genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  197  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66158200--66158341	46	3.1	45	75	11	119	39	16	21	22	1.92
66162683--66162731	16	3.1	16	90	0	80	26	30	6	36	1.81
66164430--66164458	15	2.0	15	93	6	51	10	27	13	48	1.75
66164485--66164558	36	2.1	35	97	2	139	18	14	18	47	1.83
66169537--66169619	17	5.0	17	73	5	80	36	36	6	21	1.78
66169540--66169619	33	2.4	33	82	0	115	36	36	5	22	1.76
66169540--66169614	16	4.6	16	73	5	69	36	36	5	22	1.77
66178202--66178245	22	1.9	24	86	9	65	22	0	18	59	1.38
66178361--66178399	14	2.9	13	81	7	51	33	0	0	66	0.92
66186272--66186428	75	2.1	75	87	9	223	29	16	36	17	1.92
66188752--66188926	46	3.8	46	80	8	178	21	21	26	30	1.99
66196921--66196954	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
66197391--66197527	43	3.2	42	71	7	123	51	22	1	24	1.57
66198063--66198131	14	4.9	14	80	3	68	49	28	1	20	1.58
66198228--66198470	101	2.5	98	87	4	330	25	22	18	32	1.97
66212368--66212420	6	8.3	6	77	10	52	16	1	1	79	0.92
66216230--66216504	48	5.7	48	81	8	267	25	27	18	28	1.98
66216230--66216515	96	3.0	96	87	3	371	25	27	18	27	1.98
66216236--66216504	144	1.9	143	82	6	337	24	27	18	28	1.98
66232501--66232551	18	2.9	17	82	8	66	76	3	3	15	1.08
66236137--66236183	20	2.3	20	77	3	58	46	0	4	48	1.21
66236367--66236440	33	2.2	34	85	7	105	31	32	12	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66236377--66236441	33	2.0	33	93	0	112	30	29	13	26	1.94
66237102--66237150	21	2.3	21	85	3	62	42	26	8	22	1.81
66237110--66237152	21	2.0	21	90	0	68	41	25	6	25	1.80
66237735--66238038	152	2.0	152	96	0	563	32	19	14	33	1.91
66256257--66256281	6	4.2	6	100	0	50	64	0	20	16	1.30
66258013--66258055	17	2.6	16	85	3	50	60	4	11	23	1.50
66259466--66259495	15	2.0	15	100	0	60	26	0	40	33	1.57
66259483--66259568	44	1.9	45	85	2	120	27	6	29	36	1.83
66259733--66259769	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
66259811--66259996	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
66259713--66260002	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
66263939--66264002	20	3.1	20	73	10	58	75	6	6	12	1.19
66269742--66269791	22	2.3	22	79	6	57	58	4	18	20	1.55
66270474--66270511	19	2.0	20	89	5	60	71	2	2	23	1.12
66270474--66270511	20	1.9	20	89	10	60	71	2	2	23	1.12
66276106--66276280	87	2.0	88	93	1	298	32	10	14	42	1.80
66289727--66289800	36	2.1	36	100	0	148	36	16	18	28	1.93
66293843--66293888	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
66293850--66293894	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
66298163--66298299	43	3.2	44	76	12	108	24	18	27	29	1.98
66309644--66309701	30	1.9	30	85	0	80	22	31	29	17	1.96
66310687--66310840	78	2.0	78	96	0	281	20	22	18	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66312435--66312577	55	2.6	55	78	7	155	19	27	26	26	1.99
66312823--66312906	42	2.0	42	88	0	123	19	19	26	35	1.95
66323022--66323047	6	4.3	6	100	0	52	46	15	19	19	1.85
66323969--66324006	13	2.9	13	80	11	51	36	0	0	63	0.95
66330161--66330467	43	7.2	43	74	10	195	28	14	24	31	1.95
66330161--66330436	85	3.3	84	76	7	193	28	14	23	32	1.95
66331864--66331920	28	2.0	28	93	0	96	33	22	15	28	1.95
66333467--66333499	15	2.2	15	100	0	66	39	6	6	48	1.53
66335031--66335082	7	6.6	8	81	14	56	75	0	25	0	0.81
66335032--66335090	24	2.5	24	83	10	68	76	1	22	0	0.88
66335040--66335077	18	2.1	19	95	5	69	76	0	23	0	0.79
66335031--66335080	17	2.8	18	85	11	68	74	0	26	0	0.83
66340981--66341013	17	1.9	17	93	0	57	57	6	6	30	1.47
66356136--66356247	18	6.2	17	77	6	89	33	13	16	35	1.88
66356136--66356247	36	3.1	35	82	5	134	33	13	16	35	1.88
66361174--66361229	25	2.2	25	90	0	85	51	1	23	23	1.57
66361439--66361534	47	2.0	47	97	0	183	29	10	9	51	1.67
66362760--66362807	24	2.0	24	91	0	78	29	4	25	41	1.74
66366113--66366167	29	1.9	28	85	10	76	25	9	10	54	1.64
66367417--66367503	43	2.0	43	95	0	156	51	16	12	19	1.75
66370319--66370361	20	2.2	20	83	8	52	62	18	0	18	1.32
66370308--66370657	175	2.0	175	97	0	655	43	28	9	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66373019--66373058	17	2.4	17	87	8	55	47	10	5	37	1.59
66378248--66378275	13	2.2	13	100	0	56	28	7	7	57	1.52
66380413--66380453	16	2.7	16	85	7	59	53	0	0	46	1.00
66391949--66392002	25	2.2	24	75	15	58	44	5	42	7	1.55
66397431--66397570	54	2.6	54	83	2	147	40	23	18	17	1.92
66397447--66397572	54	2.3	54	86	0	162	38	23	20	18	1.94
66397444--66397573	27	4.8	27	79	7	129	38	22	20	19	1.93
66402009--66402048	20	2.0	20	85	0	53	47	2	2	47	1.29
66409791--66409909	59	2.0	59	98	0	229	40	2	10	47	1.51
66421126--66421184	29	2.1	28	81	6	66	28	15	15	40	1.87
66423831--66423959	47	2.7	48	89	2	188	30	13	12	44	1.80
66426027--66426080	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66426512--66426565	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66425772--66440546	485	30.5	485	99	0	29532	37	18	15	28	1.91
66426997--66427050	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66427482--66427535	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66427967--66428020	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66428452--66428505	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66428937--66428990	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66429422--66429475	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66429907--66429960	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66430392--66430445	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66430877--66430930	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66431362--66431415	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66431847--66431900	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66432332--66432385	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66432817--66432870	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66433302--66433355	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66433787--66433840	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66434272--66434325	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66434757--66434810	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66435242--66435295	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66435727--66435780	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66436212--66436265	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66436697--66436750	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66437182--66437235	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66437667--66437720	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66438152--66438205	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66438637--66438690	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66439122--66439175	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66439607--66439660	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66440092--66440145	20	2.8	20	77	2	65	59	20	14	5	1.55
66442630--66442688	20	2.7	22	74	10	59	28	8	1	61	1.35
66443352--66443422	34	2.1	34	100	0	142	22	18	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66444574--66444616	12	3.8	12	87	9	63	69	2	4	23	1.18
66444655--66444768	3	38.7	3	76	6	99	57	1	6	34	1.34
66450482--66450672	46	4.2	46	85	2	231	43	15	21	18	1.88
66453755--66453891	9	14.6	9	78	8	130	30	0	21	46	1.57
66453788--66453880	48	1.9	48	95	0	168	32	0	22	45	1.53
66454011--66454818	427	1.9	427	98	0	1580	36	14	14	34	1.87
66459864--66459898	16	2.2	16	90	10	54	74	0	0	25	0.82
66459860--66459898	17	2.3	17	86	8	53	71	0	0	28	0.86
66460025--66460068	16	2.6	17	78	7	54	47	2	6	43	1.42
66460229--66460376	78	1.9	79	85	4	210	39	29	0	29	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284