genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28273538--28274046	92	5.5	92	88	1	655	23	16	25	34	1.95
28278565--28278605	20	2.1	20	86	13	59	56	2	2	39	1.26
28287112--28287141	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
28289179--28289204	11	2.4	11	100	0	52	7	38	7	46	1.61
28292204--28292238	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28292324--28292371	16	3.0	15	77	14	51	43	0	0	56	0.99
28292325--28292359	17	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
28292325--28292371	15	2.9	17	78	18	55	42	0	0	57	0.98
28292522--28292612	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
28292593--28292661	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
28292593--28292661	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
28292918--28292960	21	2.1	20	86	4	59	44	4	0	51	1.22
28293696--28293734	16	2.5	16	87	4	53	38	7	15	38	1.76
28296546--28296620	38	2.0	38	82	10	91	53	0	1	45	1.08
28297352--28297408	25	2.1	28	84	9	75	33	5	8	52	1.55
28297403--28297440	18	2.2	18	85	4	51	47	2	0	50	1.15
28297510--28297538	13	2.1	14	93	6	51	55	3	6	34	1.44
28298312--28298343	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28300311--28300382	26	2.8	25	72	12	65	18	25	22	34	1.96
28300309--28300464	25	6.3	25	71	13	99	19	25	21	33	1.96
28300342--28300502	74	2.2	73	81	7	191	19	26	20	34	1.96
28300454--28300500	24	1.9	25	86	4	69	21	23	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28300371--28300564	25	7.9	25	70	13	84	21	26	19	32	1.97
28312938--28312989	24	2.1	24	82	10	61	19	26	21	32	1.97
28313091--28313138	25	1.9	25	91	0	78	25	25	14	35	1.94
28319434--28319645	49	4.6	45	77	14	132	28	25	15	30	1.95
28319475--28319649	47	3.7	48	83	6	196	29	26	16	28	1.96
28319667--28319815	31	4.8	31	88	0	226	26	27	18	26	1.98
28319791--28319912	50	2.6	44	77	14	145	26	22	16	35	1.95
28319809--28319910	50	2.0	50	92	0	168	26	20	14	38	1.91
28324469--28324696	46	5.0	46	90	3	343	22	24	14	39	1.91
28327067--28327223	49	3.3	48	91	2	237	30	28	14	26	1.95
28327070--28327270	49	4.2	46	86	3	204	31	27	13	27	1.94
28327070--28327282	95	2.2	97	81	7	247	31	27	14	26	1.94
28327292--28327441	31	4.8	31	90	3	212	26	28	19	26	1.99
28327424--28327545	50	2.4	51	91	2	201	26	22	15	36	1.94
28336102--28336172	13	5.4	13	76	15	65	43	2	12	40	1.57
28336089--28336175	40	2.2	39	82	10	97	48	2	11	37	1.52
28336219--28336362	73	2.0	73	91	1	236	36	4	18	40	1.70
28336973--28337014	21	2.0	21	100	0	84	14	14	23	47	1.80
28337479--28337532	22	2.4	22	78	9	56	61	1	9	27	1.37
28337481--28337527	21	2.2	22	84	3	60	63	2	8	25	1.34
28355236--28355302	33	2.0	33	94	0	116	37	23	26	11	1.90
28359895--28359981	43	2.0	43	100	0	174	27	20	9	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28360949--28360989	15	2.6	16	81	18	50	75	0	14	9	1.04
28379560--28379624	33	2.0	32	85	8	87	63	6	0	30	1.19
28379599--28379650	11	4.7	11	75	0	59	63	0	5	30	1.18
28388415--28388464	10	5.0	10	76	13	50	22	10	2	66	1.32
28392137--28392186	10	5.0	10	76	13	50	22	10	2	66	1.32
28398599--28398661	6	9.8	6	77	13	54	17	1	4	76	1.04
28398601--28398664	12	5.6	11	82	14	60	17	1	4	76	1.03
28398603--28398669	14	4.5	14	74	22	57	17	1	4	76	1.04
28398600--28398669	22	3.1	21	76	15	70	17	1	4	77	1.01
28402456--28402513	20	2.9	20	86	0	80	20	34	31	13	1.92
28408858--28409028	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
28408850--28409025	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
28415549--28415591	21	2.0	21	100	0	86	37	4	18	39	1.72
28424427--28424520	39	2.4	38	78	5	100	24	29	22	23	1.99
28425465--28425495	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
28427430--28427803	96	3.9	96	95	1	642	28	14	27	29	1.95
28428445--28428494	10	5.0	10	85	9	75	22	8	2	68	1.26
28435498--28435530	16	2.0	17	88	5	50	30	18	0	51	1.46
28435730--28435925	57	3.6	58	67	21	159	29	17	17	35	1.93
28435714--28435923	106	2.0	106	95	0	375	30	16	17	36	1.92
28437486--28437526	8	5.4	8	88	11	59	48	2	21	26	1.63
28437486--28437526	15	2.7	15	92	0	64	48	2	21	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28437660--28437714	13	4.5	13	80	13	71	43	0	7	49	1.30
28438542--28438602	23	2.7	22	73	19	54	21	4	4	68	1.27
28442201--28442428	43	5.3	43	85	0	294	35	22	11	29	1.90
28442488--28442582	47	2.0	47	100	0	190	28	25	14	31	1.95
28442767--28442796	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
28444551--28444595	10	4.3	10	83	16	56	20	0	2	77	0.87
28444665--28444707	19	2.3	19	79	0	50	34	4	2	58	1.32
28445082--28445142	30	2.0	30	96	0	113	22	18	22	36	1.95
28449230--28449264	6	6.0	6	90	3	54	80	0	2	17	0.84
28449230--28449275	18	2.6	17	83	6	56	76	0	4	19	0.96
28460157--28460224	20	3.3	20	70	9	57	30	23	33	11	1.91
28463468--28463621	43	3.6	43	77	4	125	27	16	25	31	1.96
28468783--28468807	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
28470779--28470854	31	2.5	31	88	0	107	47	17	17	18	1.83
28471546--28471606	23	2.7	22	74	2	59	27	0	4	67	1.11
28471767--28471798	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
28473715--28473768	24	2.2	24	96	0	99	29	12	5	51	1.63
28477315--28477344	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
28477827--28477895	31	2.2	31	86	0	102	50	5	4	39	1.46
28484578--28484637	28	2.1	28	100	0	120	38	10	10	41	1.72
28487586--28487780	84	2.3	86	83	2	234	43	16	7	32	1.77
28487825--28487872	19	2.5	20	87	9	66	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28488127--28488217	9	9.6	10	67	20	52	30	2	2	64	1.17
28488127--28488205	28	2.8	27	83	12	97	29	1	2	67	1.12
28488110--28488205	29	3.3	30	81	11	103	29	4	3	63	1.28
28488133--28488240	19	5.8	17	77	14	63	28	3	1	65	1.20
28491497--28491599	50	2.0	51	88	1	154	28	10	10	50	1.70
28495880--28495922	20	2.2	20	95	0	77	25	13	30	30	1.94
28495659--28496119	244	1.9	244	92	0	780	34	13	24	28	1.92
28499163--28499257	46	2.0	47	82	8	113	24	18	21	35	1.95
28501675--28501735	22	2.7	23	76	2	61	34	18	26	21	1.96
28501720--28501774	22	2.5	23	82	8	69	38	23	23	14	1.92
28515337--28515437	51	2.0	51	96	0	184	14	31	0	52	1.49
28518397--28518492	42	2.3	43	79	1	113	36	17	18	27	1.94
28525945--28526040	42	2.3	43	79	1	113	36	17	18	27	1.94
28529362--28529406	22	2.0	23	86	4	65	46	13	0	40	1.43
28529579--28529628	20	2.5	21	87	6	77	40	0	2	58	1.10
28530024--28530069	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
28530078--28530112	6	5.8	6	93	0	61	20	0	28	51	1.47
28530614--28530677	30	2.2	29	86	8	85	39	6	14	40	1.71
28530626--28530687	30	2.1	30	96	0	115	40	6	14	38	1.72
28535540--28535616	40	1.9	40	84	5	102	27	23	19	29	1.98
28537405--28537437	17	2.0	17	88	5	50	42	3	0	54	1.15
28544912--28544979	29	2.3	27	76	16	64	27	14	10	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28545431--28545496	33	2.0	34	96	3	125	27	9	19	43	1.81
28547448--28547477	15	1.9	16	93	6	53	46	16	10	26	1.78
28548533--28548580	22	2.2	22	88	0	69	56	0	8	35	1.30
28549530--28549563	5	6.8	5	86	0	50	20	55	0	23	1.43
28556149--28556173	13	1.9	13	100	0	50	12	16	24	48	1.79
28558187--28558224	19	2.0	19	100	0	76	31	15	10	42	1.81
28558208--28558268	31	2.0	31	90	0	95	24	19	16	39	1.92
28564538--28565563	513	2.0	513	100	0	2052	30	15	15	39	1.88
28567149--28567190	21	2.0	21	81	9	50	26	2	4	66	1.23
28570048--28570079	14	2.3	14	94	0	55	46	0	6	46	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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