genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12315657--12315711	22	2.5	22	94	2	94	41	0	20	38	1.52
12316190--12316336	77	1.9	77	81	5	181	22	15	25	36	1.94
12316494--12316548	23	2.4	23	93	0	101	20	23	20	36	1.95
12322013--12322050	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
12322149--12322200	25	2.1	24	82	3	59	44	15	5	34	1.70
12330274--12330361	45	2.0	45	88	0	131	39	27	11	21	1.87
12334728--12334797	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
12334728--12334825	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
12347235--12347283	9	5.1	9	79	13	53	79	4	0	16	0.88
12347235--12347293	27	2.2	27	84	0	73	74	5	0	20	1.00
12347663--12347748	9	9.6	9	84	5	120	44	19	9	26	1.81
12347769--12347821	6	8.5	6	83	8	70	16	0	5	77	0.96
12349052--12349163	56	2.0	56	94	0	197	30	16	14	38	1.89
12352936--12352965	14	2.1	14	100	0	60	26	6	6	60	1.47
12354307--12354380	24	3.3	23	69	21	66	43	2	0	54	1.14
12354303--12354393	44	2.1	44	91	0	146	41	5	0	52	1.24
12354303--12354367	20	3.0	20	72	22	60	41	3	0	55	1.15
12354317--12354388	24	3.2	24	70	22	73	43	4	0	52	1.20
12357698--12357777	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
12359445--12359594	41	3.7	41	84	1	212	28	28	22	20	1.99
12367450--12367550	50	2.0	50	98	0	193	37	7	18	35	1.80
12369263--12369295	17	1.9	17	88	11	50	48	0	15	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12375070--12375195	64	2.0	64	96	0	234	33	20	17	28	1.95
12377857--12377917	30	2.0	30	87	0	86	31	24	6	37	1.81
12380124--12380252	42	3.0	42	75	2	123	31	24	13	29	1.94
12385048--12385314	48	5.6	47	89	3	399	27	29	18	23	1.98
12387935--12387995	28	2.3	27	91	5	97	42	26	9	21	1.84
12390555--12390593	19	2.1	19	95	0	69	38	17	15	28	1.91
12393913--12394179	96	2.8	95	86	7	371	28	29	17	24	1.97
12393913--12394139	48	4.7	48	93	1	384	29	29	17	24	1.97
12393913--12394179	144	1.9	144	86	6	389	28	29	17	24	1.97
12399609--12399735	45	2.9	45	80	8	129	25	27	22	24	2.00
12400065--12400262	43	4.6	43	96	0	351	30	33	24	11	1.91
12400255--12400338	38	2.2	38	84	0	114	32	28	19	20	1.96
12400052--12400283	129	1.8	129	89	1	351	29	33	23	12	1.92
12404775--12405089	48	6.6	48	88	2	384	25	17	30	26	1.97
12406788--12406864	31	2.5	32	77	10	88	40	0	5	54	1.23
12409012--12409181	46	4.0	40	76	18	157	38	14	24	22	1.92
12409054--12409221	46	3.7	46	85	1	212	41	14	23	20	1.90
12409482--12409528	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
12416567--12416596	15	2.0	15	100	0	60	40	20	26	13	1.89
12418001--12418220	40	5.6	40	81	6	243	25	26	23	25	2.00
12424732--12424881	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
12430221--12430333	60	1.9	59	98	0	208	40	7	23	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12436980--12437075	28	3.4	28	88	1	129	25	12	29	33	1.92
12438627--12438797	49	3.6	47	80	8	179	25	19	28	26	1.99
12441252--12441291	19	2.1	19	100	0	80	45	10	5	40	1.60
12443231--12443672	154	2.9	149	83	8	522	41	9	4	44	1.58
12443592--12443645	20	2.6	20	85	5	72	53	5	1	38	1.35
12445567--12445796	50	4.6	49	80	8	241	30	26	18	24	1.98
12445792--12446322	266	2.0	266	99	0	1044	34	18	11	36	1.86
12448003--12448066	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
12448259--12448420	23	6.8	24	87	7	226	27	22	23	27	1.99
12448287--12448420	47	2.9	47	94	3	236	28	22	23	26	1.99
12448287--12448420	70	1.9	70	95	4	243	28	22	23	26	1.99
12448473--12448539	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
12448473--12448528	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
12448576--12448623	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
12449740--12449774	18	1.9	18	94	0	61	71	11	14	2	1.25
12451502--12451556	26	2.1	27	80	16	62	32	12	9	45	1.74
12455888--12456124	49	4.8	48	76	11	219	31	24	16	27	1.96
12457001--12457031	16	1.9	16	100	0	62	51	9	19	19	1.74
12457101--12457247	42	3.5	42	84	3	188	33	21	20	24	1.97
12457495--12457534	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
12458690--12458914	98	2.3	96	79	8	235	25	32	16	25	1.97
12458738--12458914	48	3.6	50	79	6	141	25	31	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12463910--12464032	40	3.1	40	92	4	196	25	23	26	25	2.00
12464032--12464221	40	4.8	40	89	3	253	25	21	26	26	2.00
12463941--12464128	96	2.0	96	89	2	288	25	22	25	27	2.00
12463910--12464168	136	1.9	136	94	0	455	25	22	25	26	2.00
12471760--12471935	40	4.4	39	87	6	230	24	22	27	25	2.00
12471761--12471935	80	2.2	79	88	8	257	24	22	26	25	2.00
12474291--12474373	42	2.0	43	82	2	105	19	32	19	28	1.96
12475887--12476006	46	2.6	46	89	0	186	20	22	28	28	1.99
12490358--12490383	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
12495702--12495829	26	4.8	27	84	7	172	41	21	8	28	1.82
12495702--12495829	53	2.4	53	90	2	195	41	21	8	28	1.82
12495702--12495845	53	2.7	53	86	4	166	41	18	9	30	1.81
12522171--12522195	13	1.9	13	100	0	50	32	16	0	52	1.44
12525128--12525174	19	2.4	20	86	13	71	72	4	21	2	1.12
12528926--12528950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	0	52	1.44
12535591--12535658	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
12535480--12535807	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	30	1.94
12535766--12535838	29	2.5	29	86	10	105	30	28	15	26	1.96
12543872--12543982	28	3.9	28	77	11	102	29	13	29	27	1.94
12545031--12545064	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
12548789--12548826	16	2.4	16	100	0	76	57	0	5	36	1.21
12549530--12550431	450	2.0	450	95	0	1617	38	9	15	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12558191--12558224	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
12559233--12559310	29	2.8	28	82	3	102	26	15	30	26	1.96
12560529--12560563	18	1.9	18	100	0	70	42	11	17	28	1.83
12573585--12573686	52	2.0	52	98	0	195	17	16	13	51	1.76
12579714--12579878	47	3.5	47	89	1	240	33	9	30	26	1.87
12579997--12580075	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
12587343--12587384	20	2.1	20	90	0	66	59	7	14	19	1.57
12596526--12596558	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
12597835--12598246	150	2.8	146	80	10	462	43	9	5	41	1.60
12598128--12598333	98	2.1	94	83	10	256	41	8	5	44	1.58
12605256--12605316	30	2.0	30	90	0	95	29	24	4	40	1.76
12607810--12608001	40	4.8	40	88	2	296	25	26	22	25	2.00
12607781--12608001	80	2.8	80	86	4	297	26	26	22	25	2.00
12616285--12616344	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
12617470--12617608	27	5.2	27	80	1	163	30	13	23	32	1.93
12617470--12617608	54	2.6	53	85	3	181	30	13	23	32	1.93
12625912--12626101	38	4.9	38	84	2	209	30	25	22	22	1.99
12633196--12633273	40	2.0	40	84	2	104	30	28	21	19	1.97
12633351--12634305	47	20.3	47	98	0	1790	27	31	8	32	1.87
12637605--12637693	43	2.1	43	91	4	144	31	25	14	28	1.95
12644704--12644918	46	4.6	45	76	9	184	24	29	19	27	1.98
12644751--12644919	94	1.8	92	84	7	234	24	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12646880--12646933	27	2.0	27	92	0	90	31	24	9	35	1.87
12654594--12654810	40	5.5	40	78	8	185	22	22	29	25	1.99
12654594--12654810	79	2.7	80	77	9	230	22	22	29	25	1.99
12654594--12654810	119	1.8	119	80	7	262	22	22	29	25	1.99
12667777--12667828	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
12667809--12667903	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
12668065--12668099	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12668023--12668095	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
12668628--12668657	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
12674374--12674398	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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