genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77631964--77632189	48	4.7	48	84	4	242	27	32	17	22	1.96
77631969--77632143	96	1.8	96	90	2	280	29	32	16	22	1.96
77632614--77632651	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
77634704--77634729	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
77634742--77634780	19	2.1	19	95	0	69	17	7	30	43	1.77
77643988--77644059	31	2.3	31	90	0	117	20	29	33	16	1.95
77656227--77656374	40	3.7	40	90	2	219	20	27	17	34	1.95
77656634--77656663	14	2.1	14	93	0	51	16	0	26	56	1.40
77658663--77658697	18	1.9	18	88	0	52	22	2	0	74	0.95
77661663--77661692	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
77662371--77662443	27	2.5	30	89	8	107	52	13	9	24	1.71
77668368--77668460	18	5.2	18	81	0	105	32	13	23	30	1.94
77674503--77674554	21	2.5	22	81	12	56	34	3	0	61	1.14
77683649--77683694	24	1.9	24	81	0	56	45	21	13	19	1.84
77687967--77688078	27	4.2	26	80	11	118	37	21	23	17	1.94
77689486--77689556	24	3.0	24	91	0	115	23	38	1	36	1.64
77695836--77695982	65	2.3	65	82	7	174	22	19	23	35	1.96
77696043--77696088	24	2.0	24	95	4	85	13	21	26	39	1.90
77711604--77711660	28	2.0	29	82	3	71	43	1	24	29	1.64
77712155--77712312	43	3.7	43	78	9	114	28	15	24	32	1.95
77713743--77713787	21	2.0	22	83	8	56	35	0	17	46	1.49
77718033--77718378	173	2.0	173	95	0	620	23	16	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77719801--77719925	43	2.9	43	85	4	146	24	15	27	32	1.95
77719845--77719948	43	2.4	43	85	0	136	28	16	26	27	1.97
77722849--77722889	18	2.3	18	100	0	82	46	14	7	31	1.72
77734031--77734253	40	5.6	40	81	10	228	25	26	21	26	2.00
77734031--77734202	80	2.2	79	89	3	256	26	26	21	25	1.99
77734031--77734254	79	2.8	80	85	7	280	25	26	21	25	2.00
77740070--77740136	30	2.2	30	91	0	107	22	34	23	19	1.97
77747483--77747550	34	2.0	34	86	11	95	29	23	26	20	1.99
77757120--77757564	221	2.0	221	99	0	872	34	17	12	35	1.87
77758090--77758114	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
77762250--77762328	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
77762449--77762622	47	3.7	47	89	1	215	27	31	9	32	1.88
77762447--77762622	94	1.9	94	84	2	237	27	31	9	32	1.88
77780703--77780846	39	3.6	40	84	6	184	23	26	24	25	2.00
77780667--77780846	39	4.5	39	80	6	166	23	26	24	25	2.00
77784761--77784953	27	7.1	27	85	3	172	24	17	18	39	1.92
77784761--77784953	54	3.6	54	84	4	228	24	17	18	39	1.92
77795435--77795498	25	2.6	25	97	0	119	31	20	21	26	1.98
77795550--77795589	10	3.9	10	80	6	53	30	20	17	32	1.95
77795635--77795689	25	2.3	24	87	6	76	29	18	25	27	1.98
77802792--77802899	26	4.2	26	87	0	162	33	7	23	36	1.83
77840922--77841106	40	4.6	40	82	2	228	27	23	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77844333--77844405	37	2.0	37	97	0	137	30	9	17	42	1.81
77844769--77845183	208	2.0	208	96	0	767	27	24	23	25	2.00
77845837--77845960	59	2.2	59	92	4	209	32	8	8	51	1.60
77845975--77846020	15	3.1	15	81	9	58	36	0	4	58	1.18
77845974--77846017	19	2.3	19	88	0	61	40	0	4	54	1.21
77846338--77846512	88	2.0	88	96	0	323	38	12	4	44	1.63
77849411--77849555	40	3.6	40	85	6	186	25	25	25	23	2.00
77855706--77855779	34	2.5	26	71	28	76	32	13	13	40	1.84
77857958--77858098	37	3.8	37	95	0	246	24	30	18	26	1.98
77858311--77859389	51	21.5	51	94	2	1766	27	27	13	32	1.93
77867389--77867423	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
77871038--77871135	3	32.7	3	100	0	196	32	0	0	67	0.91
77873490--77873533	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
77878252--77878387	42	3.2	42	64	10	114	26	23	23	26	2.00
77878240--77878424	85	2.2	85	94	1	325	28	20	24	25	1.99
77878240--77878453	85	2.5	85	90	2	295	28	21	24	25	1.99
77878393--77879132	44	17.3	45	69	15	344	32	20	21	26	1.98
77878417--77878839	170	2.5	169	94	2	735	32	20	20	26	1.97
77878545--77879132	257	2.3	255	86	4	856	32	21	20	26	1.98
77879021--77879182	87	1.9	87	82	2	209	30	20	23	25	1.99
77881868--77881911	19	2.3	19	84	4	52	61	31	2	4	1.28
77887206--77887254	20	2.4	20	86	3	62	40	20	22	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77893563--77894614	47	22.4	47	96	0	1870	28	30	8	32	1.86
77896526--77896592	33	2.0	33	100	0	134	2	34	5	56	1.39
77899741--77900038	89	3.3	89	72	12	270	27	20	24	27	1.99
77899785--77899903	44	2.7	44	94	3	206	25	21	26	26	2.00
77899852--77900218	135	2.7	134	82	4	443	28	20	23	27	1.99
77905849--77905897	20	2.4	20	86	3	62	40	20	22	16	1.91
77912206--77912881	47	14.4	47	93	0	1109	27	30	8	33	1.86
77917975--77918272	89	3.3	89	72	12	270	27	20	24	27	1.99
77918019--77918137	44	2.7	44	94	3	206	25	21	26	26	2.00
77918086--77918452	135	2.7	134	82	4	443	28	20	23	27	1.99
77926560--77926618	26	2.3	26	82	8	68	52	0	3	44	1.17
77933322--77933389	35	2.0	35	85	2	93	38	10	5	45	1.63
77950172--77950214	18	2.5	17	80	3	50	11	20	46	20	1.82
77958445--77958526	41	2.0	41	90	0	128	48	17	12	21	1.79
77960919--77960943	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
77962478--77962525	24	2.0	24	88	4	71	47	0	29	22	1.51
77964263--77964294	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
77968340--77968559	46	4.8	46	99	0	431	21	23	27	26	1.99
77970909--77970977	31	2.2	31	86	0	93	44	13	4	37	1.63
77979306--77979428	24	5.0	24	71	12	81	16	23	21	38	1.93
77979462--77979512	24	2.2	24	85	3	68	15	27	23	33	1.95
77982615--77982648	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77983755--77983821	28	2.3	29	82	2	82	31	28	13	26	1.94
77990591--77990647	30	1.9	30	85	0	78	22	35	29	12	1.91
77992819--77992851	14	2.5	13	90	9	57	60	12	15	12	1.59
77996559--77996611	22	2.4	22	81	15	56	3	54	0	41	1.18
77996636--77996684	10	4.8	10	78	14	55	2	32	0	65	1.04
77998413--77998471	15	4.1	14	75	16	50	15	6	0	77	0.96
77998424--77998471	20	2.4	20	79	6	53	16	6	0	77	0.97
78000368--78000405	19	2.0	19	85	10	51	23	26	26	23	2.00
78002099--78002182	33	2.5	33	75	9	80	20	20	25	34	1.96
78005035--78005238	48	4.3	49	80	10	244	25	14	25	33	1.94
78010677--78010710	12	2.9	12	95	4	61	35	0	14	50	1.44
78011639--78011792	48	3.1	49	77	7	170	25	15	23	35	1.94
78011643--78011794	49	3.1	48	80	5	171	25	15	23	35	1.94
78014363--78014406	17	2.6	17	96	0	79	43	4	18	34	1.70
78029249--78029313	19	3.7	19	71	23	70	33	15	18	32	1.92
78038781--78038845	19	3.7	19	73	23	79	32	15	20	32	1.93
78039712--78040154	221	2.0	221	99	0	868	34	21	14	29	1.93
78044314--78044346	16	2.1	16	100	0	66	12	45	24	18	1.83
78046875--78046907	13	2.5	13	95	0	57	15	30	36	18	1.91
78049040--78049198	79	2.0	80	82	6	198	25	30	19	25	1.98
78049119--78049289	46	3.7	46	80	4	191	21	29	19	29	1.98
78058636--78058681	24	2.0	22	83	8	56	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78059037--78059141	44	2.5	42	89	4	156	37	27	13	21	1.91
78065425--78065576	40	3.8	40	87	2	189	26	27	21	25	1.99
78071111--78071203	48	1.9	48	100	0	186	33	9	29	27	1.89
78071107--78071253	48	3.1	47	86	1	150	30	10	32	25	1.90
78071376--78071454	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
78078217--78078394	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
78078238--78078393	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
78082592--78082841	125	2.0	125	91	0	401	29	24	21	24	1.99
78094511--78094609	48	2.1	48	98	0	189	38	10	28	23	1.87
78097229--78097554	48	6.9	48	77	8	287	25	29	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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