genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  215  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71340816--71340858	15	2.9	15	89	6	61	6	6	4	81	0.98
71340972--71341011	19	2.0	20	90	4	64	65	0	0	35	0.93
71342780--71342811	15	2.1	15	100	0	64	53	0	15	31	1.43
71344282--71344327	21	2.2	21	100	0	92	39	30	4	26	1.75
71344926--71345052	43	3.0	43	78	4	123	32	25	13	28	1.94
71351728--71351766	18	2.1	19	85	4	53	58	0	12	28	1.34
71351992--71352027	18	2.0	18	89	10	56	50	0	5	44	1.25
71353070--71353105	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
71360576--71360635	25	2.4	25	82	0	75	25	30	15	30	1.95
71365428--71365487	25	2.4	25	82	0	75	25	30	15	30	1.95
71367832--71368101	96	2.8	96	79	5	287	28	18	27	25	1.98
71367832--71368101	48	5.6	48	77	7	199	28	18	27	25	1.98
71369951--71370036	29	3.0	29	74	5	86	38	13	5	41	1.69
71372051--71372095	22	2.0	22	95	0	81	51	24	4	20	1.66
71372155--71372195	18	2.3	18	95	0	73	19	24	19	36	1.95
71372846--71373014	51	3.3	51	86	0	230	29	22	10	37	1.87
71377526--71377586	11	5.4	11	77	11	52	63	3	0	32	1.10
71377814--71377872	30	1.9	31	86	3	84	25	22	5	47	1.71
71377814--71377881	30	2.2	31	82	7	77	26	19	7	47	1.75
71378912--71379019	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
71382228--71382267	14	2.9	14	85	7	55	55	5	0	40	1.22
71382894--71382960	24	2.8	24	82	13	68	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71385680--71385706	14	1.9	14	100	0	54	37	7	3	51	1.48
71386477--71386509	15	2.2	15	94	0	57	15	0	24	60	1.35
71386476--71386508	8	4.2	8	88	7	50	15	0	21	63	1.30
71386673--71386986	131	2.4	130	87	2	454	29	17	17	35	1.93
71407784--71407853	31	2.3	31	92	0	113	28	24	10	37	1.88
71407930--71407977	22	2.1	22	85	11	62	66	2	8	22	1.29
71408343--71408396	19	3.0	17	75	19	56	29	1	3	64	1.21
71409810--71409874	20	3.2	20	72	10	60	69	3	4	23	1.21
71410474--71410519	19	2.3	20	85	3	67	26	2	4	67	1.21
71411809--71411942	66	2.0	65	84	5	171	12	26	18	42	1.86
71424946--71424978	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
71430863--71431117	55	4.8	54	80	9	269	36	18	24	21	1.95
71430870--71431070	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
71431186--71431230	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
71432972--71433005	4	8.2	4	87	6	50	73	0	2	23	0.97
71433234--71433610	191	2.0	190	94	0	655	31	10	15	42	1.80
71433922--71433963	6	7.0	6	81	10	50	19	2	2	76	1.01
71439676--71439741	35	1.9	34	84	9	89	54	1	3	40	1.25
71443032--71443104	31	2.3	32	83	6	87	41	0	5	53	1.24
71443814--71443857	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
71445809--71445870	25	2.5	25	78	0	70	29	11	41	17	1.84
71446530--71446756	114	2.0	113	96	1	420	35	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71446669--71446852	98	1.9	98	94	0	323	35	14	15	34	1.89
71448123--71448162	20	2.0	20	85	9	55	37	5	27	30	1.78
71473714--71473996	18	15.3	18	69	11	133	37	15	12	35	1.84
71473701--71473996	36	8.0	36	70	11	188	37	15	11	35	1.84
71473793--71473997	54	3.8	55	75	6	195	37	15	11	35	1.84
71474160--71474268	45	2.4	45	86	3	148	44	20	16	18	1.86
71474165--71474283	45	2.5	45	83	8	130	42	21	17	18	1.89
71475864--71475894	15	2.1	15	93	0	53	0	16	0	83	0.64
71480136--71480187	21	2.5	21	84	6	61	38	0	19	42	1.51
71480314--71480369	22	2.5	23	77	16	64	32	3	19	44	1.68
71480641--71480689	26	1.9	26	87	4	73	22	22	18	36	1.95
71480641--71480712	25	2.8	25	83	4	81	18	25	20	36	1.95
71480675--71480816	25	5.9	25	67	17	77	16	23	23	36	1.94
71480747--71480833	24	3.6	23	76	22	81	17	21	21	39	1.93
71480779--71480890	25	4.6	25	71	3	84	19	25	20	34	1.96
71482724--71482765	14	2.9	15	83	16	54	19	4	21	54	1.62
71484966--71485092	42	3.0	42	88	6	179	29	27	14	29	1.95
71485051--71485174	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
71485199--71485378	31	5.8	31	92	2	290	25	27	20	26	1.99
71485354--71485482	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
71489333--71489377	18	2.5	17	79	10	54	66	2	0	31	1.04
71493652--71493677	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71498200--71498229	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
71509030--71509103	19	4.1	18	75	13	71	62	0	2	35	1.10
71509045--71509107	18	3.4	18	74	8	65	61	0	3	34	1.12
71509743--71509815	32	2.3	33	79	15	82	45	2	2	49	1.31
71513827--71513886	22	2.6	22	84	5	66	43	1	0	55	1.10
71514918--71514967	3	16.7	3	100	0	100	68	0	32	0	0.90
71517510--71517553	11	4.1	11	88	5	72	0	11	0	88	0.51
71517510--71517553	21	2.2	20	95	4	79	0	11	0	88	0.51
71519185--71519226	20	2.0	21	86	4	59	21	9	40	28	1.84
71528807--71528881	30	2.3	34	77	11	86	56	5	5	33	1.45
71531904--71531973	26	2.7	26	77	2	77	41	18	18	21	1.91
71534927--71534951	7	3.6	7	100	0	50	12	16	28	44	1.83
71551716--71551742	7	3.9	7	100	0	54	44	14	11	29	1.80
71551877--71551924	22	2.2	22	88	3	71	29	22	18	29	1.98
71552726--71552760	16	2.2	16	100	0	70	22	14	37	25	1.92
71558249--71558340	46	2.0	46	97	0	175	28	25	18	28	1.98
71570226--71570280	13	4.5	12	76	19	60	65	1	0	32	1.03
71570483--71570520	16	2.2	18	86	9	53	10	5	7	76	1.15
71573898--71573937	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
71575579--71575868	117	2.5	117	95	0	517	34	13	24	28	1.93
71576955--71576994	21	1.9	21	94	0	71	32	17	12	37	1.87
71591941--71591987	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71594156--71594293	46	3.0	46	98	0	267	37	15	23	23	1.93
71597394--71597426	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
71599485--71599655	46	3.6	46	88	9	270	34	14	22	28	1.94
71599537--71599655	52	2.2	52	92	2	193	36	14	23	26	1.93
71599618--71599727	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
71601628--71601660	14	2.4	14	90	10	50	72	9	9	9	1.28
71602315--71602360	24	2.0	24	84	12	62	63	6	0	30	1.20
71607484--71607563	22	4.0	21	75	18	80	35	25	20	20	1.96
71607474--71607556	38	2.2	38	91	4	132	31	26	21	20	1.98
71611130--71611163	16	2.0	18	88	11	54	76	0	0	23	0.79
71612309--71612356	24	2.0	24	100	0	96	33	12	16	37	1.86
71612351--71612444	48	2.0	48	97	0	179	32	10	24	31	1.89
71622832--71622880	24	2.1	23	85	11	64	18	2	8	71	1.21
71622863--71622887	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
71625482--71625537	28	2.0	29	89	3	87	14	23	42	19	1.88
71626418--71626691	95	2.9	93	83	8	336	32	19	15	32	1.93
71626608--71626736	45	2.9	45	89	2	179	31	18	17	32	1.94
71626527--71626832	141	2.2	140	84	4	393	33	18	16	31	1.94
71626672--71626982	96	3.2	96	79	5	333	32	16	16	34	1.92
71633336--71633377	22	1.9	22	90	9	68	59	2	0	38	1.10
71633362--71633452	15	6.3	15	72	15	59	57	2	7	32	1.39
71634989--71635669	88	8.0	88	78	8	651	28	26	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71634989--71635493	44	11.6	44	83	1	586	28	25	15	29	1.96
71635510--71635590	33	2.5	33	91	0	135	29	27	19	23	1.98
71635561--71635675	44	2.6	44	95	0	203	26	27	15	29	1.96
71647476--71647521	20	2.3	20	75	17	51	60	2	0	36	1.09
71647590--71647647	29	2.0	30	82	3	73	56	6	15	20	1.62
71654486--71654527	21	2.0	20	82	13	50	35	23	19	21	1.96
71663813--71663837	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
71665740--71665764	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
71678695--71678726	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
71683550--71683591	21	1.9	23	85	9	61	52	14	7	26	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284