genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  68  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23719267--23719293	14	1.9	14	100	0	54	40	0	22	37	1.54
23726529--23726711	90	2.0	90	98	0	357	46	8	12	32	1.70
23729158--23729200	20	2.4	17	84	11	50	69	6	2	20	1.23
23735766--23735969	41	4.8	41	75	7	183	25	17	28	28	1.98
23735754--23736001	129	1.9	129	92	1	417	26	16	27	28	1.97
23739084--23739108	10	2.5	10	100	0	50	8	12	0	80	0.92
23739319--23739347	15	1.9	15	100	0	58	27	3	0	68	1.05
23739450--23739521	35	2.1	33	82	7	81	20	19	8	51	1.72
23739924--23740010	15	6.0	14	76	12	61	26	8	0	65	1.20
23739931--23739964	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
23739931--23739989	29	2.0	29	81	12	68	27	8	0	64	1.22
23739957--23740002	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
23739969--23740035	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
23739925--23740046	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
23746762--23747064	44	7.2	44	62	20	117	36	22	21	18	1.95
23746703--23747834	84	13.5	84	90	1	1493	35	21	23	19	1.96
23746890--23747027	40	3.3	40	68	21	122	38	22	20	18	1.93
23747403--23747613	40	5.1	40	60	22	96	34	20	24	20	1.97
23747442--23747656	39	5.1	43	60	22	116	33	21	24	20	1.97
23747702--23747955	88	2.9	87	81	6	257	33	21	22	22	1.97
23748446--23748527	36	2.4	34	82	8	96	20	18	7	53	1.68
23748876--23749004	15	8.9	14	73	17	79	25	6	1	66	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23748877--23749004	58	2.2	58	80	8	136	25	6	1	66	1.24
23749134--23749195	25	2.5	24	75	17	63	33	9	1	54	1.43
23764004--23764089	45	1.9	44	92	2	145	25	13	24	36	1.93
23768465--23768511	21	2.2	21	100	0	94	40	23	8	27	1.83
23772490--23772534	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
23772498--23772552	29	2.0	27	85	7	74	30	1	0	67	1.01
23772550--23772634	39	2.2	40	82	2	100	25	1	7	65	1.25
23776250--23776326	28	2.8	28	79	0	82	37	19	15	27	1.92
23786135--23786298	85	1.9	84	84	6	215	29	23	15	32	1.95
23786135--23786298	42	3.9	42	79	4	195	29	23	15	32	1.95
23786391--23786870	248	1.9	248	90	0	773	37	17	10	34	1.83
23790867--23790907	20	2.0	21	90	4	66	75	0	24	0	0.80
23790868--23790914	21	2.2	21	85	7	60	74	2	21	2	1.03
23792845--23793014	46	3.7	46	88	1	234	41	13	23	21	1.88
23811913--23811954	22	1.9	22	90	0	66	52	11	9	26	1.68
23812629--23812729	37	2.7	37	84	0	112	29	25	15	28	1.96
23815526--23815853	142	2.2	146	87	5	477	26	28	20	25	1.99
23815526--23815851	94	3.4	94	86	6	447	26	28	19	25	1.99
23815526--23815853	48	6.8	48	85	6	464	26	28	20	25	1.99
23816881--23816940	20	2.9	20	73	14	59	41	0	6	51	1.28
23816931--23817000	21	3.3	21	78	11	72	42	0	2	54	1.15
23817143--23817231	31	3.0	28	79	14	81	41	0	1	57	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23822377--23822456	42	1.9	42	97	0	151	36	20	12	31	1.89
23834093--23834135	19	2.3	19	88	4	70	39	6	0	53	1.28
23834173--23834213	21	1.9	22	85	5	57	53	0	0	46	1.00
23834173--23834214	22	1.9	22	85	0	57	54	0	0	45	0.99
23834234--23834266	15	2.2	15	94	0	57	57	0	0	42	0.98
23835563--23835890	48	6.8	48	85	6	464	25	20	28	26	1.99
23835563--23835890	94	3.4	96	88	5	473	25	20	28	26	1.99
23835563--23835890	142	2.2	145	87	5	475	25	20	28	26	1.99
23838686--23838789	37	2.8	37	83	0	118	29	16	25	28	1.97
23839462--23839503	22	1.9	22	90	0	66	26	9	11	52	1.68
23849896--23850016	35	3.4	36	78	3	111	24	16	14	43	1.86
23850749--23850798	21	2.4	22	80	10	59	36	20	8	36	1.82
23851747--23851833	36	2.4	36	88	0	120	26	14	14	43	1.85
23855638--23855680	22	2.0	22	81	9	52	48	6	2	41	1.43
23856843--23856971	27	4.8	27	85	0	159	29	24	15	31	1.95
23856826--23856971	54	2.7	54	78	6	161	29	24	15	30	1.96
23857297--23857330	14	2.6	14	90	9	54	41	29	5	23	1.78
23859175--23859260	41	2.1	40	82	2	100	65	10	2	22	1.35
23859247--23859311	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
23868567--23868673	55	1.9	55	84	0	142	29	28	23	17	1.97
23870666--23870716	12	4.2	12	78	9	50	17	7	0	74	1.05
23873944--23874006	27	2.3	28	81	5	67	25	30	7	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23875231--23875329	18	5.6	18	75	3	85	35	14	13	37	1.84
23876532--23876570	14	2.8	14	88	7	53	0	17	2	79	0.84
23876532--23876575	18	2.4	17	82	14	52	2	18	2	77	0.98
23876752--23876792	21	1.9	22	95	5	75	46	9	0	43	1.36
23876747--23876791	21	2.0	22	83	12	65	44	8	0	46	1.34
23876881--23876919	19	2.1	19	85	9	53	61	5	0	33	1.18
23877422--23877527	27	3.9	27	82	2	106	31	21	15	32	1.94
23892225--23892290	21	3.3	21	75	16	59	15	25	27	31	1.95
23892223--23892290	18	3.6	18	75	14	57	17	25	26	30	1.97
23895467--23895542	39	1.9	39	97	0	143	36	27	26	9	1.87
23898980--23899066	43	2.0	43	97	0	165	39	21	6	32	1.80
23899835--23899868	17	2.0	17	94	0	59	41	8	11	38	1.73
23903421--23903475	27	2.0	27	92	0	92	32	7	23	36	1.82
23905460--23905501	18	2.2	20	87	12	61	50	11	9	28	1.70
23906511--23906539	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
23909031--23909099	35	2.0	35	94	0	120	43	17	5	33	1.73
23912569--23912607	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
23912588--23912633	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
23914614--23914639	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23918100--23918132	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
23921015--23921105	6	15.3	6	76	11	89	78	1	4	16	0.98
23921015--23921104	22	4.1	22	75	18	82	77	1	4	16	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23923039--23923145	55	1.9	55	81	7	128	19	25	28	26	1.99
23924058--23924171	57	2.0	57	98	0	219	41	14	11	33	1.81
23926443--23926475	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
23931680--23931735	23	2.5	24	83	11	66	39	0	14	46	1.44
23931893--23931976	23	3.7	23	84	9	118	25	22	19	33	1.97
23931869--23931981	45	2.5	45	85	5	147	24	20	17	37	1.94
23932149--23932210	20	3.1	20	79	9	72	29	9	20	40	1.84
23932180--23932224	20	2.2	20	84	0	54	35	8	20	35	1.84
23939855--23939948	39	2.4	40	87	1	127	18	17	30	34	1.93
23939935--23940004	28	2.5	28	88	0	104	25	14	30	30	1.95
23944546--23944583	6	6.3	6	100	0	76	15	34	0	50	1.45
23947752--23947816	27	2.4	27	92	2	103	40	16	10	32	1.84
23952553--23952608	28	2.0	28	96	0	103	30	10	7	51	1.63
23954878--23954922	21	2.1	21	83	0	54	33	24	20	22	1.97
23955144--23955200	22	2.5	23	77	5	62	12	8	14	64	1.48
23959229--23959262	17	1.9	18	88	5	52	47	14	0	38	1.45
23959856--23959983	27	4.8	27	82	0	132	9	14	41	35	1.78
23959877--23959921	13	3.4	13	78	6	54	6	11	42	40	1.67
23962196--23962311	48	2.4	48	88	2	162	30	18	25	25	1.98
23965877--23965980	12	8.2	12	75	12	57	59	0	4	35	1.19
23965997--23966048	26	2.0	27	85	11	72	57	0	5	36	1.23
23969844--23970009	48	3.5	49	79	9	175	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23973772--23973911	27	5.2	27	80	11	162	18	22	22	35	1.95
23973772--23973911	54	2.6	54	91	2	219	18	22	22	35	1.95
23973782--23973929	27	5.5	27	76	18	139	19	24	20	35	1.96
23973772--23973929	81	2.0	80	82	8	196	19	23	21	35	1.96
23982778--23983165	133	2.9	133	77	3	379	34	17	19	28	1.95
23983038--23983283	132	1.9	132	86	1	359	32	15	19	31	1.93
23984279--23984307	7	4.1	7	100	0	58	58	13	0	27	1.36
23993082--23993131	25	2.0	25	96	0	91	46	8	24	22	1.78
23993115--23993164	24	2.1	24	100	0	100	54	0	8	38	1.30
24001823--24001855	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284