genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27708645--27708875	43	5.4	42	75	9	171	25	23	26	25	2.00
27711418--27711791	124	3.0	125	93	1	642	28	16	23	31	1.96
27714916--27714983	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
27714801--27715045	115	2.1	115	92	3	402	45	6	8	39	1.62
27715096--27715314	45	5.0	41	83	12	171	25	0	26	47	1.52
27715102--27716158	68	15.6	65	79	13	722	27	0	24	48	1.54
27715102--27716160	91	11.7	90	79	12	733	27	0	24	48	1.54
27715039--27716158	23	49.1	23	76	14	924	27	0	24	48	1.54
27716103--27716170	23	3.0	23	70	21	63	29	0	22	48	1.51
27716204--27716301	25	3.9	25	94	5	180	39	14	0	45	1.45
27716195--27716305	50	2.3	50	96	3	208	41	13	0	45	1.44
27717419--27717443	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
27717591--27717628	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
27718523--27718564	11	3.7	11	84	6	57	54	0	0	45	0.99
27718562--27718604	22	2.0	22	86	4	61	48	2	25	23	1.62
27723057--27723175	23	5.2	23	81	0	148	30	25	20	24	1.99
27723064--27723175	46	2.4	46	87	0	170	30	25	20	24	1.99
27723057--27723192	69	2.0	68	79	5	148	33	25	18	23	1.97
27725051--27725088	11	3.5	11	92	0	67	42	2	7	47	1.46
27728519--27728566	18	2.7	18	93	0	78	35	10	12	41	1.77
27728991--27729162	72	2.4	72	87	4	260	27	5	13	53	1.61
27743934--27743993	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27744207--27744252	9	5.1	9	89	0	74	28	10	15	45	1.79
27744207--27744252	18	2.6	18	100	0	92	28	10	15	45	1.79
27744305--27744335	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27747712--27747761	15	3.5	15	75	25	54	66	0	14	20	1.26
27749985--27750026	23	1.9	22	85	9	59	54	4	9	30	1.53
27750026--27750069	19	2.5	17	81	7	52	68	6	4	20	1.31
27751495--27751998	128	3.9	128	92	0	828	24	24	19	31	1.98
27754311--27754378	26	2.6	26	80	13	77	10	8	10	70	1.34
27754325--27754384	6	9.7	6	80	7	57	10	6	13	70	1.34
27758971--27759012	23	1.9	22	85	9	59	54	4	9	30	1.53
27759012--27759055	19	2.5	17	81	7	52	68	6	4	20	1.31
27761246--27761405	55	2.9	55	100	0	320	39	18	18	24	1.92
27763971--27764000	13	2.3	13	100	0	60	33	6	0	60	1.23
27767714--27767771	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
27767984--27768014	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
27768109--27768357	50	4.8	50	85	3	309	26	22	28	22	1.99
27776862--27776944	21	4.0	21	82	3	89	40	16	22	19	1.91
27785195--27785284	36	2.4	38	81	3	112	14	14	41	30	1.85
27788142--27788196	16	3.4	16	75	12	58	16	23	1	58	1.48
27788256--27788286	13	2.4	13	94	0	53	38	3	0	58	1.15
27789687--27789782	48	2.0	48	87	0	138	41	20	16	20	1.90
27797309--27797409	3	33.7	3	100	0	202	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27799968--27800014	12	4.5	11	75	20	55	82	8	0	8	0.83
27799970--27800006	19	1.9	19	94	0	65	89	5	0	5	0.60
27802175--27803978	45	38.7	45	76	10	1502	32	21	20	25	1.98
27802177--27804032	95	19.9	92	88	5	1740	32	21	20	25	1.98
27802276--27803848	190	8.4	190	89	4	2132	32	21	21	25	1.98
27803673--27803990	140	2.3	140	89	0	501	32	20	19	26	1.97
27803852--27804314	99	4.7	97	84	7	412	34	21	19	25	1.97
27803661--27804314	50	13.5	50	71	13	212	33	21	20	25	1.97
27803945--27804326	99	3.8	100	86	4	472	34	20	19	24	1.96
27804351--27804657	44	7.1	42	73	11	223	30	19	21	28	1.98
27804365--27804665	128	2.3	128	87	0	440	29	20	21	27	1.98
27806578--27806682	3	35.0	3	98	0	201	32	0	0	66	0.98
27811149--27811200	24	2.2	24	92	0	86	48	0	3	48	1.20
27811366--27811429	13	4.9	13	90	0	101	25	7	26	40	1.82
27814763--27814844	30	3.0	27	81	14	98	41	18	39	1	1.58
27817240--27817444	102	2.0	103	96	0	376	34	0	28	36	1.61
27817804--27817840	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27817894--27817924	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27825754--27825859	45	2.4	44	80	4	115	27	16	22	33	1.96
27842904--27843513	44	13.9	44	84	0	700	24	26	20	29	1.99
27849230--27849254	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27849246--27849285	21	1.9	21	84	0	53	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27849244--27849291	21	2.3	21	74	0	51	45	0	0	54	0.99
27856418--27856451	17	2.0	17	88	0	50	52	2	0	44	1.16
27863680--27863747	30	2.3	30	100	0	136	44	8	20	26	1.81
27865224--27865258	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27865423--27865513	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
27865494--27865562	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
27865494--27865562	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
27866125--27866567	219	2.0	219	94	0	780	42	19	13	24	1.87
27868929--27868971	21	2.0	21	95	0	77	25	9	25	39	1.85
27870881--27870908	7	4.0	7	100	0	56	14	14	28	42	1.84
27873396--27873436	18	2.3	18	82	0	55	60	0	0	39	0.96
27873422--27873476	28	2.0	27	82	6	67	49	3	0	47	1.19
27873480--27873519	21	1.9	21	89	0	62	67	7	2	22	1.28
27873518--27873542	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27874669--27874698	16	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
27877234--27877301	28	2.5	28	80	4	86	39	7	5	47	1.56
27885669--27885700	10	3.2	10	100	0	64	53	9	28	9	1.64
27890202--27890244	17	2.5	18	81	11	54	67	0	2	30	1.03
27890495--27890528	16	2.2	15	89	5	50	32	5	0	61	1.20
27893787--27893842	29	1.9	29	85	0	76	26	8	21	42	1.82
27897379--27897421	20	2.2	20	83	8	52	16	2	11	69	1.28
27901672--27901702	14	2.2	14	94	0	53	32	6	16	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27906627--27906656	15	2.0	15	93	0	51	36	6	6	50	1.55
27907025--27907071	10	4.4	10	82	12	58	53	0	0	46	1.00
27910566--27910615	20	2.5	21	83	6	59	30	14	12	44	1.81
27912098--27912149	12	4.7	12	75	22	51	57	1	25	15	1.48
27912099--27912141	20	2.2	20	91	8	70	55	2	27	13	1.51
27915234--27915296	31	2.0	32	87	3	92	36	4	23	34	1.76
27917116--27917197	25	3.3	25	72	14	62	31	24	21	21	1.98
27924877--27924956	25	3.2	24	72	10	72	33	21	21	23	1.97
27926204--27926958	373	2.0	373	97	0	1420	20	14	19	45	1.85
27930894--27930933	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
27930882--27930948	34	1.9	35	87	3	100	49	11	5	32	1.64
27938072--27939016	40	23.6	40	89	0	1442	25	21	28	24	1.99
27938072--27939016	80	11.8	80	97	0	1739	25	21	28	24	1.99
27948133--27948294	45	3.6	45	88	0	243	44	16	17	20	1.87
27948133--27948334	45	4.5	44	84	2	226	45	15	19	19	1.85
27948128--27948334	90	2.3	90	82	3	256	46	15	18	18	1.84
27949169--27949203	16	2.1	17	94	5	63	22	0	37	40	1.55
27952903--27952955	19	2.9	18	75	10	54	67	7	9	15	1.39
27957269--27957438	41	4.2	40	82	5	168	20	21	7	50	1.73
27958438--27958480	21	2.0	21	95	0	77	34	11	4	48	1.60
27961518--27961554	15	2.5	15	95	0	65	51	10	13	24	1.73
27961730--27961812	23	3.6	23	80	3	87	33	16	25	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963122--27963195	29	2.6	29	87	6	80	37	0	2	59	1.12
27963140--27963172	11	2.8	12	86	9	50	33	0	0	66	0.92
27963144--27963191	11	4.7	11	75	15	50	33	0	2	64	1.05
27981326--27981414	44	2.0	44	86	4	126	49	15	7	26	1.72
27996101--27996200	43	2.3	43	86	3	121	25	26	20	29	1.99
27996534--27996582	21	2.3	21	86	6	64	4	40	18	36	1.70
27996889--27996992	29	3.4	29	72	20	97	27	3	21	47	1.68
27996941--27997014	9	8.2	9	70	16	55	28	4	18	48	1.66
27996925--27997014	25	3.4	25	69	20	67	27	3	21	47	1.66
27996896--27997014	63	1.9	63	83	10	154	27	4	21	47	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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