genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95480121

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   

This is table  47  of  284  ( 34012 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16774589--16774765	33	5.4	33	73	11	139	33	16	22	26	1.96
16776470--16776507	12	3.2	12	88	0	58	21	52	13	13	1.73
16776806--16776855	25	2.0	26	84	11	68	30	0	4	66	1.10
16780780--16780825	14	3.4	14	78	3	58	60	0	2	36	1.09
16780810--16780885	19	3.9	20	73	16	70	55	0	3	40	1.18
16784935--16784977	19	2.4	18	85	11	61	44	13	4	37	1.65
16784968--16785003	14	2.5	15	86	13	58	52	13	0	33	1.41
16785716--16785766	24	2.1	24	100	0	102	35	21	19	23	1.96
16786925--16786976	19	2.9	17	73	15	52	7	23	3	65	1.35
16788667--16788692	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
16789106--16789139	17	2.1	17	94	5	61	50	11	23	14	1.76
16789288--16789330	10	4.1	10	80	11	50	53	27	4	13	1.60
16796084--16796238	43	3.6	42	80	14	174	29	29	20	21	1.98
16796946--16796979	17	1.9	18	88	5	52	61	11	5	20	1.50
16799515--16799699	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
16799496--16799699	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
16801726--16801768	19	2.4	18	85	11	61	44	13	4	37	1.65
16801727--16801778	18	2.8	19	83	11	56	48	13	3	34	1.61
16812926--16812981	14	4.0	14	90	0	85	21	32	5	41	1.76
16812917--16812980	28	2.3	28	91	0	101	25	32	3	39	1.71
16815902--16816103	100	2.0	100	99	0	395	41	16	10	31	1.83
16816269--16816384	42	2.9	41	72	10	105	30	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16820076--16820107	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
16821304--16821488	71	2.6	71	83	5	212	31	28	18	21	1.97
16827763--16827828	28	2.4	28	94	5	116	28	18	6	46	1.72
16835635--16835707	30	2.4	30	84	4	94	10	30	35	23	1.89
16835993--16836108	33	3.5	33	84	1	144	26	25	14	32	1.95
16836016--16836135	33	3.7	31	78	11	107	29	24	14	32	1.94
16836122--16836166	23	2.0	23	86	8	65	24	22	13	40	1.90
16843683--16843807	33	3.8	33	73	5	101	28	24	13	34	1.93
16843785--16843829	23	2.0	23	91	8	74	22	22	13	42	1.88
16843799--16843871	32	2.2	33	80	11	87	31	21	12	34	1.91
16847334--16847458	33	3.8	33	69	5	83	28	23	12	36	1.91
16847436--16847480	23	2.0	23	91	8	74	22	22	13	42	1.88
16847450--16847517	32	2.1	33	83	10	86	30	22	11	35	1.90
16851085--16851200	33	3.5	33	80	5	119	27	25	12	34	1.92
16851214--16851258	23	2.0	23	91	8	74	22	22	13	42	1.88
16851228--16851300	32	2.2	33	80	11	87	31	21	12	34	1.91
16859486--16859543	29	2.0	29	100	0	116	48	6	10	34	1.64
16859775--16859835	25	2.4	25	84	10	88	29	21	21	27	1.98
16859779--16859844	25	2.6	25	81	13	82	28	21	24	25	1.99
16862853--16862963	27	4.1	27	86	3	145	25	12	18	44	1.84
16864981--16865024	21	2.1	21	83	8	54	27	11	15	45	1.81
16867370--16867396	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16873976--16874076	50	2.0	50	100	0	202	24	21	23	29	1.99
16878854--16878994	71	2.0	71	91	0	228	38	19	17	25	1.92
16886107--16886145	15	2.6	14	88	8	51	61	0	2	35	1.10
16893420--16893529	38	2.8	39	84	2	150	27	23	11	37	1.90
16895297--16895329	17	1.9	17	88	11	50	9	6	6	78	1.08
16901001--16901119	50	2.4	50	81	2	132	27	19	18	34	1.95
16907399--16907423	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
16908187--16908455	47	5.7	46	75	10	240	28	20	29	21	1.98
16908137--16908404	44	5.8	44	72	14	175	27	19	29	23	1.98
16908140--16908454	93	3.4	93	77	11	347	28	20	29	22	1.98
16910235--16910323	44	2.0	44	95	0	160	23	15	15	44	1.85
16911732--16911855	49	2.5	50	87	7	173	25	21	18	33	1.96
16911750--16911821	24	3.0	23	69	18	56	26	19	16	37	1.93
16911794--16911859	25	2.7	25	77	11	73	28	21	19	30	1.98
16916920--16916952	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
16919861--16919937	5	14.4	5	75	20	59	76	0	6	16	0.98
16919871--16919938	6	11.5	6	73	14	52	79	0	5	14	0.91
16919861--16919937	11	7.2	10	75	21	59	76	0	6	16	0.98
16922959--16923018	31	1.9	31	100	0	120	41	16	6	35	1.75
16925333--16925365	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
16929657--16929834	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16929678--16929833	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16943297--16943351	11	4.9	11	75	18	51	30	1	5	61	1.29
16943825--16943897	37	2.0	37	100	0	146	32	5	16	45	1.70
16945018--16945087	26	2.7	26	81	0	86	25	22	20	31	1.98
16948648--16948709	22	2.8	21	74	16	54	16	24	11	48	1.78
16948648--16948710	23	2.8	24	76	11	62	15	23	12	47	1.80
16948702--16948763	22	2.8	22	82	0	79	14	22	20	41	1.89
16951854--16951910	25	2.3	24	90	3	87	17	33	17	31	1.93
16954366--16954536	47	3.6	47	80	4	175	31	27	16	23	1.97
16961148--16961176	12	2.5	12	94	5	51	44	6	6	41	1.58
16966609--16966700	26	3.2	26	70	21	85	42	0	5	52	1.24
16966626--16966692	33	2.0	34	82	2	82	41	0	5	52	1.26
16966609--16966729	59	2.0	60	98	1	235	40	0	6	52	1.27
16970486--16970610	47	2.9	42	77	11	115	24	19	30	26	1.98
16970533--16970844	48	6.5	48	93	0	500	24	18	29	27	1.98
16976436--16976556	3	40.7	3	74	14	81	58	2	5	33	1.35
16983195--16983243	21	2.4	20	75	3	53	22	6	26	44	1.76
16984458--16984513	28	1.9	29	85	7	78	60	1	3	33	1.24
16988373--16988447	35	2.1	35	97	0	141	37	18	2	41	1.65
16994820--16994992	46	3.7	46	78	10	181	22	20	26	30	1.98
16994816--16994987	93	1.8	93	89	0	272	22	20	26	29	1.99
16995217--16995254	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17002391--17002563	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17002388--17002558	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
17006336--17006459	27	4.6	27	80	8	101	41	23	7	28	1.81
17006444--17007052	27	22.6	27	86	2	776	34	19	19	25	1.96
17007497--17007552	22	2.5	22	77	11	69	19	23	21	35	1.96
17007720--17007820	27	3.8	26	77	5	94	20	22	17	38	1.93
17007958--17008046	6	14.3	6	70	19	58	19	15	15	49	1.80
17007958--17008037	31	2.5	31	87	2	106	18	16	15	50	1.79
17015316--17015407	47	2.0	47	93	0	157	31	16	11	40	1.85
17028476--17028524	23	2.1	23	88	0	71	26	14	18	40	1.89
17032521--17032910	50	7.7	50	77	5	347	31	25	16	26	1.96
17032524--17032867	151	2.3	151	83	2	433	30	25	17	26	1.97
17039523--17039858	180	1.9	179	86	3	478	34	19	6	38	1.79
17040183--17040214	16	2.0	16	93	0	55	34	12	0	53	1.39
17040428--17040706	50	5.5	50	84	3	326	31	25	17	26	1.97
17040428--17040706	101	2.8	102	84	2	339	31	25	17	26	1.97
17047435--17047697	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
17047435--17047697	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
17047629--17047706	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17055383--17055607	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
17055539--17055616	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17062770--17062834	34	1.9	34	96	0	121	23	27	6	43	1.77
17065169--17065219	17	2.8	17	85	8	57	80	0	11	7	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17077740--17077769	11	2.6	11	94	5	51	53	16	0	30	1.44
17079121--17079166	24	1.9	24	90	0	74	41	26	2	30	1.68
17088421--17088456	12	3.0	12	87	0	54	30	0	41	27	1.56
17088417--17088468	24	2.2	24	85	0	68	30	0	46	23	1.53
17089867--17089998	27	4.9	27	84	0	156	25	16	18	39	1.91
17090265--17090310	23	2.0	24	86	4	67	17	2	54	26	1.54
17091078--17091113	18	2.0	18	100	0	72	27	44	0	27	1.55
17098589--17098759	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
17098584--17098756	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
17099179--17099238	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284