genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24296942--24296979	18	2.1	18	100	0	76	23	15	15	44	1.85
24297676--24297751	34	2.2	35	83	2	100	27	3	3	64	1.29
24304787--24304859	35	2.1	35	100	0	146	36	21	23	17	1.94
24305464--24305568	53	2.0	53	86	0	147	19	26	19	35	1.95
24305614--24305700	41	2.1	41	93	0	147	24	26	16	33	1.95
24311221--24311339	46	2.6	46	89	0	166	31	27	18	22	1.97
24318392--24318428	12	2.7	15	88	12	53	72	0	0	27	0.84
24318447--24318487	6	7.3	6	88	5	52	80	2	0	17	0.82
24318447--24318487	5	7.6	5	86	13	55	80	2	0	17	0.82
24318447--24318487	12	3.7	11	87	12	66	80	2	0	17	0.82
24321158--24321264	26	4.2	26	95	2	198	30	6	27	35	1.82
24322440--24322469	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
24322859--24322999	27	5.2	27	77	13	139	19	23	21	35	1.96
24322857--24322999	54	2.6	54	87	2	198	18	23	21	35	1.96
24324282--24324491	48	4.4	48	78	4	147	25	22	20	31	1.98
24324269--24324491	96	2.3	96	78	3	234	25	22	20	31	1.98
24327333--24327532	82	2.5	82	98	0	384	58	1	11	29	1.40
24329112--24329666	44	12.1	44	72	11	321	28	18	17	34	1.94
24329297--24329393	51	1.9	51	86	0	140	29	17	16	36	1.92
24329112--24329666	89	6.0	88	73	10	364	28	18	17	34	1.94
24329128--24329666	133	3.9	133	72	10	361	28	19	17	34	1.95
24336694--24336802	37	2.9	37	86	0	146	26	33	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24336949--24337083	48	2.8	48	91	0	216	30	28	8	32	1.86
24337053--24337387	47	7.1	47	92	0	526	26	28	11	33	1.91
24337262--24337339	25	3.2	25	64	29	69	30	32	8	28	1.88
24344076--24344111	18	1.9	19	88	5	56	33	25	0	41	1.55
24351256--24351309	27	2.0	26	82	3	63	1	20	5	72	1.14
24361524--24361597	20	3.8	20	75	12	75	63	1	0	35	1.03
24361542--24361600	10	6.2	10	81	16	72	69	1	0	28	0.98
24361563--24361607	17	2.7	16	93	6	72	66	0	0	33	0.92
24361713--24361766	9	6.1	9	86	4	74	33	0	3	62	1.12
24361713--24361765	17	3.1	17	86	5	70	33	0	3	62	1.13
24361719--24361775	17	3.4	17	80	7	62	35	0	1	63	1.05
24363382--24363446	27	2.5	24	76	16	58	53	4	3	38	1.37
24365850--24366025	46	3.8	46	78	16	193	21	21	28	28	1.98
24365846--24366017	93	1.8	93	93	2	301	20	21	29	27	1.98
24376645--24376678	8	4.4	8	92	3	52	61	0	0	38	0.96
24378313--24378350	18	2.1	18	90	0	58	31	28	15	23	1.96
24380467--24380503	18	2.1	18	100	0	74	43	18	27	10	1.83
24385572--24385790	47	4.7	46	79	10	200	26	20	27	24	1.99
24385572--24385790	94	2.4	92	82	8	250	26	20	27	24	1.99
24393015--24393275	47	5.6	45	75	13	197	27	19	28	24	1.98
24393008--24393275	94	2.9	91	77	12	251	27	19	28	24	1.98
24395151--24395213	24	2.7	23	74	18	58	58	0	39	1	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24404131--24404183	22	2.4	23	84	6	65	41	15	26	16	1.88
24405118--24405154	19	2.0	19	89	5	58	48	10	0	40	1.38
24406858--24407091	124	1.9	121	84	4	308	32	14	15	37	1.88
24409202--24409561	27	13.3	27	80	0	288	28	18	16	35	1.93
24409184--24409561	54	7.0	54	80	1	364	29	18	17	34	1.94
24409184--24409561	108	3.5	107	80	4	404	29	18	17	34	1.94
24412793--24413051	27	9.6	27	83	3	288	27	20	17	34	1.95
24412793--24413051	81	3.2	81	85	4	342	27	20	17	34	1.95
24415857--24415910	20	2.7	20	82	0	63	53	5	1	38	1.35
24415871--24415909	10	3.9	10	82	0	51	53	2	0	43	1.14
24432355--24432409	23	2.4	23	96	0	101	32	29	3	34	1.75
24434809--24434849	20	2.0	20	100	0	82	14	7	29	48	1.71
24434819--24434878	31	1.9	31	83	6	77	15	5	26	53	1.62
24438905--24438967	32	2.0	32	96	0	117	28	11	19	41	1.85
24443286--24443319	12	2.7	13	90	9	61	0	14	0	85	0.60
24443282--24443316	11	3.2	11	83	0	52	0	17	0	82	0.66
24444213--24444241	13	2.2	13	100	0	58	37	17	24	20	1.93
24444549--24444574	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
24449774--24449807	18	1.9	17	88	5	50	32	0	5	61	1.20
24451057--24451095	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
24451345--24451413	33	2.1	33	91	2	113	42	1	2	53	1.24
24451357--24451449	33	3.0	30	76	17	84	40	2	3	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24453580--24453751	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
24453573--24453748	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
24458734--24458819	43	2.0	43	95	4	156	27	24	19	27	1.99
24464161--24464803	124	5.2	124	78	5	645	28	16	14	39	1.89
24464335--24464374	14	2.9	14	80	0	53	32	12	5	50	1.62
24464161--24464803	125	5.2	124	80	4	686	28	16	14	39	1.89
24464167--24464798	251	2.5	247	84	4	793	28	17	14	39	1.89
24464957--24465030	28	2.6	30	81	12	86	44	18	1	35	1.59
24465074--24465106	15	2.3	15	89	5	50	45	33	3	18	1.65
24474625--24474668	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
24474670--24474729	3	20.0	3	100	0	120	33	0	33	33	1.58
24479625--24479673	16	2.9	16	90	6	71	28	0	14	57	1.38
24485196--24485253	22	2.5	23	81	13	66	29	6	17	46	1.74
24506037--24506093	29	2.0	28	93	3	96	40	8	1	49	1.44
24506155--24506184	15	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
24506941--24506978	19	2.1	19	85	9	53	42	0	13	44	1.43
24508174--24508213	21	1.9	21	84	0	53	47	20	7	25	1.75
24510765--24510943	49	3.7	48	84	3	214	27	15	13	43	1.85
24515319--24515461	49	3.0	47	80	7	162	28	15	10	45	1.79
24515559--24515604	23	2.1	22	92	8	76	23	21	8	45	1.80
24515978--24516016	20	2.0	20	85	10	53	17	10	23	48	1.78
24518168--24518265	14	6.8	15	79	8	96	28	15	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24518168--24518249	15	5.6	15	81	5	78	30	15	24	29	1.96
24518385--24518465	23	3.6	23	67	3	74	29	11	27	32	1.91
24518595--24518642	17	2.7	18	81	9	55	27	10	41	20	1.85
24528610--24528639	14	2.1	14	100	0	60	16	13	33	36	1.88
24528693--24528734	20	2.0	20	86	9	57	40	4	19	35	1.72
24529181--24529236	28	2.0	28	86	6	78	32	37	19	10	1.86
24533286--24533330	22	2.0	22	100	0	90	26	17	8	46	1.78
24548197--24548459	40	6.6	40	86	6	336	26	25	23	24	2.00
24548197--24548459	122	2.2	120	87	3	377	26	25	23	24	2.00
24551859--24552037	35	5.1	35	85	2	207	29	15	22	33	1.94
24555512--24555664	57	2.7	57	77	11	161	31	18	16	32	1.94
24558454--24558539	43	2.0	43	82	17	108	25	18	29	26	1.98
24562145--24562579	217	2.0	217	100	0	870	35	18	7	37	1.80
24567266--24567556	160	1.8	159	93	1	494	38	9	21	30	1.85
24567903--24568079	45	4.0	45	91	0	284	23	22	27	27	1.99
24569739--24569778	19	2.1	19	85	0	53	55	5	2	37	1.35
24570321--24570373	17	3.3	15	80	19	54	37	11	15	35	1.83
24570302--24570397	35	2.6	37	85	12	137	37	11	17	33	1.86
24570300--24570390	19	4.9	19	89	8	143	37	12	16	34	1.86
24570678--24570714	17	2.1	18	90	5	58	29	0	0	70	0.88
24582402--24582670	78	3.4	78	87	5	409	33	18	23	24	1.97
24582692--24582732	20	2.0	20	95	0	73	36	17	21	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24582713--24582858	45	3.3	45	85	1	204	33	13	28	24	1.93
24583229--24583284	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
24583208--24583305	35	2.7	37	87	12	150	37	10	17	34	1.83
24583208--24583298	19	4.9	19	90	8	152	37	10	16	35	1.84
24583208--24583321	19	5.8	22	86	10	87	36	9	16	36	1.82
24584305--24584404	17	5.9	17	68	26	61	44	4	3	49	1.36
24584546--24584645	17	5.9	17	68	26	61	44	4	3	49	1.36
24584174--24584659	241	2.0	241	99	0	965	36	12	6	43	1.70
24585461--24585485	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
24587448--24587498	24	2.2	24	82	10	61	25	1	9	62	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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