genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11997225--11997380	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
12005297--12005446	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
12005269--12005446	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
12005270--12005425	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
12013405--12013554	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
12013377--12013554	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
12013378--12013533	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
12019298--12019355	27	2.1	28	96	3	109	29	1	17	51	1.55
12019305--12019362	27	2.1	27	87	3	80	29	1	18	50	1.57
12020228--12020268	21	2.0	21	90	9	68	48	0	19	31	1.49
12031922--12031968	21	2.2	21	77	7	51	36	21	2	40	1.65
12034170--12034201	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
12034362--12034516	43	3.7	41	79	8	152	30	28	17	23	1.97
12036832--12036879	23	2.0	25	84	15	66	10	29	4	56	1.52
12043503--12043652	75	2.0	75	98	0	291	32	12	22	33	1.90
12045836--12045874	7	5.3	7	82	11	51	23	0	2	74	0.94
12045836--12045882	23	2.0	23	91	0	76	19	2	2	76	0.99
12050631--12051473	23	36.7	23	99	0	1668	25	8	21	43	1.82
12051475--12051938	25	18.7	25	88	4	690	40	15	0	43	1.53
12051825--12052006	71	2.6	71	95	1	321	45	13	0	40	1.47
12051967--12052014	25	1.9	25	87	8	71	37	18	0	43	1.51
12052447--12052486	18	2.2	18	90	0	62	45	5	27	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12053684--12053959	27	10.2	27	80	3	263	42	20	17	20	1.90
12053684--12053959	81	3.4	80	79	3	302	42	20	17	20	1.90
12055589--12055622	17	1.9	18	88	5	52	35	5	11	47	1.65
12061310--12061429	60	2.0	60	96	0	222	30	14	20	35	1.92
12061701--12061739	19	2.0	20	90	5	62	46	5	5	43	1.48
12062772--12062870	41	2.4	41	84	1	128	27	16	24	32	1.96
12063192--12063229	17	2.2	18	90	4	60	34	5	13	47	1.65
12069515--12069560	21	2.2	21	85	11	60	10	32	32	23	1.90
12076906--12076960	18	3.0	18	81	2	56	52	1	3	41	1.29
12076980--12077014	16	2.2	16	94	0	61	71	0	2	25	1.00
12084141--12084273	70	1.9	69	86	4	189	33	14	10	41	1.80
12084642--12084675	15	2.3	15	94	0	59	41	0	0	58	0.98
12086807--12086961	27	5.7	27	82	1	150	41	20	19	18	1.91
12086807--12086967	81	2.0	82	81	3	191	40	21	19	18	1.91
12086807--12086961	54	2.9	54	77	7	170	41	20	19	18	1.91
12092521--12092633	38	3.0	38	78	0	118	18	14	28	38	1.90
12094220--12094252	12	2.8	12	95	0	57	6	21	45	27	1.75
12094220--12094275	24	2.3	24	84	0	67	10	23	39	26	1.87
12096627--12096660	11	3.2	11	95	4	61	50	0	0	50	1.00
12097195--12097233	20	2.0	20	100	0	78	43	0	5	51	1.24
12098749--12098869	41	3.0	41	77	2	127	19	21	24	33	1.97
12107674--12107789	58	2.0	58	98	0	223	39	12	19	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12108122--12108254	66	2.0	66	95	0	239	36	16	19	27	1.93
12109962--12110069	26	4.2	26	92	0	180	31	8	24	36	1.85
12117060--12117167	26	4.2	26	90	0	171	33	8	23	35	1.85
12134649--12134724	40	1.9	40	94	0	134	21	27	23	27	1.99
12139169--12139295	65	2.0	65	96	0	236	40	15	11	31	1.84
12140126--12140277	40	3.8	40	94	1	261	25	28	23	22	1.99
12143495--12143554	30	2.0	30	83	0	75	35	25	3	36	1.72
12148781--12148947	46	3.6	45	79	12	187	29	28	19	22	1.98
12148777--12148962	46	4.0	48	72	20	162	29	28	19	22	1.98
12148971--12149062	46	2.0	46	97	0	175	22	20	15	41	1.90
12155235--12155603	48	7.7	48	76	1	310	23	28	22	26	1.99
12155283--12155612	96	3.4	96	88	0	491	23	29	22	25	1.99
12155333--12155608	144	1.9	143	82	4	349	23	30	21	24	1.99
12156996--12157036	18	2.3	18	95	0	73	46	14	4	34	1.66
12157860--12158022	42	3.9	42	81	7	188	27	26	14	31	1.95
12157863--12158022	85	1.9	83	81	10	191	27	26	14	31	1.95
12158633--12158733	49	2.1	49	96	0	184	48	15	9	25	1.76
12159789--12159857	29	2.4	29	87	0	102	27	24	23	24	2.00
12161580--12161618	21	1.9	20	84	5	51	46	17	2	33	1.62
12165372--12165500	43	3.0	43	79	10	147	29	27	18	24	1.98
12171573--12171738	83	2.0	83	96	0	305	38	13	10	36	1.80
12172343--12172465	26	4.8	26	88	1	178	27	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12172343--12172465	52	2.4	51	94	2	212	27	24	21	26	1.99
12173268--12173361	27	3.5	26	80	7	91	20	23	20	36	1.95
12173417--12173695	27	10.3	27	73	9	147	31	8	20	39	1.83
12173503--12173654	80	1.9	80	86	2	216	27	7	21	43	1.79
12173392--12173668	54	5.1	54	72	11	179	29	9	21	38	1.85
12173646--12173775	27	4.9	27	85	1	163	40	6	21	30	1.79
12173619--12173775	54	2.9	54	83	0	181	38	7	21	32	1.80
12174931--12175010	7	11.1	7	84	5	106	45	37	0	17	1.49
12174931--12175008	29	2.7	29	82	5	113	46	35	0	17	1.49
12174934--12175008	15	5.1	15	87	6	109	48	34	0	17	1.48
12176129--12176920	31	25.5	31	99	0	1575	28	25	16	29	1.97
12176944--12177031	42	2.1	42	91	0	140	35	22	14	27	1.93
12177180--12177302	26	4.8	26	88	1	169	28	22	21	26	1.99
12177180--12177302	52	2.4	51	93	2	212	28	22	21	26	1.99
12178110--12178182	27	2.7	27	79	8	85	23	19	21	35	1.96
12178213--12178265	27	2.0	27	84	0	70	39	15	13	32	1.85
12178315--12178463	53	2.8	52	80	9	149	28	8	20	42	1.80
12178229--12178531	27	11.2	27	78	8	161	33	7	19	38	1.81
12178229--12178477	80	3.1	81	78	5	236	30	8	20	40	1.82
12178323--12178504	80	2.3	80	78	1	186	32	7	20	38	1.81
12178454--12178585	54	2.4	54	88	0	183	43	6	19	31	1.75
12178454--12178585	27	4.9	27	86	0	165	43	6	19	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12198714--12198804	40	2.3	40	98	0	173	34	27	18	19	1.96
12205441--12205612	40	4.3	40	80	5	197	26	25	22	25	2.00
12213858--12214025	40	4.2	40	83	3	223	26	27	22	23	1.99
12218310--12218414	40	2.6	40	90	0	156	32	26	20	20	1.97
12223165--12223248	33	2.9	28	77	17	89	23	26	25	25	2.00
12223130--12223230	33	3.0	33	88	1	130	30	25	19	23	1.98
12223376--12223456	23	3.5	23	79	12	103	40	17	19	22	1.91
12230441--12230502	28	2.2	28	77	2	72	33	25	20	19	1.96
12232103--12232162	27	2.3	26	82	2	66	36	18	21	23	1.95
12237430--12237477	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
12237514--12237556	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
12237521--12237564	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
12237611--12237685	23	3.1	25	92	7	129	32	20	20	28	1.97
12242454--12242504	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
12244885--12245123	50	4.9	50	84	2	290	24	27	18	29	1.98
12245394--12245432	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
12252877--12253313	50	8.8	50	86	2	587	24	29	18	27	1.98
12260189--12260264	37	2.1	37	100	0	152	32	17	5	44	1.71
12271952--12272719	27	28.7	27	84	3	870	35	13	14	36	1.86
12272735--12272829	27	3.5	27	80	5	95	42	16	18	22	1.89
12272714--12272828	54	2.2	52	79	6	124	43	19	16	20	1.88
12274239--12274362	42	3.0	42	79	4	117	30	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12276438--12276512	37	2.0	37	100	0	150	36	10	5	48	1.61
12291035--12291132	41	2.4	41	80	0	115	37	26	18	17	1.93
12295194--12295362	43	3.9	43	88	1	241	21	27	22	28	1.99
12297418--12297465	24	2.0	25	91	4	80	25	22	16	35	1.95
12297951--12297995	15	2.8	17	77	12	51	48	0	17	33	1.48
12299322--12299407	38	2.3	38	89	4	129	34	32	19	12	1.90
12304865--12304949	36	2.5	34	81	9	102	18	17	9	54	1.70
12309980--12310064	36	2.5	34	81	9	102	18	17	9	54	1.70
12311734--12311773	21	1.9	21	85	10	55	50	5	12	32	1.62
12315559--12315600	21	2.0	21	86	4	59	21	2	19	57	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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