genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57911719--57911766	19	2.5	19	83	10	53	18	18	39	22	1.92
57911832--57911911	27	3.0	27	80	5	92	33	21	18	26	1.96
57911905--57912238	27	12.4	27	75	6	246	40	17	10	31	1.83
57914701--57914763	27	2.3	27	91	0	99	34	17	19	28	1.94
57914770--57914862	27	3.4	27	76	4	89	46	18	6	29	1.74
57915061--57915114	22	2.3	23	81	12	65	11	12	29	46	1.77
57915073--57915125	22	2.4	22	87	0	79	13	16	24	45	1.83
57919756--57919858	23	4.5	23	77	7	111	34	17	22	25	1.95
57925081--57925112	16	2.0	16	93	0	55	46	18	21	12	1.82
57925328--57925442	29	4.0	29	80	6	119	26	14	28	29	1.95
57931250--57931314	28	2.4	28	94	2	114	43	24	12	20	1.86
57935458--57935533	26	2.9	27	82	3	93	39	22	18	19	1.92
57935496--57935614	27	4.4	27	88	1	168	36	21	21	20	1.95
57945757--57945797	8	5.1	8	93	0	64	4	24	19	51	1.66
57951551--57951792	49	4.9	50	82	2	272	25	18	26	29	1.98
57951556--57951792	100	2.4	100	83	2	289	25	18	26	29	1.98
57953732--57953769	20	1.9	19	85	15	51	39	5	21	34	1.76
57961851--57962839	150	6.6	150	99	0	1908	25	17	26	29	1.98
57965603--57965648	24	1.9	24	86	0	65	34	13	17	34	1.88
57965826--57965885	30	2.0	30	96	0	111	36	15	15	33	1.88
57967043--57967090	25	1.9	25	100	0	96	29	31	12	27	1.93
57975571--57975602	13	2.5	13	100	0	64	25	6	21	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57976036--57976076	21	2.0	20	95	4	73	26	0	24	48	1.51
57980143--57980264	47	2.6	47	93	0	208	36	13	23	26	1.93
57981333--57981398	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
57981333--57981415	27	3.1	27	78	11	82	38	24	21	15	1.92
57981571--57981629	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57981717--57981799	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
57982017--57982185	27	6.3	27	85	2	223	25	20	18	36	1.95
57982017--57982193	80	2.2	81	87	2	248	25	19	18	36	1.94
57982028--57982185	53	2.9	53	84	1	208	26	20	17	36	1.94
57982198--57983471	27	47.2	27	85	5	1646	38	9	23	28	1.85
57985534--57985579	20	2.3	20	78	17	51	19	6	36	36	1.78
57995029--57995053	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
58000397--58000440	18	2.5	19	75	24	51	50	0	50	0	1.00
58011215--58011332	40	3.0	39	81	3	121	18	18	27	34	1.95
58012900--58013048	75	2.0	75	97	0	280	37	9	18	34	1.83
58013157--58013375	109	2.0	109	98	0	420	31	10	21	36	1.87
58017749--58017925	39	4.5	39	84	2	221	19	23	27	30	1.98
58030382--58030544	42	3.9	42	75	4	159	29	15	28	26	1.96
58030391--58030544	84	1.8	84	85	2	220	29	16	28	25	1.97
58034137--58034479	161	2.1	161	91	0	544	39	19	9	31	1.84
58034137--58034477	27	12.7	27	79	8	340	39	19	9	31	1.84
58034461--58035006	27	20.1	27	80	3	504	36	18	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58034461--58035006	54	10.1	54	83	3	603	36	18	18	25	1.94
58034592--58034898	165	1.9	165	90	0	497	36	19	18	25	1.95
58034538--58034952	219	1.9	219	92	1	697	36	19	18	25	1.94
58034494--58035027	273	2.0	273	94	0	944	35	19	19	25	1.95
58035233--58035312	27	3.0	26	88	3	106	20	22	21	36	1.95
58035367--58035604	98	2.4	98	88	0	341	19	17	27	35	1.94
58037921--58038238	27	11.8	26	74	10	221	38	19	11	31	1.86
58037898--58038263	54	6.8	54	77	4	330	39	18	10	31	1.86
58037893--58038182	107	2.7	107	80	4	291	39	19	10	31	1.85
58038112--58038263	27	5.7	27	78	2	128	39	14	11	34	1.83
58037921--58038236	161	2.0	161	91	1	508	38	18	11	31	1.86
58038222--58038715	27	18.3	27	81	4	404	38	17	17	26	1.92
58037951--58038280	81	4.1	81	74	12	243	39	17	11	31	1.86
58038230--58038714	81	6.0	81	82	2	497	38	17	17	26	1.92
58038222--58038715	54	9.1	54	80	2	454	38	17	17	26	1.92
58038939--58039021	27	3.1	26	82	5	103	21	22	19	36	1.95
58039150--58039190	20	2.0	20	90	0	64	14	14	29	41	1.86
58039072--58039310	98	2.4	98	90	0	370	18	17	27	35	1.94
58039234--58039279	20	2.3	20	80	0	56	13	10	32	43	1.78
58039335--58039412	27	2.9	27	81	5	79	19	21	20	38	1.94
58041547--58041684	56	2.5	55	83	9	156	26	31	15	26	1.96
58041547--58041697	29	5.4	29	83	7	161	26	30	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58041908--58041942	8	4.4	8	85	0	52	5	22	20	51	1.68
58047848--58047964	29	4.0	29	87	2	137	28	31	14	25	1.95
58053562--58053586	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
58054562--58054818	130	2.0	130	99	0	505	36	17	14	31	1.90
58059886--58059959	25	3.2	25	61	28	63	35	21	8	35	1.83
58059878--58059987	44	2.5	44	96	0	202	32	23	10	33	1.88
58070430--58070581	79	1.9	79	94	0	268	22	19	23	34	1.96
58084238--58084268	13	2.4	13	100	0	62	25	22	16	35	1.94
58086341--58086428	42	2.1	42	84	0	113	37	27	20	14	1.92
58089081--58089187	28	3.8	28	73	7	92	26	27	18	28	1.98
58089145--58089202	28	2.1	28	83	6	73	22	34	18	24	1.96
58094703--58094762	20	3.3	19	86	13	83	35	11	20	33	1.88
58094707--58094758	16	3.3	16	86	10	72	36	13	19	30	1.90
58094808--58094913	24	4.4	24	95	1	185	30	19	20	29	1.97
58098999--58100047	48	21.9	48	93	3	1790	34	5	28	31	1.81
58098999--58100039	96	10.8	96	99	0	1996	34	5	28	31	1.81
58100188--58100290	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
58106604--58106826	40	5.6	41	83	7	219	24	20	27	27	1.99
58110520--58110552	16	2.1	16	100	0	66	36	12	18	33	1.88
58110601--58110725	24	5.2	24	93	1	207	29	21	20	28	1.98
58114417--58115470	40	26.4	40	97	0	1878	25	27	22	24	2.00
58122036--58122536	40	12.5	40	98	0	912	26	27	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58127122--58127272	28	5.4	28	92	1	232	33	27	11	26	1.92
58129599--58129655	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
58131914--58131957	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
58134131--58134219	38	2.3	38	98	0	169	24	41	17	15	1.89
58134392--58134448	26	2.2	26	83	3	69	28	17	19	35	1.94
58134473--58134542	35	2.0	35	97	0	131	22	18	14	44	1.86
58135202--58135247	21	2.2	21	100	0	92	10	41	19	28	1.85
58137479--58137576	28	3.5	28	79	10	119	23	28	19	28	1.98
58137444--58137605	56	2.9	55	83	10	195	24	30	17	27	1.97
58137470--58137604	28	4.8	28	73	13	109	22	31	18	28	1.97
58145349--58145397	20	2.5	20	86	0	71	12	28	22	36	1.90
58145462--58145500	20	1.9	20	84	5	51	7	23	15	53	1.67
58165090--58165506	55	7.9	54	74	10	333	23	23	16	36	1.94
58165111--58165401	108	2.7	108	90	0	438	23	24	17	35	1.95
58165394--58165619	47	4.6	47	73	14	195	26	24	14	34	1.94
58165339--58165572	104	2.3	104	89	2	357	25	23	14	36	1.93
58165759--58165842	44	1.9	44	82	0	105	23	23	14	38	1.92
58168982--58169202	40	5.6	40	86	4	297	26	26	22	24	2.00
58175461--58175769	53	5.7	53	79	7	261	23	24	16	35	1.95
58175473--58175870	55	7.5	53	75	13	329	23	24	16	35	1.95
58175473--58175870	108	3.8	108	86	5	480	23	24	16	35	1.95
58175760--58175931	47	3.5	46	71	18	150	26	22	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58175498--58175931	101	4.2	101	86	6	409	24	23	15	35	1.94
58180563--58180756	40	4.8	40	91	0	307	25	23	29	22	1.99
58185522--58185594	37	2.0	37	94	0	128	26	21	6	45	1.77
58186480--58186531	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
58186794--58186839	19	2.4	19	81	0	65	10	34	21	32	1.88
58186856--58187495	320	2.0	320	98	0	1244	32	25	16	25	1.96
58190273--58190439	52	3.3	52	81	8	184	29	13	26	29	1.94
58190268--58190439	51	3.4	51	77	7	181	29	13	26	30	1.94
58195628--58195677	25	2.0	25	100	0	100	20	12	32	36	1.89
58202967--58203011	22	2.1	21	87	4	63	68	8	6	15	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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