genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5367681--5367741	26	2.5	25	84	10	74	75	0	9	14	1.04
5368456--5368493	19	2.0	19	85	10	51	44	2	0	52	1.14
5368729--5368773	13	3.5	13	84	0	63	44	22	8	24	1.81
5379997--5380064	16	4.3	15	81	7	82	29	23	5	41	1.78
5388393--5388452	30	2.0	30	87	6	86	28	3	10	58	1.46
5389347--5389394	23	2.1	23	100	0	96	25	25	10	39	1.87
5389534--5389709	55	3.2	55	98	0	334	37	14	8	39	1.77
5390842--5390875	16	2.1	16	88	0	50	47	35	2	14	1.60
5405694--5405725	13	2.5	13	94	0	55	28	21	3	46	1.66
5406815--5406859	22	2.0	22	91	0	72	26	46	4	22	1.70
5420456--5420497	22	1.9	22	90	0	66	42	2	11	42	1.54
5421724--5421849	38	3.3	38	80	3	103	35	16	26	21	1.94
5421751--5422140	37	10.6	37	74	12	225	40	14	18	26	1.90
5421757--5422140	110	3.5	109	75	10	268	40	14	19	26	1.89
5421751--5422251	73	6.8	72	77	7	343	40	14	17	27	1.88
5422403--5422434	6	4.9	7	92	7	50	71	0	0	28	0.86
5438617--5438693	31	2.6	29	79	4	82	49	16	11	22	1.78
5439265--5439299	8	4.4	8	89	10	54	51	0	0	48	1.00
5439565--5439606	21	2.0	21	90	0	66	47	0	0	52	1.00
5439640--5439676	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
5439688--5439743	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
5440219--5440266	24	2.0	24	100	0	96	41	8	8	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5440567--5440598	13	2.5	13	94	0	55	43	6	6	43	1.54
5442016--5442077	9	6.8	9	87	3	88	20	0	20	58	1.40
5460258--5460313	28	2.0	28	86	6	78	28	28	10	32	1.90
5464337--5464373	5	7.6	5	88	11	51	83	0	0	16	0.64
5469029--5469082	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
5469336--5469524	50	3.8	49	84	1	225	25	19	25	29	1.98
5469329--5469524	49	3.9	49	82	2	230	25	19	26	28	1.99
5472292--5472375	42	2.0	41	81	6	98	28	25	16	29	1.97
5474893--5474919	9	3.0	9	100	0	54	44	0	11	44	1.39
5476487--5476642	53	3.0	53	87	4	210	26	16	27	29	1.97
5483846--5484204	46	7.7	46	77	15	391	22	20	28	28	1.98
5483843--5484199	93	3.8	93	98	0	687	21	20	29	28	1.98
5486235--5486368	42	3.1	43	81	9	141	29	25	17	27	1.98
5486263--5486368	44	2.5	42	84	9	126	28	27	18	25	1.98
5488915--5488953	18	2.2	18	100	0	78	46	25	7	20	1.77
5490705--5490783	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
5490916--5491850	47	19.9	47	98	0	1726	29	31	8	29	1.87
5495365--5495415	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
5498054--5498122	26	2.7	26	93	2	113	26	26	21	26	2.00
5498053--5498138	26	3.4	26	81	13	83	29	23	20	26	1.99
5498344--5498427	31	2.7	31	88	1	125	30	17	27	23	1.97
5505790--5505908	38	3.1	38	85	2	148	30	25	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5505790--5505937	38	3.8	38	83	5	145	28	24	23	23	2.00
5508299--5508683	40	9.6	40	91	3	582	25	27	21	24	1.99
5509351--5509447	49	2.0	49	95	0	176	40	26	11	21	1.87
5516442--5516626	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
5516423--5516626	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
5524412--5524596	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
5524412--5524596	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
5531258--5531580	140	2.3	139	81	3	355	34	17	19	28	1.95
5533224--5533256	3	11.3	3	93	6	59	33	0	0	66	0.92
5533285--5533313	15	1.9	15	100	0	58	20	6	3	68	1.27
5533364--5533509	3	46.3	3	67	16	64	29	8	2	59	1.40
5533580--5533626	15	3.3	14	77	11	51	29	6	0	63	1.19
5537756--5537914	27	5.9	27	79	10	173	34	20	24	20	1.96
5537756--5537917	54	3.0	54	89	2	229	34	20	24	20	1.96
5545851--5546009	27	5.9	27	75	11	139	36	21	23	18	1.95
5545869--5546012	54	2.7	54	87	2	200	36	22	22	17	1.94
5549270--5549390	46	2.6	47	84	6	149	31	18	27	23	1.97
5549442--5549611	49	3.5	48	82	4	191	27	20	28	24	1.99
5558677--5558770	40	2.3	40	80	3	100	31	28	15	23	1.96
5563565--5563621	24	2.4	24	93	0	96	17	19	17	45	1.86
5563565--5563628	24	2.7	23	85	9	83	18	20	15	45	1.86
5570775--5571042	23	11.7	23	79	10	271	30	24	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5570775--5571042	46	5.8	46	88	4	371	30	24	21	24	1.99
5574926--5575130	40	5.1	40	87	1	277	27	27	21	22	1.99
5580088--5580306	46	4.7	45	73	9	165	27	18	30	23	1.98
5582822--5583008	39	4.7	40	87	5	272	25	26	22	25	2.00
5582815--5583008	79	2.5	79	87	1	282	25	26	22	25	2.00
5589025--5589217	40	4.8	40	90	2	282	27	26	23	22	1.99
5591925--5591984	31	1.9	31	83	6	77	23	18	5	53	1.64
5591941--5592005	31	2.1	31	82	5	78	18	18	4	58	1.56
5592849--5592890	18	2.2	20	91	8	70	69	7	7	16	1.34
5596875--5596939	32	2.0	32	100	0	130	44	24	9	21	1.81
5612466--5612598	61	2.2	61	82	6	166	51	3	2	42	1.29
5614880--5614984	35	3.0	35	80	2	113	31	20	23	24	1.98
5630760--5630820	27	2.4	27	86	13	85	31	8	16	44	1.77
5634093--5634131	20	2.0	20	89	0	60	38	12	0	48	1.42
5638329--5638361	17	1.9	17	88	11	50	18	9	42	30	1.81
5639457--5639750	27	10.9	27	82	1	279	42	20	16	20	1.89
5640093--5640129	18	2.1	18	89	0	56	24	21	13	40	1.89
5657462--5657570	49	2.2	49	81	3	121	29	20	26	23	1.99
5662881--5663015	67	2.0	67	98	0	261	45	19	14	20	1.85
5664470--5664596	45	2.8	45	80	4	130	35	24	13	26	1.92
5671475--5671603	46	2.8	46	82	5	163	27	21	29	20	1.98
5671661--5671832	49	3.5	49	78	3	170	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5672995--5673034	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
5674989--5675085	39	2.5	39	88	5	135	27	20	26	24	1.99
5686853--5686964	56	2.0	56	94	3	199	17	22	30	29	1.97
5689166--5689198	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
5697974--5698108	67	2.0	68	94	1	236	36	24	16	22	1.94
5699350--5699428	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
5699547--5699738	47	4.1	47	93	0	312	27	31	9	31	1.88
5704730--5704772	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
5705213--5705310	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
5705241--5705323	27	3.0	27	84	5	78	31	12	24	32	1.91
5713335--5713601	28	9.5	28	92	0	428	26	13	27	32	1.94
5714880--5715123	48	5.0	48	91	2	389	35	6	26	31	1.81
5714880--5715114	98	2.4	98	91	1	384	35	6	25	31	1.81
5715268--5715368	37	2.7	37	93	0	166	24	18	31	24	1.98
5718262--5718298	13	2.8	13	87	0	56	13	32	37	16	1.87
5721945--5722043	42	2.3	42	82	5	119	32	24	18	25	1.97
5729307--5729349	16	2.7	16	85	0	59	58	23	11	6	1.57
5729573--5729662	29	3.1	27	82	7	108	28	12	26	32	1.92
5730315--5730340	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
5741138--5741181	14	3.0	15	76	6	54	52	4	2	40	1.34
5746069--5746162	27	3.4	28	85	2	129	32	20	25	21	1.97
5746271--5746329	26	2.2	26	87	3	82	28	6	25	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5748178--5748238	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
5751118--5751165	23	2.1	23	96	0	87	54	16	6	22	1.65
5753136--5753307	46	3.7	45	75	10	168	21	18	29	30	1.97
5755272--5755304	13	2.6	13	95	4	59	57	0	27	15	1.38
5762157--5762197	19	2.2	19	100	0	82	31	14	14	39	1.87
5762162--5762205	19	2.3	19	92	0	70	25	22	13	38	1.91
5764174--5764275	46	2.2	47	96	1	188	30	40	2	26	1.71
5767135--5767226	47	2.0	46	93	2	157	32	8	28	30	1.87
5767331--5767638	47	6.6	47	93	0	481	32	8	29	28	1.87
5767757--5767835	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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