genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26598457--26598526	24	3.0	23	75	12	61	51	1	2	44	1.25
26601271--26601342	19	3.6	19	76	10	56	38	1	1	58	1.15
26601271--26601342	20	3.6	20	75	9	58	38	1	1	58	1.15
26605558--26605608	20	2.5	19	84	9	57	62	3	1	31	1.24
26606197--26606244	25	2.0	24	87	4	69	60	6	4	29	1.40
26606261--26606308	22	2.2	22	85	7	62	68	0	6	25	1.12
26606281--26606318	19	2.0	20	84	5	51	65	0	5	28	1.14
26606982--26607022	18	2.2	19	91	4	66	21	7	0	70	1.11
26608846--26608907	23	2.7	23	87	2	90	17	16	24	41	1.89
26610974--26611444	242	1.9	243	92	0	782	34	19	16	30	1.93
26613531--26613629	44	2.2	44	89	5	146	31	5	29	34	1.79
26613767--26614324	120	4.7	120	95	0	981	48	4	3	43	1.38
26613901--26613935	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
26614290--26614336	15	3.3	15	72	22	55	46	10	0	42	1.38
26614292--26614337	12	3.3	14	74	20	51	45	10	0	43	1.39
26625928--26626295	26	14.2	25	72	13	205	59	3	7	29	1.42
26626030--26626078	22	2.3	21	86	10	64	63	4	4	28	1.31
26626004--26626105	47	2.2	47	85	3	134	65	4	2	26	1.27
26626082--26626145	32	2.1	29	83	11	76	65	6	3	25	1.31
26626235--26626303	29	2.3	30	75	9	79	66	1	4	27	1.19
26627707--26627801	50	1.9	50	84	4	129	57	8	1	32	1.35
26629215--26629291	24	3.1	24	71	12	66	48	0	11	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26629103--26629392	152	1.9	149	87	4	422	41	3	9	46	1.52
26629318--26629358	20	2.0	20	90	0	64	36	4	7	51	1.51
26640248--26640517	143	1.9	143	81	1	326	29	18	13	38	1.89
26644563--26644728	43	3.9	43	80	4	194	31	26	13	27	1.94
26649702--26649737	17	2.1	18	89	5	56	63	5	22	8	1.43
26651068--26651673	205	3.0	200	82	8	708	28	12	16	41	1.86
26651755--26651836	39	2.1	40	93	2	139	56	8	18	17	1.65
26654022--26654114	32	2.9	32	91	0	150	25	4	17	52	1.62
26655956--26655994	19	2.1	19	85	4	53	53	5	0	41	1.23
26656009--26656162	59	2.7	57	79	7	159	40	4	15	39	1.68
26656400--26656439	21	1.9	21	89	0	62	52	2	5	40	1.37
26660794--26660841	22	2.2	21	77	3	51	31	0	16	52	1.45
26661255--26661474	89	2.4	91	82	7	261	39	22	9	29	1.85
26661536--26661579	14	3.2	13	78	12	52	63	0	0	36	0.95
26661574--26661643	28	2.5	27	81	11	70	71	1	5	21	1.15
26661851--26661913	29	2.2	29	85	0	81	31	3	3	61	1.27
26661903--26661969	28	2.4	27	75	9	71	31	5	0	62	1.19
26661965--26662004	21	2.0	20	85	9	55	17	5	0	77	0.94
26662016--26662170	85	1.8	84	81	4	195	30	10	18	40	1.84
26662823--26662877	19	3.0	17	77	15	56	65	1	1	30	1.13
26663333--26663366	17	2.0	17	88	0	50	64	2	2	29	1.22
26669434--26669473	21	2.0	20	90	5	62	50	5	5	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26673660--26673929	143	1.9	143	83	0	351	28	19	14	37	1.91
26677962--26678126	43	3.9	42	79	3	168	29	26	15	29	1.96
26679396--26679452	22	2.6	22	88	0	87	15	17	38	28	1.91
26681722--26681758	18	2.1	18	94	0	65	43	5	0	51	1.24
26682189--26682239	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
26683786--26684166	50	7.5	50	87	3	494	23	30	19	26	1.98
26683729--26684124	150	2.6	150	86	3	512	22	30	19	26	1.98
26684140--26684232	48	1.9	48	84	0	123	24	29	21	24	1.99
26686832--26686876	23	2.0	23	86	0	63	31	8	17	42	1.80
26689131--26689214	22	3.8	22	76	10	82	36	17	27	17	1.93
26692181--26692454	39	7.1	39	82	4	340	38	18	14	28	1.90
26692181--26692454	77	3.5	77	87	0	395	38	18	14	28	1.90
26692191--26692454	116	2.3	116	82	5	327	38	18	14	28	1.90
26692586--26692696	19	5.8	19	88	0	168	38	9	14	37	1.78
26692593--26692696	38	2.7	38	96	0	190	39	8	13	38	1.75
26693022--26693066	21	2.1	21	84	8	56	22	6	0	71	1.09
26696375--26696419	7	6.7	7	89	5	58	88	2	8	0	0.58
26696373--26696420	10	4.9	10	82	12	55	87	2	10	0	0.62
26696371--26696419	17	2.8	17	87	6	71	87	2	10	0	0.62
26698058--26698175	44	2.7	44	76	11	116	31	16	22	29	1.96
26697718--26698119	132	3.0	132	96	0	723	29	17	23	29	1.97
26701696--26701729	12	2.8	12	86	0	50	17	32	17	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26708294--26708681	133	2.8	136	84	3	476	28	18	14	38	1.90
26708422--26708680	143	1.8	143	88	0	401	27	18	14	38	1.90
26708585--26708793	98	2.1	99	80	0	240	33	15	13	37	1.87
26708686--26709095	133	3.1	132	82	3	484	30	18	13	37	1.90
26708744--26709157	133	3.1	132	80	4	316	31	18	13	36	1.89
26712408--26712478	35	2.0	35	91	0	115	35	9	23	30	1.88
26716971--26717021	21	2.3	22	83	12	61	37	7	23	31	1.83
26724710--26724802	45	2.1	45	100	0	186	26	29	6	37	1.81
26730061--26730159	23	4.3	23	90	0	162	22	21	27	29	1.99
26730061--26730159	46	2.2	46	94	0	180	22	21	27	29	1.99
26732398--26732439	19	2.2	20	86	4	59	66	4	0	28	1.12
26734919--26734959	21	2.0	20	86	13	57	63	2	0	34	1.08
26739247--26739294	7	6.9	7	95	0	78	14	10	14	60	1.59
26744092--26744136	22	2.0	24	86	8	67	33	0	11	55	1.35
26744142--26744189	20	2.5	19	80	9	53	29	2	12	56	1.48
26745494--26745720	67	3.4	68	80	7	266	31	18	25	24	1.97
26745550--26745733	68	2.7	67	83	1	251	33	20	22	23	1.97
26748892--26748977	42	2.0	42	86	4	120	17	31	25	25	1.97
26774810--26774878	25	2.8	25	88	2	95	30	18	24	26	1.98
26774838--26774891	25	2.2	25	82	0	63	38	11	24	25	1.88
26783359--26783530	43	4.0	43	72	8	118	32	25	16	25	1.96
26791390--26791521	42	3.1	42	80	10	117	34	26	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26797576--26797903	43	7.7	43	87	1	437	33	25	15	25	1.95
26797576--26797903	85	3.8	85	86	1	433	33	25	15	25	1.95
26797576--26797938	127	2.8	128	83	2	442	33	25	15	25	1.95
26808554--26809449	44	20.8	45	69	11	287	28	25	18	28	1.98
26808595--26809537	129	7.3	130	75	9	517	28	24	18	28	1.98
26808471--26809187	173	4.2	173	89	3	1029	28	24	18	28	1.98
26808471--26809445	173	5.7	176	86	4	881	28	24	18	28	1.98
26808811--26809533	302	2.4	301	92	0	1162	28	24	18	28	1.98
26809125--26809492	173	2.1	169	90	2	583	28	23	19	28	1.98
26814319--26814343	8	3.1	8	100	0	50	76	0	12	12	1.04
26817411--26817447	8	4.6	8	100	0	74	35	0	10	54	1.36
26821464--26821508	23	2.0	23	86	0	63	17	15	24	42	1.88
26821513--26821573	21	3.0	21	85	7	72	11	19	26	42	1.85
26821528--26821573	21	2.2	21	92	3	76	10	21	26	41	1.86
26826111--26826184	37	2.0	37	100	0	148	35	10	29	24	1.89
26830525--26830841	165	2.0	162	84	4	415	36	11	7	44	1.70
26831071--26831128	29	2.0	30	93	3	100	53	10	3	32	1.52
26831456--26831514	30	1.9	31	89	3	93	55	6	3	33	1.43
26832888--26833003	34	3.4	33	82	4	133	42	1	13	42	1.55
26833104--26833748	126	5.1	124	86	2	781	38	17	16	27	1.91
26841541--26841575	15	2.3	15	85	0	52	20	11	14	54	1.70
26849576--26849634	24	2.5	24	72	10	66	42	1	1	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26856250--26856304	20	2.5	23	77	11	62	34	0	3	61	1.13
26856245--26856304	21	2.7	23	75	15	63	36	0	3	60	1.14
26856241--26856290	20	2.6	19	78	9	57	34	0	2	64	1.05
26857797--26857838	22	1.9	22	90	9	68	28	9	2	59	1.41
26869808--26869912	44	2.4	45	83	4	124	28	18	23	29	1.98
26869945--26870106	40	3.8	40	70	17	128	31	18	17	32	1.94
26869893--26870102	91	2.3	90	88	3	303	33	17	16	32	1.92
26870085--26870201	44	2.7	44	82	4	128	29	15	27	28	1.96
26873006--26873058	19	2.7	19	82	11	63	41	1	9	47	1.47
26873235--26873264	14	2.1	15	93	6	53	26	6	3	63	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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