genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2866014--2866047	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
2868284--2868330	22	2.1	22	100	0	94	17	12	27	42	1.85
2868766--2868803	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
2869526--2869572	24	1.9	25	86	4	69	48	4	0	46	1.21
2869523--2869582	24	2.4	25	80	8	68	48	5	0	46	1.24
2876577--2876644	12	5.3	13	84	7	77	70	14	0	14	1.17
2876577--2876645	18	3.6	19	84	7	79	69	14	0	15	1.19
2876604--2876645	6	7.0	6	100	0	84	66	16	0	16	1.25
2892564--2892741	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
2892565--2892720	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
2892561--2892741	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
2892646--2892752	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
2895229--2895340	50	2.2	50	80	3	118	33	17	26	21	1.96
2897340--2897368	10	2.9	10	100	0	58	27	51	0	20	1.47
2900374--2900447	37	2.0	37	100	0	148	40	13	21	24	1.89
2904474--2904658	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
2904471--2904691	79	2.8	79	81	9	236	25	21	26	25	2.00
2909970--2910034	33	2.0	33	100	0	130	40	3	23	33	1.70
2910002--2910342	48	7.1	48	94	0	583	34	7	27	30	1.83
2910461--2910600	37	3.8	37	94	0	235	24	20	30	25	1.99
2917687--2917837	44	3.5	44	75	9	150	24	18	24	32	1.97
2921519--2921550	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2925485--2925542	29	2.0	29	93	0	98	36	8	24	31	1.85
2930093--2930184	44	2.1	44	83	4	114	33	23	21	20	1.97
2931557--2931644	44	2.0	44	97	0	167	25	23	20	30	1.98
2931857--2931913	16	3.2	16	72	25	51	68	1	1	28	1.09
2932602--2932638	18	2.1	17	90	5	56	51	5	0	43	1.24
2935382--2935694	166	1.9	169	83	4	416	33	15	14	37	1.87
2940465--2940737	69	4.0	69	99	0	537	28	32	12	26	1.93
2949303--2949380	39	2.0	40	82	7	99	39	1	2	56	1.21
2950047--2950398	186	1.9	184	95	1	641	34	10	12	42	1.76
2952157--2952224	33	2.1	33	86	5	93	55	1	0	42	1.08
2952736--2952764	10	2.9	10	100	0	58	10	41	0	48	1.37
2975456--2975605	24	6.3	23	74	15	101	22	20	20	37	1.95
2975491--2975618	24	5.4	24	80	9	111	23	20	21	35	1.96
2975574--2975625	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
2975718--2975769	18	2.7	20	76	11	63	38	7	11	42	1.70
2982476--2982622	55	2.7	54	80	8	163	35	17	25	21	1.95
2982598--2982646	24	2.0	24	100	0	98	32	24	24	18	1.97
2982932--2982962	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
2986434--2986521	38	2.3	38	94	0	149	32	22	22	21	1.98
2986434--2986552	38	3.1	38	85	4	141	30	21	24	23	1.99
2986626--2986720	38	2.4	38	87	3	127	28	22	25	24	1.99
2986458--2986792	168	2.0	168	98	0	652	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2986999--2987084	43	2.0	44	93	2	147	23	31	20	24	1.98
2991036--2991133	27	3.5	28	87	5	119	24	13	28	33	1.93
2991064--2991146	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
2991295--2991473	90	2.0	90	96	0	331	36	7	22	33	1.83
2994429--2994491	23	2.8	23	78	9	67	34	19	23	22	1.96
2994432--2994526	47	2.1	46	82	7	113	36	17	23	22	1.95
2994420--2994504	23	3.8	21	70	17	64	35	18	23	22	1.96
2997143--2997195	24	2.3	22	80	6	61	30	18	15	35	1.92
3002746--3002801	29	1.9	29	100	0	112	33	7	23	35	1.82
3008347--3008386	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
3008370--3008407	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
3008355--3008421	34	1.9	35	87	3	100	31	7	14	46	1.73
3008411--3008487	33	2.4	32	81	12	86	25	10	19	44	1.83
3010852--3010895	22	2.0	23	86	4	63	72	9	9	9	1.28
3013610--3013675	33	2.0	33	91	5	107	36	4	24	34	1.76
3016430--3016475	20	2.3	20	85	7	58	28	17	15	39	1.90
3016440--3016478	20	2.0	20	94	0	69	28	12	15	43	1.83
3021850--3021889	19	2.1	20	90	9	66	55	5	2	37	1.35
3022349--3022376	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
3023834--3023860	12	2.2	12	100	0	54	77	0	22	0	0.76
3027615--3027654	20	2.1	19	86	9	55	65	5	7	22	1.38
3029770--3029805	17	2.1	17	100	0	72	55	5	0	38	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3032099--3032146	21	2.3	21	79	10	53	39	2	6	52	1.39
3034455--3034552	20	4.8	20	80	6	97	37	15	29	17	1.90
3034456--3034552	42	2.3	40	82	5	113	38	14	29	17	1.89
3047243--3047366	62	2.0	62	93	0	212	25	25	10	38	1.88
3055869--3055907	20	2.0	20	85	10	53	43	10	17	28	1.82
3059664--3059749	40	2.2	40	86	0	118	36	20	23	19	1.95
3060055--3060239	76	2.4	76	86	0	253	30	18	18	31	1.96
3060534--3060564	14	2.2	14	94	0	53	19	0	29	51	1.47
3064313--3064385	7	10.0	7	81	8	56	61	1	0	36	1.05
3064286--3064373	7	10.9	8	78	18	85	64	3	0	31	1.10
3064312--3064380	15	4.7	15	83	3	86	65	1	0	33	1.02
3069761--3069802	20	2.1	20	86	0	57	9	2	38	50	1.48
3069900--3069940	21	2.0	21	90	0	64	19	21	29	29	1.98
3075060--3075139	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
3075270--3075601	47	7.1	47	89	1	479	25	31	10	31	1.90
3075258--3075597	142	2.4	141	91	1	531	25	31	10	32	1.89
3079311--3079495	27	6.9	27	84	0	228	34	18	22	24	1.96
3079647--3079720	27	2.7	27	82	0	94	18	22	22	35	1.96
3079824--3079885	28	2.2	29	82	8	83	24	22	24	29	1.99
3081790--3081829	17	2.3	18	86	4	55	45	0	5	50	1.23
3081790--3081837	13	3.7	13	80	0	51	50	0	4	45	1.21
3084497--3084614	46	2.5	47	81	9	134	27	17	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3084634--3084758	49	2.6	49	79	2	135	28	20	27	24	1.99
3103560--3103762	40	5.1	40	86	5	261	24	21	26	27	1.99
3103560--3103762	80	2.5	80	87	5	295	24	21	26	27	1.99
3105537--3105708	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	20	1.98
3105529--3105704	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
3108590--3108661	35	2.1	35	94	0	126	48	9	4	37	1.55
3109947--3110060	59	1.9	59	94	0	201	30	23	19	26	1.98
3110016--3110134	43	2.8	42	91	3	184	31	21	17	28	1.96
3111010--3111047	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
3113945--3114018	28	2.6	28	89	8	107	29	25	16	28	1.97
3113943--3114044	28	3.6	28	79	10	93	29	28	15	26	1.96
3120778--3120859	28	2.9	28	90	0	128	29	28	14	28	1.95
3120846--3120990	40	3.7	40	87	0	175	35	25	17	21	1.95
3129334--3129393	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
3139560--3139668	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
3139877--3141015	47	24.1	47	96	1	2035	25	31	12	30	1.93
3146993--3147105	42	2.7	44	82	9	137	25	17	24	31	1.97
3146959--3147113	42	3.7	42	77	12	124	24	18	25	31	1.97
3154962--3154996	17	2.1	17	94	0	61	54	11	14	20	1.70
3163457--3163540	37	2.3	37	89	8	127	33	22	16	27	1.96
3166432--3166473	20	2.3	18	80	15	50	33	21	0	45	1.52
3171628--3171812	79	2.3	81	81	7	218	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3171628--3171812	40	4.7	40	82	6	216	24	27	22	25	2.00
3176513--3176641	46	2.8	46	80	8	147	23	31	16	29	1.96
3185858--3186002	40	3.6	40	85	4	184	24	25	24	25	2.00
3193847--3194020	40	4.4	40	76	5	147	24	27	22	25	2.00
3202302--3202393	43	2.1	43	89	0	139	27	22	20	29	1.99
3204409--3204450	21	2.0	21	86	9	59	23	4	23	47	1.70
3207232--3207273	15	2.8	15	81	0	57	61	2	4	30	1.29
3207305--3207334	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
3207419--3207460	20	2.2	20	82	4	50	50	7	7	35	1.57
3210406--3210477	29	2.4	30	84	6	85	50	1	4	44	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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