genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53964818--53964985	40	4.2	38	80	9	135	24	21	26	27	1.99
53977074--53977145	31	2.3	31	92	0	117	11	30	36	22	1.89
53978247--53978413	42	4.0	42	75	10	144	31	23	14	29	1.95
53978247--53978411	84	2.0	84	79	4	181	31	23	15	29	1.95
53981948--53982011	2	32.0	2	100	0	128	50	0	50	0	1.00
53987582--53987667	39	2.2	40	85	6	122	54	4	4	36	1.42
53987786--53987822	14	2.6	15	83	8	51	40	13	0	45	1.43
53989291--53989319	15	1.9	15	100	0	58	62	0	3	34	1.12
53990879--53991102	79	2.8	78	84	6	281	25	27	22	24	2.00
53990879--53991102	40	5.7	40	87	6	280	25	27	22	24	2.00
53998827--53998918	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
53998808--53998971	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
54007523--54007630	57	1.9	57	96	0	198	12	22	17	47	1.82
54013732--54013826	25	3.8	25	75	8	86	27	22	22	28	1.99
54015585--54015983	50	7.9	50	81	1	474	25	17	26	30	1.97
54015585--54015983	101	4.0	99	80	3	449	25	17	26	30	1.97
54015556--54015980	151	2.8	151	89	1	645	25	17	26	31	1.97
54017984--54018044	30	2.0	30	100	0	122	32	16	22	27	1.96
54026072--54026102	8	3.9	8	95	0	53	38	6	0	54	1.26
54026830--54026895	27	2.4	28	82	7	91	27	22	16	33	1.96
54027542--54027873	165	2.0	166	95	0	603	36	18	17	26	1.94
54028673--54028698	13	2.0	13	100	0	52	38	38	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54031379--54031496	47	2.5	47	86	6	161	33	17	25	23	1.97
54036006--54036346	50	6.8	50	80	2	360	24	18	27	30	1.98
54036006--54036284	101	2.7	101	94	1	477	24	18	27	30	1.98
54036545--54036575	16	2.0	15	93	6	53	48	0	19	32	1.49
54037046--54037114	34	2.0	34	100	0	138	31	8	17	42	1.80
54045404--54045625	46	4.8	46	84	7	288	21	20	28	29	1.98
54050379--54050544	39	4.3	39	89	0	244	33	9	12	45	1.74
54052869--54052908	11	3.5	11	93	3	53	22	15	12	50	1.77
54055088--54055760	335	2.0	335	96	0	1247	27	23	17	32	1.96
54059955--54059985	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
54059952--54059991	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
54060064--54060108	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
54060805--54062466	828	2.0	827	99	0	3306	34	18	11	34	1.88
54062919--54062960	18	2.3	18	95	0	75	19	28	16	35	1.93
54068459--54068489	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
54068728--54068935	55	3.8	53	80	6	195	22	25	17	34	1.95
54069443--54069488	23	2.0	23	95	0	83	17	10	21	50	1.77
54071512--54071544	11	3.0	11	95	0	57	66	24	0	9	1.20
54076121--54076153	12	2.9	12	86	13	52	9	6	9	75	1.18
54091941--54091992	19	2.9	18	83	10	72	46	9	15	28	1.77
54092775--54092825	23	2.3	21	80	16	59	47	1	17	33	1.59
54094049--54094103	21	2.6	21	94	0	92	14	30	30	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54096976--54097006	8	3.9	8	100	0	62	48	0	0	51	1.00
54097008--54097033	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
54097010--54097067	13	4.3	13	80	4	53	29	0	0	70	0.87
54108157--54108217	32	1.9	32	100	0	122	27	14	13	44	1.83
54119417--54119462	20	2.3	20	96	0	83	30	13	28	28	1.94
54122442--54122475	14	2.4	14	85	0	50	64	8	0	26	1.22
54122655--54122679	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54124471--54124525	26	2.2	25	81	15	69	41	12	9	36	1.75
54127660--54127688	10	2.9	10	100	0	58	20	0	6	72	1.07
54128422--54128461	22	1.9	20	85	10	53	20	25	17	37	1.94
54131646--54131686	21	1.9	22	85	14	59	51	24	4	19	1.66
54138644--54138781	43	3.2	43	76	8	122	30	19	21	28	1.98
54138710--54138791	43	1.9	42	83	11	105	29	20	23	26	1.99
54145818--54145926	27	4.0	26	84	8	137	37	22	22	16	1.93
54145818--54145926	54	2.0	54	91	3	175	37	22	22	16	1.93
54147282--54147382	24	4.2	24	94	0	157	24	40	1	32	1.67
54148802--54148883	43	1.9	42	82	7	103	28	19	25	26	1.99
54153479--54153537	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
54157048--54157623	115	5.0	115	99	0	1118	33	22	11	32	1.89
54158964--54159072	54	2.0	54	96	0	200	27	23	12	35	1.92
54163628--54163669	22	2.0	22	95	4	77	21	28	40	9	1.84
54179282--54179379	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54179310--54179392	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
54179282--54179393	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
54194916--54194952	12	3.1	12	92	0	56	48	13	2	35	1.57
54198482--54198560	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
54198679--54199189	49	10.6	49	96	1	894	29	29	8	32	1.86
54199416--54199514	40	2.5	40	86	3	128	27	27	22	23	1.99
54204262--54204286	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
54207592--54207697	50	2.1	50	94	0	185	31	21	13	33	1.92
54207596--54207728	50	2.8	47	86	4	178	27	22	15	34	1.94
54211951--54212072	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
54229325--54229368	22	2.0	22	90	0	70	56	6	2	34	1.38
54230872--54230928	30	1.9	30	100	0	114	24	17	24	33	1.96
54236980--54237044	30	2.2	29	94	2	112	24	15	23	36	1.93
54239445--54239539	49	1.9	49	82	4	120	28	20	9	42	1.83
54240788--54240820	16	2.1	16	100	0	66	18	30	0	51	1.46
54264109--54264377	48	5.6	48	81	6	278	24	28	20	26	1.99
54264109--54264390	96	2.9	96	86	2	334	25	28	20	26	1.99
54264109--54264380	144	1.9	143	83	4	359	24	28	20	26	1.99
54268264--54268435	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
54268211--54268433	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
54268291--54268468	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
54276119--54276421	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54282954--54283179	48	4.7	48	80	6	215	21	28	23	26	1.99
54283002--54283179	96	1.9	96	86	2	259	21	28	23	27	1.99
54294723--54294984	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
54296062--54296088	14	1.9	14	100	0	54	0	7	3	88	0.61
54302893--54302960	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
54302782--54303109	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
54303062--54303140	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
54304216--54304307	46	2.0	46	97	0	175	21	18	19	40	1.92
54316354--54316432	38	2.1	38	95	0	140	36	8	21	32	1.85
54321838--54322015	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54321859--54322014	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54329903--54330080	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54329924--54330079	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54333137--54333246	52	2.1	52	83	6	134	37	17	25	20	1.94
54334911--54334989	29	2.8	29	94	1	133	29	30	11	29	1.92
54335199--54335228	8	3.8	8	90	0	51	3	10	26	60	1.45
54335199--54335233	16	2.2	16	94	0	61	5	8	25	60	1.49
54339308--54339427	57	2.1	59	78	9	131	28	32	15	23	1.95
54339331--54339447	29	4.1	28	88	3	153	27	31	14	26	1.95
54341237--54341278	21	2.0	21	85	4	57	33	19	7	40	1.78
54345571--54345702	50	2.6	52	83	8	180	34	15	12	38	1.84
54352361--54352493	67	2.0	67	89	2	205	27	18	35	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54359236--54359268	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
54362829--54362917	30	3.0	30	79	11	94	58	15	15	10	1.63
54362829--54362908	15	5.4	15	79	10	85	60	13	16	10	1.59
54362840--54362917	15	5.2	15	81	9	88	57	15	15	11	1.65
54365845--54366015	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
54365837--54366012	46	3.8	45	79	10	203	29	28	20	21	1.98
54367494--54367595	29	3.6	29	81	6	127	26	15	28	29	1.96
54372119--54372151	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
54373369--54373407	8	4.9	8	80	0	51	43	15	23	17	1.87
54373365--54373415	24	2.1	24	96	0	93	50	15	19	13	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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