00
94573085--94573345	80	3.3	80	80	3	285	26	23	25	24	2.00
94573085--94573309	120	1.9	121	83	4	294	25	23	26	24	2.00
94577888--94578152	103	2.6	103	91	0	413	29	29	20	20	1.98
94578480--94578544	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94578487--94578544	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
94579179--94579377	98	2.0	98	98	0	380	37	15	13	34	1.86
94583678--94583708	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
94583675--94583714	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
94583952--94584160	55	3.9	53	79	7	190	22	24	16	35	1.95
94588670--94588694	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
94590227--94590255	14	2.1	14	100	0	58	13	34	13	37	1.85
94592500--94592537	20	1.9	20	100	0	76	42	21	7	28	1.81
94594531--94594601	29	2.4	30	93	6	128	16	28	12	42	1.85
94594589--94594716	29	4.4	29	81	3	150	28	22	10	38	1.87
94594471--94594716	87	2.8	86	78	5	255	26	25	11	36	1.90
94595294--94595373	40	2.0	40	100	0	160	45	15	10	30	1.78
94600437--94600495	18	3.3	18	72	9	57	40	16	20	22	1.91
94600649--94600684	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
94600816--94600971	27	5.8	27	85	1	206	29	16	18	35	1.92
94600816--94600971	80	1.9	81	89	3	244	29	16	18	35	1.92
94600816--94600972	53	2.9	53	86	0	206	29	15	18	36	1.92
94600987--94601063	27	2.9	27	92	0	127	38	18	16	25	1.92
94603320--94603447	47	2.7	47	85	2	177	30	29	17	22	1.96
94606466--94606537	25	2.9	25	83	4	92	26	23	26	23	2.00
94609666--94609778	42	2.7	41	78	5	118	33	21	14	30	1.93
94611560--94611620	20	3.0	20	87	0	95	32	13	19	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94611669--94611721	23	2.2	24	90	3	81	32	18	20	28	1.97
94611934--94611997	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
94617602--94617684	38	2.2	38	86	4	114	32	27	4	34	1.78
94617899--94617993	40	2.4	40	87	0	127	27	26	15	30	1.96
94621119--94621143	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
94622483--94622607	42	3.0	42	78	2	126	30	24	16	28	1.97
94631533--94631678	27	5.4	27	88	0	202	35	19	20	24	1.95
94632330--94632381	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
94632422--94632480	27	2.2	26	84	3	73	23	22	18	35	1.96
94635903--94635941	17	2.3	17	100	0	78	30	12	35	20	1.90
94639191--94639240	25	2.0	25	84	7	66	30	22	18	30	1.97
94639284--94639318	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
94639284--94639330	21	2.3	20	88	3	67	36	17	14	31	1.90
94639364--94639433	25	2.8	25	91	0	104	28	24	22	24	1.99
94645644--94645694	25	2.0	25	85	7	68	31	21	13	33	1.92
94645740--94645774	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
94645740--94645786	21	2.3	20	88	3	67	36	17	14	31	1.90
94645820--94645914	25	3.8	25	91	0	145	28	26	21	24	1.99
94646135--94646218	31	2.7	31	87	1	125	33	16	26	23	1.96
94650878--94650920	18	2.4	18	88	3	61	48	6	23	20	1.73
94677072--94677177	53	2.0	53	98	0	203	34	19	9	35	1.84
94678017--94678200	64	2.8	64	80	8	203	23	30	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94678544--94678768	75	3.1	70	61	18	159	40	18	6	35	1.76
94678495--94678795	150	2.0	150	98	0	584	40	17	5	35	1.74
94679085--94679145	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
94681211--94681380	65	2.6	65	100	0	340	31	14	16	37	1.88
94682971--94683278	44	7.0	44	84	2	361	27	27	13	30	1.95
94682971--94683278	130	2.4	131	83	2	368	27	27	13	30	1.95
94683025--94683285	86	3.0	86	85	3	353	27	27	14	30	1.95
94689551--94689618	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
94689725--94689792	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
94689894--94689972	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
94689440--94689941	174	2.9	174	96	0	914	31	25	14	29	1.94
94696837--94696904	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
94697011--94697078	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
94697180--94697258	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
94696726--94697227	174	2.9	174	98	0	968	30	24	14	29	1.95
94697365--94697763	199	2.0	200	98	0	773	27	20	13	37	1.91
94699757--94699960	102	2.0	102	98	0	390	28	20	24	26	1.99
94700826--94701004	90	2.0	90	91	0	286	32	22	18	25	1.97
94705557--94705624	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
94705446--94705773	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
94705726--94705804	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
94712392--94712453	24	2.6	24	97	0	115	33	22	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94712392--94712576	48	3.7	47	79	14	199	29	21	18	30	1.97
94712418--94712487	34	2.1	34	94	0	122	31	18	14	35	1.91
94712394--94712511	58	2.0	58	91	0	191	31	19	16	32	1.94
94712452--94712577	24	5.2	24	92	0	207	26	20	22	30	1.98
94712375--94712532	82	1.9	83	88	3	239	30	20	18	29	1.97
94712626--94712692	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
94717235--94717496	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
94720535--94720593	31	2.0	30	83	9	77	38	11	11	37	1.79
94725493--94725570	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
94725523--94726024	174	2.9	174	98	0	950	29	14	24	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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