genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88795082--88795429	47	7.4	47	94	0	570	28	29	8	32	1.87
88797607--88797723	59	2.0	58	95	5	209	24	23	27	24	2.00
88799340--88799545	103	2.0	103	97	0	385	28	25	18	27	1.98
88817133--88818054	47	19.7	45	93	3	206	28	27	19	24	1.99
88817184--88817963	47	16.6	47	96	1	1460	27	27	19	25	1.99
88818478--88818534	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
88822155--88822391	43	5.4	44	86	2	282	24	26	21	27	1.99
88831414--88831532	43	2.8	42	81	7	150	30	15	26	27	1.96
88838205--88838371	43	3.9	43	85	1	228	26	12	23	37	1.91
88843692--88843869	93	1.9	93	98	0	347	35	20	20	23	1.96
88845824--88845968	73	2.0	72	94	0	245	26	26	15	30	1.95
88857163--88857276	43	2.7	43	85	0	147	28	14	22	35	1.93
88857168--88857294	43	2.9	43	81	4	139	29	12	22	35	1.91
88859955--88860075	43	2.9	42	78	11	147	30	14	25	29	1.94
88860701--88860756	27	2.1	27	83	6	69	33	25	21	19	1.97
88867223--88867443	27	8.1	27	78	6	187	38	19	11	30	1.87
88867223--88867371	55	2.7	54	81	4	183	40	20	10	29	1.85
88867223--88867436	82	2.6	83	83	5	242	39	20	10	29	1.86
88868173--88868217	22	2.0	22	83	8	56	11	24	24	40	1.87
88874426--88874566	36	3.6	41	79	12	161	30	22	17	29	1.97
88882639--88882776	37	3.7	37	95	0	240	24	31	18	24	1.98
88882918--88884119	48	25.0	48	96	0	2152	32	28	5	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88888076--88888297	40	5.6	40	87	3	297	22	23	27	26	2.00
88889969--88890119	43	3.5	43	77	11	157	30	23	15	30	1.96
88892234--88892272	12	3.0	13	88	7	53	28	2	0	69	1.02
88892314--88892349	19	1.9	18	88	5	54	0	22	13	63	1.29
88893950--88894131	80	2.3	80	91	4	289	23	23	26	26	2.00
88893950--88894099	40	3.8	40	95	0	273	22	22	26	28	1.99
88898021--88898291	142	1.9	143	82	8	345	26	18	28	25	1.98
88900966--88901003	14	2.9	13	88	11	60	15	13	10	60	1.59
88906626--88906762	46	3.0	46	82	0	166	24	32	9	33	1.88
88906756--88907026	47	5.7	46	71	16	185	26	29	10	32	1.90
88906779--88906853	22	3.3	21	70	23	62	28	29	9	33	1.88
88906852--88906917	32	2.1	32	97	0	123	28	30	12	28	1.93
88906917--88906956	19	2.1	19	95	0	71	25	30	12	32	1.92
88906776--88907026	98	2.6	93	72	15	249	26	29	11	33	1.91
88920025--88920133	42	2.6	42	80	2	130	29	16	24	29	1.97
88922120--88922159	21	2.0	20	95	5	71	10	40	27	22	1.86
88925903--88926106	53	3.8	54	79	1	230	37	17	25	20	1.93
88930005--88930142	43	3.2	41	78	4	114	28	15	23	32	1.95
88931857--88931922	30	2.2	30	86	0	87	21	16	37	24	1.93
88935528--88935796	46	5.8	46	71	15	214	22	18	28	30	1.97
88935524--88935788	93	2.8	93	91	1	424	22	18	29	29	1.98
88935574--88935742	47	3.6	47	70	10	157	22	17	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88937220--88937436	39	5.5	39	86	2	285	32	28	20	18	1.97
88944665--88944762	43	2.3	43	80	3	117	31	16	22	29	1.96
88945625--88945823	103	1.9	103	91	0	326	26	3	24	45	1.69
88948001--88948185	40	4.7	40	80	5	169	27	28	20	24	1.99
88948001--88948185	80	2.3	78	79	6	201	27	28	20	24	1.99
88949603--88949652	26	1.9	26	95	0	91	22	18	22	38	1.94
88951983--88952196	106	2.0	106	94	0	374	35	26	14	24	1.93
88952353--88952579	111	2.0	111	98	0	436	24	24	17	33	1.96
88960230--88961018	40	19.7	40	99	0	1535	29	25	20	24	1.99
88961738--88961925	79	2.4	82	83	8	235	24	22	27	25	2.00
88961744--88961927	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
88961796--88961960	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
88963745--88963977	48	4.9	47	88	2	340	24	17	31	26	1.97
88966218--88966268	12	4.2	12	78	11	52	33	0	1	64	1.05
88966236--88966268	13	2.7	13	90	9	52	33	0	3	63	1.10
88970438--88970796	49	7.6	46	72	10	187	27	19	28	24	1.99
88970438--88970648	46	4.5	46	80	4	208	28	19	27	23	1.99
88970477--88970648	94	1.8	93	88	3	265	29	20	27	22	1.98
88975414--88975449	18	2.0	18	88	0	54	36	13	25	25	1.93
88978211--88978422	48	4.5	48	76	5	175	32	18	25	23	1.97
88978252--88978423	94	1.8	94	86	2	247	31	18	26	22	1.97
88978559--88978590	16	2.0	16	100	0	64	25	25	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88980268--88980311	20	2.2	20	96	4	81	40	15	13	29	1.86
88987320--88987398	37	2.1	37	85	0	104	26	29	18	25	1.98
88987561--88987898	47	7.1	47	94	0	550	28	30	9	31	1.89
88991908--88992038	40	3.3	40	89	2	201	23	20	27	28	1.99
88991908--88992075	40	4.2	38	81	9	167	24	20	27	27	1.99
88995545--88995672	64	2.0	64	96	3	240	29	21	21	28	1.98
88998844--88999027	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
88998844--88999027	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
88998896--88999060	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
88999102--88999355	126	2.0	126	98	0	490	25	20	19	35	1.96
89002803--89003042	50	4.8	50	79	6	245	27	21	28	22	1.99
89002864--89003041	98	1.8	98	85	4	252	27	20	27	24	1.99
89007136--89007430	50	5.8	51	78	2	265	31	27	16	24	1.96
89007200--89007383	101	1.8	101	90	0	296	28	26	17	26	1.98
89010762--89010902	71	2.0	71	97	0	264	39	6	10	43	1.65
89014699--89014871	46	3.7	46	76	13	192	23	21	26	28	1.99
89014696--89014865	93	1.8	93	93	0	295	22	21	27	28	1.99
89030576--89030616	14	2.7	16	77	14	50	68	0	29	2	1.03
89032044--89032090	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
89032046--89032087	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
89034035--89034072	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
89034302--89034472	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89034299--89034469	46	3.7	45	79	10	193	29	28	20	21	1.98
89034892--89034951	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
89037334--89037581	48	5.2	48	89	1	365	36	6	25	31	1.82
89037334--89037573	94	2.5	95	89	1	365	37	7	25	30	1.82
89039450--89039747	43	7.0	43	92	0	490	12	24	30	32	1.92
89039723--89039763	16	2.6	16	88	0	64	9	29	29	31	1.89
89039680--89039800	59	2.1	59	95	0	215	11	24	31	32	1.91
89039943--89040077	29	4.7	29	70	9	89	22	17	30	30	1.96
89040006--89040098	28	3.3	28	70	7	71	20	16	34	29	1.94
89039948--89040080	58	2.3	58	90	1	214	21	16	30	30	1.96
89040261--89040319	29	2.0	30	93	3	102	35	10	20	33	1.86
89071349--89071457	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
89071666--89072101	47	9.1	47	87	5	593	26	30	12	31	1.92
89071778--89071855	25	3.2	25	65	17	74	29	32	8	29	1.88
89071666--89072101	147	3.0	145	91	2	682	26	30	12	31	1.92
89071689--89072079	194	2.0	195	91	2	631	26	29	12	32	1.92
89073367--89073692	85	3.8	85	99	0	625	26	25	8	39	1.84
89077627--89077794	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
89077650--89077794	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
89079954--89080102	43	3.5	44	76	9	139	30	24	18	26	1.98
89092401--89092660	39	6.6	39	85	5	289	26	22	26	24	2.00
89100939--89101033	27	3.5	27	74	8	77	41	20	8	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89101038--89101287	27	9.3	27	88	0	347	30	21	8	40	1.82
89101038--89101287	81	3.1	81	90	0	392	30	21	8	40	1.82
89101291--89101433	27	5.3	26	81	9	117	41	22	7	28	1.81
89101038--89101316	81	3.4	81	87	0	378	30	21	7	39	1.82
89101281--89101438	54	2.9	51	76	9	136	41	20	8	29	1.82
89101281--89101460	81	2.2	81	83	5	222	41	20	8	30	1.81
89101308--89101515	27	7.7	27	82	5	199	38	21	10	29	1.87
89101477--89101754	27	10.3	27	88	0	387	34	19	21	24	1.96
89101480--89101744	134	2.0	135	90	0	424	35	18	21	24	1.96
89102184--89102240	25	2.3	25	90	0	87	19	21	14	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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