genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18067712--18067862	27	5.6	27	81	1	151	29	6	20	43	1.77
18067712--18067862	81	1.9	81	86	5	216	29	6	20	43	1.77
18067712--18067879	27	6.2	27	77	5	142	29	6	20	43	1.77
18067712--18067889	81	2.2	81	83	6	209	29	6	19	43	1.77
18067883--18068167	27	10.6	27	83	6	353	40	7	23	29	1.81
18067883--18068167	54	5.3	54	94	0	464	40	7	23	29	1.81
18069068--18069235	27	6.2	27	78	11	157	41	10	20	27	1.85
18069068--18069235	54	3.1	54	82	5	214	41	10	20	27	1.85
18069069--18069226	81	2.0	81	85	7	214	41	10	20	27	1.84
18071165--18071206	17	2.5	17	100	0	84	14	33	45	7	1.72
18074267--18074320	27	2.0	27	96	0	99	27	11	5	55	1.57
18080164--18080335	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
18080157--18080332	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
18087733--18087861	46	2.8	46	88	2	179	31	26	21	20	1.98
18093636--18093761	58	2.2	58	82	5	148	27	16	20	34	1.94
18097894--18098088	27	7.2	27	90	0	300	24	19	20	35	1.95
18098073--18098143	27	2.6	27	84	6	90	25	8	22	43	1.81
18097894--18098115	81	2.7	81	85	5	288	25	18	19	36	1.95
18097893--18098142	81	3.1	81	85	5	267	25	17	20	37	1.94
18098103--18098159	26	2.1	27	83	3	71	28	5	19	47	1.71
18099889--18099993	54	1.9	54	92	0	174	34	17	20	27	1.95
18099889--18099989	27	3.7	27	85	0	139	35	17	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18099893--18100007	27	4.3	27	80	4	97	34	17	20	26	1.95
18100432--18100482	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
18100420--18100551	69	1.9	67	86	3	183	18	27	21	33	1.96
18103909--18104100	55	3.6	54	78	2	215	21	23	18	36	1.94
18120877--18121061	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
18120858--18121061	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
18129010--18129079	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
18129010--18129107	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
18129822--18129847	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18139678--18139783	40	2.7	39	82	7	142	38	18	18	23	1.93
18140799--18140881	31	2.7	30	89	7	123	26	28	15	28	1.96
18141102--18141163	26	2.4	26	83	5	72	32	17	27	22	1.97
18141220--18141267	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
18143483--18143821	180	1.9	180	86	2	493	34	19	6	39	1.78
18144379--18144760	50	7.7	50	73	8	280	29	26	17	26	1.97
18144382--18144770	151	2.6	150	86	3	538	30	26	17	25	1.97
18144398--18144814	151	2.8	145	83	5	489	31	26	15	25	1.96
18149239--18149311	29	2.5	28	84	10	94	28	15	30	26	1.96
18149269--18149596	174	1.9	174	96	0	611	31	14	23	30	1.94
18150742--18150886	50	3.0	50	65	19	144	30	19	22	28	1.98
18156055--18156110	7	7.7	7	81	18	62	83	0	14	1	0.72
18156042--18156088	21	2.3	21	96	3	87	87	0	12	0	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18156043--18156110	30	2.2	31	86	7	93	83	0	14	1	0.71
18156057--18156110	18	3.2	16	82	12	56	83	0	14	1	0.73
18156044--18156096	10	5.5	10	82	13	67	84	0	15	0	0.61
18156043--18156096	9	5.6	9	83	14	63	85	0	14	0	0.61
18156973--18157442	44	10.7	44	72	7	296	32	17	22	27	1.96
18156964--18157318	175	2.0	176	87	1	516	32	16	23	28	1.95
18157088--18157442	132	2.7	132	90	0	521	33	16	22	27	1.96
18157404--18158137	206	3.6	206	93	0	1200	30	18	22	28	1.97
18158534--18158612	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
18158524--18158611	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
18161060--18161094	16	2.1	17	89	5	54	74	11	0	14	1.08
18165902--18165942	18	2.3	18	84	12	50	39	0	4	56	1.21
18166111--18166178	6	11.3	6	79	4	57	45	1	4	48	1.31
18166248--18166281	18	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
18170127--18170218	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
18170108--18170271	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
18178050--18178233	79	2.3	81	82	10	220	24	27	22	25	2.00
18178050--18178233	40	4.7	40	83	8	209	24	27	22	25	2.00
18180532--18180565	10	3.3	10	88	8	50	32	0	2	64	1.08
18184459--18184483	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
18186433--18186462	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
18186846--18186938	41	2.1	44	86	9	129	31	3	12	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18204374--18204462	41	2.1	42	91	6	146	31	3	11	53	1.52
18205568--18205632	24	2.7	24	78	7	69	33	20	21	24	1.97
18210098--18210125	13	2.2	13	100	0	56	32	25	14	28	1.94
18211861--18212016	79	2.0	79	97	0	294	20	27	26	25	1.99
18213381--18213452	25	2.9	25	79	8	83	31	19	23	25	1.98
18213366--18213477	49	2.3	50	87	3	156	32	19	25	23	1.98
18217655--18217813	43	3.7	42	79	7	169	31	26	19	22	1.98
18217655--18217813	44	3.7	42	80	5	185	31	26	19	22	1.98
18217650--18217814	86	1.9	85	86	6	235	32	26	18	22	1.97
18219100--18219230	35	3.7	35	85	0	172	29	3	31	35	1.75
18219100--18219254	35	4.5	35	85	0	168	28	3	32	35	1.73
18223317--18223463	42	3.5	42	86	8	194	21	21	24	32	1.98
18234489--18234715	29	7.8	29	78	5	199	22	28	12	36	1.91
18236028--18236142	26	4.3	26	74	5	79	40	20	10	29	1.85
18236121--18236722	27	22.3	27	83	5	698	27	22	10	40	1.86
18236727--18236922	54	3.6	54	86	1	234	36	18	18	26	1.94
18236727--18236920	81	2.4	81	84	5	232	37	17	18	26	1.93
18236735--18236920	27	6.9	27	84	2	205	36	17	19	26	1.94
18237125--18237203	27	3.0	26	85	5	104	21	20	20	37	1.94
18237514--18237587	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
18237730--18237775	6	7.8	6	86	13	69	17	17	13	52	1.75
18241916--18242071	52	3.0	52	90	2	244	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18248459--18248485	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
18255899--18256070	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
18255846--18256068	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
18255926--18256103	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
18258534--18258558	12	2.1	12	100	0	50	20	24	24	32	1.98
18272430--18272530	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
18277654--18277838	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
18277635--18277838	40	5.1	40	81	8	220	25	27	22	25	2.00
18283519--18283619	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
18289278--18289346	26	2.7	26	88	0	102	57	1	4	36	1.27
18291023--18291138	45	2.6	46	79	5	139	30	24	17	28	1.97
18290993--18291466	232	2.0	232	88	0	687	27	21	18	31	1.97
18291284--18291369	45	1.9	45	90	0	136	25	25	19	29	1.99
18303448--18303649	96	2.1	96	99	0	395	61	5	5	26	1.42
18303614--18303674	26	2.3	26	97	0	113	63	3	1	31	1.20
18303602--18303674	26	2.7	27	91	6	105	64	5	1	28	1.24
18304955--18304981	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
18306810--18306844	18	1.9	18	94	0	61	28	40	0	31	1.57
18309981--18310050	27	2.5	27	88	9	97	40	20	11	28	1.87
18310827--18310866	18	2.2	18	86	0	53	52	10	12	25	1.70
18313608--18313670	27	2.3	27	83	5	74	39	20	12	26	1.89
18314816--18314973	43	3.7	43	80	8	187	27	15	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18317961--18318010	3	16.7	3	79	8	57	66	0	6	28	1.15
18317955--18318010	18	3.5	15	81	13	67	66	0	5	28	1.14
18320164--18320215	23	2.3	23	89	0	86	34	0	15	50	1.45
18321026--18321074	20	2.5	19	81	15	55	24	6	0	69	1.11
18327832--18328009	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18327853--18328008	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18343003--18343053	22	2.3	23	96	3	95	39	0	13	47	1.43
18344024--18344077	20	2.8	18	78	15	54	22	3	1	72	1.10
18345977--18346193	6	35.8	6	76	15	207	48	13	17	20	1.81
18345977--18346193	85	2.6	85	95	1	382	48	13	17	20	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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