genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75201913--75202009	15	6.3	15	68	20	58	63	3	4	28	1.27
75201959--75202009	16	3.3	16	81	10	61	66	0	3	29	1.09
75201959--75202019	30	2.0	32	87	6	90	65	0	3	31	1.09
75202172--75202247	27	2.9	26	78	5	82	57	2	9	30	1.43
75212888--75212921	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
75213281--75213332	24	2.2	24	86	6	70	71	1	23	3	1.13
75214292--75214370	29	2.7	29	98	0	149	25	25	27	21	1.99
75214482--75214522	18	2.3	18	87	8	57	48	0	21	29	1.50
75215010--75215047	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
75218136--75218176	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
75218651--75218701	26	1.9	27	84	11	70	25	3	3	66	1.26
75218651--75218709	27	2.1	28	82	14	70	27	5	3	64	1.30
75219245--75219296	9	5.7	9	81	4	68	34	1	42	21	1.64
75219245--75219297	19	2.9	18	86	5	79	35	1	41	20	1.64
75220054--75220094	22	1.9	21	90	5	64	60	0	0	39	0.96
75220068--75220121	28	1.9	28	85	7	74	66	1	0	31	1.02
75220362--75220411	17	3.2	17	70	21	54	30	38	2	30	1.69
75220330--75220411	30	2.7	30	86	0	110	29	43	2	24	1.67
75220767--75220899	3	45.0	3	74	15	100	31	3	1	63	1.21
75220971--75221038	30	2.3	30	86	0	91	29	42	2	25	1.69
75220993--75221042	17	3.2	17	70	21	54	30	38	2	30	1.69
75221398--75221530	3	45.0	3	74	15	100	31	3	1	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75220341--75221602	631	2.0	631	100	0	2524	28	14	16	40	1.87
75221988--75222123	3	46.0	3	73	15	97	29	3	1	65	1.18
75221346--75222530	593	2.0	591	97	0	2257	28	12	14	44	1.82
75226746--75226788	10	4.6	9	83	11	50	83	4	4	6	0.89
75226746--75226794	19	2.6	19	83	0	53	81	6	6	6	0.98
75227998--75228502	176	2.9	176	85	1	690	29	18	22	30	1.97
75228496--75228835	43	7.7	42	65	15	143	27	20	24	27	1.99
75228455--75228976	133	3.9	131	89	3	749	29	20	22	27	1.99
75229209--75229248	20	2.1	19	86	13	55	35	42	2	20	1.65
75229235--75229291	17	3.6	17	75	18	68	31	50	1	15	1.54
75229251--75229304	13	3.8	13	75	17	54	31	50	3	14	1.61
75229228--75229307	30	2.7	30	92	0	133	31	48	2	17	1.60
75229673--75229797	3	42.0	3	71	15	73	29	4	1	64	1.21
75241184--75241249	33	1.9	35	82	11	84	27	24	13	34	1.93
75246620--75246650	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
75248695--75248734	14	2.9	14	82	17	57	20	17	0	62	1.33
75253058--75253098	22	1.9	22	90	5	66	34	21	14	29	1.93
75256705--75256785	33	2.5	32	84	8	101	50	14	7	27	1.69
75260337--75260366	15	1.9	16	93	6	53	70	0	3	26	1.03
75261019--75261120	49	2.1	49	96	0	186	36	14	11	37	1.83
75261371--75261396	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
75263034--75263066	14	2.4	14	94	0	57	27	6	33	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75269763--75270027	103	2.6	103	89	0	404	30	30	20	19	1.97
75270355--75270419	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
75270362--75270419	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
75277255--75277519	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
75277847--75277911	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
75277854--75277911	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
75279274--75279354	22	3.7	22	69	9	58	44	20	22	12	1.85
75279327--75279378	22	2.4	22	84	9	70	42	23	23	11	1.86
75294735--75294836	44	2.3	44	98	0	195	36	15	15	32	1.90
75303440--75303469	15	2.0	15	93	0	51	70	6	3	20	1.25
75304878--75304936	27	2.2	27	100	0	118	23	25	13	37	1.92
75305085--75305158	28	2.6	28	82	2	94	31	27	12	29	1.92
75305325--75305431	53	2.0	52	82	5	126	25	22	14	38	1.91
75306100--75306147	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
75309797--75309969	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
75309794--75309964	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
75312937--75313005	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
75312928--75313015	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
75327990--75328129	63	2.2	63	84	0	172	25	26	20	27	1.99
75328758--75328808	25	2.1	24	85	3	66	80	1	15	1	0.89
75331277--75331317	22	1.9	21	85	5	55	9	14	2	73	1.19
75331281--75331323	22	2.0	22	81	9	52	11	11	2	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75331338--75331385	15	3.1	17	80	19	52	52	0	0	47	1.00
75331345--75331385	7	5.2	8	83	11	50	53	0	0	46	1.00
75353396--75353458	13	5.1	12	77	12	56	4	20	0	74	0.99
75353399--75353457	26	2.3	25	78	18	68	5	18	0	76	0.97
75353944--75353973	12	2.5	12	94	0	51	6	10	50	33	1.62
75363089--75363273	96	1.9	96	86	2	264	34	18	14	32	1.91
75370410--75370683	46	6.0	46	93	0	415	22	25	14	37	1.92
75380938--75380987	17	2.8	18	78	6	57	10	8	4	78	1.09
75381342--75381442	45	2.2	44	84	5	130	66	2	7	22	1.32
75383165--75383222	31	2.0	30	80	12	68	44	15	8	31	1.76
75390514--75390692	96	1.8	96	86	5	261	28	18	27	24	1.98
75390380--75390694	47	6.6	50	71	16	163	28	18	28	24	1.98
75394157--75394197	19	2.2	18	86	4	55	48	14	4	31	1.65
75398686--75398716	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
75402687--75402756	30	2.4	30	76	13	74	62	1	1	34	1.13
75402761--75402810	6	8.2	6	78	12	57	56	0	0	44	0.99
75404227--75404279	20	2.7	20	85	11	65	60	7	0	32	1.25
75404226--75404284	19	3.0	20	80	11	61	59	6	0	33	1.24
75404303--75404349	20	2.4	19	82	7	58	46	2	0	51	1.13
75404629--75404789	42	3.8	42	92	1	252	32	21	22	23	1.98
75404631--75404884	42	6.1	41	84	6	215	30	20	20	28	1.98
75404944--75404977	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75405201--75405271	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
75410722--75410886	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
75410722--75410886	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
75410736--75411032	19	15.6	19	67	22	78	31	0	20	47	1.53
75410767--75411148	26	15.2	26	88	6	531	32	0	20	46	1.56
75410767--75411149	51	7.7	46	87	6	277	32	1	20	46	1.58
75411032--75411075	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
75413727--75413802	7	10.9	7	74	5	64	46	35	1	17	1.56
75413843--75413891	16	3.0	17	88	8	75	48	16	0	34	1.46
75413913--75414263	113	3.1	111	80	7	411	26	23	19	30	1.98
75414048--75414445	188	2.1	188	94	0	688	26	23	18	31	1.97
75414236--75414661	114	3.7	114	79	4	464	26	23	19	30	1.98
75435933--75435987	23	2.4	23	75	3	58	29	0	3	67	1.08
75439269--75439315	23	2.0	23	84	8	60	38	4	2	55	1.31
75439590--75439649	29	2.1	28	84	9	77	53	3	5	38	1.39
75440629--75440661	17	2.1	17	88	11	52	48	3	0	48	1.17
75442968--75443096	50	2.5	51	88	2	197	37	17	20	25	1.93
75443072--75443158	31	2.8	31	92	0	147	25	19	28	26	1.99
75443187--75443372	49	3.8	49	80	10	172	28	12	26	32	1.92
75443187--75443372	48	3.9	48	81	9	168	28	12	26	32	1.92
75443279--75443442	42	3.7	43	78	12	156	28	12	27	31	1.93
75465515--75465582	15	4.8	13	76	16	55	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75465519--75465596	35	2.3	35	80	10	90	48	0	3	47	1.20
75465516--75465610	30	3.3	29	72	23	76	49	0	4	46	1.21
75466123--75467004	430	2.1	430	97	0	1656	32	20	22	24	1.98
75468532--75468592	18	3.3	18	73	15	54	29	1	3	65	1.18
75468640--75468691	22	2.4	22	84	12	72	23	13	3	59	1.50
75468682--75468717	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
75468939--75468981	20	2.2	20	87	4	61	18	9	2	69	1.26
75468991--75469028	14	2.5	15	83	12	51	28	2	0	68	1.03
75469073--75469131	24	2.5	23	79	15	68	18	10	1	69	1.25
75471452--75471487	18	1.9	20	88	11	58	30	0	8	61	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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