genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20824068--20824103	18	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
20825685--20825923	49	4.8	50	83	2	284	26	17	25	29	1.98
20825684--20825923	101	2.4	98	81	2	291	26	17	26	29	1.98
20830119--20830186	29	2.4	28	81	16	77	30	0	20	48	1.50
20830635--20830739	49	2.1	49	100	0	210	30	13	28	27	1.94
20835627--20835693	33	2.1	32	94	2	116	38	2	11	44	1.57
20836097--20836143	24	1.9	25	86	4	69	2	19	2	76	0.99
20841183--20841313	61	2.2	59	80	4	145	43	16	4	35	1.68
20842796--20842859	19	3.4	19	76	10	60	51	6	3	39	1.43
20842835--20842886	27	1.9	27	84	7	70	55	1	0	42	1.10
20852045--20852097	11	4.9	11	76	4	54	45	0	3	50	1.19
20851955--20852077	64	2.0	64	95	3	223	42	7	14	35	1.74
20855711--20855810	50	2.0	50	100	0	200	48	14	12	26	1.78
20857934--20858305	185	2.0	182	96	1	690	30	6	9	52	1.61
20858652--20858882	116	2.0	116	97	0	435	30	10	6	51	1.63
20859202--20859796	298	2.0	298	96	0	1100	30	18	16	34	1.93
20863038--20863067	9	3.4	9	95	4	53	23	30	13	33	1.93
20871105--20871191	43	2.0	44	88	2	131	36	21	19	21	1.95
20871334--20871434	43	2.4	42	84	1	121	36	24	18	19	1.95
20871633--20871784	42	3.5	43	71	8	128	36	22	22	18	1.95
20871610--20871876	86	3.1	87	81	5	274	35	20	21	21	1.96
20882246--20882300	28	1.9	29	81	3	67	43	10	3	41	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20882321--20882366	23	1.9	24	82	8	58	36	6	2	54	1.39
20886478--20886513	18	2.0	18	88	0	54	47	2	41	8	1.48
20892733--20892781	24	2.0	24	100	0	98	24	12	16	46	1.81
20898881--20899712	52	16.0	52	97	1	1580	25	7	21	45	1.78
20903939--20904058	52	2.3	54	85	4	156	26	23	20	30	1.98
20906927--20906990	32	2.0	32	96	0	119	32	18	23	25	1.97
20910779--20910845	29	2.2	32	79	12	79	41	4	5	47	1.48
20910930--20910966	18	2.1	18	100	0	74	27	5	16	51	1.66
20921239--20921280	18	2.3	18	87	4	57	66	4	2	26	1.23
20925110--20925138	7	4.3	7	95	4	51	0	0	10	89	0.48
20925998--20926022	7	3.6	7	100	0	50	16	0	36	48	1.46
20928977--20929009	17	1.9	17	100	0	66	27	30	12	30	1.92
20934145--20934199	28	2.0	28	82	7	67	5	20	0	74	1.01
20935252--20935778	263	2.0	263	99	0	1045	25	14	25	34	1.94
20936228--20936377	46	3.3	46	84	1	185	18	14	20	46	1.83
20936228--20936401	69	2.5	69	83	1	215	17	13	21	46	1.83
20936228--20936400	23	7.5	23	79	2	159	17	13	21	46	1.83
20940311--20940372	32	1.9	33	83	3	81	43	8	8	40	1.64
20940511--20940553	16	2.7	16	82	7	52	41	0	4	53	1.21
20942995--20943055	32	1.9	32	90	6	97	50	6	16	26	1.69
20942939--20943061	61	2.0	60	84	6	160	49	8	15	26	1.72
20942966--20943072	29	3.6	28	75	10	88	48	9	14	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20942946--20943080	61	2.2	61	80	5	150	53	8	12	25	1.66
20945597--20945637	20	2.0	21	85	4	57	56	2	7	34	1.40
20958212--20958257	23	2.0	23	84	12	60	47	8	4	39	1.54
20976219--20976323	52	2.0	52	98	0	201	39	18	17	25	1.92
20980256--20980316	14	4.1	15	89	10	83	75	0	0	24	0.80
20980245--20980311	4	17.0	4	77	20	54	73	0	0	26	0.84
20980266--20980316	7	7.3	7	93	6	86	74	0	0	25	0.82
20980245--20980329	21	4.0	22	78	17	92	74	1	0	24	0.89
20985422--20985560	60	2.3	59	81	8	165	27	19	25	27	1.99
20985460--20985572	28	3.9	28	67	18	79	26	19	26	27	1.99
20992634--20992683	20	2.7	19	80	20	61	54	2	2	42	1.23
20999176--20999213	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
20999974--21000019	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21007641--21007686	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
21013749--21014285	40	13.2	40	82	4	610	32	24	16	25	1.96
21013749--21014285	81	6.6	80	82	4	646	32	24	16	25	1.96
21014574--21014612	20	1.9	21	84	5	53	43	30	0	25	1.55
21014816--21014902	43	2.1	41	85	10	117	26	4	25	43	1.74
21016001--21016076	40	1.9	40	89	2	118	38	14	21	26	1.91
21019024--21019089	16	4.4	16	76	18	70	18	10	12	59	1.61
21019028--21019093	28	2.3	29	92	2	107	18	13	10	57	1.64
21019295--21019402	47	2.3	47	95	0	189	44	13	0	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21024480--21024508	13	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
21024915--21024959	21	2.1	21	83	0	54	37	20	37	4	1.73
21025198--21025258	31	1.9	32	86	3	88	14	9	19	55	1.67
21028572--21028611	15	2.7	14	85	11	53	0	15	0	85	0.61
21028574--21028612	18	2.2	17	86	13	53	0	12	0	87	0.55
21044322--21044681	168	2.1	168	86	3	492	23	31	24	20	1.98
21045418--21045599	48	3.7	50	80	6	169	25	29	19	25	1.99
21051181--21051220	21	2.0	21	95	5	73	20	25	40	15	1.90
21052392--21052755	46	7.7	49	74	13	171	25	28	18	27	1.98
21052392--21052580	50	3.8	52	82	8	184	26	30	16	25	1.97
21052392--21052750	48	7.6	48	73	11	217	25	28	18	27	1.98
21056328--21056479	75	2.0	75	94	0	268	26	16	22	34	1.95
21059643--21059729	42	2.1	41	89	4	129	21	13	27	36	1.92
21060874--21060898	7	3.6	7	100	0	50	24	0	12	64	1.27
21061047--21061544	41	12.1	41	79	0	411	34	24	19	20	1.96
21061225--21061600	41	9.1	41	78	4	125	34	23	19	22	1.97
21061672--21061706	17	2.0	17	88	5	52	20	0	14	65	1.26
21062387--21062451	28	2.3	28	78	5	69	18	1	26	53	1.53
21062422--21062472	21	2.4	21	90	0	84	13	1	29	54	1.50
21062413--21062576	49	3.3	48	73	14	120	19	3	27	50	1.63
21062579--21062621	22	1.9	23	90	4	70	20	2	23	53	1.57
21063176--21063220	22	2.0	22	82	0	54	40	37	2	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21063849--21063894	8	5.5	8	84	7	56	30	0	10	58	1.32
21063849--21063888	17	2.4	17	95	0	71	27	0	12	60	1.33
21067312--21067603	99	2.9	102	85	6	421	34	6	3	55	1.43
21067880--21068131	9	27.4	9	70	16	128	46	13	3	36	1.59
21067856--21067967	56	2.0	56	89	0	170	48	12	2	36	1.55
21067877--21068131	74	3.5	74	95	1	433	47	13	3	36	1.59
21068082--21068131	17	2.8	17	78	6	55	46	14	4	36	1.63
21068028--21068131	26	4.2	26	70	17	78	46	14	1	37	1.56
21073179--21073207	14	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
21073624--21073671	21	2.3	21	92	0	78	27	20	50	2	1.60
21073624--21073682	21	2.8	21	84	5	66	27	20	49	3	1.65
21073924--21073983	31	1.9	31	93	0	102	15	8	23	53	1.68
21074065--21074161	43	2.2	43	87	5	133	30	28	14	25	1.95
21080309--21080385	39	2.0	39	92	0	127	36	18	24	20	1.95
21080634--21080684	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
21081262--21081323	7	8.7	7	85	5	63	75	0	0	24	0.80
21081267--21081327	8	8.1	8	85	12	85	73	0	0	26	0.83
21081262--21081327	14	4.6	14	87	9	80	74	0	0	25	0.82
21081267--21081327	31	2.0	29	90	6	95	73	0	0	26	0.83
21085630--21085691	31	2.0	32	96	3	117	27	22	25	24	2.00
21107201--21107523	39	8.3	39	92	0	547	27	30	23	18	1.97
21107208--21107523	78	4.1	78	99	0	614	27	31	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109509--21109549	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35
21114425--21114639	33	6.6	32	78	5	162	36	11	21	30	1.89
21114433--21114603	65	2.6	64	79	3	198	36	9	22	30	1.87
21118642--21118679	10	3.7	10	96	3	67	39	10	10	39	1.74
21124865--21124981	62	1.9	61	86	5	166	50	4	4	41	1.41
21124960--21125008	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
21128009--21128075	33	2.0	33	94	0	116	25	32	20	20	1.97
21132686--21132745	19	3.4	18	76	13	63	53	3	3	40	1.34
21132712--21132749	14	2.7	14	91	0	58	44	2	0	52	1.14
21134388--21134477	44	2.0	44	100	0	180	24	5	26	43	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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