genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9816884--9816933	26	1.9	26	83	0	64	46	20	6	28	1.74
9823218--9823255	10	3.6	10	86	13	58	39	0	0	60	0.97
9823220--9823255	11	3.3	11	85	14	56	36	0	0	63	0.94
9831376--9831541	43	3.9	43	81	2	183	27	15	24	33	1.95
9840046--9840112	27	2.5	26	78	2	80	40	13	16	29	1.87
9846752--9846819	26	2.6	25	79	9	73	41	23	5	29	1.78
9846757--9847013	79	3.2	80	80	6	281	39	19	10	30	1.85
9846757--9847015	27	9.7	27	73	7	199	39	19	10	30	1.85
9846999--9847310	27	11.6	27	87	0	399	37	17	18	25	1.93
9847555--9847606	27	2.0	26	84	3	68	21	26	19	32	1.97
9847694--9847924	98	2.4	98	89	0	345	19	21	25	33	1.97
9847946--9848026	27	3.0	27	82	5	76	18	23	22	35	1.95
9850214--9850472	27	9.7	25	75	15	123	40	20	10	28	1.85
9850240--9850473	27	8.7	26	77	8	139	40	19	10	29	1.85
9850214--9850473	80	3.3	78	86	3	333	40	20	10	28	1.85
9850237--9850473	53	4.4	52	79	6	226	40	19	10	29	1.85
9850278--9850469	107	1.8	106	85	3	269	41	18	10	29	1.83
9850457--9850813	27	13.2	27	86	1	428	37	18	19	25	1.94
9850214--9850568	80	4.4	80	82	6	299	39	18	13	28	1.89
9851039--9851120	27	3.1	26	82	5	92	19	19	20	40	1.92
9851242--9851289	20	2.4	20	78	0	60	12	18	31	37	1.88
9851171--9851367	98	2.0	98	92	2	324	17	18	28	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9851411--9851467	27	2.1	27	84	12	73	15	22	22	38	1.92
9852822--9853253	43	10.0	43	85	2	490	27	15	26	30	1.96
9856497--9856674	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
9856518--9856673	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
9864681--9864858	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
9864702--9864857	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
9869790--9869846	24	2.4	24	93	0	96	35	19	24	21	1.96
9871204--9871361	43	3.7	43	78	13	130	31	23	17	27	1.97
9871209--9871355	42	3.4	42	79	10	138	31	23	17	27	1.97
9881401--9881578	47	3.8	46	80	14	177	23	28	18	29	1.98
9881447--9881577	50	2.7	47	87	6	167	22	29	19	28	1.98
9881646--9881692	22	2.3	21	85	10	62	23	29	4	42	1.73
9889228--9889765	40	13.5	40	96	1	974	23	22	27	26	1.99
9897565--9897742	40	4.5	40	85	6	229	23	21	28	26	1.99
9905307--9905344	20	1.9	20	89	10	60	18	31	39	10	1.85
9907912--9907987	31	2.5	31	93	0	125	32	19	5	42	1.74
9917187--9917290	54	1.9	54	98	0	199	21	14	26	37	1.92
9925889--9926086	27	7.3	27	83	4	229	28	24	7	39	1.82
9925889--9926086	81	2.4	81	89	1	290	28	24	7	39	1.82
9926078--9926267	27	7.1	27	76	9	149	38	21	10	30	1.86
9926076--9926267	54	3.6	53	78	9	194	39	20	9	30	1.85
9926090--9926242	80	1.9	80	93	0	261	40	20	8	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9926108--9926333	27	8.3	27	76	4	186	38	18	11	32	1.86
9927256--9927325	25	2.8	24	87	8	95	27	27	22	22	1.99
9927255--9927338	25	3.4	24	80	8	89	29	23	22	23	1.99
9927545--9927627	31	2.7	31	92	3	134	30	15	25	28	1.96
9927655--9927723	33	2.1	34	83	2	86	21	17	26	34	1.95
9929901--9930098	27	7.3	27	81	4	202	28	24	7	39	1.82
9929915--9930098	54	3.4	54	85	1	235	29	23	6	39	1.80
9929901--9930098	81	2.4	81	84	3	254	28	24	7	39	1.82
9930090--9930280	27	7.1	27	77	10	169	39	21	9	29	1.85
9930097--9930253	54	2.9	53	86	4	208	40	19	8	31	1.83
9930097--9930255	81	2.0	81	91	0	255	39	20	8	31	1.83
9930102--9930343	27	8.9	27	77	8	114	40	19	9	31	1.82
9930397--9930488	27	3.4	27	87	3	123	32	20	26	20	1.97
9931296--9931366	25	2.8	25	89	0	106	29	25	22	22	1.99
9931295--9931392	25	4.0	23	80	10	88	29	23	22	24	1.99
9932788--9932844	20	2.9	20	85	10	66	42	7	19	31	1.78
9932901--9932997	26	3.8	26	86	4	128	27	19	18	34	1.95
9933551--9933589	20	1.9	21	89	5	62	30	5	2	61	1.31
9935803--9936077	39	7.1	39	94	0	471	21	26	29	22	1.99
9944733--9944807	20	3.8	20	87	6	102	38	10	18	32	1.85
9944857--9944976	26	4.7	26	84	2	163	27	23	22	26	1.99
9944857--9944976	52	2.3	52	88	2	181	27	23	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9946577--9946653	29	2.7	29	91	0	118	29	29	14	25	1.95
9946877--9946913	16	2.3	16	90	0	56	8	21	21	48	1.76
9947963--9947995	16	2.0	17	94	5	59	9	6	36	48	1.60
9954029--9954093	28	2.3	28	94	0	112	66	0	7	26	1.19
9955139--9955230	46	2.0	46	86	0	130	25	21	18	34	1.96
9969797--9969842	18	2.7	17	87	9	67	56	0	0	43	0.99
9969798--9969837	18	2.2	18	95	0	71	62	0	0	37	0.95
9973357--9973404	24	2.0	24	100	0	96	20	33	20	25	1.97
9978450--9978483	10	3.4	10	91	0	50	26	29	29	14	1.95
9985194--9985347	67	2.3	65	85	7	193	32	16	29	21	1.96
9998720--9998755	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
9999159--9999320	67	2.5	66	79	6	186	27	16	31	24	1.96
10003185--10003311	40	3.2	40	88	3	184	28	25	22	22	1.99
10005950--10006014	27	2.4	27	86	0	76	50	6	15	27	1.67
10011094--10011166	38	1.9	38	88	0	110	20	21	27	30	1.98
10011159--10011313	43	3.6	43	89	0	238	12	25	30	30	1.93
10012866--10012969	48	2.2	48	81	6	113	30	22	29	17	1.96
10016598--10016670	38	1.9	38	88	0	110	20	21	27	30	1.98
10016642--10016826	43	4.3	43	84	4	232	15	24	31	29	1.95
10021229--10021367	29	4.8	29	82	4	140	28	15	30	25	1.96
10021234--10021367	28	4.7	27	75	8	97	29	16	29	24	1.96
10024411--10024560	27	5.5	27	81	1	147	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10024411--10024560	82	1.8	81	84	4	203	26	16	28	28	1.97
10024410--10024560	55	2.8	53	79	4	158	26	16	28	28	1.97
10029698--10029809	40	3.0	40	72	22	143	43	11	6	38	1.66
10031448--10031542	27	3.6	25	83	10	91	38	20	24	16	1.92
10031448--10031560	55	2.1	54	83	11	142	36	21	24	17	1.95
10031472--10031560	27	3.2	28	80	6	110	34	23	23	17	1.96
10033109--10033140	16	2.0	16	100	0	64	31	25	18	25	1.98
10033110--10033149	16	2.6	15	88	11	55	30	22	22	25	1.99
10038221--10038333	27	4.1	27	82	8	131	36	21	24	17	1.95
10038221--10038333	55	2.1	54	86	5	156	36	21	24	17	1.95
10045828--10045939	27	4.1	26	84	8	134	36	23	22	17	1.95
10045828--10045939	55	2.1	54	86	5	154	36	23	22	17	1.95
10049596--10049729	56	2.4	56	89	0	205	31	24	15	28	1.96
10053590--10053627	7	5.7	7	84	12	53	76	0	0	23	0.79
10053702--10053929	14	14.5	15	65	23	62	71	2	3	22	1.16
10053702--10053801	20	5.2	20	74	11	75	77	2	4	17	1.02
10053709--10053843	21	7.1	18	70	23	55	74	1	4	19	1.06
10053685--10053801	57	2.1	55	82	9	139	76	1	5	16	1.04
10053685--10053828	77	1.9	77	89	5	229	75	2	5	17	1.10
10057960--10058016	30	1.9	30	85	7	80	15	28	36	19	1.92
10066873--10066947	9	7.9	9	72	11	60	77	4	2	16	1.03
10066873--10066954	23	3.5	23	74	15	69	76	3	2	17	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10066917--10066954	7	5.7	7	84	12	53	76	0	0	23	0.79
10067029--10067104	14	5.1	15	71	21	52	72	1	3	22	1.09
10067029--10067074	20	2.2	20	84	11	56	76	2	2	19	1.00
10067047--10067088	17	2.5	17	80	3	50	73	0	2	23	0.94
10067846--10067979	60	2.2	63	78	9	152	29	25	17	27	1.98
10077040--10077154	42	2.8	42	80	4	108	30	11	26	31	1.91
10077053--10077154	42	2.5	42	77	7	109	31	11	27	29	1.92
10077053--10077174	42	2.9	42	74	12	106	31	11	27	30	1.91
10084792--10084919	39	3.3	38	78	3	130	25	22	18	33	1.97
10092644--10092768	39	3.2	39	81	2	162	23	25	21	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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