genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13066232--13066291	11	5.5	11	73	11	52	68	1	0	30	0.99
13066233--13066277	18	2.4	19	85	3	56	71	2	0	26	0.98
13068829--13068958	27	4.8	26	83	9	145	19	13	20	46	1.84
13068801--13068958	54	2.9	53	75	7	147	20	15	20	43	1.87
13068825--13068959	54	2.5	53	83	3	171	18	14	20	46	1.83
13091465--13091779	157	2.0	157	98	0	603	33	24	17	25	1.96
13092279--13092377	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
13104370--13104420	26	2.0	26	96	0	93	21	19	21	37	1.95
13106533--13106578	24	1.9	24	90	0	74	45	4	34	15	1.66
13106532--13106585	24	2.2	24	83	0	72	44	3	35	16	1.66
13112133--13112160	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
13130835--13131016	49	3.7	49	81	2	229	29	25	18	26	1.98
13130827--13131014	100	1.9	100	92	0	313	29	24	19	27	1.98
13131315--13131348	13	2.4	15	85	14	54	23	0	26	50	1.50
13135314--13135499	40	4.7	40	86	5	234	25	22	26	25	2.00
13135367--13135532	80	2.1	79	84	5	210	27	20	26	25	1.99
13136462--13136801	49	7.2	47	89	6	544	32	8	29	30	1.86
13136462--13136801	96	3.6	96	92	3	557	32	8	29	30	1.86
13137650--13137728	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
13140405--13140501	49	2.0	49	97	0	185	22	32	14	29	1.94
13141542--13141693	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
13141542--13141718	55	3.2	55	89	0	246	31	29	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13145761--13145964	27	7.6	27	87	0	264	30	21	6	41	1.79
13145761--13145964	81	2.5	81	90	0	309	30	21	6	41	1.79
13146468--13146540	6	11.8	6	72	16	60	19	19	13	47	1.82
13146468--13146540	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
13148501--13148614	27	4.3	27	77	9	99	42	19	7	31	1.78
13148496--13148669	54	3.2	54	76	5	156	41	20	6	31	1.78
13148523--13148659	27	5.0	27	82	6	127	39	18	8	33	1.81
13148648--13149138	27	18.2	27	88	1	635	30	21	6	40	1.80
13149465--13149524	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
13149642--13149714	31	2.4	31	88	0	101	19	19	12	49	1.79
13149642--13149735	6	15.3	6	68	16	50	19	18	12	50	1.78
13152652--13152767	39	3.0	39	96	0	205	22	21	29	26	1.99
13152652--13152795	78	1.8	78	83	2	191	22	22	29	26	1.99
13160465--13160677	94	2.3	92	82	4	250	28	19	26	25	1.99
13160701--13160820	49	2.4	49	83	6	145	30	21	26	20	1.98
13168041--13168393	48	7.5	46	71	13	195	28	19	27	24	1.99
13168041--13168250	94	2.2	94	83	5	246	28	19	28	24	1.98
13171986--13172010	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
13175944--13176016	20	3.7	20	76	10	78	35	1	6	56	1.35
13182578--13182616	20	2.0	20	94	0	69	64	10	7	17	1.48
13182578--13182627	20	2.5	20	87	6	57	64	12	6	18	1.47
13183025--13183079	28	1.9	29	88	3	85	43	0	10	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13183078--13183173	34	2.8	33	85	6	129	42	1	12	43	1.49
13183247--13183638	124	3.1	125	88	2	540	36	16	16	30	1.92
13186844--13187056	46	4.6	45	78	11	191	25	17	30	26	1.97
13191145--13191250	35	3.0	34	83	2	122	27	11	17	43	1.83
13198431--13198496	16	3.2	21	62	33	52	36	9	18	36	1.82
13198433--13198515	41	2.0	41	97	0	157	39	8	16	34	1.79
13202147--13202275	35	3.7	35	80	5	118	27	12	20	40	1.88
13202781--13202853	36	2.0	36	89	5	112	41	13	13	31	1.84
13204140--13204324	43	4.3	43	82	5	221	21	18	32	27	1.96
13205041--13205069	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
13210119--13210271	36	4.1	36	84	9	175	35	0	15	47	1.51
13210125--13210237	34	3.3	34	91	2	172	35	0	15	47	1.52
13210183--13210323	43	3.0	47	78	13	146	35	0	14	49	1.44
13210200--13210294	43	2.2	43	94	0	172	35	0	15	48	1.46
13210125--13210255	34	3.8	34	87	4	129	35	0	15	48	1.51
13210116--13210346	77	2.9	77	80	5	266	35	0	15	48	1.48
13210374--13210748	170	2.2	167	93	4	646	52	5	9	33	1.56
13210699--13210765	29	2.3	29	89	0	98	53	1	2	41	1.25
13210721--13210775	15	3.7	15	82	4	76	52	0	0	47	1.00
13210714--13210777	29	2.2	29	100	0	128	53	0	0	46	1.00
13211058--13211104	24	2.0	24	86	0	67	46	6	19	27	1.74
13213897--13214014	7	16.3	7	67	13	51	19	0	34	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13213906--13214032	65	2.1	60	84	10	159	20	0	33	44	1.57
13214630--13214666	15	2.5	15	86	0	56	43	32	0	24	1.55
13214752--13215005	136	1.9	133	82	4	321	25	22	20	31	1.98
13214938--13215149	114	1.9	114	86	4	302	25	23	20	30	1.99
13218752--13219007	140	1.8	140	83	5	338	22	28	18	30	1.98
13226363--13226487	46	2.7	47	79	12	123	22	32	19	25	1.97
13228918--13228966	20	2.4	21	80	10	57	71	0	2	26	0.97
13234059--13234284	48	4.8	48	71	11	171	27	23	22	26	1.99
13237344--13237387	22	2.0	22	100	0	88	18	22	13	45	1.84
13239398--13239520	44	2.8	44	81	7	153	29	29	18	22	1.98
13240393--13240428	18	1.9	18	88	5	54	41	5	0	52	1.24
13240392--13240437	20	2.3	20	81	7	58	39	6	0	54	1.26
13242685--13242832	35	4.2	35	78	7	156	18	8	29	43	1.80
13245243--13245304	29	2.1	29	90	0	97	17	20	24	37	1.94
13251078--13251175	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
13251106--13251188	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13251078--13251189	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
13254677--13254797	39	3.1	39	92	0	197	20	21	31	26	1.98
13254677--13254831	39	4.0	39	87	1	186	21	21	30	26	1.98
13254679--13254862	78	2.4	78	80	6	187	20	21	30	27	1.98
13258733--13258886	68	2.3	68	95	0	272	31	15	29	23	1.95
13258763--13258960	68	2.9	67	83	8	183	34	15	29	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13261721--13261850	47	2.8	47	85	2	163	22	16	27	33	1.96
13264437--13264508	31	2.4	31	81	9	85	23	9	19	47	1.79
13265073--13265121	8	6.1	8	79	9	55	48	0	4	46	1.20
13265073--13265121	16	3.1	16	80	11	64	48	0	4	46	1.20
13266756--13266921	53	3.1	53	86	4	201	27	16	26	29	1.97
13277469--13277497	12	2.5	12	94	5	51	75	0	24	0	0.80
13277469--13277528	13	4.7	13	72	10	52	71	0	25	3	1.01
13284072--13284138	26	2.6	26	97	0	125	28	17	25	28	1.98
13290058--13290082	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
13294511--13294597	20	4.3	20	97	2	158	35	10	19	34	1.86
13294522--13294597	11	7.5	11	74	16	83	35	10	19	34	1.86
13294533--13294589	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
13294889--13294979	38	2.7	31	76	22	103	35	16	24	24	1.95
13303988--13304086	29	3.4	29	83	4	128	27	14	31	27	1.95
13303975--13304086	29	3.9	28	80	9	118	29	13	29	27	1.94
13303988--13304099	58	1.9	58	83	3	145	28	14	30	26	1.95
13311853--13311900	22	2.2	22	92	0	78	31	27	25	16	1.97
13312113--13312159	18	2.5	19	83	13	53	70	12	0	17	1.17
13313177--13313215	13	3.0	13	82	14	53	64	0	2	33	1.08
13316088--13316137	22	2.2	24	82	7	59	40	0	16	44	1.47
13316202--13316241	20	2.0	20	90	9	64	42	0	17	40	1.49
13316306--13316490	47	3.9	46	86	4	235	32	10	19	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13318614--13318725	28	4.0	28	88	2	143	30	28	16	25	1.96
13318614--13318725	57	2.0	56	83	1	143	30	28	16	25	1.96
13318936--13318987	16	3.3	16	78	2	61	5	23	21	50	1.70
13320854--13320932	28	2.8	28	84	0	95	34	10	25	30	1.89
13323435--13323497	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
13323710--13323782	23	3.1	23	94	3	128	27	20	21	30	1.98
13323689--13323782	47	2.0	48	89	6	147	26	22	22	28	1.99
13323689--13323783	24	4.0	24	90	6	140	26	22	22	29	1.99
13323833--13323919	20	4.3	20	91	0	120	33	20	14	31	1.93
13329394--13329454	31	2.0	31	86	0	86	26	22	14	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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