genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87968868--87969057	46	4.1	44	69	18	109	28	28	20	22	1.98
87971891--87971970	15	5.4	15	83	1	99	60	13	16	10	1.59
87971902--87971979	15	5.2	15	77	9	70	57	15	15	11	1.65
87974923--87975094	93	1.8	93	89	0	272	28	29	19	22	1.98
87974915--87975090	46	3.8	46	75	15	182	29	28	19	22	1.98
87979867--87979940	24	3.1	24	92	0	112	32	4	41	21	1.72
87981374--87981486	27	4.2	26	82	8	118	17	23	22	36	1.95
87986736--87986809	24	3.1	24	84	7	105	35	5	37	21	1.77
87988241--87988353	27	4.2	26	78	10	77	17	21	21	39	1.92
87988288--87988353	27	2.5	26	82	7	78	15	18	21	45	1.85
87991945--87992024	28	2.8	28	81	7	99	26	30	20	23	1.98
87991937--87992017	29	2.8	30	81	7	105	27	30	19	22	1.98
87992215--87993241	43	23.9	43	98	0	1984	32	34	23	9	1.87
87996502--87996764	27	9.7	27	81	1	312	39	19	9	31	1.84
87996502--87996764	54	4.9	54	85	2	359	39	19	9	31	1.84
87996502--87996815	108	2.9	106	82	6	346	38	19	11	30	1.87
87996749--87996914	27	6.1	27	87	2	226	33	20	22	24	1.97
87997271--87997320	22	2.3	22	82	0	64	22	26	22	30	1.99
87997477--87997541	27	2.4	27	82	5	78	18	23	24	33	1.96
87998482--87998569	37	2.4	37	90	0	131	20	20	11	47	1.80
87997684--87998502	31	26.4	31	99	0	1620	19	15	15	48	1.81
87998507--87998584	12	6.9	12	72	19	60	20	19	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87998507--87998575	18	3.8	18	75	11	59	20	20	10	49	1.77
88004148--88004235	6	14.3	6	75	17	83	47	15	18	18	1.83
88004148--88004235	19	4.8	18	75	18	83	47	15	18	18	1.83
88004157--88004235	31	2.5	31	93	0	131	48	15	18	17	1.82
88004162--88004208	25	1.9	24	95	4	85	44	17	21	17	1.86
88004354--88004413	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
88004381--88004522	67	2.1	67	84	5	176	31	21	27	19	1.97
88005356--88005433	27	2.9	27	75	11	79	19	20	21	38	1.94
88005474--88005525	27	1.9	27	92	0	86	36	11	11	40	1.78
88005548--88005660	27	4.2	27	77	6	113	30	8	20	40	1.83
88005558--88005726	27	6.3	27	72	10	98	31	13	21	34	1.91
88005681--88005766	26	3.3	25	83	6	100	44	10	17	27	1.81
88005692--88005782	27	3.4	27	83	7	107	43	9	19	26	1.82
88021678--88021729	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
88022801--88022868	34	2.0	34	100	0	136	47	20	8	23	1.78
88023181--88023319	48	2.9	48	83	1	125	28	15	28	28	1.96
88023365--88023521	42	3.6	42	72	16	113	28	19	26	26	1.99
88030685--88030801	58	2.0	59	94	1	209	25	17	14	41	1.88
88031017--88031057	21	1.9	22	85	5	57	41	0	31	26	1.56
88033035--88033092	29	2.0	29	83	6	73	41	5	20	32	1.75
88033354--88033429	40	1.9	40	83	5	100	36	15	18	28	1.92
88035277--88035648	42	8.8	42	81	1	388	31	22	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88035295--88035648	126	2.8	126	85	2	451	32	21	18	27	1.97
88041968--88042275	42	7.3	42	83	4	325	33	24	18	23	1.97
88041968--88042236	126	2.1	126	86	4	380	34	23	18	23	1.96
88051156--88051234	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
88051353--88051651	47	6.3	47	94	1	490	29	30	8	32	1.86
88062048--88062126	37	2.1	37	88	4	115	24	32	18	24	1.97
88062245--88062934	49	14.3	49	94	3	1188	29	29	8	32	1.87
88062245--88062955	192	3.7	188	93	2	1073	29	29	8	32	1.87
88067672--88067903	40	5.8	40	91	1	351	23	22	27	26	2.00
88079997--88080102	43	2.5	41	83	4	122	30	27	18	23	1.98
88088948--88088981	17	2.0	18	88	11	54	26	17	0	55	1.42
88090755--88090797	16	2.7	16	88	0	59	51	18	23	6	1.70
88091022--88091124	29	3.6	28	84	6	134	27	16	27	29	1.97
88091120--88091176	28	2.0	28	93	0	96	26	12	29	31	1.92
88092802--88092986	40	4.7	41	88	6	231	26	27	21	24	1.99
88098299--88098430	29	4.6	29	89	0	176	26	16	28	28	1.97
88098423--88098486	28	2.3	28	97	0	119	23	12	29	34	1.92
88100540--88100627	40	2.2	40	76	13	92	36	17	19	27	1.94
88101789--88101854	35	1.9	34	96	3	123	34	12	22	30	1.91
88111493--88111519	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
88116065--88116099	18	1.9	18	88	0	52	31	5	22	40	1.78
88116704--88116802	25	3.8	26	86	4	130	29	24	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88116704--88116802	52	1.9	51	87	6	146	29	24	19	27	1.98
88116851--88116897	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
88116933--88116980	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
88117250--88117289	21	2.0	20	90	5	62	20	40	20	20	1.92
88126743--88126853	49	2.3	48	85	1	150	27	16	31	24	1.96
88126743--88126860	48	2.4	49	87	1	166	27	16	32	23	1.96
88138881--88138930	23	2.2	23	92	0	82	12	12	38	38	1.80
88139649--88139703	28	2.0	28	82	10	69	21	7	45	25	1.77
88140975--88141061	20	4.3	20	91	2	131	36	12	18	32	1.88
88140986--88141061	11	7.5	11	74	16	83	36	13	18	31	1.89
88140986--88141035	9	5.1	9	81	13	55	36	12	20	32	1.89
88141111--88141183	26	2.8	26	95	0	128	26	24	24	24	2.00
88149449--88149741	49	6.1	49	90	3	468	33	7	28	30	1.84
88149449--88149746	96	3.1	96	99	0	587	33	7	28	30	1.84
88150838--88151048	105	2.0	105	99	0	413	39	24	8	28	1.83
88151233--88151404	40	4.3	40	85	2	204	25	26	21	26	1.99
88151233--88151404	79	2.2	80	82	5	206	25	26	21	26	1.99
88151235--88151457	40	5.6	39	80	7	184	25	26	21	26	2.00
88151233--88151457	80	2.8	79	79	8	224	25	26	21	26	1.99
88151389--88151466	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
88158941--88159098	79	2.0	79	98	0	307	34	25	13	25	1.94
88159255--88159426	40	4.3	40	85	2	204	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88159255--88159426	79	2.2	80	82	5	206	25	26	21	26	1.99
88159257--88159479	40	5.6	39	80	7	184	25	26	21	26	2.00
88159255--88159479	80	2.8	79	79	8	224	25	26	21	26	1.99
88159411--88159488	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
88170648--88170863	27	8.0	27	84	5	258	26	15	19	38	1.91
88170662--88170862	107	1.9	107	90	0	321	27	14	20	37	1.92
88170651--88170898	27	9.3	27	79	5	202	26	16	19	37	1.93
88170653--88170907	107	2.4	106	82	4	303	27	16	20	36	1.93
88170985--88171014	5	6.0	5	100	0	60	40	20	20	20	1.92
88173550--88173685	23	6.0	23	70	14	95	36	19	24	20	1.95
88174811--88175020	106	2.0	106	99	0	411	44	7	22	24	1.79
88175322--88175623	150	2.0	150	99	0	595	37	3	27	31	1.75
88176541--88176718	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88176542--88176697	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88176538--88176718	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88181899--88182172	145	1.9	145	96	0	512	31	23	15	29	1.95
88182157--88182228	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
88184040--88184217	40	4.5	40	90	2	252	23	24	28	24	2.00
88190947--88191070	62	2.0	62	98	0	239	28	9	25	36	1.88
88192349--88192766	40	10.5	40	96	0	732	21	23	27	27	1.99
88198697--88198956	27	9.6	27	86	0	331	40	19	7	31	1.80
88198690--88199028	81	4.2	81	85	2	367	40	20	7	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88198697--88199094	27	14.7	27	79	5	308	39	20	8	30	1.83
88199049--88199477	27	16.3	27	86	5	547	34	20	19	24	1.96
88199318--88199353	18	2.0	18	88	0	54	41	27	11	19	1.85
88199903--88199967	22	3.0	22	73	8	60	21	24	20	33	1.97
88200125--88200226	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
88200368--88200490	31	4.0	31	84	3	142	17	18	15	47	1.82
88200378--88200474	6	15.8	6	72	16	74	17	19	16	46	1.84
88201416--88201459	18	2.4	17	78	14	52	65	0	6	27	1.17
88207666--88207803	68	2.0	68	95	0	249	41	10	17	31	1.82
88207948--88207986	18	2.2	18	86	9	53	64	2	7	25	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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