genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56137709--56137803	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
56137784--56137835	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
56143234--56143400	42	4.0	42	83	3	185	29	26	16	27	1.97
56145098--56145195	49	2.0	50	81	4	117	38	20	14	26	1.91
56145079--56145193	25	4.6	25	77	6	101	36	20	15	26	1.93
56147033--56147176	75	1.9	75	95	0	261	29	29	16	25	1.97
56153350--56153492	72	2.0	71	94	1	250	34	11	18	34	1.87
56158346--56158756	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
56158875--56158953	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
56161787--56161952	38	4.3	38	78	3	152	20	19	26	33	1.97
56162898--56163094	81	2.4	81	95	0	358	31	26	18	23	1.98
56169480--56169532	27	2.0	27	85	7	72	35	20	15	28	1.93
56169940--56169999	28	2.2	28	87	3	86	16	25	23	35	1.95
56174163--56174286	62	2.0	62	100	0	248	41	8	19	30	1.80
56175284--56175461	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56175285--56175440	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56175281--56175461	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
56176527--56176620	46	2.0	46	93	0	161	29	19	24	26	1.98
56179566--56179677	57	2.0	57	90	0	179	18	18	29	33	1.95
56180240--56180339	50	2.0	50	96	0	182	42	20	14	24	1.88
56182711--56182751	21	1.9	22	85	5	57	14	7	14	63	1.50
56186686--56186812	21	6.0	21	85	7	168	13	25	17	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56187611--56187707	28	3.5	28	84	5	124	21	19	28	29	1.98
56191291--56191362	31	2.3	31	100	0	144	18	30	34	16	1.93
56191291--56191343	18	3.2	18	65	25	53	18	30	35	15	1.92
56193456--56193871	47	8.6	47	87	5	580	29	29	7	33	1.86
56193456--56193871	98	4.3	96	92	2	656	29	29	7	33	1.86
56193456--56193877	194	2.2	192	91	2	684	29	28	7	33	1.85
56194196--56194259	32	2.0	32	96	0	119	31	23	6	39	1.79
56197245--56197296	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
56197478--56198023	40	13.6	40	93	0	921	26	29	21	22	1.99
56198169--56198246	38	2.1	38	97	0	147	33	23	2	41	1.68
56199489--56199616	47	2.7	47	88	0	184	28	33	7	31	1.84
56201276--56201539	85	3.1	85	99	0	519	26	27	8	37	1.85
56203936--56204053	27	4.4	26	77	4	101	24	17	19	38	1.93
56203978--56204122	27	5.3	27	80	7	123	27	13	21	37	1.90
56205992--56206259	40	6.7	40	95	1	421	21	27	21	29	1.99
56223979--56224028	22	2.3	22	85	0	64	40	28	20	12	1.87
56224235--56224299	22	3.0	22	77	8	78	32	21	24	21	1.98
56224739--56225060	27	11.7	27	80	7	225	30	9	18	40	1.84
56224739--56225043	54	5.5	54	77	8	249	30	9	18	40	1.83
56224942--56225094	54	2.8	54	81	3	166	29	9	20	39	1.85
56225053--56225104	27	1.9	27	88	0	77	28	17	17	36	1.92
56237660--56237753	29	3.3	29	85	7	129	27	28	15	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56237630--56237740	58	1.9	57	85	1	150	26	30	15	27	1.96
56239899--56240156	27	9.6	27	79	9	260	39	20	9	30	1.85
56239899--56240156	81	3.2	80	83	5	324	39	20	9	30	1.85
56240141--56240360	27	8.2	27	83	3	266	35	19	20	25	1.96
56240137--56240360	54	4.2	54	85	4	301	35	18	20	25	1.95
56240141--56240361	80	2.8	81	83	2	284	34	19	19	25	1.96
56240150--56240343	107	1.8	108	94	1	345	34	20	20	24	1.96
56240768--56240866	31	3.2	31	91	1	144	19	18	13	49	1.79
56240791--56240848	6	9.5	6	80	10	64	18	17	17	46	1.84
56247120--56247365	40	6.2	40	90	1	379	23	22	25	28	1.99
56263946--56264096	42	3.7	40	73	13	137	28	25	15	31	1.95
56263946--56264054	41	2.7	41	77	12	116	27	26	15	30	1.96
56269775--56269869	12	8.2	12	72	19	78	63	6	9	21	1.47
56269788--56269861	11	6.6	11	77	10	62	66	5	9	18	1.40
56269775--56269862	21	3.8	22	86	8	97	64	6	9	19	1.44
56269787--56269869	22	3.7	21	84	12	69	63	4	10	20	1.44
56270410--56270451	21	2.0	21	95	0	75	35	23	21	19	1.96
56277468--56277697	116	2.0	116	93	0	397	41	10	19	28	1.85
56280705--56280767	28	2.2	28	91	0	99	30	28	11	30	1.91
56280705--56280776	28	2.6	28	84	4	92	30	27	12	29	1.93
56281129--56281251	62	2.0	62	98	0	237	41	17	9	30	1.82
56283125--56283229	54	1.9	54	98	0	201	26	20	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56284566--56284635	28	2.5	28	85	0	86	37	7	24	31	1.82
56287089--56287146	24	2.4	24	85	5	73	20	15	29	34	1.94
56288382--56288554	46	3.8	45	78	13	190	21	20	28	29	1.98
56288379--56288549	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
56299572--56299625	23	2.4	23	84	3	74	35	20	20	24	1.96
56299653--56299708	26	2.2	26	81	6	71	41	17	19	21	1.91
56300931--56300996	6	10.8	6	75	15	64	48	15	18	18	1.81
56300952--56301020	31	2.2	31	86	0	93	47	14	17	20	1.82
56301531--56302099	27	21.1	27	86	1	656	40	7	21	31	1.80
56302078--56302193	27	4.3	25	76	10	79	30	6	20	42	1.78
56302092--56302245	54	2.9	54	80	0	175	28	9	23	38	1.85
56302091--56302224	27	5.0	27	79	3	144	29	8	22	38	1.85
56302093--56302245	27	5.7	26	76	5	126	28	8	23	39	1.84
56302287--56302346	27	2.2	27	90	0	93	23	41	21	13	1.88
56306300--56306351	27	1.9	27	88	0	77	19	11	26	42	1.85
56309399--56309431	17	1.9	17	100	0	66	39	18	30	12	1.87
56316939--56317012	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
56334941--56335012	34	2.1	34	97	0	135	44	12	4	38	1.62
56335160--56335214	27	2.0	27	85	0	74	52	1	23	21	1.56
56341456--56341853	199	2.0	199	95	0	724	29	16	15	38	1.89
56343589--56343622	16	2.1	17	88	5	52	29	5	2	61	1.34
56343778--56343835	22	2.6	22	86	5	73	55	1	5	37	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56352674--56352763	46	2.0	46	80	8	103	61	1	2	35	1.16
56352745--56352791	16	2.9	16	84	9	60	70	2	6	21	1.20
56353045--56353111	27	2.3	29	72	12	66	37	1	1	59	1.16
56353073--56353112	20	2.0	20	90	0	62	42	2	0	55	1.13
56353093--56353125	17	1.9	17	100	0	66	48	0	0	51	1.00
56360921--56360960	14	2.9	14	96	0	71	52	20	7	20	1.70
56363467--56363587	47	2.6	47	97	0	224	36	14	23	25	1.93
56363333--56363587	95	2.7	92	77	9	228	34	17	24	23	1.96
56363561--56363670	54	2.0	55	85	5	152	38	13	20	27	1.91
56363630--56363704	39	1.9	39	86	0	105	32	16	24	28	1.96
56367667--56367884	40	5.5	40	92	2	334	23	22	28	25	1.99
56371506--56371578	36	2.0	36	94	0	128	24	24	28	21	1.99
56371786--56371882	48	2.0	48	97	0	185	37	23	13	25	1.92
56373337--56373490	28	5.5	28	95	1	256	33	27	11	27	1.91
56380975--56381194	40	5.5	40	81	10	220	24	26	22	26	2.00
56380975--56381188	79	2.7	78	80	10	236	24	26	21	27	1.99
56388247--56388294	23	2.1	22	84	3	60	72	4	0	22	1.01
56388552--56388585	18	1.9	18	88	5	52	61	5	0	32	1.20
56391132--56391303	93	1.8	93	89	0	272	27	27	22	22	1.99
56391124--56391299	46	3.8	46	76	10	187	28	26	21	22	1.99
56393411--56393442	12	2.7	12	90	0	55	9	25	37	28	1.87
56396016--56396178	43	3.8	43	76	8	154	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56399536--56399707	46	3.7	44	81	11	177	28	19	29	23	1.98
56399541--56399749	46	4.5	46	79	14	157	28	18	29	23	1.98
56402513--56402667	23	6.8	23	70	12	113	27	21	16	34	1.95
56402501--56402624	46	2.7	46	82	2	142	27	23	16	33	1.95
56402513--56402667	68	2.3	68	82	7	181	27	21	16	34	1.95
56407003--56407096	43	2.2	42	79	7	100	22	19	26	31	1.97
56408514--56408619	31	3.4	31	94	0	185	23	25	16	34	1.95
56408825--56408906	25	3.3	23	79	16	83	25	21	21	30	1.99
56408836--56408906	26	2.8	25	89	4	115	26	22	25	25	2.00
56411172--56411196	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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