genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81542541--81542636	32	3.0	31	75	3	84	31	18	20	29	1.97
81543108--81543210	54	1.9	54	90	4	163	32	10	19	37	1.86
81543110--81543240	27	4.9	26	76	5	100	32	10	19	37	1.86
81543108--81543240	54	2.5	55	85	2	162	32	10	19	37	1.86
81543342--81543401	27	2.2	27	100	0	120	15	35	33	16	1.90
81543847--81543881	18	2.0	18	88	5	54	14	31	28	25	1.95
81545730--81545774	21	2.1	21	84	8	56	11	22	2	64	1.36
81551084--81551207	23	5.3	23	73	10	83	22	22	20	34	1.97
81551119--81551233	23	4.9	23	73	9	90	22	20	20	37	1.94
81551403--81551449	20	2.3	20	96	0	85	40	8	12	38	1.74
81554607--81554647	17	2.4	17	100	0	82	31	34	14	19	1.92
81555406--81555453	20	2.4	20	78	0	60	37	16	33	12	1.86
81560986--81561158	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
81560983--81561153	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
81563531--81563567	17	2.1	18	85	14	51	75	5	0	18	0.99
81566215--81566430	38	5.2	38	68	20	128	31	24	14	30	1.94
81566222--81566428	85	2.4	85	92	0	342	30	24	14	30	1.95
81566345--81566470	48	2.6	48	86	1	173	29	23	15	31	1.95
81568747--81568788	15	2.8	15	85	0	57	50	14	19	16	1.79
81572074--81572285	47	4.7	47	78	10	208	30	23	14	31	1.94
81572036--81572232	85	2.3	85	89	0	295	29	24	14	31	1.94
81572163--81572292	48	2.7	48	90	1	208	30	22	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81572249--81572322	38	1.9	38	91	0	121	27	22	17	32	1.97
81573570--81573619	25	2.0	25	100	0	100	36	8	16	40	1.77
81579647--81579968	46	6.8	48	74	14	206	27	19	30	22	1.98
81579643--81579968	96	3.4	95	76	12	321	27	19	30	23	1.98
81591452--81591629	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81591453--81591608	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81591449--81591629	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81599455--81599486	16	2.0	16	93	0	55	34	31	15	18	1.93
81601463--81601727	40	6.6	39	85	7	295	25	27	21	25	1.99
81603320--81603355	16	2.2	16	100	0	72	16	25	25	33	1.96
81607694--81607726	16	2.1	16	100	0	66	48	33	6	12	1.65
81611124--81611198	38	2.0	38	89	0	114	22	22	25	29	1.99
81611170--81611401	43	5.4	43	91	1	351	12	23	33	30	1.92
81611743--81611840	45	2.3	43	82	12	121	25	24	27	22	2.00
81613518--81613555	19	2.0	19	89	0	58	34	18	31	15	1.92
81613654--81613757	29	3.6	29	82	6	131	26	15	31	25	1.96
81614974--81615065	27	3.4	26	77	7	103	32	20	25	21	1.98
81625518--81625570	27	2.0	27	84	0	70	39	20	20	18	1.92
81625533--81625607	27	2.8	26	84	6	89	32	22	26	18	1.97
81632562--81632599	19	2.0	19	89	0	58	31	18	34	15	1.92
81632699--81632801	29	3.6	29	75	6	102	29	16	31	23	1.96
81636096--81636122	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81636730--81636760	8	3.9	8	91	0	53	25	25	22	25	2.00
81642900--81643012	38	2.9	38	85	2	127	23	24	24	26	2.00
81642939--81643023	38	2.2	38	87	0	116	24	22	23	29	1.99
81643016--81643170	43	3.6	43	91	0	247	12	25	30	30	1.93
81644679--81644782	48	2.2	48	82	6	122	30	21	29	18	1.97
81647114--81647187	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
81651550--81651657	38	2.8	38	87	0	153	20	22	27	29	1.98
81651650--81651761	43	2.6	43	92	0	197	11	27	32	28	1.92
81654810--81655047	50	4.7	50	80	3	271	29	26	18	25	1.98
81654819--81655048	101	2.3	100	84	3	284	30	26	17	26	1.98
81658566--81658651	45	1.9	45	81	9	104	46	3	5	44	1.44
81658985--81659047	28	2.4	27	85	12	80	61	1	1	34	1.15
81659831--81659881	19	2.7	18	80	14	50	33	3	1	60	1.26
81667835--81667888	3	19.0	3	75	17	53	64	0	35	0	0.94
81667830--81667888	20	2.8	21	92	7	102	66	0	33	0	0.92
81667831--81667882	8	6.4	8	76	10	52	67	0	32	0	0.91
81668411--81668452	17	2.6	16	88	7	66	76	2	7	14	1.10
81671896--81671956	26	2.3	26	82	5	68	24	18	8	49	1.74
81672093--81672250	40	4.0	40	87	0	208	27	21	12	39	1.88
81676237--81676290	25	2.2	25	86	6	74	14	9	9	66	1.43
81676827--81676874	20	2.4	20	85	0	60	25	18	16	39	1.91
81676823--81676894	30	2.4	30	86	9	94	20	20	18	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81679461--81679552	40	2.3	40	92	0	148	25	17	11	45	1.82
81681585--81682402	2	409.0	2	100	0	1636	0	0	50	50	1.00
81685705--81685861	56	2.8	54	86	5	208	19	18	33	28	1.96
81694380--81694427	24	2.0	24	91	0	78	50	8	4	37	1.52
81696480--81696529	25	2.0	25	100	0	100	52	20	16	12	1.75
81696658--81696715	30	1.9	30	85	0	80	34	12	24	29	1.91
81697101--81697275	47	3.7	47	70	9	131	28	20	28	22	1.98
81700566--81700694	32	4.0	32	100	0	258	27	6	21	44	1.76
81700832--81700874	16	2.6	16	75	17	52	65	0	0	34	0.93
81707327--81707363	17	2.1	18	85	14	51	67	2	5	24	1.25
81709757--81709785	12	2.5	12	94	5	51	37	0	17	44	1.49
81711484--81711564	37	2.2	37	82	8	105	28	22	27	22	1.99
81717232--81717261	13	2.2	13	94	5	51	80	0	13	6	0.91
81728976--81729367	154	2.5	152	82	4	464	31	18	25	24	1.98
81730091--81730151	7	9.0	7	82	7	63	18	0	34	47	1.49
81730066--81730151	14	6.4	14	72	8	61	19	0	33	46	1.50
81730098--81730148	26	2.0	26	92	0	84	17	0	33	49	1.47
81730177--81730212	15	2.5	15	90	4	56	66	0	5	27	1.13
81731032--81731125	44	2.1	44	86	2	125	22	42	2	32	1.65
81731048--81731142	44	2.2	44	90	0	145	20	38	1	40	1.59
81732295--81732324	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
81740080--81740119	21	1.9	21	85	10	55	35	30	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81743011--81743273	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
81747341--81747365	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
81753074--81753336	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
81753113--81753371	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
81761026--81761288	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
81761065--81761323	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
81771639--81771901	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
81771678--81771936	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
81779581--81779763	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
81779617--81779798	79	2.3	80	76	7	183	26	19	27	26	1.99
81782321--81782436	58	2.0	56	85	3	151	25	15	33	25	1.95
81782308--81782422	29	4.0	28	81	8	133	26	15	32	25	1.96
81785733--81785860	39	3.3	39	85	0	166	23	19	27	29	1.98
81816884--81817191	40	7.7	40	98	0	589	22	25	20	32	1.98
81822561--81822599	19	2.0	20	85	5	53	43	0	20	35	1.52
81823341--81823370	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
81825457--81825917	106	4.3	106	98	0	886	27	24	19	28	1.99
81826686--81826716	15	2.1	14	94	5	53	38	25	16	19	1.92
81829205--81829414	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
81829152--81829414	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
81829153--81829449	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
81832988--81833155	86	2.0	86	91	0	273	32	23	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81833300--81833405	44	2.4	44	78	7	126	29	24	24	21	1.99
81837201--81837330	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
81837201--81837365	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
81847413--81847497	32	2.8	30	81	12	77	48	3	16	31	1.63
81849570--81849629	27	2.2	27	84	0	75	28	13	15	43	1.84
81850700--81850727	13	2.2	13	100	0	56	60	7	25	7	1.48
81861159--81861230	27	2.7	27	80	8	83	26	22	8	43	1.81
81861790--81861865	34	2.2	34	86	4	100	26	22	22	28	1.99
81869439--81869514	34	2.2	34	88	4	109	26	23	22	27	1.99
81871645--81871741	27	3.6	27	85	0	131	22	21	14	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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