genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  45  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16012986--16013248	93	2.8	93	87	0	373	28	26	20	25	1.99
16012982--16013248	46	5.8	46	70	13	206	28	25	20	25	1.99
16019835--16019869	16	2.1	17	89	5	54	51	11	0	37	1.38
16026263--16026347	42	2.0	43	83	2	109	32	17	11	37	1.86
16027681--16027783	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
16027765--16027838	29	2.6	29	82	4	87	25	13	32	28	1.94
16028151--16028360	40	5.2	40	88	2	289	23	22	28	26	1.99
16031967--16032408	47	9.4	47	96	0	758	34	8	27	29	1.87
16041915--16041947	15	2.2	15	100	0	66	18	15	36	30	1.91
16050010--16050273	45	6.0	45	75	7	202	24	15	27	32	1.96
16050943--16051145	45	4.6	45	84	2	225	26	16	25	32	1.96
16049440--16051694	934	2.4	934	95	0	3965	32	11	21	35	1.89
16051930--16052151	45	5.0	45	81	7	247	22	15	30	31	1.95
16056232--16056305	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
16063496--16063639	47	3.1	47	86	2	200	31	10	31	26	1.90
16064835--16065235	200	2.0	200	99	0	784	33	27	9	29	1.89
16068908--16068982	38	2.0	38	97	0	141	25	29	12	33	1.92
16069580--16069740	40	4.0	40	93	1	261	25	27	23	23	2.00
16076815--16076990	40	4.4	40	89	2	248	25	28	22	23	1.99
16079919--16079947	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
16081052--16081232	45	4.0	45	86	2	229	23	15	27	33	1.95
16081052--16081305	45	5.8	45	78	8	150	24	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16081278--16081342	33	2.0	33	96	0	121	29	16	30	23	1.96
16084483--16084582	51	2.0	51	95	0	182	46	16	18	20	1.85
16085242--16085301	22	2.7	22	78	0	66	31	20	25	23	1.98
16085674--16085913	54	4.4	55	82	3	256	29	10	19	40	1.85
16085675--16085909	81	2.9	81	81	6	271	28	10	19	41	1.84
16085675--16085920	27	9.1	27	74	6	196	28	10	20	40	1.85
16087749--16087789	20	2.0	22	90	9	68	36	34	4	24	1.77
16092590--16092773	67	2.8	63	77	8	183	28	16	30	23	1.97
16098941--16098978	20	1.9	20	94	0	67	23	23	15	36	1.94
16099649--16099855	92	2.3	92	85	5	269	25	27	18	28	1.98
16099649--16099855	46	4.5	46	82	6	235	25	27	18	28	1.98
16103448--16103511	31	2.1	31	84	0	83	23	18	17	40	1.91
16103745--16103829	30	2.8	30	100	0	170	27	21	21	30	1.98
16103886--16103951	20	3.3	20	91	0	105	30	21	15	33	1.94
16108717--16108965	48	5.4	48	76	12	202	24	26	18	30	1.98
16108757--16108965	46	4.6	45	78	9	185	25	27	18	28	1.98
16108757--16108965	92	2.3	92	81	8	239	25	27	18	28	1.98
16110661--16110801	43	3.3	43	84	2	176	28	17	24	29	1.97
16112552--16112758	53	3.8	53	78	4	191	38	18	23	19	1.93
16137158--16137321	40	4.1	39	91	3	211	25	21	27	25	2.00
16142530--16142712	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
16142566--16142747	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16158645--16158803	42	3.7	43	78	9	146	28	26	17	27	1.98
16158689--16158810	44	2.8	44	84	6	142	27	28	18	25	1.98
16158645--16158801	86	1.8	84	82	5	199	28	26	17	28	1.97
16171365--16171837	47	10.1	47	94	0	759	32	10	29	27	1.89
16183496--16183647	41	3.5	42	81	9	155	30	26	18	25	1.98
16184386--16184456	22	3.2	23	62	22	60	28	14	29	28	1.95
16184557--16184635	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
16186418--16186521	51	2.0	52	98	1	201	30	5	26	36	1.80
16186708--16186781	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
16187094--16187329	40	5.9	40	81	2	217	25	23	27	24	2.00
16190650--16190856	47	4.4	47	96	0	387	32	7	29	30	1.84
16190975--16191053	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
16195990--16196024	10	3.6	10	88	3	54	2	31	5	60	1.35
16199593--16199897	40	7.7	40	88	3	411	24	20	27	26	1.99
16216467--16216583	41	2.7	43	78	11	123	30	26	18	23	1.98
16223412--16223524	23	4.8	23	73	13	70	23	23	22	31	1.98
16223421--16223509	23	3.8	23	79	8	92	22	23	19	34	1.96
16224241--16224319	32	2.5	32	91	0	122	25	27	21	25	1.99
16224262--16224329	32	2.4	26	70	25	64	29	25	17	27	1.97
16226669--16226978	46	6.7	47	75	14	270	31	27	18	22	1.97
16226723--16227029	93	3.3	92	89	2	445	30	27	18	23	1.97
16232714--16232750	15	2.4	16	86	8	51	32	0	18	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16239025--16239138	58	2.0	58	96	0	210	26	24	21	27	2.00
16239445--16239547	52	2.0	52	94	0	179	38	24	17	19	1.92
16249404--16249492	30	3.0	30	79	11	94	58	15	15	10	1.63
16249404--16249483	15	5.4	15	79	10	85	60	13	16	10	1.59
16249415--16249492	15	5.2	15	81	9	88	57	15	15	11	1.65
16253837--16253876	21	2.0	21	85	5	55	22	22	37	17	1.94
16255152--16255317	46	3.6	46	74	6	156	27	27	17	27	1.98
16257184--16257352	43	4.0	43	76	9	166	32	23	15	28	1.95
16262742--16262775	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
16265277--16266124	56	15.1	56	100	0	1696	44	8	23	23	1.81
16266985--16267330	40	8.6	40	93	2	554	24	20	27	27	1.99
16274747--16274970	40	5.6	39	84	3	245	24	21	27	25	1.99
16274747--16274970	79	2.8	80	81	5	258	24	21	27	25	1.99
16274803--16275003	79	2.6	79	80	5	185	26	19	27	26	1.99
16276643--16276702	30	2.0	30	83	6	77	31	23	5	40	1.76
16278139--16278241	28	3.7	28	93	0	170	26	34	15	23	1.94
16279736--16279762	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
16287287--16287353	28	2.4	28	87	0	107	31	29	8	29	1.88
16287389--16287470	41	2.0	40	81	11	96	31	28	14	25	1.95
16294089--16294167	28	2.8	28	84	3	106	27	26	11	34	1.91
16311396--16311580	40	4.7	40	81	9	202	24	21	27	27	1.99
16311398--16311552	79	2.0	80	85	6	217	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16311397--16311578	79	2.3	80	82	7	210	24	21	27	26	1.99
16311430--16311613	79	2.3	77	79	10	192	27	20	26	26	1.99
16317113--16317297	40	4.7	40	82	6	216	26	27	22	24	2.00
16317113--16317297	79	2.3	82	83	7	229	26	27	22	24	2.00
16317686--16317779	48	2.0	48	97	0	179	36	26	7	29	1.84
16325441--16325532	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
16325422--16325585	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
16331005--16331426	40	10.6	40	85	4	554	24	21	27	25	1.99
16331005--16331424	79	5.3	79	95	2	693	25	21	27	25	2.00
16337364--16337535	46	3.7	46	79	8	161	23	26	20	30	1.98
16337326--16337535	92	2.3	95	82	7	256	24	28	19	28	1.99
16337665--16337735	34	2.1	34	100	0	142	43	14	5	36	1.68
16348740--16348838	27	3.7	26	84	8	101	22	24	16	37	1.93
16362218--16362394	40	4.5	40	89	4	245	24	27	23	24	2.00
16362218--16362394	79	2.2	80	87	5	245	24	27	23	24	2.00
16366057--16366113	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
16368127--16369305	299	3.9	299	92	2	1837	41	6	16	35	1.75
16372105--16372188	23	3.5	24	83	6	98	25	22	21	30	1.98
16372070--16372160	23	3.7	23	78	12	85	26	24	18	30	1.98
16372354--16372390	15	2.4	16	86	8	51	32	0	18	48	1.49
16375406--16375630	48	4.9	47	74	12	164	29	17	24	28	1.97
16382122--16382257	48	2.8	48	85	0	173	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16382162--16382344	48	4.1	42	72	13	134	28	18	25	28	1.98
16384553--16384601	22	2.2	23	92	3	82	18	4	30	46	1.67
16384561--16384611	22	2.3	22	83	10	59	19	5	27	47	1.73
16391185--16391255	24	2.9	25	83	4	92	35	28	14	22	1.93
16391218--16391328	24	4.6	24	70	14	77	32	28	13	25	1.94
16391284--16391471	94	2.0	94	92	0	313	38	18	11	31	1.86
16398935--16398998	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
16399022--16399071	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
16399027--16399248	94	2.4	94	93	0	374	39	19	11	30	1.86
16399247--16399328	43	1.9	43	97	0	155	26	28	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284