genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21714652--21714718	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
21722446--21722528	31	2.7	30	94	3	141	24	24	15	36	1.94
21722825--21722891	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
21725770--21725798	13	2.1	14	93	6	51	0	31	13	55	1.39
21727642--21727728	27	3.2	27	80	6	104	40	21	8	29	1.82
21727741--21727937	27	7.3	27	89	0	277	29	22	8	39	1.83
21727739--21727937	54	3.7	54	91	0	308	30	22	8	39	1.83
21727808--21728056	27	9.2	27	81	3	142	34	23	7	34	1.83
21727743--21728020	54	5.1	54	85	0	214	33	22	7	36	1.83
21728040--21728396	27	13.3	27	83	4	389	34	17	20	27	1.96
21728859--21728921	32	2.0	31	84	3	81	22	17	23	36	1.95
21728932--21729032	27	3.8	26	85	5	112	20	23	18	36	1.95
21728932--21729033	54	1.9	53	84	6	134	20	23	19	36	1.95
21729193--21729284	6	14.8	6	71	18	64	19	18	15	46	1.84
21729170--21729242	31	2.3	32	88	7	112	20	15	12	52	1.74
21729199--21729270	26	2.8	25	85	4	99	18	19	15	47	1.83
21729183--21729300	31	4.0	31	75	13	115	19	17	14	48	1.81
21731525--21731570	24	2.0	23	86	4	65	65	2	0	32	1.05
21732016--21732064	20	2.5	20	86	0	62	57	6	6	30	1.48
21735859--21735906	16	2.8	17	74	20	55	66	0	0	33	0.92
21735852--21735906	22	2.7	20	77	5	56	67	0	0	32	0.91
21735863--21735902	20	1.9	20	85	10	53	65	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21736346--21736394	20	2.5	20	86	0	62	57	6	6	30	1.48
21739804--21739846	20	2.2	19	84	12	52	37	0	0	62	0.95
21739804--21739846	19	2.2	20	84	12	54	37	0	0	62	0.95
21739811--21739846	17	2.0	19	89	10	58	38	0	0	61	0.96
21742153--21742180	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
21745769--21745862	35	2.7	35	76	3	82	28	9	19	42	1.82
21745806--21745882	35	2.2	35	81	4	84	29	7	18	44	1.78
21752251--21752615	181	2.0	181	99	0	721	36	13	22	27	1.91
21758072--21758155	42	2.0	42	95	0	150	39	11	13	35	1.81
21760954--21761070	60	2.0	60	92	0	198	18	25	20	35	1.96
21762648--21762700	26	2.1	26	82	6	65	45	16	11	26	1.82
21778064--21778156	30	3.1	30	89	4	125	45	34	6	13	1.70
21779500--21779618	21	6.0	20	68	18	61	36	5	0	58	1.20
21779480--21779540	28	2.2	28	77	19	65	36	6	0	57	1.25
21785268--21785375	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
21792825--21792887	8	7.4	8	87	7	72	36	1	1	60	1.16
21792833--21792889	5	12.6	5	75	20	63	38	1	0	59	1.08
21792832--21792889	15	4.0	14	84	13	73	37	1	0	60	1.07
21792824--21792889	13	4.7	13	81	17	78	37	1	1	59	1.16
21795876--21795933	14	3.9	14	76	14	55	48	0	6	44	1.29
21796518--21796601	43	2.0	43	84	13	111	25	17	28	28	1.98
21800253--21800300	23	2.1	23	100	0	96	31	8	16	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21800833--21800904	29	2.5	28	84	10	92	45	2	2	48	1.31
21801074--21801125	16	3.4	16	76	10	54	61	1	0	36	1.07
21801069--21801120	25	2.1	24	82	3	59	59	1	0	38	1.08
21801070--21801149	30	2.7	29	84	5	108	57	1	1	40	1.15
21801628--21801663	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
21811640--21811678	20	2.0	20	89	0	60	51	0	5	43	1.24
21816032--21816134	42	2.4	43	80	6	120	31	19	19	30	1.96
21816063--21816144	43	1.9	42	80	11	96	29	21	21	26	1.99
21823372--21823464	42	2.2	43	80	5	109	31	18	21	29	1.97
21823393--21823474	43	1.9	42	80	11	96	28	21	23	26	1.99
21827795--21827837	23	1.9	23	85	4	61	44	27	4	23	1.73
21829258--21829378	46	2.5	47	84	5	145	26	22	14	36	1.93
21831197--21831311	45	2.5	45	81	8	117	38	16	20	24	1.93
21831175--21831338	23	6.9	23	75	14	111	35	18	21	24	1.95
21834886--21834951	34	1.9	34	96	0	123	31	15	13	39	1.86
21835148--21835189	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
21835671--21835709	9	4.4	9	83	3	53	48	2	0	48	1.15
21849857--21849921	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
21850027--21850089	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
21850037--21850100	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
21850553--21850591	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
21851789--21851870	34	2.4	34	87	0	110	37	31	10	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21853485--21853529	20	2.2	21	77	18	51	31	6	0	62	1.21
21864555--21864584	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21865720--21865789	25	2.8	25	79	12	81	34	18	21	25	1.96
21871929--21871982	6	8.3	6	82	13	54	74	5	0	20	1.02
21871932--21871983	26	2.0	26	88	7	79	71	7	0	21	1.11
21871929--21871989	20	3.1	19	77	15	61	72	6	0	21	1.07
21874220--21874298	38	2.1	38	95	0	140	40	18	13	26	1.89
21875038--21875090	17	3.0	17	91	5	79	39	13	13	33	1.83
21875030--21875102	19	3.9	19	87	7	114	38	13	15	32	1.86
21879810--21880065	55	4.8	52	80	10	245	35	17	25	21	1.95
21879821--21880018	108	1.8	110	87	4	303	34	17	25	22	1.95
21881995--21882024	12	2.5	12	100	0	60	30	20	0	50	1.49
21881786--21882275	245	2.0	245	99	0	971	31	15	9	43	1.79
21882240--21882269	12	2.5	12	100	0	60	30	20	0	50	1.49
21882479--21882535	28	2.0	28	93	0	96	35	8	40	15	1.79
21887044--21887494	78	5.8	78	94	1	712	32	18	24	24	1.97
21887508--21887693	45	4.3	44	78	9	177	32	13	28	25	1.94
21887563--21887683	44	2.7	45	84	1	172	29	12	30	27	1.93
21888050--21888128	35	2.2	38	86	13	123	36	10	16	36	1.82
21888050--21888121	17	3.9	19	92	7	123	36	11	15	37	1.83
21888050--21888144	17	4.8	22	87	10	79	35	9	15	38	1.80
21888412--21888448	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21900268--21900327	20	3.1	17	75	25	57	65	1	0	33	1.03
21900261--21900322	19	3.0	20	80	17	65	67	1	1	29	1.09
21900273--21900325	23	2.3	24	81	15	67	71	1	0	26	0.96
21900297--21900331	17	2.1	16	89	5	52	71	0	0	28	0.86
21901022--21901069	23	2.1	23	88	0	69	12	10	12	64	1.50
21901781--21901823	23	2.0	22	81	9	52	18	4	32	44	1.71
21902620--21902656	19	2.0	18	94	0	56	29	5	37	24	1.77
21907201--21907258	28	2.1	28	100	0	116	43	6	3	46	1.47
21908039--21908107	19	3.7	19	76	3	86	24	5	2	66	1.27
21908021--21908117	19	5.3	18	72	12	72	26	6	2	64	1.28
21908039--21908144	56	1.9	56	81	11	128	27	4	2	65	1.27
21908176--21908218	22	2.0	22	82	8	54	30	2	4	62	1.28
21908225--21908435	91	2.4	91	82	9	256	36	9	18	36	1.83
21916575--21916618	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
21919064--21919128	30	2.2	31	88	5	98	41	15	0	43	1.47
21928102--21928252	64	2.4	61	86	6	198	29	44	11	13	1.80
21928132--21928259	64	2.0	64	96	0	238	29	39	14	15	1.88
21928354--21928394	22	1.9	21	85	14	57	51	19	14	14	1.77
21928406--21928458	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
21946950--21946980	15	2.1	14	94	5	53	35	16	9	38	1.81
21950834--21950861	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
21951544--21951582	18	2.2	18	85	0	51	35	0	33	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21952505--21952542	19	2.1	18	95	5	67	63	0	0	36	0.95
21952500--21952543	13	3.2	14	84	15	65	61	0	0	38	0.96
21958359--21958421	23	2.9	22	75	11	58	33	4	1	60	1.27
21977980--21978013	14	2.4	15	85	14	54	55	11	5	26	1.58
21979375--21979416	20	2.2	19	86	4	57	30	7	2	59	1.37
21979426--21979468	21	2.0	20	86	8	59	34	2	0	62	1.08
21979572--21979642	23	3.1	23	80	15	76	26	5	4	63	1.35
22000872--22000896	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
22001528--22001606	41	2.0	40	86	0	104	48	13	17	18	1.80
22005258--22005375	59	2.0	59	96	0	218	33	18	22	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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